Les premières batailles contre les BETA commencent. L'unité de Yūya est envoyée en mission pour tester un nouvel équipement, mais la situation devient rapidement incontrôlable lorsque l'ennemi surgit en grande quantité. C'est là que Yūya se rend compte de l'ampleur de la menace, et il comprend que la guerre qu'il mène ne sera pas aussi simple qu'il l'avait imaginé. Ses premiers pas sur le champ de bataille marquent le début d'un long et douloureux conflit.

La guerre contre les BETA fait rage sans relâche. L'unité de Yūya continue de se battre sur plusieurs fronts, mais chaque victoire semble être suivie d'une nouvelle bataille, sans fin. Alors que les pertes augmentent, Yūya doit continuer à avancer, malgré le poids de la guerre et la pression croissante. À chaque étape, il se demande si la guerre peut réellement se terminer un jour, ou si la lutte est vouée à se poursuivre éternellement.

Les tensions internes parmi l'équipe s'intensifient alors que la guerre contre les BETA se poursuit. Yūya, déstabilisé par les pertes de ses camarades et par les responsabilités qui pèsent sur lui, se retrouve confronté à ses propres démons intérieurs. Dans ce moment de doute, une figure inattendue lui offre des conseils et un soutien moral. Cependant, l'ombre des BETA continue de croître, et chaque décision pourrait être celle qui décidera de la fin de cette guerre.

Alors que l'armée soviétique renforce ses positions et que les BETA envahissent la région, l'unité de Yūya fait face à une situation désastreuse. Pourtant, un rayon d'espoir apparaît sous la forme d'une nouvelle technologie révolutionnaire capable de renverser la situation. Mais cette technologie, bien que prometteuse, nécessite des sacrifices considérables pour être déployée. Yūya doit faire un choix difficile : risquer tout pour une chance de victoire, ou protéger ses camarades et abandonner cette opportunité.

La menace des BETA s'intensifie, et la base se trouve une nouvelle fois sous attaque. Yūya et ses alliés tentent de résister, mais les forces ennemies sont trop nombreuses. Cependant, à mesure que la situation se détériore, Yūya doit faire face à une réalité amère : même les meilleurs pilotes sont vulnérables. Alors que l'ennemi se rapproche, il doit prendre une décision cruciale qui pourrait changer le cours de la guerre. À quel prix cette victoire sera-t-elle obtenue ?

Le combat contre les BETA est de plus en plus difficile, et les pertes humaines s'accumulent. La situation devient de plus en plus critique. Yūya commence à douter de la signification de sa mission, mais il reçoit un soutien inattendu de la part de Wei Yi, qui lui rappelle l'importance de la protection des civils et des alliés. Au même moment, un mystérieux agent ennemi se rapproche, et des secrets bien gardés risquent de ressurgir, mettant en péril la mission de l'équipe. Le sacrifice est-il inévitable pour atteindre leurs objectifs ?

Le canot pneumatique a été emporté, et les communications ont été coupées, forçant Yūya, Wei Yi et Kristiya à attendre des secours dans une grotte sur une île déserte. Kristiya, qui se demande pourquoi Iniya admire tant Yūya, profite de l'occasion pour lui poser directement la question. Cependant, leurs différents points de vue culturels rendent la conversation difficile. À ce moment-là, Wei Yi vient leur rendre visite, mais un malentendu crée une atmosphère étrange et un peu tendue entre les trois.

Les équipes de test des différentes nations se déplacent des îles du sud vers le froid nord, arrivant en Kamtchatka, une région soviétique, pour effectuer des tests en conditions réelles. Là-bas, les batailles contre les BETA sont quotidiennes. Yūya ressent une forte tension sur le champ de bataille. Wei Yi informe tout le monde que lors de cette mission, de nouvelles armes seront également testées. Yūya, frustré de ne pas avoir pris part à un véritable combat, fait part de ses émotions, et Wei Yi remarque son trouble et propose de lui parler. En même temps, Yūya aperçoit des soldats soviétiques harcelant Kristiya et Iniya. D'habitude si dure, Kristiya semble vulnérable, et Yūya décide d'intervenir pour les aider...

