Kaito Kuroba, jeune lycéen de 17 ans qui pratique la magie grâce à Toichi, son père défunt, tombe un jour dans une pièce secrète de sa maison et découvre le costume de Kaitō Kid, un célèbre voleur de pierres précieuses vêtu de blanc qui n'a jamais été arrêté par la police, mais qui a soudainement disparu il y a huit ans, comme son père.

Nakamori, l'inspecteur de police qui traque avec acharnement Kaitō Kid depuis ses débuts, se met à soupçonner Kaito d'être le Kid de par ses talents en magie. Sa fille, Aoko, qui est une camarade de classe et amie d'enfance de Kaito, ne peut croire ceci est donne rendez-vous à celui-ci pour prouver le contraire.

Une princesse européenne fait escale à Tokyo le temps d’exposer son diamant. Bien sûr, celui-ci intéresse Kaito, qui se voit mettre des bâtons dans les roues par un détective - également européen - du nom de Delon, qui à la particularité de tirer sur tout ce qui bouge. Kaitō Kid fait donc preuve d'habileté et de séduction auprès de la princesse, tout en tentant d'échapper aux pièges fous de Nakamori et Delon.

Akako Koizumi arrive au lycée et fait tomber tous les garçons sous son charme, excepté Kaito. Véritable sorcière en magie noire, elle découvre que sa cible, Kaitō Kid, est également indifférent à son charme, et en déduit donc que le voleur et Kaito ne font qu'un. Folle de rage par ce refus d'affection, elle met sur pied un piège magique pour le tuer, allant jusqu'à ensorceler Nakamori.

L'anniversaire d'Aoko ayant lieu le soir même, Kaito lui promet d'être là à sa fête. Mais il doit d'abord faire son devoir de voleur, qui va l’amener à plus que ce qu'il ne s'attendait. En effet, des hommes viennent pour l'éliminer, avouant par là même qu'ils pensaient ne pas l'avoir raté la dernière fois.

Kaito et sa classe partent en voyage scolaire à la neige et arrivés là-bas, une course de ski en duo est organisée. Akako, continuant de vouloir Kaito, jette un sort aux dossards pour forcer le jeune homme à être son équipier. Mais Kaito, ayant prévu le mauvais tour, échange sa tenue avec un autre garçon fou amoureux d'Akako, qui ne s'en soucie guère.

Kaito et Aoko assistent avec Akako à un spectacle de l'illusionniste de renom Gunter Von Goldberg II. Le soir suivant, Kid envoie une note et prévoit de voler le rubis incrusté dans une statue de bronze. Saguru Hakuba, un détective lycéen, arrive de Londres car il est intrigué par un voleur du nom de Spider. Sur une intuition, il se retrouve sur le lieu où Kid doit apparaitre. Mais il ne s'intéresse pas à lui, voulant juste rapidement l'arrêter pour se confronter à sa véritable cible.

Red Tear, le rubis de famille d'une jeune magicienne de la compagnie Hopper, est pris pour cible par Kid. Mais lors d'une balade avec Aoko et leur rencontre surprise avec cette magicienne, Kaito se rend compte que l'Organisation veut aussi mettre la main sur la pierre. Se souvenant d'une chose que son père lui avait dit à propos de la gemme et avec les avertissements d'Akako, Kaito décide finalement d'annuler son vol.

Le prochain vol de Kid semble compromis lorsqu'Hakuba commence à soupçonner Kaito d'être le voleur fantôme. Akako, qui prédit grâce à sa boule de cristal son arrestation par le détective, décide de venir en aide à Kaito en prenant sa place. Mais Spider est bien décidé à en finir avec le Kid.

Lors de l'un de ses vols, Kaito Kid est défié par Chat Noir, un voleur français du même acabit que lui. Celui-ci veut savoir qui est le meilleur d'entre eux deux et la cible à pourvoir est la bague du Golden Eye, un bijou que possédait Marie-Antoinette.

Kid prévoit de voler une Pierre précieuse du nom de Crystal Mother appartenant à la reine d'un grand pays qui est à bord d'un train ralliant Tokyo à Osaka. Accompagné d'Aoko et de Nakamori, Kaito tente de découvrir l'endroit dans lequel la Reine a caché le joyau. Mais l'Organisation se voit embarquer à bord du train avec Snake et Spider, celui-ci se cachant parmi la garde rapprochée du jeune Prince, Philippe.

Nightmare, un voleur qui a la particularité de faire équipe avec d'autres criminels pour les larcins et qui les tue ensuite, oblige le Kid à faire équipe avec lui après lui avoir fourni une échappatoire face à la police. La cible est Dark Knight, des opales noires montées en boucles d'oreilles. Le soir du vol, la police est sur l'affaire - qui amène même Hakuba à revenir - tandis qu'un policier américain haut placé, Jack Connery, est là pour Nightmare.