Saori Kido veille avec attention au maintien de la paix sur la Terre et sur un jeune enfant nommé Koga, jusqu'à ce qu'un envahisseur provoque le chaos quand il attaque Athéna et le bébé. Koga est sauvé d'une mort certaine par l'arrivée du Saint D'or du Sagittaire Seiya. Plusieurs années plus tard, Koga a bien grandi et vie sa vie de la façon qu'il l'a choisi. C'est sans compter sur une nouvelle attaque de l'ennemi, le Dieu Mars, qui va bouleverser son destin.

Koga est inquiété par la disparition d'Athéna et s'en veut de n'avoir pu la protéger. Bien décidé à maîtriser son Cosmo pour sauver sa déesse, Koga part au centre d’entraînement des Chevaliers et rencontre en route Soma, le Saint de Bronze du Lionet, qui lui enseigne les bases du Cosmo.

Koga arrive à la Palestre, guidé par Geki du signe de l'Ours. Il est alors accueilli par des apprentis Chevaliers, qui s'approchent d'abord de lui avec hostilité. Il fait la rencontre de Yuna, jeune Chevalier féminin, qui lui parle de sa constellation et du code qui guide les femmes Chevaliers.

Ryuho, le fils du légendaire Bronze Chevalier Shiryu du Dragon revient à Palestre, après une courte absence. Les jeunes apprentis Chevaliers sont soumis à un entraînement rigoureux pour maîtriser leur élément.

Les jeunes Chevaliers de bronze sont conduits par Geki au camp de l'enfer, qui est plein de pièges mortels où ceux qui survivent sont éligibles au rang de Chevaliers d'argent. Koga et Soma doivent travailler ensemble pour surmonter les obstacles, surtout que Sōma doit éviter l'hostilité de son camarade le Saint Argo et les souvenirs de son passé.

Le tournoi commence et les chevaliers combattent avec beaucoup d'anticipations. Les jeunes chevaliers de Bronze s'engagent mutuellement dans des batailles féroces, mettant leurs capacités à l'épreuve. Koga parvient à décrocher sa première victoire après une dure bataille, grâce aux conseils de Soma. Tout les autres chevaliers sont intrigués par le pouvoir apparemment énorme de Orion Eden.

Le tournoi continue. Geki et Koga se lient d'amitié alors que le chevalier expérimenté enseigne au nouveau venu les mystères du Cosmo et qu'il se souvient de sa cuisante défaite face à Seiya plusieurs années auparavant. Après avoir remporté son premier combat, Koga se retrouve face à Soma et tous les deux se lancent dans une bataille acharnée.

Après sa victoire sur Sōma, Koga sent un cosmos qui lui semble familier et qui s'approche, il reconnaît celui d'Athéna. Il se rend à sa rencontre et à sa grande surprise, il ne trouve pas Athéna, mais une frêle jeune fille, ainsi que Ionie du Capricorne qui se révèle être un Gold saint. Ionie révèle aussi sa vraie allégeance à Mars, et révèle leurs plans à Koga qui est très choqué.

Koga est retenu prisonnier, c'est alors qu'il fait la connaissance d'un mystérieux chevalier : celui du Loup. Mars a décidé de détruire la Palestre et tout les chevaliers qui y sont.

Les jeunes chevaliers de Bronze viennent de pénétrer dans la tour de Babel, ils réussissent à sauver la fille qui prêtent être Athéna. Elle révèle à Koga que son nom est Aria, pressentant une menace imminente, Koga, Yuna et Aria décident de quitter cette tour, mais un chevalier d'or se dresse devant eux, celui de la constellation du Lion.

Alors que Yuna et Aria arrivent dans un petit village, Mars envoie Sonia, la plus puissante des Martiens, ainsi que deux Chevaliers d'Argent à leur poursuite. Rapidement retrouvées grâce au don de pisteur de l'un des Chevaliers d'Argent , les deux jeunes filles se réfugient dans une église. Aria reste cachée tandis que Yuna s'élance au devant de l'ennemi pour l'affronter.

Soma est pourchassé par le chevalier d'argent du loup, mais un des chevalier légendaire intervient pour l'aider celui qui fût jadis le chevalier de Bronze de la constellation d'Andromède.

