En EC 71, Shinn a perdu ses parents et sa petite sœur de façon atroce sur l’île d’Onogoro, lors de l’affrontement entre Orb et l’Alliance Terrienne. Deux ans plus tard, le jeune garçon travaille à Armory 1, sur les PLANT, lieu où Cagalli Yula Athha a justement rendez-vous avec le président Durandal.

Trois nouveaux Mobile Suits ont été volés sur Armory 1. Shinn, à bord de l’Impulse, a pour mission de les récupérer, mais la tâche ne sera pas aisée. Le président Durandal, Cagalli et Asran rejoignent le Minerva qui devra intervenir à son tour…

Le Minerva part à la poursuite de « Bogey 1 », mais leur adversaire est plus redoutable qu’ils ne le pensaient. Par ailleurs, Lunamaria annonce au capitaine Gladys la présence de Cagalli Yula Athha et son garde du corps sur leur vaisseau.

Le président Durandal avoue à Asran qu’il connaît sa véritable identité. Pendant ce temps, le Minerva s’approche du Girty Lue, mais l’équipage de ce dernier a prévu un piège audacieux contre le vaisseau de ZAFT.

L’heure est grave : Junius 7 a changé d’orbite et se dirige droit vers la Terre. Alors que certains se réjouissent de la nouvelle, le Minerva est convié à participer aux travaux de destruction de la colonie.

Asran se joint aux travaux de destruction et y retrouve Yzak et Dearka. Néanmoins, leur mission sera chamboulée par les commanditaires responsables du changement d’orbite de Junius 7, mais aussi par le Phantom Pain…

Pour éviter un impact sans précédent sur la Terre, le Minerva décide de fragmenter au maximum Junius 7 avant leur descente sur Terre. Malheureusement, les débris de l’ancienne colonie ravageront considérablement la Terre.

Le Minerva arrive à Orb, où il sera réparé, ce qui fera grincer des dents les représentants du pays, qui ont pour objectif de s’allier à la Fédération Atlantique. Cagalli, dépassée, devra rapidement reprendre ses fonctions.

La Fédération Atlantique fait pression sur les PLANT pour en avoir le contrôle. Jibril a pour idée d’enfin éradiquer de l’espace les Coordinateurs, mais seule la manière forte prévaudra… Une nouvelle guerre est imminente.

Asran a rejoint les PLANT pour s’entretenir avec le président Durandal. Le jeune homme sera atterré d’apprendre que la guerre a repris, et restera hanté par les actes qu’a commis son père lors du précédent conflit.

Les tensions sont à leur comble entre la Terre et les PLANT. Le président Durandal fait appel au droit à la légitime défense pour justifier leur entrée en guerre. Pendant ce temps, Cagalli tente en vain d’éviter qu’Orb soit mêlée à ce nouveau conflit…

La guerre entre la Terre et les PLANT étant maintenant ancrée, le Minerva quitte rapidement Orb, qui est prête à rejoindre la Fédération Atlantique. Néanmoins, le vaisseau sera tenu en embuscade par une flotte terrienne…

Shinn est félicité pour ses exploits face à la flotte terrienne. Sur Orb, alors que Yuna met la pression à Cagalli concernant leur possible mariage, Kira et ses camarades sont attaqués par un commando armé qui vise étrangement Lacus.

Suite à l’attaque ratée d’un commando de Coordinateurs, Kira, Lacus et leurs compagnons décident d’agir de leur côté et de faire renaître l’Archangel. Leur première mission sera de secourir Cagalli de son propre mariage…

Kira explique à Cagalli la raison de leur geste. Pendant ce temps, Asran rallie le Minerva et est étonné d’apprendre qu’Orb a pactisé avec la Fédération Atlantique. Pour l’heure, le Minerva se prépare pour sa prochaine mission.

Le Phantom Pain prend en embuscade le Minerva et le Nyiragongo. L’équipage de ZAFT ne se laissera pas faire, notamment Shinn, surtout quand il verra qu’une base ennemie est en construction non loin du champ de bataille.

La faction Clyne doute de la sincérité du président Durandal, depuis la tentative d’assassinat de Lacus et l’apparition de Meer qui usurpe son identité. Plus loin, le Minerva arrive à la base de Mahamul et se prépare pour la suite.