Le "Groupe Argos", avec l'aide de l'ONU, reçoit la protection de l'escadron soviétique "Zhar", dirigé par le colonel Latolova, et commence le test en conditions réelles. Yūya pilote le modèle 94 équipé du canon électromagnétique prototype, et pour son premier combat réel, il ne peut contenir son agitation intérieure. Mais soudain, une grande troupe de BETA apparaît. Cependant, la situation ne se déroule pas comme prévu et dégénère rapidement, menaçant de détruire complètement leur unité. Wei Yi commence à suspecter que les Soviétiques ont peut-être un objectif caché. Yūya tente de renverser la situation avec le canon électromagnétique et suggère au colonel Latolova de se retirer temporairement, mais les choses ne se passent pas comme il l'avait espéré...

Grâce à l'excellente performance du canon électromagnétique et de Yūya, le groupe de BETA est complètement anéanti, et tout le monde dans la base se réjouit. Pourtant, Yūya ne se sent pas aussi heureux que les autres. Il lutte intérieurement, pensant que c'est le canon électromagnétique qui a réellement remporté la victoire, et non lui. Perturbé, Yūya décide de retirer le canon électromagnétique et demande à Wei Yi s'il peut effectuer un test de combat rapproché. Wei Yi ressent la forte détermination de Yūya en tant que pilote d'essai, mais bien qu'elle comprenne son enthousiasme, elle ne peut pas immédiatement accepter sa demande. À ce moment-là, pour une raison inconnue, le canon électromagnétique tombe en panne, et il ne peut plus être utilisé. Le groupe de BETA réapparaît, et la menace se rapproche à nouveau. Yūya devra affronter ce combat sans le canon électromagnétique, et ses compétences en combat rapproché seront mises à l'épreuve.

Les BETA, en grand nombre, pénètrent sous terre et se rapprochent de la base, mettant la situation en danger. Sans renforts, l'ONU décide d'évacuer la base. Cependant, l'évacuation privilégiera d'abord la sécurité des personnes, et toutes les troupes devront abandonner leurs équipements, comme l'avait mentionné Sandek. À ce moment-là, Ibrahim remarque que l'objectif réel de l'armée soviétique est le canon électromagnétique de type 99. Pendant ce temps, Wei Yi se rend au hangar où est stocké le canon électromagnétique, et rencontre Vincent. Grâce à un avertissement d'Ibrahim, ils se rendent compte du complot soviétique. Wei Yi décide que si elle ne peut pas empêcher les Soviétiques d'acquérir le canon, la seule option restante est de le détruire pour éviter que des informations sensibles ne tombent entre leurs mains. Wei Yi et Vincent devront rapidement prendre une décision et agir. Comment réagiront-ils face à cette situation critique ?

Wei Yi décide de détruire le canon électromagnétique pour l'empêcher de tomber entre les mains des Soviétiques, mais dans les conditions actuelles, il est impossible de le détruire complètement par des méthodes explosives. Elle imagine alors un plan audacieux : utiliser les habitudes des BETA, qui attaquent toujours en priorité les ordinateurs haute performance et les humains. Elle prévoit de pénétrer dans le canon électromagnétique et d'attirer les BETA pour qu'ils le détruisent. Cependant, pour que les BETA réussissent à détruire le canon, Wei Yi doit d'abord déverrouiller sa protection et ouvrir les portes nécessaires.

Au moment critique, Yūya sauve Wei Yi. Cependant, les BETA autour de Gernaku se rassemblent rapidement, formant une menace énorme. Yūya, à bord du 94ème modèle de deuxième génération, évacue avec Wei Yi, mais les attaques des BETA ne cessent de les poursuivre. Pendant le combat, le 94ème modèle subit de lourds dégâts, ne pouvant plus avancer à pleine vitesse. Yūya transfère Wei Yi dans le "Aigle d'Attaque" de Stella. Stella propose un plan audacieux : sauter sur une grande distance pour traverser le groupe de BETA et échapper à la poursuite. Cependant, le système de propulsion du 94ème modèle est trop endommagé pour fournir assez de puissance pour le saut, et la situation devient critique. Ils n'ont plus de temps et doivent trouver une solution rapide pour éviter de se retrouver encerclés par les BETA.

