Le Kyotôryû est une technique particulièrement redoutée dans laquelle le combattant n'utilise pas de sabre pour défaire des ennemis armés. Cette technique a été transmise depuis sept générations dans la famille Yasuri. Mutsue, 6ème maître du Kyotôryû, effraya tant le shogun par sa puissance, qu'il fut exilé avec sa famille sur une île déserte. Pendant près de vingt ans Mutsue, son fils Shichika et sa fille Nanami vécurent complètement isolés du monde extérieur jusqu'à ce qu'une étrangère fasse son apparition. Cette dernière, Togame Kisakushi, administratice générale de l'armée du Shogunat, se définit elle-même comme la stratège du Shogunat. Elle n'est pas là par hasard, elle souhaite s'entretenir avec le célèbre Mutsue Yasuri malheureusement décédé il y a environ un an. Mais qu'importe, Togame cherche un descendant du Kyotôryû et Shichika pourrait bien faire l'affaire. Après avoir longuement expliqué aux frère et soeur la raison de sa présence, celle de récupérer douze sabres légendaires forgés par le célèbre Shikizaki Kiki, elle requiert l'aide d'un héritier de la fameuse technique de combat sans sabre pour mener à bien cette mission. Mais alors que ce projet ne semble présenter aucun intérêt pour Shichika, ils sont interrompus par une attaque de shurikens lancés par un ninja qui est justement détenteur de l'un des fameux sabres...

Le périple s'engage, avec une première halte à Kyoto afin de préparer le voyage et l'occasion pour Shichika de revêtir une tenue un peu plus adaptée. Près d'un mois plus tard, Shichika et Togame se dirigent à Inaba en quête du second sabre qui se trouverait au château Gekoku, détenu par un vrai sabreur. Il s'agit d'un ronin portant le nom d'Uneri Ginkaku. Mais ils ne sont pas les seuls à la recherche du sabre puisque Héron blanc, ninja du clan Maniwa les a devancés et se présente face au seigneur du château. Cependant il est rapidement coupé en deux par le sabreur et son Zantô Namakura qui tranche à la vitesse de la lumière. En chemin, Togame tente d'expliquer à son compagnon qu'il est important qu'il gagne en charisme pour donner de l'importance et de l'intensité aux rapports qu'elle rédige de leur périple. Elle se met en tête de lui trouver une devise qu'il pourrait utiliser à chaque fois qu'il fait face à un nouvel adversaire. En plein coeur du désert, ils se retrouvent enfin devant le château, et découvrent le cadavre du ninja. Ils savent qu'ils auront affaire à un sabreur de grand talent. Alors qu'ils lui font face, ils comprennent qu'ils ne se sont pas trompés, mais Shichika a plusieurs idées pour contrer ce sabre si tranchant et si rapide. Arriveront-ils à récupérer le second sabre légendaire de Shikizaki Kiki ?

Cela fait trois mois que le périple de Shichika et Togame a commencé. Ils sont dans la région d'Izumo, difficilement contrôlée par le shogunat. C'est là que se trouve Tsuruga Meisai, chef du temple Sanzu, et détentrice du 3ème sabre Sentô Tsurugi. Arrivés devant le temple, les deux compagnons doivent gravir les mille marches de l'escalier y menant. Arrivés à son sommet ils sont accueillis par Tsuruga Meisai en personne qui leur explique que ce temple abrite en tout 1000 prêtresses, des femmes très affectées et responsables pour certaines d'entre elles, du massacre de familles et de clans entiers. Togame désire s'entretenir seule à seule avec Dame Meisai afin de lui expliquer la raison de leur présence et négocier. Meisai est prête à céder son sabre à condition qu'ils trouvent le premier des sabres de Sentô Tsurugi. Ce sabre se composant de mille lames identiques, cela ne s'avère pas évident et seule Togame doit s'acquitter de cette tâche. Si elle y parvient et que Shichika réussit à vaincre Dame Meisai en combat singulier, ils pourront obtenir Sentô Tsurugi. En cas de défaite, Meisai récupèrera les deux sabres en leur possession. Mais ils ne sont pas les seuls à vouloir récupérer ce sabre, puisqu'un nouveau chef du clan de ninja Maniwa fait son apparition : Requin déchaîné.

