Sabo, le chef d'État-major de l'armée révolutionnaire, contacte Koala et les autres au royaume de Kedétrav. Il revient sur les choses dont il est accusé, mais quelqu'un qui écoutait l'appel prend une décision rapide et radicale.

Luffy et Chopper coulent dans l'eau gelée et tumultueuse avec la mystérieuse fillette. Jinbe essaie de les aider, mais la créature non identifiée attaque à nouveau. Pendant ce temps, le Sunny est touché par des torpilles, ce qui envoie le reste de l'équipage tout droit dans la mer.

Une jeune femme sort du robot géant et prétend être le Dr Végapunk, à la surprise générale du côté de l'équipage de Chapeau de paille. Pendant ce temps, Luffy, Jinbe, Chopper et Bonney atteignent la surface de l'île, où se dressent des bâtiments futuristes et où déambulent d'obscures créatures géantes.

Pendant que Luffy et Chopper s'émerveillent devant les machines futuristes, quelqu'un qui ressemble à Bartholomew Kuma les attaque. Quand Luffy veut riposter, Bonney l'arrête et révèle la relation stupéfiante qui la lie à Kuma.

L'équipage de Barbe Noire a tendu une embuscade à celui du Heart, dirigé par Law. Les principaux lieutenants de l'Empereur se servent de formidables Fruits du Démon divers et variés afin de couler les pirates du Heart et d'obtenir leurs retranscriptions des Road ponéglyphes.

Pendant que Law tente de résister à Barbe Noire, Pudding, fait prisonnière par Kuzan et Van Augur, fait appel à son troisième œil. En parallèle, sur Egg Head, Luffy, Chopper et Jinbe subissent les affres du fruit du Démon de Bonney. Alors que ces derniers tentent de calmer la jeune fille, ils en apprennent davantage sur le passé de son père.

Sur Egg Head, le groupe de Sanji parvient à se faufiler non sans mal à l’intérieur du laboratoire de Végapunk, sans se doute qu’un comité d’accueil les y attend. Pendant ce temps, Luffy et ses compagnons font une surprenante découverte quant à l’île.

Après leur avoir révélé la place qu’occupe Egg Head, Shaka délivre à Luffy et à son équipage la véritable histoire de l’île ainsi que des découvertes qu’il a pu faire jusqu’à présent.

Shaka révèle les secrets de la fondation de l'Armée révolutionnaire, et les conséquences pour cette organisation des relations entre Végapunk et Dragon. Pendant ce temps, Végapunk décrit son Fruit du Démon et le fonctionnement de ses clones à Luffy et ses compagnons.

Végapunk demande à Luffy de l'embarquer loin d'Egghead, après lui avoir révélé la stupéfiante histoire du robot géant antique. Rob Lucci et ses camarades du Cipher Pol arrivent sur l'île et demandent la permission d'amarrer leur navire au port.

Mené par Rob Lucci, le CP-0 s'invite sur Egghead, plongeant les ouvriers de l'étage de l'usine dans la confusion tandis que Shaka et les autres se préparent à riposter depuis le laboratoire. Atlas, en colère, s'avance vers les intrus afin de protéger la paix sur l'île.

La découverte de la maltraitance dont a fait preuve Lucci à l’égard d’Atlas provoque l’ire de Luffy, qui attaque sans sommation ce dernier. En parallèle, au Q.G. de la Marine, Sakasuki, informé des évènements se déroulant sur l’île d’Egg Head, somme Sentomaru d’intervenir pour stopper les agissements du CP-0.

Végapunk explique à l'équipage par quel moyen il a conféré des capacités issues de Fruits du Démon à ses Séraphins. Sur la terre ferme, Luffy affronte toujours un Lucci transcendé par sa forme éveillée, plus sauvage, alors que la fusée pour le laboratoire va bientôt décoller.

Sentomaru inconscient, le CP-0 possède désormais un contrôle total sur les Séraphins. Pendant ce temps, sur Egghead, Végapunk et ses satellites finalisent les préparatifs de leur évasion avec l’équipage. Malheureusement, la désactivation du Frontier Dome donne l’occasion aux membres du Cipher Pol de pénétrer au sein du laboratoire.

Sur le point de finaliser leur évasion, l’équipage du Chapeau de Paille constate que Végapunk manque à l’appel. Poursuivi par Bonney, celle-ci, folle de rage, lui ordonne de faire revivre son père. En parallèle, dans le Nouveau Monde, alors que l’équipage de Kid arrive à Erbaf, Garp et Hermep mettent le cap sur l’Île des Pirates afin de libérer Koby.

Désormais aux mains de Bonney qui le somme de lui révéler la vérité, Végapunk refuse de trahir la promesse faite à son ami, de peur de causer une souffrance innommable à sa fille. Pendant ce temps, Sanji et Franky, accompagnés de Lilith et d’Edison, se rendent dans la salle de contrôle afin de stopper les Séraphins. Zoro, quant à lui, poursuit son affrontement contre Kaku.