Encerclé par les BETA, Yūya est sauvé par l'escadron "Zhar". Mais immédiatement après, des bombardiers lancent une attaque aérienne. Il s'agit d'une opération soviétique visant à effacer toutes les preuves, y compris les BETA. Au moment où le bombardement frappe, une alarme laser retentit. Un faisceau laser abat les bombardiers et les machines tactiques. Dans cette zone, des BETA de niveau laser, jusqu'alors inconnus, apparaissent soudainement. Latolova donne l'ordre d'exécuter l'opération de destruction des BETA de niveau laser (Laserjagd).

À la base du Yukon, l'exercice BlueFlag a commencé pour permettre aux unités de développement des machines tactiques de s'évaluer et de perfectionner leurs compétences. Il s'agit d'un championnat simulé entre les machines tactiques. Les membres de l'équipe "Argos" regardent le combat de l'équipe "Bao-Feng" tout en réfléchissant chacun de leur côté. Le soir même, à bord du Polaris, une réception est organisée pour célébrer les succès des membres de la mission Kamchatka. Sur la suggestion de Stella, Wei prépare un plat spécial pour Yuuya, un plat qu'il se souvient avoir goûté dans son passé. Dans une atmosphère harmonieuse, le lieutenant Cui Yifei de l'équipe "Bao-Feng" fait son apparition, montrant un intérêt certain pour Yuuya, le soldat de la garde…

Face à Yuuya et Kristja se trouvent Lyon et Shalon de l'unité "Infinities" de l'armée américaine. Il semble qu'il y ait une profonde histoire entre eux. L'équipe "Argos" affronte en premier l'équipe "Bao-Feng", dirigée par le lieutenant Cui Yifei, de la "Frontière Unifiée de Chine". Yifei nourrit un sentiment de compétition envers Yuuya, qui a battu un nombre record de BETA lors de la mission en Kamchatka. Lors de la réunion de briefing, Yuuya suggère de défier Yifei en duel. Toutefois, Kristja et Inia font preuve d'une puissance écrasante lors du premier combat. Cependant, le lieutenant Sundak remarque une légère incohérence dans leur synchronisation et commence à chercher la cause du problème.

Kristja fait un rêve pendant qu'elle ajuste son slot, se retrouvant dans ses souvenirs d'enfance dans un centre de recherche soviétique, là où elle rencontra Inia et vécut ses premières expériences avec Sundak. Pendant ce temps, Yifei, ayant été battue par Yuuya, devient obsédée par lui, au point de proposer impulsivement : "Si je bats l'équipe 'Infinities', nous irons en lune de miel !" Ce qui déroute Yuuya et Wei. Ensuite, les résultats du combat entre l'équipe "Bao-Feng" et l'équipe "Infinities" sont annoncés. Après cela, Yuuya reçoit une invitation de Kristja pour discuter, et se rend à Lillefort avec Inia et les autres. Kristja avoue qu'elle n'arrive pas à se concentrer chaque fois qu'elle pense à Yuuya, ce qui la rend inquiète pour ses performances en mission. Kristja, anxieuse, cherche à comprendre ce qui se passe, mais hésite lorsqu'elle tente de poser la question…

Yuuya et Lyon ont une vieille rancune remontant à un incident survenu lors du développement des avions Raptors pendant le service militaire de Yuuya. À l'approche de la confrontation décisive dans l'exercice BlueFlag, les deux commencent à se souvenir de leurs passés respectifs et à faire face à ce qu'ils sont devenus. Yuuya confie son passé à Kristja, qui surprend Yuuya en lui offrant une perspective différente. En parallèle, Sundak commence à surveiller Kristja, qui a eu des interactions avec Yuuya, collectant des données. Yifei rencontre Wei et lui dit qu'elle a quelque chose à lui dire. Dans ce complexe enchevêtrement émotionnel, les sentiments de chacun changent constamment…

