Alors que Brooke et Julian commencent à se faire à leur nouvelle vie avec les enfants, Haley et Nathan se retrouvent à devoir gérer des problèmes similaires. Ils ne le savent pas encore, mais des visages venus du passé pourraient bien venir menacer leurs projets futurs. Pendant ce temps, un problème mystérieux va se poser pour Clay et Quinn...

Brooke discute d'une nouvelle entreprise avec son père, tandis que Julian propose son propre investissement. Quinn convainc Clay d'obtenir de l'aide. Millie se bat pour être honnête avec Mouth. Pendant ce temps, Chris Keller fait à Alex une offre qu'elle ne peut pas être en mesure de refuser. Nathan part volontairement en Europe pour trouver des nouveaux clients pour "Fortitude", laissant Dan avec Haley et Jamie.

Dan propose son aide à Haley au Karen's Cafe. Pendant ce temps, Quinn découvre que Clay lui cache quelque chose. Chase tente de réparer un cœur brisé. Brooke est déçue de son déjeuner avec son père. Julian fait une erreur qui change sa vie.

Alors que Julian se bat avec sa culpabilité d'avoir oublie son fils dans la voiture, Brooke aide Haley à faire face à un nouveau café rival, et son propriétaire difficile. Pendant ce temps, la nouvelle copine de Chase a un secret compliqué, et Quinn prend des mesures extrêmes pour aider Clay à réaliser qu'il va plus mal que ce qu'il ne croit. Marvin a décidé de faire attention a son poids.

Alors que Quinn distrait Jamie, Haley recherche Nathan. Clay reçoit enfin des réponses concernant son état. Pendant ce temps, Julian tente de reprendre une vie normale, tandis que Brooke essaye de donner une chance à Tara.

Dan fait appel à Julian pour l'aider à trouver Nathan. Mouth met Clay au courant à propos de Nathan, alors qu'Haley explique la disparition de Nathan à Jamie. Brooke trouve une idée pour faire venir des clients dans un Karen's Café vide, et Chris Keller confronte Chase à propos de Tara... À la fin de l’épisode les malfaiteurs qui ont kidnappé Nathan lui disent qu'ils le tueront tôt ou tard, et Haley voit sa fille faire ses premiers pas.

Haley recherche de l’aide auprès de Lucas pendant que Nathan fait une tentative d'évasion qui échoue. Brooke décide de faire face à son ancien agresseur (et celui qui a tué Quentin), Xavier, et pense pouvoir lui accorder son pardon. Julian découvre un indice qui aide Dan dans ses recherches mais se rend conte que la situation est pire qu'il ne le pensait.

Alors que Dan continue ses recherches, Haley doit aller identifier un corps à la morgue. Heureusement, il ne s'agissait pas de Nathan. Clay fait un pas en avant lorsque son medecin lui rappelle un évènement important dans sa vie. Brooke et Julian font face au retour de Xavier. Chase quant à lui compromet sa carrière de pilote lorsqu'il défend Chuck face à son père violent.

Haley est prête à tout pour retrouver Nathan quitte à se mettre en danger et faire confiance à Dan. Brooke et Julian aimeraient que Xavier ne s'approche plus d'eux mais l'effet inverse va se produire, mettant en danger la petite famille. Après avoir été arrêté, Chase doit être jugé pour savoir si oui ou non il ira en prison. Enfin, Clay atteint un nouveau stade avec Logan quand il lui avoue être son père.

Alors que Xavier veut en finir avec Brooke, Tara arrive à temps pour la sauver. Dan, Julian et Chris vont prendre d'énormes risques pour sauver Nathan. En effet, Dan s'embarque dans une véritable tuerie au sein de l’entrepôt où est caché Nathan et alors qu'il trouve enfin Nathan, il est venu le moment de prendre la fuite, mais cela est risqué puisqu'il reste encore deux hommes à abattre cachés quelque part. Mais pris par l'épuisement, Nathan fait tomber son fusil et le bruit attire Dimitri qui arrive et tire sur Nathan. Dan se jette alors sur lui, avant de prendre la balle dans le dos. Après avoir abattu Dimitri, Nathan se retrouve impuissant face au policier corrompu. Julian intervient et sauve ainsi son ami. Haley reçoit un appel qui accroît son espoir.

Nathan enfin retrouvé par Dan et Julian, sort de ce périple saint et sauf contrairement à son père, dont la vie s’accroche dans l'équilibre. Ils se dirigent tous trois vers l’hôpital, Nathan retrouve enfin Haley et ses enfants. Le médecin annonce par ailleurs à Nathan que son père ne s'en sortira pas et qu'il cèdera à ses blessures dans peu de temps malgré les efforts déployés par les chirurgiens pour le sauver.Nous pouvons voir à partir de ce moment que la petite famille Scott pardonne à Dan ses erreurs du passé. Une partie du moins car on peut voir que Nathan s'en veut de ne pas avoir parlé à son père durant toutes ces années et ne sait pas quoi lui dire, ni comment le laisser partir. Il ira malgré tout à son chevet pour lui parler et lui dire qu'il l'aime, lorsque Dan cède à ses blessures devant les yeux de son fils. C'est à cet instant que nous pouvons voir Keith apparaître et parler à Dan, on comprend alors que Dan vient de mourir. Quant à Brooke, elle est étonnée de voir son père arriver chez elle après l'attaque de Xavier. Cette visite lui semble bizarre, et ses doutes vont se confirmer par la suite car son père n'est venu la voir que pour le bien de l'entreprise Baker Man. Suite à ça Brooke va mettre à la porte son propre père, en colère et déçue. En parallèle Julian veut réaliser le livre écrit par Lucas et en faire une série. Clay et Quinn recréent des liens avec Logan, Clay rend visite aux parents de Sarah une première fois pour voir Logan, ce que les parents de Sarah refusent. Clay retournera par la suite chez eux et réussira à convaincre le père de Sarah, il verra alors son fils et discutera avec lui avant de le présenter à Quinn. Un épisode riche en émotion, puisqu'il se termine sur Dan et Keith partant tous deux dans la lumière.

Pendant qu'Haley se prépare au Festival de brûle bateau annuel de Tree Hill, Brooke voit ses parents se rapprocher, ce qui la met dans tout ses états, tandis que Julian essaie de donner un nouveau souffle à une idée passée . En effet, il est sur le point de produire le livre que Lucas à écrit. Micro et Millie apportent une modification à leur émission du matin. Clay et Quinn se préparent à la première nuit de Logan dans la maison de la plage.Clay est tellement amoureux de Quinn qu'il va la demander en mariage!

Clay & Quinn adoptent Logan puis se marriront, et la série de Julian commence a tourner. Chaque habitant de Tree Hill a des flashbacks d'eux au Lycée. Haley parle de sa cachette avec Lucas à Jamie. Un bond dans le futur est effectué, et l'on voit Jamie en train de jouer dans le gymnase du lycée. Les enfants ont grandi et Micro est marié avec Millie, celle-ci attendant leur 1er enfant.