Sept ans se sont écoulés depuis que Morgan Jones et Madison Clark ont perdu tout espoir de sauver Mo du Padre. Aujourd'hui c'est le découragement qui prévaut sur l'île. Morgan, Madison et tous ceux qui vivent en leur compagnie se retrouvent désormais sous la coupe du cynique Padre. Et c'est sur Mo, âgée de 8 ans à peine, que repose maintenant tous les espoirs...

Après avoir fui le Padre, June se pense en sécurité jusqu'à l'arrivée d'un père désespéré, à la recherche de sa fille, et des retrouvailles inattendues.

Mo tente de rassembler des preuves de ce qu'est réellement la communauté de Padre. Cette quête délicate l'amène à mettre au jour des secrets déstabilisants.

Le retour de Morgan à King County se complique lorsque Padre vient le chercher.

Morgan, Mo, Dwight, Sherry et Finch se précipitent pour ramener Grace, brûlante de fièvre, auprès de June. Par radio interposée, celle-ci les informe qu'ils doivent retrouver le wagon à bord duquel elle a soigné Finch et June. Seule Shrike peut indiquer où il se trouve, et elle émet ses conditions.

Morgan ne veut plus systématiquement voir rouge et s'en prendre à tous ceux qui l'entourent dès qu'il perd un être cher. Accompagné par Madison, il tente de retrouver la trace de Mo. Celle-ci est partie dans les marécages, suivi par de nombreux morts-vivants. Shrike préfère évacuer l'île, craignant de ne plus y être en sécurité.

Pour tenter d'échapper à un groupe hostile, Madison se réfugie dans l'hôtel tenu par Victor Strand, qui se fait désormais appeler Anton. Il a un fils adoptif, Klaus, avec son mari Franck et cache son passé. De peur que celui-ci ne revienne le hanter, il est prêt à livrer Madison à ceux qui la recherchent, mais celle-ci bénéficie d'une aide inattendue.

La recherche de gaz pour reconstituer les réserves de Padre conduit à des retrouvailles inattendues. Madison compte bien profiter de cette opportunité.

Dwight et Sherry n'ont d'autre choix que d'affronter les démons de leur passé s'ils veulent s'assurer le meilleur pour l'avenir.

Madison fait une découverte qui pourrait l'amener vers les réponses qu'elle désire tant trouver.

La horde dirigée par Troy encercle les murs de PADRE. Madison et son groupe doivent se battre pour leur survie et sauver ce qui reste.

Alors que la série touche à sa fin, le sort des survivants de PADRE semble reposer entre les mains d'un héros inattendu.