Tom reprend du service chez Halcyon afin de retrouver Anna Copeland, agent de la CIA, et son fils, kidnappés par Leland Bray, lui-même ancien agent. En parallèle, Howard Hargrave, toujours vivant, prend contact avec son fils pour qu'il infiltre Halcyon Aegis afin de découvrir les mystère derrière sa tentative d'assassinat et la dispariton de Christopher/Tom enfant.

Alors qu'il se trouve au Kurkystan pour un reportage sur des rumeurs de tortures et de repressions, Kevin Jenner, journaliste new-yorkais, est arrêté par les autorités du pays pour espionnage. Scottie, proche de Kevin et de sa famille, va monter une opération afin de le secourir avant qu'il ne soit trop tard.

Suite à un crash d'avion commandité par le pentagone, Tom et Mathias sont envoyés en Russie pour infiltrer une mission internationale. Ils découvrent rapidement que l'avion, rempli de cadavres, a été crashé afin d'enquêter sur une base secrète russe qui s'avère être une reconstitution fidèle d'une petite ville américaine. Scottie, qui ignorait tout de cette opération conjointe du pentagone avec Halcyon, charge son assistante d'enquêter sur d'éventuelles autres informations que son mari aurait pu lui cacher.

Suite à une évasion d'une prison secrète de la CIA située dans New-York, Halcyon intervient à leur demande afin de retrouver les évadés le plus rapidement possible. Scottie découvre que Christopher a été placé à l'adoption une semaine après son enlèvement et confié aux Phelps sous le prénom de Jacob.

Une équipe détourne des avions de ligne pour voler du matériel secrètement chargé à bord. Tom et Mathias se font passer pour des stewarts afin de découvrir ce qu'il en est. Halcyon découvre vite que les voleurs sont d'anciens SEALs déserteurs. Pendant ce temps, Howard demande à Tom de forcer le coffre de Scottie afin de trouver la clé d'un code capable de déchiffrer des messages codés au sujet de WhiteHall.

Tom demande l'aide de Nez afin de sauver Howard, fait prisonnier par Solomon pour le compte de Scottie. Halcyon est contacté par la compagnie d'assurance Carthay afin de monter une opération de secours pour ramener un chef d'entreprise kidnappé avec sa femme et son fils de 9 ans.

Scottie a découvert que Tom et Christopher ne sont qu'une seule et même personne. Après l'avoir fait interroger par Matias Solomon pour découvrir ce qu'il sait, Scottie le poursuit lorsqu'il essaie de s'échapper. Comprenant qu'il ne peut pas faire confiance à sa mère, Tom réussit à s'enfuir et rejoint son père qui a pu se soustraire à la garde de l’hôpital où il était retenu prisonnier grâce à l'aide de Liz et Harold Cooper. Dés lors, la course pour savoir ce qu'est Whitehall est lancée.

L'assistante de Scottie, Kat Carlson, erre dans les rues, blessée et tenant une clé usb. Douze heures plus tôt, Howard planifie l'évasion de Richard Whitehall avec l'aide de Tom et Nez en utilisant sa prise de contrôle de Haegis Alcyon comme écran de fumée.