Début du mois d'Avril, cela fait quatre mois que le voyage de Togame et Shichika a débuté. Ils ont déjà récupéré trois des douze sabres de Shikizaki Kiki et se trouvent dans le petit village de Suô. Alors qu'ils attendaient des informations concernant leur prochaine cible Sabi Hakuhei, ce dernier les défie par l'intermédiaire de l'espion qui était supposé le surveiller. Ce sabreur est une légende, il a de nombreux admirateurs et son style impose un grand respect. Il est considéré comme le meilleur sabreur du Japon. Togame n'est guère enchantée de voir ce duel arriver si tôt dans l'aventure, mais ils n'ont d'autre choix que d'accepter le défi. Le combat aura lieu sur l'île de Ganryû et Togame compte bien préparer quelques stratégies pour aider son "sabre". Encore une fois les Maniwa ne sont pas loin, et trois d'entre eux, "la brigade Insectes", comptent bien venger les leurs et récupérer les sabres de Shikizaki ! Pour ce faire, ils décident de s'en prendre à la soeur de Shichika restée seule sur leur île. Mais cette dernière est loin d'être sans ressources et sait parfaitement se défendre.

En tant que vainqueur du célèbre Sabi Hakuhei, de nombreux adversaires ont fait face à Shichika pour lui ravir le titre de meilleur sabreur du Japon. Cela ralentit évidemment les compagnons dans leur mission, mais cela aguerrit également notre héros qui gagne en expérience du combat. Ils sont à présent en quête de Zokutô Yoroi, un sabre réputé pour sa puissance défensive. Le Kyotôryû pourra-t-il se montrer efficace contre une arme défensive ? Togame et Shichika arrivent à Satsuma où se déroulent de puissants combats d'arène et ils assistent à l'affrontement d'un sabreur opposé à un homme recouvert d'une armure : le capitaine des pirates Yoroi, Azekura Kanara. Il est la prochaine cible de notre duo. Son armure serait en fait le sabre convoité. Alors qu'ils profitent d'une auberge agréable, Togame et Shichika évoquent diverses stratégies pour venir à bout de leur prochain ennemi. Mais soudain, Azekura Kanara se présente en personne à l'auberge. L'affrontement aura-t-il lieu si rapidement ? Maniwa Phénix, chef de la Brigade Oiseaux et chef des Maniwa, fait son apparition leur faisant une bien étrange proposition...

Trompés par le terrible pirate qu'ils ont vaincu, nos héros se retrouvent dans une contrée glaciale du Nord du Japon, Ezo. Ils gravissent le mont Ôdori dans l'espoir d'y trouver le clan Itezora qui serait détenteur de l'un des sabres. Le climat est vraiment rude et le blizzard terrible, même Shichika montre ses premières faiblesses. Heureusement, ils sont secourus par une intrigante petite fille. Pendant ce temps Maniwa Phénix explique aux autres chefs du clan encore en vie l'alliance conclue avec Togame. Mais celle-ci risque d'être de courte durée. En effet, certains Maniwa préfèrent foncer vers la vengeance en retrouvant Togame et Shichika, plutôt qu'à la recherche des sabres. La jeune hôte de Shichika et Togame leur explique qu'elle est la dernière survivante de son clan et qu'elle ignore tout d'un sabre légendaire... Elle décide néanmoins de partir à sa recherche. Le lendemain, elle revient avec Kanazuchi, mais a trouvé également des instructions, si quelqu'un voulait s'en emparer, il devrait le gagner. Un duel s'engage donc entre Shichika et la fillette de 11 ans dotée d'une force surhumaine, et seule capable de soulever un sabre de ce poids. Shichika pourra-t-il l'emporter ? Sans oublier que le danger rôde avec Chienne enragée Maniwa qui tient à venger son clan.

