Peter se souvient de tous les moments partagés avec sa meilleure amie Heidi.

La vieille chèvre Blanchette est morte. Heidi est inquiète car, restée seule, Noiraude dépérit. Avec Peter, ils envisagent d'acheter une nouvelle chèvre pour lui tenir compagnie, mais Grand-père n'a pas l'argent nécessaire...

C’est la foire au village de Dörfli. Heidi, Grand-père et Peter s’y rendent. La petite fille repère une jolie chèvre nommée Frou-Frou et déplore de ne pas pouvoir l'acheter…

Grand-père part avec Mason à l’ascension du Pic Blanc. Pendant leur randonnée, Heidi chasse son inquiétude en apprenant le français à Rico. Le petit italien se montre très doué.

Grand-père - qui se remet de sa chute - remarque que Rico s’éclipse tous les jours sans dire où il va. Heidi et Peter, eux, s’occupent des chèvres qui doivent participer à un concours. Alors qu’ils s’y rendent avec le petit italien, Mme Keller remarque sur les mains de Rico des rougeurs inquiétantes. Pour l’épicière, c’est la gale, une infection terriblement contagieuse. Les trois amis, les chèvres et même Grand-père sont mis en quarantaine. Pas de concours pour eux ! Heidi trouve cela injuste… d’autant plus que Grand-mère, qui connaît cette maladie, contredit le diagnostic de Mme Keller. Heidi perce finalement le secret des disparitions quotidiennes de Rico et comprend d’où viennent les rougeurs sur les mains du petit italien : en guettant en secret le retour de son père, il a fait une chute et s’est rattrapé à une plante urticante. La maladie n’étant pas la gale, les chèvres de Heidi et Peter peuvent participer au concours… et Frou-Frou gagne.

L’automne est là. Ce matin, Peter a fermé sa cabane et repris son trésor, qui reste à l’intérieur tout l’été. Dans ce trésor, il y a la montre héritée de son père - un soldat espagnol mort à la guerre - qu’il décide de porter à l’école afin de voir passer les heures plus précisément ! Mais en faisant un détour avant d’aller en classe, Peter perd sa montre dans le village. Heidi l’aide à la retrouver. Quand ils y parviennent, ils découvrent que c’est Mme Keller qui se l’est appropriée. Peter est hors de lui… et reprend sa montre de force. Dans la bagarre, le bijou se casse. Peter est catastrophé… et en prime, il découvre une inscription dans le boîtier qui contredit ce que lui a dit sa mère sur son géniteur. Motivé par Heidi, Peter va interroger sa mère – Brigitte - qui finit par lui avouer que son père n’était pas un soldat mais un horloger de passage à Dörfli… et qu’il n’est peut-être pas mort.

Pour la fête de l’automne, Mr Traber a une bonne idée : c’est Rico qui lancera les festivités en jouant du violon. Le petit italien est enchanté et Heidi aussi. Mais Theresa, elle, est outrée : traditionnellement, c’est William qui ouvre le bal en jouant du cor des Alpes. C’est intolérable ! Pour échapper à cette humiliation, Theresa vole le violon de Rico. Elle y parvient… et, après une course-poursuite dans les bois, quand l’italien retrouve son instrument avec l’aide de Heidi et Peter, celui-ci est brisé. Rico veut répondre œil pour œil… mais Heidi a une autre idée qui nécessite l’aide de Grand-père. Le soir, au lancement de la fête, Theresa jubile en voyant William prêt à jouer de son cor, comme les autres années. Mais Rico arrive… et sort son violon, réparé par Grand-père. Et c’est accompagné par le vieil homme - et son harmonica - que le petit garçon entame les premières mesures d’un morceau entraînant.