Koga et ses amis poursuivent leur voyage tout en escortant Aria et se retrouvent face à un tourbillon protégeant l'un des cinq noyaux nécessaires au bon fonctionnement du plan de Mars.

Nos héros arrivent dans une région couverte de neige qui se trouve être le pays natal de Yuna. Alors qu'elle raconte à ses amis les détails de son enfance, elle ressent un cosmos qui n'est autre que celui de son mentor Pavlin et s'engage avec elle dans un terrible combat lorsqu'elle apprend son allégeance à Mars.

Koga est ses amis sont sur la piste du second noyau lorsque Haruto se présente à eux. Il les informe qu'une ville est à proximité et qu'il sont suivis par une personne qui se révèle être Ichi, chevalier ayant connu Seiya. Mais la rencontre de nos héros avec ce singulier personnage n'est que la première des surprises qui les attendent.

Afin de se rendre aux Vestiges suivants, Koga et ses compagnons doivent prendre un bateau. Mais Yuna s'aperçoit qu'elle n'a plus le porte-monnaie contenant tout leur argent. Ils sont alors contraints de travailler pour Paulo, un vieil homme qui tient une pension avec sa femme. Mais avec un escadron de Martiens à leur poursuite, leur journée s'annonce mouvementée...

Les Chevaliers de Bronze traverse un désert dans lequel ils rencontrent une enfant originaire du peuple de Jamir alors qu'elle accomplit une mission pour son mentor, le réparateur d'armure. D'abord farouche, elle guide par la suite nos héros à travers les pièges du désert . C'est alors qu'un Chevalier d'Argent à la solde de Mars se décide à attaquer le groupe.

Après s'être précipité à l'intérieur du vestige du feu, Soma se retrouve face à la redoutable Sonia. Il la reconnaît : c'est elle qui a assassiné son père. Aveuglé par la colère, Soma entame un combat qu'il risque de perdre s'il ne parvient pas à dominer ses émotions...

Les jeunes chevaliers arrivent au Pic des Cinq Vieillards, qui abrite le Vestige de l'Eau. Ryuho y affronte Mirfak, le Chevalier de Persée, armé du bouclier de Méduse.

Koga, Yuna et Aria font route vers le dernier Vestige encore debout : Le Vestige de la Foudre. De son côté, Eden décide d'aller récupérer Aria par lui-même

Accompagné d'autres jeunes Chevaliers, Koga part en campagne pour retrouver la véritable Athéna et déjouer les plans de l'infâme Mars.

Aux côtés de Ryuho, Haruto retourne sur les terres du clan Fuji. Fidèle à ses habitudes, il laisse son ami dans la forêt et poursuit son chemin en solitaire.

A nouveau réunis, Koga, Yuna, Ryuho et Haruto se lancent à l'assaut de la forteresse de Mars pour secourir Aria. Soma ne tarde pas à les rejoindre.

Les chevaliers découvrent qu'Aria et Eden sont partis au Vestige de la foudre. Ils décident de s'y rendre et sur le chemin, croisent la route de Shaina.

Les chevaliers de Bronze sont happés par les ténèbres et s'éveillent dans un monde fantasmagorique et effrayant. Ils doivent maintenant faire face à l'événement le plus traumatisant de leur enfance et surmonter leurs regrets pour s'échapper...

Soma et Sonia sont contraints de revivre un souvenir commun : celui de la mort de Kazuma, le père de Soma. De leur côté, Koga, Aria et Eden sont confrontés à leurs souvenirs les plus sombres...

Aria a pris sa décision. Elle veut répandre sa lumière sur le monde existant et non sur le nouveau monde que Mars veut créer. Elle aide Eden et Koga à échapper à leur passé tourmenté et les libère de l'illusion. Les chevaliers sont de nouveaux réunis quand Mars fait son apparition...

Mars a blessé mortellement Aria avant de s'emparer de son Cosmos de lumière. Il laisse les chevaliers pour morts avant de retourner dans sa forteresse en compagnie de Sonia et Eden. Il apprend alors que les chevaliers d'Or se sont réunis dans les douze nouvelles maisons du Zodiaque...

Aria a utilisé ses dernières forces pour téléporter Koga et ses amis à l'entrée du chemin des douze maisons du Zodiaque. Ils ont douze heures pour les traverser et mettre un terme au plan de Mars. La première maison est gardée par Kiki, le chevalier d'Or du Bélier...