À l'exposition universelle de 1889, Jean, un adolescent surdoué, participe avec son oncle au concours de planeurs sur la Seine. Il rencontre Nadia, qui est poursuivie par l'extravagante Gladys et ses deux hommes de mains qui veulent s'emparer de la pierre bleue que porte la jeune fille.

Après avoir échappé à Gladys et à ses hommes de main, Nadia, Jean et Attila naviguent hors de Paris et commencent à longer la côte. Jean confirme qu'ils ont réussi à s'échapper mais Nadia semble perdue dans ses pensées. Jean lui demande alors : "Si tu pouvais t'envoler, où irais-tu ?". Nadia lui répond qu'elle voudrait retourner à l'endroit où elle est née.

Alors que la pluie tombe, Jean et Nadia se battent pour essayer de rejeter l'eau en dehors du cockpit de l'avion. Nadia remarque soudain une forme qui s'approche d'eux. C'est un navire de combat. Ils sont sauvés. Jean est tout sourire. Un homme d'équipage fait faire un tour du propriétaire à nos deux amis, mais Nadia ne semble pas partager l'enthousiasme de Jean pour tout ce matériel de guerre.

Jean et Nadia pêchent sur ce qui reste de l'avion de Jean. Soudain, ils remarquent une ombre qui s'est arrêtée juste en-dessous d'eux. La mer s'agite tout à coup et ce qui reste de l'avion est comme aspiré par le fond. Nadia et Jean se retrouvent donc dans l'eau et sont à leur tour entraînés vers le fond. Sans air, ils pensent que leur fin est proche et se laissent couler...

Après avoir quitté le Nautilus, Jean, Nadia et Attila se dirigent vers l'île qu'ils avaient tenté d'atteindre dans l'épisode précédent. Jean et Nadia sont heureux devant les améliorations faites à l'avion. Gladys, déjà présente dans l'île se demande si elle arrivera jamais à mettre la main sur Nadia et sur sa pierre quand tout à coup apparaît son vaisseau...

Jean repère le paysage qui l'entoure. Il veut à tout prix localiser la base secrète des soldats. Malheureusement, Marie se fait capturer par les soldats. Jean et Nadia décident de partir à sa recherche.

Nadia a été capturée par les soldats d'Argon. Ce dernier menace de tuer Marie et Attila si elle ne dit pas où se cache la pierre bleue. Mais Nadia tente courageusement de résister à la pression d'Argon...

Le capitaine Nemo a assisté à la réussite de la tour de Babel d'Argon. Ce dernier veut anéantir complètement le capitaine Nemo et son équipage. Nadia est encore sous le choc de cette incroyable énergie. Les soldats se rendent compte de la disparition des trois prisonniers.

Nadia, Jean et les autres sont recueillis par le Nautilus. "Catherine" le bateau est inopérant. Le Nautilus effectue aussi quelques réparations. Gladys tombe amoureuse de Nemo et décide de rester plus longtemps près de lui...

Nadia, Jean, Marie, Attila et les autres ont été recueillis par le Nautilus. Jean est contraint de changer de chambre avec Nadia. Argon repère le Nautilus. Pour éviter que les choses s'aggravent, Nemo préfère raser le fond des océans, mais Argon leur réserve une surprise...

Gladys, Caius et Titus font désormais partie de l'équipage du Nautilus. Les secrets du Nautilus ne peuvent toujours pas être révélés. Jean reste très curieux à ce sujet. Par hasard, Jean se retrouve au cœur du Nautilus et de ce fameux secret...

Caius en a marre de manger du poisson à tous les repas. Le capitaine Nemo organise une journée à terre. Jean et Nadia découvrent tout l'équipage qui se compose d'hommes de tous pays.

Au matin, Nadia est toujours en colère contre Jean car il a chassé un animal pour le manger. Personne n'a de temps à consacrer à Marie qui décide d'aller jouer. Celle-ci se perd et se retrouve nez à nez avec les hommes de Néo Atlantis.