Un étranger arrive à Dörfli et demande si un petit garçon italien est arrivé dernièrement. C’est son père, Francesco. Mme Keller lui indique le chalet de Grand-père qui a accueilli son fils. Francesco est ravi de retrouver Rico… et pressé de repartir pour Marseille où il espère s’installer. Mais Rico n’a pas envie de repartir. Il aime la montagne, Heidi, Peter et Grand-père. Pour convaincre Francesco de rester, Rico et Heidi tentent de lui montrer les merveilles montagnardes. Malheureusement, rien ne se passe comme prévu et Francesco n’est pas séduit. Rico se résigne à partir… mais Heidi découvre sous le matelas du petit garçon les adorables statuettes que le petit garçon a sculptées, aux effigies de Grand-père, Peter… et elle. Elle court pour lui rendre et en les découvrant, Francesco comprend à quel point Rico est heureux dans sa famille d’accueil. Il décide de rester.

Peter demande à Grand-père de réparer sa montre cassée. Le vieil homme accepte… mais constate que ses mains tremblent quand il s’attèle à l’ouvrage. Inquiet, il ne dit rien à Heidi. Déçu, Peter prend une grande décision : aller à Frankfurt pour faire réparer son bijou et, en prime, tenter de retrouver la trace de son père. Mais comment payer le voyage en train ? Passant devant l’épicerie ou Mme Keller fait ses comptes, le chevrier ne résiste pas et lui vole quelques pièces. L’affaire prend une tournure catastrophique : les épiciers pensent que le vol a été perpétré par Rico ! Francesco et son fils sont accusés à tort. Heidi incite Peter à rendre l’argent discrètement. Le chevrier accepte… et manque se faire prendre. Heidi le sauve in extrémis, prétendant que Peter était dans l’épicerie pour proposer ses services à Mme Keller. L’épicière accepte. Rico et Francesco sont ainsi innocentés et dans quelques semaines, Peter aura sans doute gagné de quoi se rendre à Frankfurt.

Le médecin de Maienfeld a été formel : Grand-père doit aller consulter un spécialiste à Frankfurt. Le vieil homme refuse tout net. Agacé qu’on le traite comme un vieux malade, il part réparer le pont Meier en grognant. Inquiète, Heidi et Rico décident de le suivre pour s’assurer qu’il ne lui arrive rien. De son côté, Peter, qui travaille chez les Keller, entend les épiciers discuter avec Mr Mason de gisements et de filons… Intrigué, le chevrier veut en parler à Heidi. De son côté, Grand-père répare le pont Meier. En le surveillant, Heidi glisse et se met en danger… Elle est sur le point de tomber et Rico est trop jeune pour la retenir. Grand-père s’élance pour la sauver mais n’y parvient pas, ses mains lui faisant défaut. Peter arrive à temps pour éviter à Heidi une chute terrible. Grand-père se rend à l’évidence : sa faiblesse inexpliquée le handicape et aurait pu coûter la vie à sa petite fille.

À Frankfurt, alors qu’Heidi et Grand-père se sont installés chez les Sesemann, le verdict du docteur Beckman tombe : Grand-père doit absolument se faire opérer. Comme l’opération est risquée, Grand-père préfère retourner dans ses montagnes. Convaincue qu’il ne fait pas le bon choix, Heidi veut lui faire rencontrer Frida, une ex patiente du docteur Beckman, pour laquelle l’opération a été une réussite. Mais la jeune fille de 14 ans vit sous la coupe de Frau Decker, une marâtre qui l’exploite en l’obligeant à travailler comme vendeuse dans les rues. Pour que Frida n’ait pas d’ennuis le temps de son entretien avec Grand-père, Heidi prend sa place pour vendre toutes ses pommes. La tâche est rude. Heureusement, grâce à l’orgue prêté par Rudy et avec l’aide de Clara qui esquisse des pas de danse pour attirer les passants, toute la marchandise est écoulée. Lorsqu’Heidi retrouve son Grand-père, elle apprend avec soulagement que la jeune fille est parvenue à le convaincre de se faire opérer.

Grand-père va se faire opérer. Il discute avec le notaire afin de rédiger son testament au cas où l’opération tourne mal. Il souhaite protéger sa petite fille et la mettre à l’abri. En discutant avec le notaire, Grand-père se souvient des bons et moins bons moments à la montagne. Après avoir embrassé sa petite fille Grand-père part avec le médecin. Heidi, inquiète, reste confiante malgré tout. Et elle a raison, quelque temps plus tard le médecin revient et lui annonce la bonne nouvelle : l’opération est un succès !

