La clairière des Yoraïs est inondée. Pour ne pas périr noyés, les esprits de la forêt sont obligés de transformer Fox en lune afin de s’extraire de leurs statues. Désormais, s’ils veulent récupérer leur ami, Les mini-ninjas vont devoir trouver quelle est la cause de l’inondation. Mais nos héros vont vite découvrir que le ruisseau responsable du désastre est sorti de son lit à cause d’une mine de fer exploitée par Shoko et ses samouraïs…

Alors que les mini-ninjas empêchent une nouvelle fois Ashida de détruire la nature, Shoko subtilise malgré elle le marteau adoré de Futo. Ravi de cette prise dans laquelle il voit une revanche sur le Maître, Ashida va tendre un piège à nos mini-héros bien décidés à récupérer l’arme de leur copain très affecté par la perte de celle-ci. En effet, la masse a une grande importance aux yeux de Futo qui lui attribue un pouvoir magique. A travers de courts flashbacks, nous retrouvons Futo jeune accompagné de son père et découvrons pourquoi un lien privilégié l’unit à son marteau et surtout pourquoi il est aussi déterminé à le récupérer, et enfin si cette arme possède réellement un pouvoir magique.

Une nouvelle fois décidé à éradiquer le Pays sous les Nuages, Ashida ordonne à Shoko de débusquer le Monstre des Sables qui a ravagé la contrée d’Harakiri, la transformant en désert autrefois. Mais les Mini-Ninjas anéantissent les plans de Shoko, et ramènent avec eux une boule de poils mignonne comme tout, sans se douter que c’est le monstre en question…

Grâce à la magie noire d’Ashida, Shoko prend le contrôle d’un arbre-Kami avec lequel elle compte bien détruire toutes les fleurs du Pays sous les Nuages. Les Mini-Ninjas vont devoir se battre contre cet esprit de la Nature. Pas facile, car le Kami prend bientôt le contrôle de Suzume !

Ashida en a assez de la maladresse de Kitsune et le renvoie définitivement. Il ordonne à Shoko d’aller au village lui chercher un nouveau serviteur. Quelqu’un d’adroit ! Shoko jette son dévolu sur le petit Najima et l’embarque de force à la forteresse. Les mini-ninjas vont devoir libérer Najima ! Mais pour cela, ils doivent d’abord réussir à pénétrer incognito dans la forteresse. Kitsune leur indiquera un passage secret à travers les oubliettes…

Pour accélérer une leçon du Maître qu’il trouve trop « ennuyeuse », Hiro tente un sort d’accélération du temps. Mais le sort engendre une boucle temporelle, et tout le Pays Sous les Nuages se retrouve à devoir revivre indéfiniment la même matinée. Seul moyen de faire revenir le temps à la normale : mettre la main sur le sablier du Jikan, un sablier magique. Mais si le sablier venait à tomber entre les mains de Shoko, Ashida pourrait l’utiliser pour remonter le temps et empêcher la rencontre entre le Maître et les Ninjas.

Décidé à éradiquer tous les oiseaux dont les chants et roucoulements l’indisposent, Ashida insuffle la vie à la statue d’un légendaire chasseur de faucons ayant servi autrefois son terrible aïeu Atsumori. Les mini-ninjas vont donc devoir mettre celui-ci définitivement hors d'état de nuire.

C’est l’hiver et Ashida a décidé de se faire construire un Onsen (un bain thermal Japonais) sur une des sources d’eau chaude de la région. Pour ce faire, il a créé des ouvriers taillés sur mesure : des Samouraïs munis de six bras, résistants à la chaleur dégagée par les sources et capables d’abattre le travail de dix fantassins ! Mais la source qu’il veut s’approprier est aussi le lieu de baignade hivernale des familles de singes de la vallée. Privés de cette chaleur, les pauvres singes sont condamnés. Pour les sauver, nos héros n'ont qu’une solution : défaire ces monstrueux « Samouraïs Mille-pattes » !