Le Nautilus poursuit le sous-marin ennemi. Marie et Nadia sont atteintes de la fièvre tropicale, seule une algue se trouvant sur la grande faille peut les sauver. Cette faille se trouve dans la direction opposée au sous-marin ennemi.

Jean repère le vaisseau de Gladys. Le Nautilus se fait attaquer par des inconnus. Le vaisseau est sérieusement touché. Toutes les fois où il y a danger, la pierre bleue de Nadia s'illumine.

Nadia ne peut supporter l'idée que la pierre bleue puisse causer autant de morts. Elle souhaite s'en débarrasser. Le Nautilus perd trois membres lors de la bataille.

Tout l'équipage est en pleine séance d'éducation physique pour une remise en forme générale. C'est Electra qui mène la danse . Gladys s'est mise à l'écart et en profite pour se faire bronzer. Electra le remarque et lui ordonne de rejoindre le groupe. Gladys refuse.

Le capitaine Nemo envoie quelques hommes à terre pour prendre quelques informations. Il ne reste plus de pièces de rechange à bord du Nautilus. Ils doivent tous revenir à la base qui est en plein Pôle Sud.

Le Nautilus fait une escale dans une base secrète située au Pôle Sud afin d'effectuer quelques réparations et le ravitaillement du sous-marin.

Jean a décidé de construire un planeur équipé d'un lance-missile pour protéger le Nautilus de ses nombreux ennemis. Malheureusement, lors du premier test, il perd le contrôle de son engin...

Attaqué par la flotte d'Argon, le Nautilus doit se réfugier dans la faille de Kermadek. Après une courte bataille, le capitaine Nemo détruit les attaquants mais le Nautilus est gravement touché.

Attaqué par la flotte d'Argon, le Nautilus doit se réfugier dans la faille de Kermadek. Après une courte bataille, le capitaine Nemo détruit les attaquants mais le Nautilus est gravement touché.

Tandis que la capsule de sauvetage remonte à la surface, Nadia pense à son passé et au capitaine Nemo resté dans le Nautilus gravement endommagé. La capsule prend l'eau de toutes parts. Nadia, Jean et Marie tentent de la quitter. Ils réussissent à la quitter et remontés à la surface, ils découvrent une île déserte. Ils s'organisent en attendant d'éventuels secours.

Jean, Marie et Attila organisent leur survie sur l'île déserte où ils se sont échoués. Nadia décide d'aller vivre seule avec les animaux. Les conserves récupérées dans les restes de la capsule de sauvetage sont épuisées. Jean, Marie et Attila partent à la pêche. Entre temps, Nadia qui s'est aventurée sur l'épave de la capsule est emportée par la marée. Heureusement, Jean est là...

Jean décide d'explorer l'île afin d'y trouver de quoi nourir tout le monde. Il découvre alors une caverne remplie de délicieux champignons...

Grâce aux interventions de Jean, la vie est plus facile sur l'île déserte où se sont échoués les quatre amis. Nadia et Jean sont amoureux au grand désespoir d'Attila, le petit tigre de Marie. Celui-ci décide de partir dans la forêt. Jean retrouve Attila. Nadia, Jean, Marie et Attila sont de nouveau réunis.

Le matin se lève sur l'île de Lincoln. Jean prépare le déjeuner pour tous les naufragés. Ils doivent maintenant trouver le moyen de quitter l'île, d'autant qu'une tempête s'annonce. Bizarrement, ils découvrent une île qu'ils n'avaient pas encore remarquée... A t-elle pu surgir de l'océan en un jour ?

Jean, Nadia, Marie et Attila découvre un énorme monstre qui se met à les pourchasser. Courant le plus vite qu'ils peuvent, ils font le tour de l'île pour lui échapper mais celle-ci est si minuscule qu'il tombe nez à nez avec le monstre !