Le Minerva va soutenir la base de Mahamul pour calmer la répression à Suez. Il leur faut détruire le Lohengrin de l’Alliance Terrienne qui empêche tout passage dans le canyon de Gulnahan. Asran a un plan en tête, et Shinn en sera la vedette…

À la base de Diocuia, où se tient un concert de Lacus Clyne, le président Durandal invite Asran, Shinn, Lunamaria, Rey et le capitaine Gladys à converser. Après les avoir félicités pour leurs exploits, il leur avoue la triste vérité sur cette guerre.

Shinn explique comment il a vécu la précédente guerre : sa vie paisible en famille à Orb, chamboulée du jour au lendemain, et les choix auxquels il n’était pas préparé et qu’il a pourtant dû faire…

En permission à Diocuia, Asran fait la rencontre de Heine, membre du Faith et bientôt affecté au Minerva. Plus tard, Shinn profite d’une balade en solitaire et tombe sur Stella, qu’il sauvera de la noyade.

Au pied du mur, l’Alliance Terrienne se tourne vers Orb pour lancer leur prochaine offensive contre ZAFT, en mer Noire. Alors que Heine crée la bonne ambiance sur le Minerva, Asran se demande s’il pourra combattre Orb…

L’Archangel crée la stupéfaction et la confusion en venant se mêler à la bataille entre ZAFT et l’Alliance Terrienne, soutenue par Orb. Cagalli exige que son pays n’intervienne pas dans ce conflit armé, mais les mots suffiront-ils pour cela ?

Perturbé par l’intervention de l’Archangel qui aura coûté la vie à Heine, Asran décide de prendre contact avec le vaisseau et demandera pour cela l’aide de Miriallia. Par ailleurs, Shinn et Rey doivent inspecter un laboratoire désaffecté.

ZAFT et l’équipage du Minerva prennent d’assaut le laboratoire de Lodonia, suite à la découverte de Shinn et Rey. Ils découvriront la terrible vérité derrière les origines des Évolués de l’Alliance.

Shinn emmène Stella sur le Minerva, tentant tout pour la sauver et la protéger, comme il lui avait promis. Sur l’Archangel, Lacus annonce à Kira qu’elle a décidé de rejoindre l’espace pour mieux comprendre la situation sur les PLANT.

Jibril met la pression à Néo pour éviter un autre échec face au Minerva. L’Alliance Terrienne et Orb vont donc une nouvelle fois devoir s’en prendre au vaisseau de ZAFT, qui tente de rallier Gibraltar.

Encore une fois, la bataille fait rage. Le Minerva est en très mauvaise posture face aux Forces Terriennes et Orb, mais l’Archangel interviendra à nouveau. Cagalli réussira-t-elle cette fois à se faire entendre des siens ?

Seul dans son bureau, le président Durandal tente de savoir comment Lacus Clyne et Kira Yamato ont pu se rencontrer… Était-ce le destin ? Il se souvient alors des paroles de son vieil ami, Raw Le Creuset.

Le capitaine Amagi et ses camarades décident de rejoindre l’Archangel, comme leur a conseillé le colonel Todaka avant de se sacrifier. Sur le Minerva, Shinn apprend que Stella est condamnée et prend alors une décision irrévocable…

Shinn et Rey sont mis aux arrêts suite à leur méfait et risquent gros. Plus loin, l’Alliance Terrienne prépare un gros coup en Eurasie occidentale, grâce à leur nouveau Mobile Suit, le Destroy, qui sera justement piloté par Stella.

L’Alliance Terrienne continue son avancée avec le Destroy qui détruit tout sur son passage. L’Archangel et le Minerva interviennent enfin pour l’arrêter, mais Shinn ne sait pas encore que Stella est aux commandes de ce Mobile Suit gigantesque…

Shinn est bien décidé à se venger. Asran apprend plus tard que Rey et lui étudient de près le comportement du Freedom… De son côté, le président Durandal a une annonce de la plus haute importance à faire au monde entier.

Le président Durandal a été clair : le Logos est le véritable ennemi à abattre. Alors que le monde est en phase de changer, le Minerva est convié à rejoindre l’opération Angel Down, qui consiste ni plus ni moins à abattre l’Archangel et le Freedom.

