Pételgeuse et la Baleine morts, Subaru et Émilia sont enfin réunis, et on semble se diriger droit vers un dénouement plutôt heureux. À un détail près : Subaru se rend vite compte avec horreur que plus personne ne se rappelle qui est Rem. Qu’a-t-il bien pu arriver ? Un nouvel ennemi aurait-il pris la place de celui qui vient de mordre la poussière ?

Subaru et Émilia rentrent au domaine Roswaal, accompagnés par les villageois, pour découvrir un manoir presque vide… en tout cas, sans nulle trace du maître des lieux ni de Ram. Il semblerait que ces derniers soient toujours réfugiés au Sanctuaire, un lieu bien mystérieux puisque même Émilia ignore où il se trouve.

Alors qu’il chemine le long des couloirs sombres du bâtiment découvert dans les Bois perdus, Subaru est invité d’une manière fort peu conventionnelle à prendre le thé. D’ailleurs, que ce soit le breuvage servi, son hôtesse ou les propos échangés, rien ne sera très ordinaire dans cette rencontre…

Subaru retrouve temporairement ses parents et l’ambiance d'une famille un peu décalée mais aimante. On en apprend plus sur sa détestation de lui-même et les raisons qui l’y ont conduit, entre un père à qui tout le monde le compare et une mère un peu à l’ouest…

La première des épreuves du Sanctuaire s’achève pour Subaru sur une nouvelle confrontation avec Echidna. Bien que troublé par les propos de la sorcière, le jeune homme la remet fermement à sa place. Comme il le constatera en retournant dans le Tombeau, Émilia a eu moins de chance que lui… ou peut-être son passé était-il plus difficile à affronter ?

De retour dans le Tombeau, Subaru finit par avouer à ses amis qu’il a réussi la première épreuve du Sanctuaire, une nouvelle accueillie avec beaucoup de surprise, voire de scepticisme. Après avoir proposé de prendre la place d’Émilia pour la suite, ce qui vexe cette dernière et irrite Garfiel, il repart pour le manoir pour essayer de sauver ses occupantes.

Subaru a été tiré par Béatrice des griffes de la Chasseuses d’entrailles, mais loin de lui en être reconnaissant, il l’abreuve de reproches. Il s’aperçoit alors qu’elle détient un objet qui serait fort à sa place dans l’Étude interdite, si Subaru ne l’avait pas déjà vu dans les mains de Pételgeuse…

La fuite de Subaru hors du Sanctuaire se présente on ne peut mieux, puisqu’il sera aidé par deux alliés de choc. Le temps d’une petite conversation amicale avec Roswaal, et voilà notre héros prêt à se mettre en route, espérant rentrer rapidement au manoir pour secourir Frederica. Il a simplement oublié un petit détail : il y a quelqu’un au Sanctuaire qui ne veut absolument pas qu’il parte.

Pour la deuxième fois, Echidna et Subaru prennent le thé ensemble. Toujours aussi serviable, la sorcière propose à Subaru de rencontrer une de ses consœurs, celle qui a engendré les charmantes bestioles qui l’ont dévoré vivant. À charge pour Subaru de la convaincre de l’aider à les détruire, en évitant de se faire boulotter au passage…

Subaru, contraint au suicide par l’attaque de la Sorcière de l’Envie, se réveille aux côtés d’Émilia dans le Tombeau. Pour une fois, l’ambiance semble détendue, au Sanctuaire, et sa proximité éphémère avec la Sorcière lui a clairement donné une longueur d’avance. Armé de ses nouvelles connaissances, quelles découvertes Subaru va-t-il donc faire ?

Lors d’une nouvelle conversation dans la bibliothèque, la carapace de la Béatrice acerbe du début vole en éclats. Elle confesse sa souffrance à Subaru médusé et le supplie d’y mettre un terme. Évidemment, le jeune homme s’y refuse, mais ce n’est certainement pas le cas de la personne qui vient de franchir les portes de l'Étude interdite…

Nouvelle descente aux enfers pour Subaru qui découvre ce qui est advenu de ses amis après chacune de ses morts. Ou ce qui serait advenu… Entre le rêve d’une sorcière et la réalité, où se situe la frontière ? Face aux questions dont la bombarde Subaru, Echidna va révéler peu à peu son vrai visage.

Pour la première fois depuis bien longtemps, les sept sorcières sont réunies en un même lieu. Subaru, désorienté dans un premier temps par leur mentalité si différente de celle de simples mortels, va finir par écouter ce qu’elles ont à lui dire. Mais que pèsent leur soutien et leurs diverses démonstrations d’affection, parfois si ambiguës, lorsque ceux qui intriguent dans l’ombre semblent si acharnés à tirer Subaru vers l’abîme ?

Remis en selle par le savon qu’Otto lui a passé, Subaru se précipite dans la chambre de Roswaal pour lui proposer un marché en forme de pari. De son côté, la malheureuse Émilia va affronter une nouvelle épreuve, tandis que ses souvenirs commencent à refaire surface.

Otto fait courageusement face à Garfiel dans le but de gagner du temps à Subaru, parti retrouver Émilia. Ce dernier va avoir fort à faire pour la persuader que malgré tous ses défauts, ses sentiments sont intacts.

Voyant Garfiel déterminé à fermer l’entrée du Sanctuaire pour toujours, Subaru s’emploie à l’en dissuader en évoquant son abandon par sa mère. Face à l’entêtement du jeune homme, l’argument semble peu porter. Après avoir été mis en échec par Otto et Ram, Garfiel écoutera-t-il la voix de la raison, celle de Subaru et d’Émilia?