Se montrant trop impatient, Hiro se voit confier la corvée de ranger les parchemins du Maître pour apprendre la patience. C’est là qu’il découvre un rouleau différent des autres, équipé d’un fermoir pour éviter qu’il ne s’ouvre malencontreusement. Intrigué, Hiro le déroule et libère Sanjoru, un fantôme ninja qui déclare être un grand héros qui fut il y a très longtemps piégé par le parchemin… Le voilà enfin libre et près à partager en secret avec notre héros toutes ses techniques ancestrales d’arts martiaux, à condition que celui-ci lui rende un petit service… Séduit par Sanjoru, Hiro accepte volontiers, ne réalisant pas qu’il est en train de prêter un coup de main au méchant de l’histoire. En effet, Sanjoru est un fantôme ninja que le Maître a autrefois vaincu ! Heureusement, Futo, Suzume, et le Maître en personne viendront prêter main forte à Hiro pour défaire Sanjoru une nouvelle fois.

Ashida retrouve dans sa malle une queue de cheval qui appartenait au Maître Ninja et qu'il lui aurait coupé lorsqu'il était enfant pour s'amuser. Il l'a confie à Shoko afin qu'elle puisse activer le bassin des espions, et ainsi être capable de voir par les yaux du Maître Ninja. En s'infiltrant dans la troupe des fantassins de Shoko, Suzume va tenter de récupérer la carte qui mène aux bassins des espions...

Lorsqu’Hiro lance qu’il pourrait être Maître, le Maître le prend au mot et lui propose de le remplacer une journée. Mais alors que le Maître part pour une partie de pêche avec son vieil ami Sasuke, il se fait capturer par Shoko et pendant ce temps, la situation dégénère au Ninja-Raft, où Hiro réalise progressivement que n’est pas Maître qui veut !

Lorsque Shoko découvre le secret du Maitre qui, autrefois, a aimé une femme du nom de Satsuki, elle décide de lui tendre un piège. Sachant que le seul souvenir qui lui reste d’elle est la gravure que tous deux ont fait sur un des rochers de la grotte bleue, elle lui fait croire qu’Ashida a décidé de s’approprier l’endroit. Fonçant dans la grotte, le maitre se fait capturer. Les mini-ninjas l’ont heureusement suivi. Mais s’ils réussissent à le libérer, ils sont contraints de s’enfuir dans les entrailles de la grotte bleue. Ils sèment Shoko mais la partie n’est pas gagnée pour autant. Car leur ennemie bloque en effet la sortie avec le rocher du Maitre. La seule façon de sortir est maintenant de détruire le rocher. Sinon, cette grotte risque d’être leur tombeau…

Un personnage énigmatique apparaît dans le Pays sous les nuages : un justicier masqué, qui défend les villageois contre les samouraïs et ridiculise Shoko, si vite que les Mini Ninjas n’ont pas le temps de réagir ! Hiro se méfie de ce rival, qui fait de l’ombre à sa gloire personnelle. De leur côté, Ashida et Shoko prennent Aïka en otage, pour obliger les Mini Ninjas et le justicier à se livrer. Le justicier masqué propose aux Mini Ninjas de s’allier pour sauver Aïka, mais Hiro refuse, aveuglé par la jalousie…

Alors que Suzume doute de ses pouvoirs qu’elle juge insignifiants, Nio, le vieux Gardien de la Nature, fait appel à elle : Ashida a découvert l’emplacement de Tengoku, son sanctuaire, et menace de transformer tous ses animaux en la plus grande armée de samouraïs de tous les temps. Grâce à Nio, Suzume apprend l’origine de son pouvoir et qu’il est beaucoup plus puissant qu’elle ne l’imagine. Animée d’une nouvelle force et aidée par Hiro et Futo, elle devra vaincre les monstrueux papillons noirs d’Ashida et l’invasion de son armée conduite par Shoko.