Dépitées de découvrir que, faute de cavalière, monsieur Sesemann décline une invitation au grand bal d'hiver, Heidi et Clara se mettent en tête de lui trouver, à son insu, une amoureuse. Après avoir fait le portrait de la candidate idéale, elles réalisent que mademoiselle Linke, la professeure de danse de Clara, correspond parfaitement. Les deux fillettes font preuve d’astuce et d’imagination pour amener le père de Clara et la professeure de danse à passer un moment ensemble. Mais, pour que la magie de l'amour opère plus rapidement, elles s'en remettent à une bohémienne diseuse de bonne aventure. Celle-ci abuse de leur confiance en leur soutirant le bâton de rythme de mademoiselle Linke et de précieux boutons de manchette de monsieur Sesemann. Heureusement, Grand-père récupère les objets volés et lorsque les filles avouent leur malencontreuse idée à monsieur Sesemann, celui-ci leur révèle qu'il avait déjà une amoureuse : une certaine Elisabeth !

Clara a fait de grands progrès en danse et mademoiselle Linke lui confirme qu’elle est prête pour tenter le conservatoire. Folle de joie, Clara l’annonce à son père qui l’informe qu’il a décidé d’épouser Elisabeth. Malgré la joie qui règne dans la maison Clara peine à cacher sa tristesse. Elle a le sentiment que son père va oublier sa maman disparue. Aussi, lorsqu’avec Heidi elle soupçonne qu’Elisabeth cache quelque chose à son futur mari, elles décident de la suivre. Elles découvrent qu’elle a menti et qu’elle rencontre un homme mystérieux. Pour empêcher la signature du contrat de mariage, Clara feint d’être de nouveau paralysée après une chute dans l’escalier. Monsieur Sesemann découvre la supercherie et sermonne Clara qui s’enfuit de la maison pour aller sur la tombe de sa mère.

Heidi a la surprise de voir débarquer Peter à Francfort. Il a décidé de retrouver la trace de son père, l'horloger, Anton Bendorf. Soutenu dans ses recherches par Heidi qui fait appel à Rudy le garçon des rues, et Frida la petite orpheline, Peter accuse le coup en retrouvant son père dans un taudis, misérable et ruiné. Choqué par cette découverte, il n'ose lui dire qu'il est son fils. Heidi comprend que c'est suite au décès de sa femme que l'homme a perdu goût à la vie et que son commerce a périclité. Avec l'aide de Peter, elle le convainc d'intervenir sur l'horloge des Sesemann qui ne fonctionne plus. Dépassant ses craintes, l'horloger retrouve ses gestes sûrs et répare le mécanisme grippé. Encouragé par Heidi, Peter parvient enfin à lui dire qu'il est son fils.

Peter s'est installé chez son père qui l'a convaincu d'apprendre l'horlogerie. Mais, au départ très enthousiaste, Peter réalise qu'il n'est pas fait pour ce métier. Cependant, il ne sait pas comment le dire à son père qui a été choisi par les autorités de la ville pour réparer la grande horloge du beffroi de la bibliothèque. De son côté, Heidi découvre que Frida ne sait pas lire et se propose de le lui apprendre en cachette de Frau Decker, sa méchante logeuse. En examinant l'horloge du beffroi, Anton constate qu'elle a été très mal entretenue. Le responsable est un certain Herr Newmann qui, se voyant concurrencé et mis en défaut par Anton, sabote le mécanisme de l'horloge afin que celui-ci en soit rendu responsable. Heureusement, Peter, au péril de sa vie, escalade la façade du beffroi pour éviter la chute d'une des aiguilles.

