Dents de Sabre fait une fois de plus parler de lui en attaquant les humains. Le Fauve et jubilée le neutralise et le ramène à l'Institut. Mais il s'avère que derrière l'apparence du mutant bestial se cache une entité techno-organique qui prend rapidement contrôle de l'institut et neutralise tout les X-Men à l'exception du Fauve. Dans sa fuite, ce dernier fait la connaissance de Warlock lui aussi poursuivi par l'agresseur appelé Phalanx.

Le Fauve, Forge et Sinistre cherchent un moyen pour combattre et détruire le Phalanx et leur quête les amène jusqu'à l'île de Muir. Après avoir trouvé un virus ayant un effet dévastateur, ils sont attaqués à nouveau et l'île de Muir est assimilée. Ils s'enfuient vers l'Arctique et espèrent rallier Magneto pour le combat de la dernière chance.

Les Force Armée US récupèrent Omega Red et lui proposent un marché : il doit neutraliser un sous-marin nucléaire russe transportant des têtes nucléaires et en échange, il pourra redevenir un humain normal. Le soviétique accepte le marché à une seule condition : être secondé par Serval et Tornade, les responsables directs de son emprisonnement dans la glace.

Scott décide de quitter les X-Men et part de l'Institut. Il se rend à son ancien orphelinat où il est accueilli à bras ouvert. Mais encore une fois, des problèmes le rattrapent et le X-Man ne reste pas endormi très longtemps.

Jubilée apprend à conduire avec Logan sans grand succès. Un mystérieux jeune homme blond à la chance insolente leur tombe dessus, poursuivi par Spirale et Gog. Ils sont vaincus par Jubilée, Serval et Longshot et contraints à fuir et à présenter leur échec à Mojo.

Graydon Creed est traduit devant ses pairs des Amis de l'Humanité qui le mettent face à son passé. Pendant ce temps, Kurt Wagner va demander de l'aide et des conseils aux X-Men pour trouver sa mère. Alors que Jubilée et Serval doivent rapidement combattre des fanatiques anti-mutants, Rogue et Diablo se retrouvent en face d'une connaissance familière.

Les éléments se déchaînent et deviennent incontrôlables. Tornade semble très perturbée et perd le contrôle. Elle est sauvée par un beau jeune homme du nom d'Arkon qui l'emmène avec lui sur sa planète, Polémachus. Mais les X-Men n'abandonnent pas un des leurs et partent à la poursuite du " ravisseur ".

Tornade vient à bout des éléments et des tempêtes sur Polémachus. Elle tombe amoureuse de son ravisseur et leur mariage est organisé en grande pompe. Toutefois les autres X-Men constatent des dysfonctionnement chez leurs hôtes et ils finissent par voir l'envers du décor.

Cortez sert Apocalypse (coincé dans un autre plan astral). Cortez veut enlever Jubilé pour qu’Apocalypse s’incarne en elle. Finalement Apocalypse prendra le corps de Cortez.

Jubilé s’occupe d’adolescents. Épisode type transposition des héros dans une autre réalité le temps d’un conte.

En voyage à Paris, Logan est rattrapé par ses souvenirs. En 1944, alors qu'il faisait parti des Forces Spéciales, il reçoit la délicate mission d'arracher un scientifique français des nazis. Pour ce sauvetage, on lui octroie un allié de choix : Capitaine America.

Le jeune Samuel Guthrie sauve de la mort son père et un autre mineur grâce à son pouvoir mutant et devient un héros local. Rapidement, une branche spéciale du gouvernement le contacte afin qu'il rejoigne l'armée et manipule la population pour provoquer son départ.

L'incroyable histoire d'un scientifique du siècle dernier nommé Nathaniel Essex. Ce célèbre et talentueux scientifique anglais est l'un premier à avoir travaillé sur la mutation et le gène X. Mais rapidement, son esprit est corrompu par son travail et il devient un sinistre personnage.

Le professeur Xavier est victime d'un attentat lors d'une conférence pour la paix entre humains et mutants. Alors que Xavier se bat entre la vie et la mort, les mutants du monde entier prennent les armes derrière Magneto. Seuls les X-Men se dressent pour empêcher le désastre d'un affrontement final entre humains et mutants.