Les Mini Ninjas sont sur la piste d’un « trésor » légué à Shun par ses parents. Après avoir résolu les énigmes qui le protégeait, Shun découvre enfin de quoi il s’agit : l’atelier secret de ses parents inventeurs et Ninja, tout comme lui ! Mais Ashida a vent de la découverte et il décide illico de s’emparer de toutes les inventions dont regorge l’atelier. En les trafiquant avec sa magie noire, il compte en faire des armes redoutables capables de pulvériser la nature à tout jamais !!

Alors que la cueillette des pommes bat son plein au village, Shoko vient piller les récoltes. Déjà sur place, Les Mini-Ninjas combattent la samouraï et ses sbires, tandis que Najima dispute un seau de pommes à un fantassin. Dans un dernier geste, Najima lance une pomme qui rate sa cible. Hiro la renvoie et dékujise le fantassin… Alors qu’il se relève de sa chute, Najima croit que c’est lui qui a battu le fantassin et se prend désormais pour un vrai ninja. Il se met alors à traquer Shoko et ses sbires qui ont emportés la charrette contenant la récolte des pommes. Les Mini Ninjas doivent récupérer la charrette et sauver Najima !

Ne supportant plus l’été et la chaleur caniculaire qui s’abat sur la forteresse, Ashida est déterminé à geler le Pays Sous Les Nuages et à le plonger dans un hiver éternel. Il charge alors Shoko de réveiller Tatsu Koori, Le terrible dragon cracheur de glace dont le cœur a été gelé par son aïeul Atsumori. Pour contrecarrer ce plan et mettre le dragon hors d’état de nuire, les mini-ninjas vont devoir affronter Shoko et surtout découvrir comment réchauffer le cœur du dragon, seule solution pour faire fondre la glace qui recouvre le Pays.

Parce qu’il a donné un coup de marteau de trop, Futo provoque l’effondrement d’une paroi de glace et réactive la perle rouge qu’Atsumori avait perdu il y a très longtemps et qui a la propriété de rendre les samouraïs invincibles ! Et comme la perle est protégée par un bouclier de magie noire, ne laissant passer qu’Ashida ou Shoko, Futo va devoir être très malin pour réparer son erreur et prouver qu’il n’est pas qu’une grosse brute…

Pour fêter la fin des récoltes, les villageois célèbrent la fête du riz avec les mini-ninjas. On entend la musique jusqu’à la forteresse. Il faut peu de temps à Ashida pour trouver ça insupportable et pour mettre un plan pour en finir une bonne fois pour toute avec cette fête stupide : il fait voler toutes les réserves de riz. Plus de riz, plus de fête ! Et pour éviter que les mini-ninjas ne contrarient une nouvelle fois son plan, il piège ses samouraïs. Hiro, qui se la joue solo comme trop souvent, se fait ainsi piéger et ses jambes deviennent incontrôlables. Comment les mini-ninjas vont-ils pouvoir récupérer les réserves des villageois avec un Hiro en mode boulet ?

Parcequ'il a facilement vaincu Shoko, Hiro est persuadé qu'il est terriblement chanceux, et qu'il n'a donc plus besoin de s'entraîner. Le Maître lui explique qu'il n'est pas possible de se reposer comlètement sur la chance sous peine de rater sa cible, alors qu'en s'entraînant il pourra accomplir des prouesses. Mais Hiro ne veut rien entendre alors Suzume et Futo lui font croire qu'il rentre dans une année de Yakudoshi, c'est à dire de malchance...