Sous l'initiative de Grand-père, Heidi rend visite à Frida pour l'inviter au réveillon de Noël. La petite orpheline est ravie et lui confie que, maintenant qu'elle sait écrire, elle a décidé d'envoyer une petite carte à son frère Ulrich. Ayant confié sa carte à Frau Decker qui prétend la poster, Frida la surprend en train de la déchirer ! Elle découvre également que la marâtre lui ment depuis le début en lui faisant croire qu'elle doit travailler pour payer les parents adoptifs d'Ulrich. Malheureusement, Frida est impuissante devant Frau Decker qui l'enferme dans un cagibi. Inquiète de ne pas la voir, Heidi, aidée de Rudy et de Clara, découvre la situation. Ensemble, ils parviennent à libérer Frida qui réussit à récupérer une lettre portant l'adresse d'Ulrich. La soirée de Noël, où tout le monde est réuni chez les Sesemann, prend tout son sens. Peter a définitivement fait la paix avec son histoire paternelle, Clara a maintenant une vraie famille et Frida retrouve enfin son petit frère…

De retour de Francfort avec Grand-père, Heidi est heureuse de retrouver son ami Rico, ses montagnes chéries et ses sapins enneigés ! Malheureusement, une bien mauvaise nouvelle les attend : Pendant leur absence, une avalanche à détruit leur chalet. Malgré l’interdiction de Grand-père, Heidi et Rico escortés d’Hercule s’aventurent dans les décombres du chalet afin d’y récupérer quelques précieux souvenirs. Les enfants se réjouissent de retrouver des photos intactes et ils découvrent même une mystérieuse médaille… C’est alors qu’une déflagration provenant du Pic Blanc fait trembler ce qui reste de la charpente du chalet et qu’une poutre tombe sur Hercule. Le pauvre chien se retrouve coincé sans que nos deux jeunes héros puissent le sortir de là ! Heureusement, Grand-père aidé d’Henri Mason finissent par dégager Hercule à temps.

En surprenant une conversation entre les Keller et Mason, Heidi découvre que l'anglais a quelque chose à voir avec l'avalanche ayant détruit le chalet de Grand-père. Accompagnée de Rico, elle suit discrètement Mason jusqu'au Pic Blanc et met à jour son secret : Il n'est pas venu dans ces montagnes pour y faire du tourisme mais pour y chercher de précieux quartz C'est effectivement lui qui a provoqué l'avalanche en utilisant de la dynamite pour creuser une galerie dans la roche ! Pris en flagrant délit, l'anglais s'enfuit avec son trésor en abandonnant Heidi au fond d'une crevasse. Après bien des efforts, nos héros finissent par regagner le village sur une luge de fortune. Ils réussissent à prévenir Grand-père juste à temps pour que Mason soit arrêté.

En allant apporter un mandat à Grand-père, monsieur Keller est victime d'un grave accident. Ignorant les consignes de sécurité, il ne peut éviter la chute d’un sapin que Grand-père et Francesco abattent pour reconstruire le chalet. Monsieur Keller est transporté d’urgence à l’hôpital. Restée seule, Theresa trouve du réconfort auprès d'Heidi. Mais madame Keller la chasse en expliquant à sa fille que Grand-père est responsable de ce qui est arrivé à son père. Se sentant trahie par Heidi, Theresa décide alors de se venger d'elle en versant du poison dans l'abreuvoir des chèvres dont elle a la responsabilité. Mais Rico boit de cette eau et est lui aussi empoisonné. En l'apprenant, Theresa avoue son méfait et grâce à une décoction de plantes préparée par Grand-Mère, Rico et les chèvres sont guéris. Une fois rétabli, monsieur Keller innocente Grand-père. Puis il développe une photo apportée par Heidi qui fait une incroyable découverte à propos de sa grand-mère…

Avec l'arrivée du printemps, Dörfli s'est mis à l'heure du Wolpertinger, un animal mythique qui incarne l’esprit de l’hiver. La légende veut qu’il rode dans le village à la recherche d’un lieu à hanter jusqu’au retour de l’hiver. Il est de tradition de s’en protéger en plaçant de petits grigris sur les portes des habitations. Mais Rico ne croit guère à cette superstition. Avec son papa, il a déménagé pour s’installer dans le chalet inoccupé que Hans leur a prêté. Mais cela contrarie William qui y abrite secrètement un petit renard. Pour convaincre Rico de quitter les lieux, il lui fait croire que la bête légendaire vient hanter sa nouvelle demeure. Après une belle frousse, Heidi et Rico finissent par démasquer William. Ils le convainquent de relâcher le renard dans la nature, puis participent, tous ensemble, à la fête du Wolpertinger.

