L'Hikikomori Jintan est perplexe lorsque son amie d'enfance décédée Menma apparaît soudainement un jour et lui demande de réaliser son souhait.

En voyant Poppo à la base secrète, Jintan révèle que Menma est apparue pour lui demander de réaliser son souhait. Poppo le croit et lui donne des conseils.

Jintan essaie de retourner à l'école, pensant que cela pourrait être le souhait de Menma. Poppo invite tous les Super Peace Busters à la base secrète.

Yukiatsu dit à Jintan et à ses amis qu'il a vu Menma dans les bois. Jintan est certain qu'il ment mais va quand même avec ses amis pour découvrir la vérité.

Jintan découvre la personne que Yukiatsu voyait dans les bois. Il ne s'agissait que de Yukiatsu lui-même, encore tourmenté par les fantômes du passé...

Essayant de comprendre le souhait de Menma, Jinta décide de faire enfin son retour à l'école. Cependant, son retour est éclipsé par des rumeurs sur Anaru...

Anaru s'est enfui de chez lui et vit dans la base secrète. Jintan lui dit qu'elle ne peut pas manquer l'école ou être loin de chez elle pour toujours. Anaru prend une décision.

Jintan a un plan pour réaliser le souhait de Menma, mais le père de Menma est opposé à l'idée. Jintan essaie alors de persuader la mère de Menma.

Les Super Peace Busters se rend chez Jinta mais Menma est incapable d'écrire ailleurs que dans la base secrète. Ils décident alors de réaliser ensemble le souhait de Menma.

Jinta demande à Menma si elle préfère rester ici pour qu'ils puissent être ensemble, ce à quoi Menma répond qu'elle envisage d'aller au paradis et de se réincarner.

La cérémonie pour aider Menma à mourir ne s'est pas déroulée comme prévu. Ils sont alors frustrés et dévoilent leurs sentiments. Menma commence à disparaître.