Ashida n’a plus de magie et nos héros pensent être enfin en vacances. Mais ce qu’ils ignorent, c’est que la perle noire que le Maître a formée en récupérant tous les pouvoirs d’Ashida, doit être détruite. En effet, le rocher et le bouclier sous lesquels il l’a enterrée, n’ont pas suffi à contenir l’énergie maléfique, et pour la détruire définitivement, il faut aussi détruire la magie blanche. Les deux magies ayant été créées ensemble, ce n’est qu’ensemble qu’elles pourraient être détruites et ce, dans le bassin des origines qui se trouve tout au fond du volcan. Pour Hiro et Suzume, ce sacrifice est impensable, et dès lors, ils se mettent en tête d’empêcher le Maître d’arriver à ses fins…

Pour pouvoir détruire la magie noire dans le bassin des origines, nos jeunes héros doivent accepter de sacrifier leur magie blanche. Mais le dilemme est trop difficile, et perdant du temps, ils ne tardent pas à se faire rattraper par Ashida. Suspendant le Maitre au-dessus de la lave, celui-ci leur fait du chantage et parvient ainsi à récupérer sa perle de magie noire. Retrouvant ses pouvoirs et sa pleine puissance, il lance les hostilités. Mais nos héros récupèrent aussi leur magie blanche…

Le Maître voit ses pouvoirs décliner, au point de s’estomper complètement, ce qui signifie que sonne le crépuscule de la magie Kuji en lui… C’est le moment de partir méditer et de laisser les Minis Ninjas… Heureusement, le hasard fait bien les choses, Ejikaiju, un nouveau maître Ninja vient de faire son apparition, et il ne demande qu’à prendre la place du Maître pour former les Ninjas de demain. A moins que la présence d’Ejikaiju au moment même où les pouvoirs du Maître disparaissent ne soit pas une coïncidence… C’est que les Minis Ninjas, séduit au début par le nouveau venu, vont découvrir…

Ashida a mis la main sur le plan du Labyrinthe de Namura, au cœur duquel se trouve la fameuse Boussole Kuji, qui permet de localiser n’importe quel être humain du Pays sous les Nuages. Avec un tel objet, Ashida pourra trouver les Minis Ninjas où qu’ils soient. Shoko est missionnée pour s’en emparer, et grâce au plan elle pourra échapper aux multiples pièges du labyrinthe. Averti magiquement du danger, le Maître envoie les Minis Ninjas retrouver la Boussole avant leur adversaire… Sans plan, avec juste leur talent et leur amitié, nos héros vont devoir vaincre leur plus grande peur pour vaincre Shoko et le Labyrinthe de Namura…

En versant trop de riz dans la marmite, Hiro déclenche une terrible réaction en chaine : le riz attire une pie, qui vole l’une des perles du Maître, puis Shun se lance derrière la pie pour récupérer la perle, et finit par disparaître. En le cherchant dans la forêt, nos héros avisent alors une drôle de lumière provenant d’un tronc d’arbre. Pénétrant à l’intérieur avec l’espoir de tomber sur Shun, voilà qu’ils débouchent sur le pont du Ninja Raft, en plein jour et en plein hiver ! En effet, ils viennent de passer dans un passage temporel magique qui les a projeté dans le futur. Un futur apocalyptique où leurs amis et le Maître ont disparus, et où Ashida a pris définitivement le contrôle du pays sous les nuages !

Le seul moyen d’empêcher ce futur angoissant de se produire est de retourner dans le présent et de récupérer la perle avant qu’elle ne tombe entre les Mains d’Ashida. Mais si nos héros veulent rejoindre le passage temporel avant que le maître ne perde ce qu’il lui reste d’énergie pour le maintenir ouvert, ils vont devoir affronter Shoko qui compte bien les en empêcher. Et pour ça, elle s’est entourée de trois Ninjas-Mouraïs : Dark-Hiro, Dark Futo et Dark-Suzume. Le contre la montre est lancé…

Agacée par sa taille, Kunoichi décide de grandir plus vite que prévu. Pour cela, elle avale une vieille graine du maître censé la faire grandir, mais cette dernière fait en fait l’effet inverse. Kunoichi se retrouve minuscule, perdue au cœur de la forêt… Hiro n’a d’autre choix que de rétrécir à son tour pour aller la sauver tandis que Futo et Suzume sécurisent la zone pour éviter que Shoko et ses samouraïs ne viennnent les piétiner…

Après un acte de rébellion des villageois, Shoko jure qu’elle reviendra raser le village ! Soutenant les villageois, le trio décide de leur apprendre à se battre. Mais le chef Nakata désapprouve cette action de résistance. Celui-ci finit par révèler au trio un lourd secret… en s’opposant un jour à Ashida, il a perdu son frère !