Gladys est triste car elle est sans nouvelle du capitaine Nemo dont elle est amoureuse. Caius et Titus tous deux amoureux de Gladys se querellent. Airton se propose de régler leur différent en organisant une course entre Attila entraîné par Caius et un robot fabriqué par Titus. Attila refusant de courir, Caius demande à Jean de lui fabriquer un robot. La course commence...

L'appareil de Gladys est réparé. Tous projettent de rejoindre le continent africain. Jean plonge de nouveau à l'endroit où il a repéré les robots et découvre cinq trous étranges. Airton demande à Gladys sa main, Caius et Titus sont furieux. Pendant ce temps, Nadia et Jean découvrent un étrange souterrain sous l'île. Nadia disparaît dans le souterrain tandis que l'île se met à trembler.

Nadia qui a disparu dans le labyrinthe rencontre l'esprit représentant la civilisation disparue de l'Atlantide. Cet esprit la met en garde contre les pouvoirs terribles de la pierre bleue. Nadia est l'héritière de la dynastie de l'Atlantide. L'île est en fait un immense submersible qui se prépare à plonger. Nadia se trouve dans la salle des commandes tandis que ses compagnons quittent l'île.

L'île engloutie se dirige vers une destination inconnue. Argon la poursuit. Nadia et ses amis se dirige vers l'Afrique mais le vaisseau spatial d'Argon les abat en plein vol. Ils s'écrasent dans un village africain apparemment hostile. À la vue du médaillon de Nadia, les habitants du village changent d'attitude et les accueillent à bras ouverts. Ama-Ama révèle à Nadia ses origines...

Nadia et Gladys sont faites prisonnières par Gonzalès alors qu'elles essayaient de délivrer Attila. Jean, Caius, Titus et Airton échafaudent un plan pour les délivrer. L'attaque se solde par une victoire éclatante. Ama-Ama présente à Nadia son amie Mura-Mura qui promet de conduire Nadia à Artesos, sa cité natale.

Nadia et nos amis sont enfin arrivés sur le continent africain, non sans avoir rencontré de nombreuses difficultés et après bien des péripéties. Nadia est découragée et ne semble plus avoir goût à rien...

Nadia et ses amis arrivent à bord du Glatank devant un immense lac qui recouvre les ruines de la cité d'Arthésos où est née Nadia. Devant le lac, Nadia devient bizarre : elle s'avance dans l'eau comme si elle était "possédée" et s'ouvre alors un gigantesque trou dans lequel Nadia et le Glatank tombent. Tous se réveillent au fond d'une sombre grotte dans laquelle ils vont découvrir bien des secrets...

Deux vaisseaux Néo-Atlantes, dont le fameux vaisseau d'Argon, survolent les ruines de la cité d'Arthésos. Ils ne tardent pas à détecter la présence de Nadia et de ses compagnons. Le fait que Nadia soit toujours vivante surprend Argon qui fait alors une démonstration de la puissance de ses armes en détruisant une montagne aux alentours. Il demande à Nadia de se rendre et de lui donner sa pierre.

Le vaisseau Néo-Atlante ne détecte plus la présence du Nautilus, ce qui voudrait dire qu'il a bel et bien disparu. Argon emmène Nadia à bord de la Noah Pourpre afin de s'emparer, grâce aux deux pierres bleues, de cet ultime vaisseau de guerre. Là, elle apprend que les hommes sont en fait une création des atlantes.

Le combat s'engage dans le ciel de Paris entre le Néo-Nautilus et la Noah Pourpre. Le problème auquel sont confrontés Nemo et son équipage, c'est que la Noah Pourpre possède un rideau de fer très puissant et surtout beaucoup plus que celui généré par le vaisseau de Nemo.

Jean a Nadia dans sa ligne de mire. Nemo l'exhorte à tirer tandis qu'Argon est persuadé qu'il n'aura pas le courage de tuer la fille qu'il aime. Le doigt de Jean est toujours sur la gâchette, on entend son cœur battre. La tâche est trop dure pour le jeune scientifique, il jette son arme à terre ce qui provoque la satisfaction d'Argon qui y voit une nouvelle preuve de la faiblesse des humains.