Un homme est retrouvé dans une forêt de la côte est des États-Unis, gravement blessé et amnésique. Très vite, un commando surarmé retrouve sa trace et tente de le tuer. En prenant la fuite, il se découvre une surprenante aptitude au maniement des armes, mais aussi des réflexes et une violence qu'il ne soupçonnait pas. La police et les services secrets le prennent eux aussi en chasse : on l'accuse du meurtre de la présidente des États-Unis. C'est le début d'une course effrénée pour retrouver son identité et comprendre le rôle qu'on lui fait jouer dans un complot qui touche le sommet de l'administration américaine. Il n'a qu'une piste : le mystérieux chiffre XIII tatoué sur sa clavicule...

Capturé par les services secrets de la Maison Blanche, XIII est torturé et interrogé sur ses supposés commanditaires. Avec l'aide de la NSA (National Security Agency), il parvient à s'enfuir et va tenter de remonter "La Conspiration" jusqu'au numéro 1. Après s'être débarrassé de La Mangouste, l'homme de main des conspirateurs, XIII déjoue l'attentat à la bombe visant un bureau de vote du Maryland, attaque censée traumatiser suffisamment le pays pour que Wally Sheridan, le frère de Sally Sheridan, perde l'élection.