Pour son anniversaire, Ashida veut s’offrir un festin de cuisses de grenouilles, dont il raffole. Il dépêche donc Shoko au grand lac Yang pour pêcher un maximum de batraciens à l’aide de ses nouveaux samouraïs : des samouraïs-anguilles électriques, dont les décharges étourdissent les grenouilles… ainsi que nos héros ! Car pour sauver les pauvres petites bêtes, les Mini-Ninjas sont obligés de partir littéralement en immersion afin de déjouer les plans du Seigneur de la Guerre et de sa petite-fille.

Ashida a transformé des taupes en samouraïs afin de creuser des galeries souterraines jusqu’à un lac de lave endormi. Shoko est chargée de le réactiver grâce à une pierre de feu magique. Ainsi, la lave remontera à la surface et détruira toute la nature ! Heureusement, nos héros vont tout faire pour l’en empêcher et récupérer la pierre de feu…

Pour réussir un exercice de furtivité pour lequel il n’est guère doué, Hiro parvient à maîtriser un sort d’invisibilité… mais pas celui qui lui permettrait de redevenir visible ! Le Maître révèle qu’Hiro restera invisible à tout jamais, sauf s’il parvient avant la fin du jour à se mirer dans le Miroir de Jade. Mais ce miroir est en possession d’Ashida ! Hiro accompagné de Suzume et Futo part pour la forteresse d’Ashida. Récupérer le miroir devrait être facile pour Hiro invisible, mais celui-ci se trahit par sa maladresse ou sa précipitation. Ashida met l’objet en sureté… dans son kimono, et pour le reprendre Suzume et Futo doivent seconder Hiro dans une véritable bataille – qui tourne au drame : les mini-ninjas sont emprisonnés… Pour redevenir visible et libérer ses amis, Hiro devra se souvenir de la leçon du Maître : invisible ou pas, la furtivité est la meilleure arme du ninja !

Les Minis Ninjas sont accusés à tort de saccager le village… En effet, tout ce qu’on perçoit du trio de voleurs c’est des silhouettes qui ressemblent furieusement à celle de nos héros. Et plus les Minis Ninjas s’acharnent à prouver leur innocence, plus ils ont l’air coupable, au point que Nakata et le Maître passent un accord : si Hiro, Suzume et Futo n’arrivent pas à prouver leur innocence avant le coucher du soleil, le Maître et les Minis Ninjas devront quitter le Pays sous les Nuages…

Grâce à un parchemin magique, Kitsune échange de corps avec Hiro. Le domestique espère ainsi piéger les Mini-Ninjas et prouver sa valeur à Ashida. De son côté Hiro se retrouve lui aussi dans la peau de Kitsune, il doit alors tout faire pour secourir ses amis sans se faire démasquer. Pas facile pour lui de jouer les serviteurs !

En voulant transformer une renarde en fantassin, Ashida conçoit par erreur un demi-samouraï, qui a gardé sa forme animale mais qui lui obéit au doigt et à l’œil : un cheval de Troie idéal pour infiltrer le camp ninja ! Shoko s’arrange pour que nos héros tombent sous le charme de la renarde et c’est Hiro qui en fait son nouveau compagnon, au désespoir de Fox qui essaye de prévenir ses amis du danger. Malgré les avertissements de Fox qu’Hiro met sur le compte de la jalousie, la renarde parvient à dérober au maître un talisman d’invincibilité qu’Ashida compte bien utiliser pour vaincre son vieil ennemi. Heureusement que Fox n’est pas rancunier et qu’il sauve ses amis à temps en usant de son flair et de son courage habituel !

