Le sorcier Skullus et ses soldats asservissent des villageois vivant dans une raffinerie de pétrole en ruine et les utilisent pour attaquer la forteresse de son ennemi, le tout aussi maléfique sorcier Octogone.

Lorsqu'ils viennent en aide à un esclave en fuite, Thundarr, la princesse Ariel et Ookla sont capturés par des robots travaillant pour le sorcier aux yeux multiples Lord Argoth qui veut Ariel comme épouse.

Le trio enquête sur un secteur appelé la zone mystère où plusieurs navires font naufrage sur une île. Ils apprennent que la méchante sorcière Circé est responsable car elle a besoin d'une jeune sorcière pour surmonter une malédiction dans laquelle elle se transformera en pierre si elle quitte l'île. Quand Ariel arrive avec Thundarr et Ookla, Circé saisit son opportunité alors qu'elle change de corps avec elle et devient une menace pour les autres alors qu'elle tente de quitter l'île.

Après avoir été vaincu par Thundarr, le sorcier maléfique Sarott trouve un laboratoire de recherche qui contient la ville miniaturisée des voleurs. Son dirigeant Vortak promet à Sarott une carte blanche pour utiliser l'armée avancée de la ville pour asservir les humains et autres sorciers s'il peut la restaurer à sa taille normale. Pour ce faire, il aura besoin du Gauntlet of Power qui peut booster sa magie pour agrandir la ville.

Thundarr, Ookla et Ariel sont à la poursuite d'un Janus ressemblant à une momie après que lui et une race de mutants faucons aient attaqué des villages et la voie ferrée de Tye (l'ancien oursin des marais de " Harvest of Doom "). Le groupe est sur le point d'être surpris lorsqu'il s'avère que Janus est en fait Gemini (le sorcier à deux visages de "Secret of the Black Pearl") déguisé cherchant à se venger de Thundarr. Tye, de "Harvest of Doom", revient en tant que "femme d'affaires" conduisant un train.

Au cours d'une bataille avec Yando (un sorcier supposé avec une magie inhabituelle), Thundarr est frappé par un éclair négatif rouge qui diminue considérablement la puissance de son épée solaire. L'arme peut être restaurée dans la piscine de pouvoir à proximité, mais elle est volée par Yando qui cherche à avoir le pouvoir de l'épée du soleil pour lui-même.

L'ami de Thundarr, Thorac, est accusé d'avoir volé le carburant d'un village et est sur le point d'être condamné à mort (en étant bouilli vivant sur un geyser) lorsque le barbare le sauve. Thorac obtient un sursis lorsque Thundarr et le groupe enquêtent sur le crime, apprenant finalement que le shérif de la ville, Korb, est de mèche avec le sorcier maléfique Artemus. Artemus avait volé le carburant pour propulser son vaisseau de la mort et obtenir l'approbation du Conseil des sorciers.

Thundarr, la princesse Ariel et Ookla combattent le méchant sorcier Vashtarr lorsqu'il vole le cristal de la prophétie qui peut donner les détails de sa chute. Quand il se brise dans ses efforts pour le récupérer, la prophétie est prédite alors qu'ils apprennent que trois femmes s'uniront pour le vaincre. L'un est Maya, un métamorphe d'éléments enterré dans les ruines de la vieille ville d'Endorr. Une autre est Cinda, une barbare ermite vivant dans le Canyon de la Mort dont le bâton lui confère une grande force. La dernière est Valerie Storm, une mannequin de l'Ancienne Terre qui est enlevée et faite prisonnière par Vashtarr lui-même.