Alors que Ben et ses amis sont en vacances, une navette atterrit dans le lieu de vacances de ceux-ci. Elle contient une jeune fille capable d'absorber la faculté des animaux. Qui est-elle et pourquoi Séparator est à sa recherche ?

Fusée part sauver Baz-L qui a été capturé par des gardiens d'un temple car il a pris l'œil de la sentinelle. Julie demande l'aide de Ben mais celui-ci refuse. Elle part donc avec Kevin et Gwen. Ben raconte à Jimmy ses problèmes et celui-ci lui dit d'aller parler à Julie. Ben réussira-t-il à parler à Julie? Fusée réussira-t-il à sauver Baz-L?

Ben et ses amis partent au royaume de Zarcovia pour répondre à l'appel du roi. Le prince, quant à lui veut renverser le roi et prendre sa place. Il se sert du docteur Viktor en le controlant pour anéantir Ben, Gwen, Kevin et le roi. Après cela, Gwen libère le roi mais il compte transférer son âme à l'intérieur du corps du Dr Viktor en utilisant l'un des aliens de Ben...

Jimmy a repéré une plante alien. Il demande à Ben d'aller voir. En ressortant, il semble bizarre. En ne lui faisant pas confiance, il demande l'aide de Kevin et Gwen mais eux aussi ont l'air bizarre. Il découvre que ce ne sont que des clones qui veulent l'éliminer. Mais où sont passés Ben, Gwen et Kevin?

La cousine de Gwen, Sunny, est en vacances chez Gwen. La mère de Gwen demande à Gwen de lui tenir compagnie et de la prendre si elle sort. Ben, Gwen et Kévin découvre par la suite que Sunny est une anodite ...

Les puces aliens électroniques semblent de retour et attaquent Ben en prenant la forme de Victor Validus.. Ben et ses amis enquêtent et découvrent que Validus est mort il y a quelque temps. Ben va voir Elena et semble cacher quelque chose ...

La confrérie des chevaliers libère par mégarde une créature capable de contrôler les esprits. Ben et ses amis vont tenter de le renvoyer d'où il vient.

Ben, Gwen et Kevin sont envoyés à l'académie des plombiers pour être formés. Si Gwen et Kevin respectent leur formateur, Maître Ulka, Ben et Tak eux lui désobéissent. Plus tard, plusieurs indices montrent que quelqu'un en veut à Maître Ulka...

Gwen a plusieurs choses à faire : aider Ben et Kevin à capturer le Dr Animo, assister au concert de son amie, rédiger des invitations pour sa mère, aider Kevin dans ses études et passer ses examens...Va-t-elle y arriver ?

Eon est de retour et attaque Ben 10 000, Ben 20 ans plus tard. Ben 10 000 le bat mais Eon le trompe en attaquant celui du présent. Paradox arrive et amène Ben 10 000 au présent. Ensemble, les 2 Ben vont essayer de détruire la main d'Armaguédon, ce qui n'est chose facile...

Cet épisode nous montre la rencontre de Max Tennyson et de Verdonna Tennyson.

La zone 51 a été détruite par George et cache une prison alien créée par le colonel Rozeum. Un des prisonniers s'est échappé et en veut au colonel Rozeum en s'en prenant à sa famille...

La confrérie des chevaliers décide de renvoyer tous les aliens de la planète Terre sur leur planète respective. Argit demande de l'aide à Ben, Gwen et Kevin.

Simian libère un Xénocyte sur sa planète et transforme toute la population en Alien ADN. Ben Gwen, Kevin et Unice vont devoir les soigner.

Quelqu'un envoie des robots appelés Techadons sur Terre pour éliminer Ben et il semblerait que chaque nouveau robot soit plus fort que le précédent.

Vilgax est de retour mais est toujours affaibli à cause de son dernier combat contre Ben. Il se fait passer pour Diagon, alien vénéré par "Le Cercle des Gardiens de la Flamme".

Albedo se fait passer pour Ben pour gagner de l'argent en organisant un spectacle afin de construire une mystérieuse machine.

Julie part pour un tournoi de tennis. Plus tard, Ben voit Julie, qui devrait être à son tournoi. Elle lui dit qu'il compte beaucoup pour elle. Alors que Ben décide à son tour de lui faire plaisir en regardant le replay du match de la veille, il aperçoit alors Julie... Qui est l'imposteur ?

Le trio se bat contre un robot. Alors que Ben se transforme en Ultimate Enormosaure, quelque chose semble avoir pris contrôle de Ben. Plus tard, Ben se retrouve à l'intérieur de l'Ultimatrix devant ses 6 formes ultimates, qui veulent le tuer afin d'être libres.

Ben, Gwen et Kevin ont affaire à un monstre fait à partir des déchets de la mer qui a enlevé des personnes.

La mère des frères Vreedles veut se servir de l'océan de la Terre pour faire naître des milliers de Vreedles.

Vilgax (qui se fait passer pour Diagon) et le cercle des gardiens de la flamme vont chercher le cœur de Diagon, où est plantée une mystérieuse épée. George et la confrérie des chevaliers doivent la récupérer.

George, en récupérant l'épée, regagne sa jeunesse et affirme être le premier chevalier de la confrérie des chevaliers. Après un court combat, Azmuth révèle au trio l'histoire de Diagon et George.

Inspecteur 13, qui est celui qui crée les Techadons, est à la recherche de l'Ultimatrix. Il enlève alors Ben. Gwen et Kevin le retrouve dans le vaisseau de l'inspecteur. Lorsque Ben veut se transformer, ce sont finalement Gwen et Kevin qui sont transformés en aliens...

Gwen veut sauver l'Enchanteresse qui est restée coincé dans son monde.

Darkstar fait son retour et réussit à ouvrir le portail qui mène au domaine du léger. L'enchanteresse en tombe amoureuse et Darkstar en profite pour absorber son énergie...

Jennifer Nocturne libère Captain Nemesis, qui veut se venger de Ben pour ce qu'il a fait. Durant un combat entre Nemesis et Ben, Ben se casse un bras...

Le Dr Animo réussit à transformer des œufs de poule en œufs de dragon...

Ben se réveille et ne voit personne de son entourage. Il se retrouve opposé à ses grands ennemis par la suite, et même Julie, Gwen et Ultimate Kevin...

La guerre entre la Confrérie des Chevaliers et le Cercle des Gardiens de la Flamme commence. Ben, Gwen et Kevin décident de s'en mêler pour éviter le retour de Diagon. Vilgax fait son retour avec de nouveaux pouvoirs, et a fusionné avec un Lucubra...

Tandis que Gwen et Kevin recherchent un moyen de détruire le portail renfermant Diagon, Ben et George sont confrontés à Vilgax. Lorsque Diagon est finalement libéré, après un combat entre lui et Ultimate Géant, il tue George, qui était le seul espoir. Psyphon, qui réussit à capturer Diagon, le fait rentrer dans Vilgax qui est plus puissant que jamais. Il veut vaincre son vrai ennemi : Ben...

Tandis que Gwen et Kevin recherchent un moyen de détruire le portail renfermant Diagon, Ben et George sont confrontés à Vilgax. Lorsque Diagon est finalement libéré, après un combat entre lui et Ultimate Géant, il tue George, qui était le seul espoir. Psyphon, qui réussit à capturer Diagon, le fait rentrer dans Vilgax qui est plus puissant que jamais. Il veut vaincre son vrai ennemi : Ben...