Shireizan, mont Mutsu, Yasuri Nanami vient de mettre la main sur Akutô Bita après s'être adonnée à un véritable massacre. Elle se montre d'une grande cruauté et semble ne ressentir aucune empathie, d'une froideur extrême. Elle espère qu'en faisant suffisamment parler d'elle, Shichika et Togame viendront à sa rencontre. Au temple Seiryôin Goken de Tosa, Nanami fait face à son frère sous les yeux d'Emonzaemon et Togame. Ce duel a pour but de récupérer le sabre de Shikizaki Kiki dont elle s'est emparée. Si elle a récupéré Akutô Bita, c'est simplement pour donner une raison à son frère de l'affronter. Celui-ci a du mal à s'y résoudre, mais Nanami trouve les mots pour que le combat puisse débuter. Elle ne tarde pas à montrer son immense supériorité grâce à sa capacité lui permettant d'assimiler n'importe quelle capacité rien qu'en la regardant. On apprend d'ailleurs avec stupeur qu'elle est à l'origine de la disparition du clan Itezora dont Konayuki était la seule survivante, mais également de nombreux autres massacres. Son but en quittant l'île était avant tout de venir révéler à son frère un point faible dans une de ses techniques dont elle s'est rendu compte en la reproduisant. Mais elle se montre si hautaine, et n'apprécie tellement pas ce que Shichika est devenu, qu'il est loin d'être certain qu'elle le lui révèle...

Togame et Shichika, après avoir récupéré le 7ème sabre font route vers Owari, patrie du Shogun Yanari, une ville de guerriers. Ils se retrouvent dans la demeure très colorée de Togame, et rapidement cette dernière laisse seul son compagnon pour se rendre au château. Alors qu'il s'entraîne, Emonzaemon fait son apparition, il serait venu le chercher pour le conduire auprès de la princesse Hitei qui aurait des informations sur les sabres pour Togame. Mais dans le doute, Shichika préfère ne pas le suivre. À son retour Togame se trouve donc contrainte de s'y rendre, accompagnée de son sabre. Les deux femmes se détestent et semblent en rivalité constante. Mais la princesse Hitei finit néanmoins par leur révéler des informations sur Shikizaki Kiki. Elle les renseigne sur un endroit au lac Fuyô à Edo qui aurait servi d'atelier au célèbre forgeron. Là-bas se trouverait Biyorigô, chargé de protéger quelque chose. Togame décide de se rendre sur place, Emonzaemon leur sert de guide. De leur côté les Maniwa continuent leur quête des sabres. Tortue de mer est envoyé à Shinano à la recherche d'un temple dans lequel se trouverait l'un des sabres. Arrivés à l'endroit où se trouvait jadis le lac, Togame et Shichika font face à Biyorigô, une poupée mécanique dotée de plusieurs sabres qui garde les lieux.

Tendô Shôgi, dans la province de Dewa, Togame affronte Kiguchi Zanki, 12ème chef de l'école Shinô Issô et propriétaire d'Ôtô Nokogiri au shôgi. En cas de victoire la stratège a obtenu de son adversaire qu'elle accepte un duel face au 7ème maître du Kyotôryû, Shichika. Cependant, cette dernière ne comprend pas comment elle peut affronter un sabreur dépourvu d'arme et d'armure. Elle pratique le kendo et porte une rude attaque à Shichika. Ce dernier voit en Kiguchi l'un des plus coriaces adversaires qui se soit présenté devant lui. Aussi, il aimerait que Togame l'aide avec un bon plan. Cependant Kiguchi ne considère pas que leur affrontement ait été loyal compte tenu de la faiblesse de Shichika. Elle lui propose donc d'intégrer son école afin de s'améliorer. Une fois qu'il aura achevé son entraînement, ils combattront à nouveau. De leur côté les Maniwa ont retrouvé Dokutô Mekki scellé dans un endroit hostile et dont l'aura maléfique a permis sa conservation depuis de nombreuses années. Shichika débute son entraînement, mais sa proximité avec Kiguchi va entraîner plusieurs quiproquos et déclencher la jalousie de Togame. Parviendra-t-il à valoir quelque chose avec un sabre entre les mains ? Prouvera-t-il suffisamment sa valeur aux yeux de Kiguchi pour l'affronter une nouvelle fois ?