Shoko a capturé par hasard un bébé Pandakuji et l’a rapporté à Ashida. Dans le but de se doter d’une armée de Samouraï énormes et invincibles, le Seigneur décide d’utiliser le bébé Pandakuji pour découvrir le sanctuaire secret où se cachent tous ses congénères. Et comme seul les Mini Ninjas et leur Maitre en connaissent l’emplacement, Ashida monte un stratagème : il va profiter du grand cœur de Futo pour qu’il les mène tout droit au Sanctuaire !

Ashida a trafiqué l’horloge ancestrale afin de bloquer le soleil à son zénith et provoquer une sécheresse qui va détruire la nature. Les Mini-Ninjas partent dans le désert à la recherche du temple sacré où se trouve l’horloge afin de la réparer. En plus de la soif et des mirages qui leur jouent des tours, les Mini-Ninjas vont devoir affronter de nouveaux samouraïs scorpions !

Alors qu’Hiro trouve leur entraînement trop routinier, il est confronté à un nouveau samouraï créé par Ashida avec un animal qui leur est inconnu : un caméléon. Ashida se sert de ses capacités à se fondre dans le décor pour découvrir l’emplacement secret du Ninja Raft. Rendu encore plus redoutable par la magie noire, celui-ci plonge le Maître et les Mini Ninjas dans un sommeil magique en les frappant avec sa langue. Resté seul, Hiro devra trouver le moyen de vaincre ce redoutable et surprenant samouraï.

Ashida parvient à extirper de force les Yoraïs de leurs stèles et à capturer les esprits. Désormais, rien ne peut l’empêcher de capturer des animaux de nuit pour se créer une armée nocturne pouvant traquer les Mini Ninjas 24H/24 ! Un petit Yoraï rescapé croise la route de Kunoichi. Ensemble ils souhaitent mener à bien une grande mission sauvetage et se lancent à l’assaut de la forteresse. Leur plan échoue et Kunoichi est enfermée aux oubliettes. Heureusement, Hiro, Futo et Suzume veillent et viennent leur prêter main forte.

Lors d'un vol de riz au Village, Shoko soustrait à Sakura un bracelet en tissu qui se trouvait dans une caisse en bois. A la Forteresse, Ashida reconnaît le bracelet : il appartient au légendaire Gardien du Secret, un ninja mystérieux qui garde la puissante Perle des Secrets, un objet en mesure de faire révéler à quiconque tous ses secrets. Certain que Sakura connaît le Gardien, Ashida envoie Shoko la capturer. Une fois la main mise la perle, le Seigneur de la Guerre veut l'utiliser pour un plan diabolique : hypnotiser les Mini-Ninjas et les contraindre à lui révéler l'exacte position de leur camp.

Suzume raconte la légende du Jimân à ses amis : ce terrible serpent qui hante les marécages et qu’un seul ninja aurait eu le cran d’affronter. Pour prouver qu’il n’a peur de rien, Hiro se met en tête de sauter dans le trou où le monstre est censé vivre et finit par y rester coincé, en compagnie de Suzume qu’il a embarqué malgré elle. Tandis que Futo court chercher le maître pour sortir ses amis de cet endroit lugubre, Hiro ne peut pas s’empêcher d’explorer les galeries souterraines pour trouver la sortie lui-même. Mais plus les deux ninjas se perdent dans le labyrinthe, plus la légende du Jimân semble plus vrai que nature... Et c’est un vrai serpent géant qui les attaque et manque de les dévorer ! Heureusement, le maître et Futo interviennent à temps pour leur sauver la mise… sauvés ! Jusqu’à ce qu’Hiro comprenne que le ninja de la légende n’est autre que son maître. Hanté par l’orgueil, il se résout à affronter le monstre seul…

