Carter lance une opération de secours pour retrouver l'équipe enfouie sous les décombres de la base de Michael. Pendant ce temps, celui-ci apprenant que sa base s'est auto-détruite, se rend sur place avec un vaisseau ruche et envoie ses hybrides pour capturer les survivants. Cependant, l'arrivée du Dédale pourrait bien nuire à son plan.

Le docteur Keller est victime d'une maladie contractée durant le sauvetage des survivants (voir épisode précédent). Parallèlement, avec les informations collectées dans la base de Michael, le sérum dont avait besoin Carson pour survivre est resynthétisé et ce dernier est libéré de sa stase.

Ronon est capturé par les Wraiths qui tentent de le transformer en adorateur par le biais d'un lavage de cerveau.

L'équipe de Sheppard enquête sur l'apparition inexpliquée d'un vaisseau identique au Dédale. Une fois à son bord, un pic d'énergie inexpliqué survient et la cité d'Atlantis n'est plus visible sur les instruments de bords alors que le vaisseau n'a pas bougé... du moins dans le sens conventionnel car il s'est "juste" déplacé dans une dimension parallèle.

Lorsque la cité d'Atlantis devient la cible des fantômes d'Asuran, mené par quelqu’un bien connu de l'équipe, que pourra faire cette dernière pour éviter qu'elle ne devienne un cimetière ?

Quand McKay est frappé d’une maladie de la Galaxie de Pégase qui le prive de son intelligence et de ses souvenirs, le faisant redevenir mentalement un enfant, que pourra faire l’équipe pour éviter qu’il ne sombre davantage ?

Sheppard et le docteur Beckett rejoignent une équipe d'exploration qui a découvert un laboratoire Wraith. Une première dans les séries Stargate, l'équipe SG qui a découvert le laboratoire est composée uniquement de femmes.

Lorsque Todd demande de l’aide à l'équipe pour protéger une alliance avec une autre ruche Wraith, Teyla est obligée de se déguiser en reine pour infiltrer le sommet. En contrepartie, Todd devra convaincre des Wraith d'utiliser la génothérapie du docteur Keller.

L’équipe vient en aide à un village menacé par l’arrivée des Wraiths. Cependant, lorsque le docteur Keller est enlevée par un Coureur, leurs plans doivent changer pour mener à bien la mission.

Daniel Jackson revient sur Atlantis afin de trouver des renseignements sur Janus, un scientifique Ancien qui aurait dissimulé un laboratoire dans la cité d'Atlantis.

Sheppard doit se lancer dans une course contre la montre pour sauver les docteurs McKay et Jackson - qui sont dans un laboratoire Ancien - avant que Todd, qui a pris possession du Dédale (voir épisode précédent), n'arrive le premier.

Lorsqu’un groupe de survivants au sérum Hoffan s’installe sur une nouvelle planète grâce à l’équipe d’Atlantis, ces derniers doivent convaincre les habitants de la planète de ne pas mettre à mort les nouveaux venus !

L'équipe de Sheppard part négocier avec une coalition de peuples humains de la galaxie de Pégase. En vérité, ce n'était qu'un prétexte pour attirer les terriens à leur propre procès. Ils sont notamment accusés d'avoir "créé" Michael et doivent s'expliquer sur la drogue Hoffan qui a fait des ravages sur de nombreux mondes. Woolsey doit se rendre lui-même sur la planète afin de négocier.

L'équipe se bat pour reprendre le contrôle d'Atlantis alors que la salle de contrôle est occupée par Michael et ses hybrides.

Alors que Sheppard a été enlevé et que Woolsey fait la connaissance de la mystérieuse docteur Conrad, l'expédition fait une découverte choquante sur la nature d'une ancienne race ayant vécue dans la galaxie de Pegase.

Accompagné du docteur Keller, McKay retrouve ses anciens rivaux sur Terre lors d'une démonstration scientifique qui va réserver des sueurs froides à tous les invités et une belle colère à McKay. En effet, l'appareil a été réalisé avec ses travaux sur les ponts de matière sans qu'il ne soit mis au courant... et ne peut plus s'éteindre comme il en a déjà fait l'expérience.

Le vaisseau-ruche de Todd apparait près d'Atlantis et demande de l'aide aux Atlantes car la génothérapie du docteur Keller ne se déroule pas comme prévu : le virus de Keller à contaminé le vaisseau ruche qui est en train de se faire détruire par ce même virus.

Subitement, une malfrate du nom de Nina Kerson se retrouve dans le corps du Docteur Keller et poignarde Zelenka qui pose trop de questions à son goût. Peu de temps après, l'équipe de Sheppard s'aperçoit que le docteur Keller n'est pas elle-même lorsqu'elle menace Rodney avec une arme pour s'enfuir en Jumper. Sheppard et son équipe vont donc essayer de remettre les choses dans l'autre.

Dans une dimension parallèle, un mystérieux tueur en série opère à Las Vegas. Ce dernier a recours à une technique inconnue car ses victimes ont toutes été drainées de leurs forces vitales. L'enquête est confiée au détective local, John Sheppard. Cependant, malgré sa longue expérience de ce genre d'affaires, il éprouve des difficultés pour résoudre cette affaire, étant confronté à un nouveau type de meurtrier.

Todd contacte Atlantis pour leur révéler qu'un Wraith subalterne a réussi à obtenir plusieurs EPPZ et qu'il les a utilisés pour alimenter un formidable nouveau vaisseau ruche. Il presse alors Woolsey d'attaquer et détruire ce vaisseau avant qu'il ne devienne une menace pour Atlantis. A bord du Dédale, le colonel Caldwell, le colonel Sheppard et le reste de l'équipe se précipitent pour engager cette nouvelle ruche. Mais ce nouveau vaisseau amélioré grâce aux EPPZ prouve qu'il est un très puissant adversaire, paralysant le Dédale avant de faire un soudain et inexplicable saut en hyperespace. Perplexe devant ce départ soudain des Wraith, l'équipe découvre un faible signal subspatial Wraith (voir épisode précédent). En l'analysant, McKay remarque vite que ce message a été envoyé, à travers le sous-espace, d'une autre réalité. Une fois déchiffré, leurs pires craintes se concrétisent. Le message Wraith contient les coordonnées de la Terre !