L'arrivée de l'agriculture a contribué au développement de l'humanité, mais a également été le vecteur de violences. Les terres fertiles suscitent de nombreuses rivalités. Pour se protéger, les fermiers vont se rassembler et fortifier les villages.

Quatre ans après la défaite de Don Armage, l'univers est maintenant en paix, jusqu'à ce que Hammie des Kyurangers vole soudainement le nouveau Neo Kyutama, et son collègue Kyuranger et président de la Fédération spatiale Tsurugi Ohtori est obligé de la déclarer criminelle recherchée en raison du danger que Neo Kyutama pose si elle tombe entre de mauvaises mains. Lucky et certains Kyurangers refusent de croire que Hammie est devenu diabolique et contestent la décision de Tsurugi, provoquant une rupture au sein de l'équipe qui s'aggrave lorsque les shérifs de l'espace Geki Jumonji et Shu Karasuma interviennent. Ils ne savent pas que les événements sont dirigés par l'organisation Genmakuu, qui a envoyé l'un de leurs principaux membres, Space Ninja Demost, qui a également relancé Mele, Juzo Fuwa, Basco Ta Jolokia et Escape pour l'aider dans son plan.

Après avoir forcé l'ancien chef des chevaliers à se suicider, Shin est promu commandant des Chevaliers de Saint-Michel. Pendant ce temps, l'unité « W-Zero » tombe dans une embuscade dirigée par Shin, le frère d'Akito. Mais ce dernier parvient, grâce à son pouvoir du Geass, à repousser l'assaut adverse… Au même moment, un étrange convoi entre en gare de St Petersbourg avec à son bord un homme dont le visage reste caché. Qui est donc ce mystérieux personnage ? Akito arrivera-t-il a déchaîner son pouvoir du Geass contre son frère ?