En voulant poursuivre les singes qui lui ont volé son bâton de kendo, Hiro chute et s’assomme. Shoko, qui était dans les parages pour une mission de routine, a tout vu de la course poursuite. Elle décide de capturer des singes afin de créer une armée aussi agile que maligne. Alors que Futo, Suzume et Fox sont à sa recherche, Hiro veut rentrer au ninja-raft, mais il est retenu prisonnier par les singes qui ont besoin de lui pour une mission d’une grande importante… De son côté, Shoko se prépare à attaquer le camp des primates…

Comme Futo est incapable de finir le parcours d’obstacle dans les arbres à cause de son vertige, le maitre lui parle du cinquième élément, un pouvoir censé lui permettre de lutter contre sa peur du vide. Filant dans la bibliothèque pour en savoir plus, Futo y découvre le parchemin des éléments. Posant son doigt sur l’élément air, il se met à léviter. Capable de voler, le voilà doté d’un super pouvoir qui lui redonne un confiance total et lui permet d’en finir avec le vertige ! Mais quand Hiro et Suzume découvrent ce parchemin magique, ils se le disputent et il s’envole hors du ninja raft. C’est vraiment la catastrophe quand Shoko le récupère. Si elle réussit à le donner à Ashida, il aura alors des pouvoirs illimités et le pays sous les nuages sera définitivement asservi…

Ne réussissant pas détruire les Minis Ninjas, Ashida a une idée de génie pour les écarter de son chemin. Alors que nos héros cueillent des fraises sauvages dans un superbe champ, Ashida les enferme sous un globe magique. Shoko peut alors vider la forêt de tous ses animaux. Accablés par la chaleur et vexés d’avoir été piégés, Hiro, Futo et Suzume ne comptent pas se laisser faire comme ça…

Ashida n’en croit pas sa chance : cette année, pour la fête du Hanami, un objet magique va réapparaître au village, un Ruban d’Or qu’il compte utiliser pour détruire le Pays Sous les Nuages. De son côté, Suzume rêve de danser pour gagner ce Ruban d’Or et démontrer que l’on peut être une vraie Ninja et une danseuse.

Kitsune libère accidentellement le fantôme Atsumori, l’impitoyable et terrifiant ancêtre d’Ashida. Sorti des limbes dans lequel il était enfermé depuis 30 ans, Atsumori prend le contrôle de la forteresse, soumet Ashida, pétrifie Shoko, et entame le rituel qui doit changer le Pays sous le Nuage en pierre… Heureusement, Kitsune a réussi à s’échapper et demande de l’aide aux pires ennemis de son maître : les Minis Ninjas !

Shoko revient une fois de plus à la forteresse sans avoir trouvé le refuge des Mini-Ninjas. Son grand-père, écoeuré par cet énième échec, met Kitsune aux commandes de ses troupes à la place de Shoko, et celle-ci, offensée, décide d'abandonner la forteresse. Shoko s'établit une nouvelle base dans la forêt sans réalisé qu’elle a construit sa cabane à quelques mètres à peine de l’arbre secret où se trouve le Ninja-Raft. Les Mini-Ninjas doivent l'éloigner de là à tout prix et sans éveiller de soupçons. Mais leurs tentatives se retournent contre eux et pour couronner le tout, Ashida arrive à son tour dans les parages à la recherche de sa petite-fille après s'être rendu compte de l'inutilité de Kitsune au commandement d'une armée. Nos héros devront déployer toutes leurs ressources détourner d'eux l'attention de leurs ennemis et les faire rentrer à la forteresse, loin de leur cachette secrète.