Shinn est félicité pour avoir réussi à détruire le Freedom, sauf par Asran, qui sait ce que tout cela implique. L’Archangel a pu prendre la fuite, et le Minerva rejoint alors Gibraltar, où le président Durandal a une surprise pour Shinn et Asran.

Après avoir dévoilé le Destiny et le Legend, Gilbert Durandal est confronté à Asran qui lui demande des explications concernant l’ordre de détruire l’Archangel. Le jeune homme doute du président et fait le choix de déserter le plus vite possible…

Shinn et Rey sont sommés d’arrêter Asran, mais la présence de Meyrin à ses côtés vient semer la confusion. Pour Rey, les deux sont complices et il obtient le droit de les abattre. Shinn sera-t-il capable de leur donner le coup de grâce ?

Menées par le Minerva, ZAFT et une partie des Forces Terriennes s’allient pour attaquer la base de Heaven, où se sont retranchés les derniers membres du Logos. Par ailleurs, Asran et Meyrin sont soignés sur l’Archangel, de retour à Orb.

Sur Mendel, Da Costa trouve des notes sur le plan Destiny de Gilbert Durandal, qu’il ramène à Lacus et le commandant Waldfeld. Néanmoins, l’Eternal se fera repérer et devra appareiller plus tôt que prévu, au grand dam de Kira, encore sur Terre et impuissant…

Shinn et Rey sont promus Faith par le président. ZAFT apprend que Jibril a trouvé refuge à Orb et ordonne donc à cette nation de le leur livrer, mais Yuna préfère nier. Le pays se retrouve encore à feu et à sang, et Cagalli décidera d’agir.

Du point de vue d'Athrun et de Kira, ils se remémorent chacun le parcours qu'ils ont vécu jusqu'à présent.

Maryu permet à Néo de quitter l’Archangel, pendant que Meyrin décide de rester aux côtés d’Asran. La bataille d’Orb fait rage, et alors que le Destiny prend l’avantage sur l’Akatsuki de Cagalli, du renfort inattendu viendra à la rescousse.

Shinn et Rey tentent d’éliminer le Strike Freedom, mais Kira pourra compter sur le soutien d’Asran. ZAFT commence petit à petit à être désavantagée dans leur combat contre Orb, surtout que Jibril reste introuvable.

L’apparition de la vraie Lacus à la télévision a créé la confusion générale depuis que cette dernière a déclaré ne pas soutenir le président Durandal. Sur la base lunaire de Daedalus, Jibril s’apprête à utiliser son arme ultime, le Requiem…

Un mouvement de panique sans précédent prend place sur les PLANT, depuis que le Requiem a détruit certaines de leurs colonies. Le Minerva est convié à intervenir avec la flotte lunaire afin de détruire cette arme diabolique.

L’Archangel a rejoint la cité lunaire Copernicus. Asran, Kira, Lacus et Meyrin profitent d’un moment de détente dans la ville, mais ils reçoivent un message de détresse de Meer… La jeune fille est en danger de mort !

Le corps sans vie de Meer est emmené sur l’Archangel. Lacus et ses camarades trouvent dans ses affaires son journal intime et découvrent le passé de la jeune fille. Plus tard, le président Durandal annonce l’application de son plan Destiny.

Le plan Destiny est en marche, mais les nations de la Terre, à l’exception d’Orb qui est contre, ne savent pas encore quel choix faire. Alors que Rey dévoile ses ambitions et sa maladie à Shinn, le président Durandal décidera d’accélérer les choses à sa manière…

L’Archangel, l’Eternal et la flotte d’Orb tentent de détruire la station 1 du Requiem avant qu’il ne tire à nouveau. Le président Durandal s’entretient avec Rey et Shinn. Ce dernier est confus dans sa tête, mais Rey continuera son bourrage de crâne.

La flotte d’Orb se démène corps et âme pour atteindre et détruire le Requiem, mais le Minerva barre la route à l’Archangel et à l’Eternal. Pendant qu’Asran affronte Shinn, Kira fait face à Rey, le fantôme de Raw Le Creuset.