Le capitaine Worson s'inquiète de la situation dans l'exercice BlueFlag, où les participants se concentrent uniquement sur le résultat des combats, exacerbant ainsi l'hostilité entre eux. Il pense qu'il faudrait résoudre ce problème de manière plus saine et significative. Il propose une mission de propagande qu'il a lui-même planifiée, impliquant des marches jusqu'à des coordonnées spécifiques et une réunion internationale qui suivra. L'équipe "Argos" progresse dans la forêt de l'Alaska. La terre qui semblait familière recèle encore une nature préservée, amenant Yuuya et les autres à se perdre dans leurs pensées. Cependant, plus ils avancent dans la jungle, plus une odeur étrange leur parvient, accompagnée de rires inquiétants…

L'équipe "Argos" se prépare à affronter l'équipe "Infinities", mais ils n'ont toujours pas trouvé de solution pour contrer la furtivité des avions de guerre Raptors et les capacités exceptionnelles de leurs pilotes, comme Lyon. À ce moment, Yifei se propose comme adversaire pour simuler un combat contre l'équipe "Infinities". Pour l'équipe "Argos", c'est une chance rare. Cependant, Yifei pose une condition : elle veut sortir avec Yuuya pendant une journée ! En même temps, des mouvements suspects des livreurs civils à l'intérieur et à l'extérieur de la base du Yukon deviennent de plus en plus fréquents, rendant les militaires de la base inquiets. Tout cela semble présager une tragédie imminente.

Yuuya, Talisa et Yifei parviennent à échapper aux terroristes grâce au sacrifice de Natalie et rejoignent les membres de l'équipe "Argos". En même temps, Wei et Kristja arrivent au hangar. Wei ordonne à toutes les machines tactiques de décoller et de se diriger vers le hangar de l'armée pour embarquer dans le Musu. Kristja et Yifei préparent leur machine de rechange, l'Aigle d'attaque. Face à l'attaque imminente des machines tactiques terroristes, l'équipe "Argos" doit affronter l'ennemi sans munitions réelles…

Yuuya décide de confronter seul la force de 24 machines tactiques dirigée par Giselle. Wei choisit de lui faire confiance, lui confiant la mission, et part avec Kristja, Talisa et Yifei vers la base. Yuuya abat de nombreuses machines ennemies, mais finit par être encerclé en raison du nombre inférieur de ses propres unités. À la base du Yukon, Ibrahim se confronte à Valentin (Merim). Valentin demande à Ibrahim de collaborer avec eux, tandis qu'Ibrahim repense à son passé où il avait combattu pour sauver des réfugiés…

Après avoir terminé les ravitaillements, Yuuya et son équipe commencent à exécuter le plan de Sundak, visant à reprendre le quartier général et le centre de communication occupés. Bien que la mission de suppression des installations soit confiée aux forces spéciales américaines, il est nécessaire d'abord d'éliminer les forces ennemies des machines tactiques pour sécuriser leur route d'infiltration. L'aigle d'or piloté par Christopher cause de grandes difficultés à Yuuya. En même temps, les BETA ravagent les rues de Lillefort, forçant l'équipe à combattre à la fois les unités de machines tactiques et les BETA. Wei se souvient des tragédies qu'elle a vécues à Kyoto, ce qui ravive son désir de se battre, mais la situation reste critique…

Kristja et Inia ont libéré Prafka pour protéger Yuuya. Cependant, à cause d'un dispositif activé par Christopher, elles sont soumises à de fortes suggestions et tombent sous un lavage de cerveau, modifiant ainsi la situation de façon inattendue. Yuuya finit par arriver là où se trouvent Wei et les autres, mais il est choqué par ce qu'il voit. Afin de cacher l'identité du pilote de l'aigle d'or à Yuuya, Wei dit délibérément : "C'est l'ennemi." Yuuya pourra-t-il réussir à les sauver ?