Un homme tombé dans le désert n'a aucun souvenir. Il s'appelle Daisuke et sympathise avec Koji Kabuto, qui l'a recueilli. Alors que des forces non identifiées attaquent la Terre, un robot géant appelé Grendizer apparaît.

Duke vainc les forces de Vega, mais perd la raison et s'envole pour atterrir sur l'île d'Ogami. Koji le suit et au moment où il rencontre la vierge du sanctuaire de l'île, Hikaru, son ennemi juré Cassado attaque la Terre.

La colère de Duke s'enflamme dans l'ignoble cassado. Il fait tourner Grendizer en bourrique, mais celui-ci se souvient de sa promesse à Koji et s'arrête. Duke regrette d'être remonté et applaudit de reconnaissance.

Les retrouvailles avec Naida, une amie d'enfance. Cela apporte un bref moment de paix à Duke. Cependant, elle a abordé Duke comme un ennemi de son frère Sirius. La lame de l'amour et de la haine approche.

Maria, la sœur de Duke, est arrivée sur Terre après son frère. Cependant, Maria regarde la planète Terre inexplorée avec une arrogance de jeune fille. Pendant ce temps, l'armée de Vega attaque à nouveau.

Teronna, une femme chevalier qui peut être considérée comme la meilleure amie de Duke, a atterri sur Terre. Contrairement à l'armée Vega précédente, Teronna offre un jeu équitable, mais elle condamne Duke en tant que pécheur de la planète.

Des recherches sur des ruines super-anciennes sont en cours sur l'île d'Aijin. Une nouvelle arme de l'armée Vega est lâchée dans la mer voisine. Grendizer est entraîné dans un champ de bataille inattendu et traverse une période difficile. C'est alors qu'une ombre mystérieuse s'approche.

Duke reçoit un message de la bête volante et retrouve Rubina, qui est descendue sur Terre. Duke commence à dire la vérité sur la tragédie de la planète Fleed.

L'Institut de recherche sur l'énergie photonique est enfin attaqué directement par la Vega Star Alliance. Il est envahi par une unité de combat de mêlée dirigée par Blacky, et l'endroit devient un champ de bataille. Duke, qui a été emprisonné parce qu'il était soupçonné d'être un espion, est sauvé par Umon.