Shiratori Sakuto a 28 ans, mais a l'intelligence d'un garçon de 6 ans. Il travaille pour Dream Flower Service, un centre de distribution de fleurs qui fournit des emplois aux jeunes à problèmes. Un jour, lui et un collègue, Yanagawa Ryuichi, livrent un bouquet de roses à l'immeuble où vit Mochizuki Haruka. Parce que Haruka ne sait pas que le livreur est mentalement défié, elle est choquée par sa réponse et tente d'appeler la police. Haruka travaille pour un centre de recherche neurologique où le professeur Hachisuka Daigo étudie l'amélioration des performances mentales. Il a réussi des expériences en laboratoire sur une souris blanche appelée Algernon.

Aujourd'hui, c'est le jour de paie du Dream Flower Service où travaille Shiratori Sakuto. La politique du patron Takebe est de remettre chaque mois le salaire de chaque employé en espèces. Pendant ce temps-là, au centre de recherche neurologique, Hachisuka et son équipe de recherche veulent maintenant intensifier en faisant l'étude clinique sur un corps humain. Mais ils n'ont pas encore trouvé un sujet de test. Toutefois, Haruka a une idée sur le sujet... Contactés par Rio et Mai, Sakuto, Yanagawa et Hiyama vont à un rendez-vous inattendu au parc d'attractions.

Les tests d'aptitude de Sakuto ont commencé mais les premiers résultats sont défavorables, au grand dam d'Hachisuka et de son équipe de recherche. Cependant, Haruka qui a recommandé Sakuto comme sujet de test, insiste sur le fait de poursuivre les tests. Hachisuka demande alors à Haruka d'observer les émotions humaines de Sakuto ainsi que ses divers désirs... Sakuto, Yanagawa et Hiyama ont été invités chez Rio dans une maison au bord de la mer.

Finalement, Sakuto bénéficie peu à peu de son opération chirurgicale grandissant son intelligence. Hachisuka et son équipe de recherche effectuent plusieurs tests post-opératoires pour inspecter ses progrès. Mais par rapport à la souris Algernon, ils n'ont pas pu constater un grand changement pour Sakuto. Ce dernier retourne alors au Dream Flower Service où son patron Takebe est heureux de le revoir en bonne santé, où ses collègues s'apprêtent à disputer un match de baseball.

Après son homerun réussi, les tests sur Sakuto se poursuivent, avec des résultats en constante progression. Les effets de l'opération sont enfin apparus : Sakuto devient de plus en plus intelligent et s'offre de nouvelles perspectives. Malgré tout, il n'arrive toujours pas à comprendre les sentiments qu'il éprouve pour Haruka. Au travail, il ne fait plus d'erreur. Son désir de connaissances supérieures étant devenu plus fort, Sakuto lit de nombreux livres chaque fois qu'il en a le temps. Il rêve maintenant de pouvoir passer son permis de conduire, afin de partir en balade avec Haruka.

Sakuto témoin du baiser entre Haruka et Hachisuka, a appelé Rio et a passé la nuit avec elle. Le lendemain, Hachisuka veut qu'Haruka dise à Sakuto l'adresse de sa mère, Madoka, car Sakuto veut la rencontrer Madoka. En apprenant que Sakuto et Rio passent la nuit ensemble, Yanagawa et Hiyama sont surpris. Haruka rend visite à Takebe au Dream Flower Service, afin d'installer un appareil d'étude pour Sakuto. En apprenant que Sakuto est allé voir sa mère seule, l'expression de Takebe change complètement. Pourquoi le patron du magasin de fleur s'inquiète-t-il?

Hachisuka a présenté Sakuto lors d'une conférence académique, le fruit de ses recherches sur l'"ALG". Au milieu des applaudissements, Sakuto découvre avec surprise son père décédé Hisato parmi le public. Après la conférence, il rencontre sa soeur cadette, qu'il n'a pas revue depuis des années. Sakuto lui demande froidement de partir. Voyant cette attitude, Haruka gifle par réflexe Sakuto. Elle ne se présente plus au centre de recherche, persuadée des effets néfastes des recherches. Au contraire de Yanagawa et Hiyama, ravis que l'ALG puisse guérir la maladie de Rio.

Sakuto et Haruka se réveillent joyeusement l'un à côté de l'autre. Rio est à l'hôpital. Son père Kawaguchi se questionne sur sa situation. Il raconte à Mai que son entreprise finance de nombreuses recherches sur des maladies incurables. Mais il il ne s'attendait pas à ce qu'un jour, cela arriverait à sa fille. Et quand même temps, que le chercheur qu'il a "élevé" ne s'en sortirait pas à la fin. Il est désormais confus...

Sakuto travaille désormais avec Hachisuka sur une possible évolution de l'ALG. Le temps joue contre lui, comme le montre les résultats du traitement sur Algernon. Pendant ce temps-là, Yanagawa apprend la terrible situation de Sakuto et fait face à un dilemme. Doit-il encore continuer à le solliciter afin qu'il essaie de soigner Rio ? Ce dilemme, Sakuto se la posera aussi...

Sakuto a pris la décision de sauver son ami Rio, au détriment de sa propre conscience. Sachant qu'il va bientôt redevenir celui qu'il était avant le traitement, il souhaite profiter de ses derniers instants pour finir ce qu'il devait finir avec sa mère, sa soeur, son patron et bien sûr, son amour Haruka... tout en travaillant activement sur le possible remède pour Rio. Comment Sakuto va-t-il s'en sortir ?