Lors d’une séance de rodéo organisée par Nakata au village, les ninjas découvrent que Futo a peur des buffles, et cela depuis que son père lui a raconté l’histoire du terrible yokaï : l’Akajita. Si le maître explique que le démon de la sécheresse n’est qu’un personnage de légende, le village est justement victime d’une soudaine pénurie d’eau. Futo est terrifié à l’idée de tomber sur l’Akajita. Mais les ninjas mènent l’enquête pour comprendre ce qui assèche la rivière. Grâce à un buffle sauvage qui les aide à retrouver la source, nos héros découvrent qu’Ashida a détourné l’eau de la rivière pour remplir son Onsen d’été ! Nos héros sont prêts à en découdre, à condition de se débarrasser du samouraï-buffle qui monte la garde pour défendre la source…

Kunoïchi a fait un terrible rêve sur un dragon provoquant la destruction des récoltes. Prémonition ou simple cauchemar ? Les Mini Ninjas partent pour le découvrir et se retrouvent eux-mêmes acteurs de la prophétie. Pour ne rien arranger, Ashida a trouvé un moyen de contrôler le dragon. Seule Kunoïchi possède les clés pour renverser la situation.

Pour mettre à mal l’unité infaillible des ninjas et achever sa mission de pillage des ruches du pays, Shoko se déguise en Aïka pour provoquer une brouille entre Hiro et Futo en suscitant la jalousie d’Hiro. Suzume essaye de réconcilier ses amis, en vain, et finit par se faire capturer par Shoko dont elle découvre la supercherie ! Chacun mis sur la piste du convoi qui rapatrie les ruches à la forteresse, Hiro et Futo concèdent à s’unir pour sauver Suzume et Aïka qui est elle-aussi prisonnière. Mais Shoko ravive la tension entre les deux amis et parvient à les faire emprisonner avec les deux autres. Comprenant l’imposture de Shoko, Hiro et Futo joignent leur force pour s’évader, récupérer les ruches et humilier Shoko et Ashida au passage.

Shoko et ses troupes ont été mises en déroute par un « monstre mystérieux », silencieux et invisible. Dans le même temps, Tora quitte le Ninja-raft en colère parce qu’Hiro l’a comparé à un Tigre. Suivant Shoko partie capturer le « monstre mystérieux » pour le compte d’Ashida qui veut en faire un Samouraï invincible, Tora ignore qu’il va vivre une aventure qui va le ramener à son enfance et lever le voile sur les raisons de son comportement « d’enfant sauvage » !

Pour protéger les oiseaux de la chasse annuelle de Shoko et de son escouade de samouraïs volants, Shun a fabriqué un ballon ninja. Hiro, Futo et Suzume sont chargés de l’accompagner tandis que Kunoïchi a pour mission d’aiguiller l’engin depuis le sol pour qu’il atterrisse malgré la brume. Mais la petite désobéit au maître et embarque clandestinement dans la montgolfière, si bien que nos héros n’ont plus de repère ! Forcés d’atterrir à l’aveugle, les ninjas se crashent et l’invention de Shun est détruite. C’est en tout cas ce qu’ils pensent mais sans qu’ils ne le sachent, Shoko récupère le ballon pour reprendre sa chasse aux oiseaux ! Prise de remords, Kunoïchi se met en tête de voler le ballon et de le ramener à Shun pour se racheter. Mais la petite est embarquée malgré elle à bord avec Ashida, et ses amis sont obligés de redoubler d’imagination pour venir la sortir de là !

À la forteresse, un mal étrange dérègle certains samouraïs qui deviennent incontrôlable et impossible à libérer. Pour éviter qu’Ashida ne détruise un de ces samouraïs défectueux, Kitsune emmène celui-ci dans une grotte secrète, sorte de refuge qu’il a créé à l’insu de son maître pour abriter ses protégés. Mais le samouraï que Kitsune accompagnait s’échappe dans la forêt et le conduit tout droit aux ninjas, avec qui il est bien obligé de coopérer pour ramener son fugitif à la grotte avant qu’Ashida ne s’en rende compte. Mais tandis que nos héros se mettent en route pour le refuge, le samouraï espion envoyé par Shoko pour suivre Kitsune a eu le temps de découvrir la grotte et de conduire la samouraï dans les environs. Reste à nos ninjas d’imaginer une diversion assez efficace pour semer Shoko et trouver une solution pour libérer ces drôles de samouraïs !