Heidi a envoyé une lettre à Alice Di Borgo en y joignant une photo sur laquelle figure sa grand-mère Anna avec une nappe brodée d’un papillon en tous points semblable à celui de son mouchoir. Intriguée par cette coïncidence, Alice di Borgo lui rend visite à Dörfli. Désireuse de faire ressurgir ses souvenirs, Heidi lui montre toutes sortes de choses en rapport avec sa grand-mère Anna. Malheureusement, la comtesse ne retrouve pas la mémoire. Dépitée et attristée, Heidi organise un pique-nique, juste avant le départ d'Alice. Et là, le miracle a lieu. Alice recouvre la mémoire en voyant un papillon se poser sur le nez de Grand-père, comme le jour où il lui demanda sa main. Grand-père et Anna se retrouvent pour le plus grand bonheur d'Heidi.

De retour à Dörfli, Peter s'est lancé dans l'apiculture et la fabrication de fromages. Rico, qui s’est bien occupé des chèvres avec Heidi, demande à Peter de lui faire passer les épreuves de Général Chevrier. D’abord réticent, Peter finit par accepter. Mais il se montre injuste envers Rico en lui demandant l’impossible. Une dispute éclate entre Heidi et Peter qui se fâche. Peter se retrouve ainsi tout seul à devoir s'occuper des chèvres, des fromages et de ses ruches. Bientôt, il ne peut faire face à toutes ses obligations et un incident se produit. Indisposé par les abeilles, le bouc charge une ruche qui bascule dans la rivière, tandis que les autres chèvres se dispersent un peu partout. Heureusement, Heidi et Rico interviennent à temps pour éviter le pire. Les trois amis finissent par se réconcilier et Rico gagne ses galons de Général Chevrier !

Heidi a écrit au père de Peter pour qu'il lui fasse la surprise de venir assister à sa première récolte de miel. Mais la vielle au soir, la foudre s'abat sur ses ruches et ruine tous ses espoirs de récolte. Pour couronner le tout, madame Keller découvre l'arrangement financier que Peter a conclu avec son mari pour acheter les ruches, et le menace de lui prendre ses chèvres s'il ne la rembourse pas au plus vite. Désespéré, Peter s'aventure au Pic Blanc dans l’espoir de trouver quelques précieux quartzs dans l'ancienne galerie creusée par Henri Mason. Mais les choses tournent mal. Un épais brouillard s’est installé et rend très périlleux, voire impossible, le retour de Peter dans la vallée. Heureusement, Heidi et le père de Peter partent à sa recherche et parviennent à le sortir de ce mauvais pas.

Monsieur Traber l'instituteur a décidé de proposer la candidature d'Heidi à l'obtention d'une bourse académique afin d'aller étudier à Zurich l'année prochaine. En l'apprenant, madame Keller s'insurge. Et pourquoi pas sa fille ? N'ayant qu'une seule place de disponible, monsieur Traber décide de faire passer un petit examen à Heidi et Theresa afin de choisir la candidate la plus motivée. Poussée par sa mère et aidée par Peter prêt à tout pour ne pas voir Heidi partir, Theresa gagne la compétition. Bonne joueuse, Heidi aide Theresa à réviser pour l'examen académique. En partageant avec elle un beau moment de complicité, elle découvre que Theresa n'a en fait pas envie de quitter Dörfli. Cette dernière réussit d'ailleurs à convaincre Heidi que c'est elle la plus apte et qu'elle doit prendre sa place pour postuler à la bourse d'études.