Premier clone créé par MADS, Sussy Buckingham neutralise Kaku, avant de devoir faire face à Lucci, furieux d’avoir été trompé. En parallèle, tandis que les membres de l’équipage, Edison et Lilith tentent de stopper les Séraphins, sur l’île du Sphinx, Marco rencontre un mystérieux personnage.

Remis partiellement de ses blessures, Sentomaru envoie de multiples Pacifistas Mark III sur l’île pour anéantir les agents du CP-0. Tandis que Luffy et Zoro sont chargés de la surveillance de Lucci et Kaku, Shaka mandate les autres membres de l’équipage afin qu’ils partent à la recherche du Dr Végapunk, porté disparu.

Bonney regarde les douloureux souvenirs de son père. Pendant ce temps, au laboratoire, Shaka s'aperçoit que quelqu'un coupe les communications et les caméras de surveillance.

Sans crier gare, les Séraphins attaquent l'équipage et les satellites de Végapunk. Ils refusent même d'exécuter les ordres des satellites ! Alors que Luffy et Zoro sont en mauvaise posture, Lucci et Kaku se réveillent et leur font une offre surprenante.

Lucci et Kaku du CP0, venus en mission à Egghead pour éliminer les sept Végapunk, demandent à Luffy et Zoro de les libérer pour combattre les Séraphins à leurs côtés. Évidemment, Luffy et Zoro ne l'entendent pas de cette oreille.

Face à la toute-puissance de leurs adversaires, Luffy, Zoro, Kaku et Lucci décident d’opter pour une nouvelle stratégie afin de défaire les Séraphins. Pendant ce temps, Nami, Zeus et Brook sont toujours aux prises avec S-Shark s’apprêtant à annihiler la jeune fille. Enfin, alors que Shaka pense avoir découvert l’endroit où Stella se terre, un terrible incident survient…

Stussy et Sentomaru discutent de la menace qui plane sur Egghead, alors que l'équipage continue de se battre contre les Séraphins, devenus incontrôlables. Pendant ce temps, dans un laboratoire souterrain, quelqu'un approche de Végapunk, retenu prisonnier.

Sur les côtes d’Erbaf, le maître des mers, Shanks le Roux, se confronte au téméraire capitaine de la Génération terrible, Eustass Kidd. Pendant ce temps, à Egghead, alors qu’un navire de Barbe Noire s’approche de l’île, la vérité sur York est enfin dévoilée.

Retenu à Ruche, l'île des pirates, Kobby obtient une chance de se libérer, mais il se sacrifie pour libérer les esclaves de l'île. Sa tête étant mise à prix très cher, des pirates venus des quatre coins de l'île le recherchent.

Un impressionnant navire de guerre vole au-dessus de Ruche, l'île des pirates. Sur le pont, le vice-amiral Garp lance une attaque dévastatrice pour sauver son disciple, Kobby, qui est sur le point d'atteindre le navire, escorté par Hibari…

Kuzan, un ancien amiral de la Marine, empêche Garp de secourir Kobby. Ancien élève du vice-amiral, l'ex-amiral Kuzan fait maintenant partie de l'équipage de Barbe Noire. L'heure est venue de savoir ce qui lui est arrivé après sa défaite contre Sakazuki…

L'ancien amiral en chef de la Marine Sengoku et la grande conseillère Tsuru discutent du meurtre du vice-amiral T-Bone et expriment leurs craintes au sujet de la Cross Guild. Pendant ce temps, Baggy fait un discours passionné à Crocodile, Mihawk et son équipage.

Sabo débarque au royaume de Kedétrav et explique ce qui s'est passé à la terre sainte de Marie Joie. Un mois plus tôt, durant la Rêverie, il s'était aventuré sur la terre des dieux en compagnie d'autres Révolutionnaires, où ils ont vu Bartholomew Kuma réduit à l'état d'esclave d'un Dragon céleste.

Pendant la Rêverie, à Marie Joie, Sabo tombe nez à nez avec Bonney, la fille de Bartholomew Kuma. Pendant ce temps, le roi Cobra du royaume d'Alabasta pose des questions gênantes aux Cinq Doyens.

Le roi Cobra est stupéfait de voir quelqu’un s’asseoir sur le trône vacant. Alors que ses hôtes essaient de le tuer, Sabo intervient pour lui sauver la vie. Blessé, le roi agonisant lui confie un message de la plus haute importance.

Vivi essaie de fuir la Terre sainte de Marie Joie avec Wapol tandis que Sabo, blessé, réfléchit à un moyen de communiquer le message du roi Cobra à Luffy et Vivi. Pendant ce temps, Imu ordonne aux Cinq Doyens de tester une arme effroyable.

Sur Ruche, l'île des pirates, le vice-amiral Garp, venu sauver Kobby, croule sous les assauts d'innombrables pirates. Pendant que les autres soldats de la Marine et lui tentent de fuir l'île, Kuzan, un ancien amiral, leur barre la route.

Avalo Pizarro, qui s'est mélangé à l'île des pirates, lève sa main géante en vue d'écraser le bâtiment de la Marine, et avec lui, les nombreux soldats et civils à son bord. Garp, blessé, donne des ordres à Kobby, Hermep et au prince Gles, avant de donner un coup de poing ravageur afin de sauver le bateau.