Hyakkeijô à Ôshu, c'est là que se trouve Higaki Rinne, propriétaire de Seitô Hakari, le 10ème sabre. C'est dans ce lieu que de nombreux noms de la rébellion furent exécutés, et cet endroit trouble particulièrement nos deux compagnons et notamment Togame. Elle y vécut jadis, et tout n'est plus maintenant qu'abandon et désolation. Ils ne tardent pas à faire face au Saint, Higaki Rinne en personne, qui, étrangement, accepte avec une facilité déconcertante de leur remettre Seitô Hakari. Il leur révèle à quel endroit est enterré le sabre, mais précise que seule Togame doit creuser pour le récupérer à trente mètres de profondeur. Cela fait plusieurs jours qu'elle se donne corps et âme dans cette tâche, sans cesse hantée par un souvenir tenace qui l'a traumatisée enfant : le moment de la mort de son père et ses dernières paroles dont elle ne se rappelle pas. Pendant qu'elle creuse, le Saint permet à Shichika de faire le point sur plusieurs de ses actes et de ses souvenirs depuis qu'il a entamé ce voyage. Higaki Rinne a en effet cette faculté de faire affronter leurs plus sombres souvenirs à ses hôtes. Nous voilà donc dans une quête qui se révèlera être une véritable introspection pour nos deux héros qui devront faire face à leur passé et assumer leurs actes pour enfin mettre la main sur le 10ème sabre.

Il y a plusieurs centaines d'années, Yasuri Kazune n'était qu'un jeune sabreur pas très doué mais doté d'une motivation et d'une ardeur sans faille. C'est sans doute cela qui séduisit Shikizaki Kiki et le décida à faire du Kyotôryû son ultime sabre parfait. Shichika et Togame ont obtenu le 10ème des douze sabres recherchés, et cela fait 10 mois que leur périple a commencé. De leur côté Pingouin et Phénix, les deux derniers représentants encore vivants du clan Maniwa font face à Emonzaemon venu les tuer. Le duel s'engage, un combat de ninja s'appuyant sur leurs seules techniques et sans sabre. Devant l'affrontement très serré, Pingouin décide de venir en aide à Phénix en lui envoyant Dokutô Mekki. C'est une terrible erreur car le sabre maléfique possède Phénix qui perd tout sens de la réalité. Après avoir porté une sérieuse attaque à Emonzaemon, il se retourne contre Pingouin et lui assène une grave blessure. C'est ainsi que Togame et Shichika le découvre en piteux état au bord de la route à Dewa. Celui-ci les implore de sauver Phénix. Après quelques jours de réflexion, les compagnons partent pour le nouveau village des Maniwa, Iga, toujours surveillés par l'étrange princesse Hitei...

Emonzaemon fait face à Togame et Shichika alors qu'ils s'apprêtent à descendre vers Owari pour accomplir la fin de leur voyage et récupérer le 12ème sabre, Entô Jyû, qu'ils soupçonnent être détenu par la princesse Hitei elle-même. Seulement Emonzaemon en sait bien plus qu'il n'y paraît et après avoir révélé la véritable identité de Togame, il dégaine Entô Jyû et tire sur elle. Celle-ci s'effondre sous les yeux désespérés de Shichika. En tant que Princesse Yôsha, fille du chef de la dernière rébellion, elle devait mourir. Shichika se précipite pour recueillir ses dernières paroles, mélange de confession et de révélation sur ses véritables intentions. Avant de s'éteindre définitivement, elle ordonne à Shichika de l'oublier et de vivre pleinement sa vie comme il l'entend. Au château d'Owari, la princesse Hitei a obtenu une entrevue avec le 8ème shogun et aborde la future destruction du Japon, prédite par ses ancêtres il y a déjà de nombreuses années. C'est à ce moment qu'Emonzaemon annonce qu'un intrus a pénétré dans le château : le 7ème maître du Kyotôryû, Yasuri Shichika. Ce dernier tour du destin avait-il aussi été prédit par Shikizaki Kiki ? La colère de Shichika sonne-t-elle la fin de tous et la réécriture de l'Histoire ?