Une terrible attaque détruit la ville d’Odessa, le rêve de paix entre les Humains et les «évolués» est rompu... Ils sont alors traqués par Joanne et Luke qui les recherchent sans relâche pour venger leur fils tué lors de l’événement à Odessa.

Noah Bennet et Quentin Frady tentent de déceler la vérité derrière le drame d’Odessa. Pendant ce temps, à Tokyo, Miko recherche son père grâce à son sabre.

Tandis que la puissante organisation Renautas révèle jusqu’où ils peuvent aller pour protéger le monde des «évolués», Noah Bennet et Quentin continuent leurs recherches pour déjouer ce complot.

Miko continue sa mission et voyage dans le but de trouver son épée. Autre part, Tommy doit utiliser son don pour sauver la vie d'une personne proche de lui et Luke se butte à d'inattendus obstacles avec sa femme Joanne.

Noé et Quentin prennent Renautas. Le plan de Miko pour récupérer son épée met son pays en difficulté. Le voyage de Malina la rapproche de la vérité. Luke retourne à la maison pour faire face à son passé. Les autorités se rapprochent de Tommy. Carlos a peut-être trouvé un allié inattendu et Erica solidifie ses plans.

Miko parvient à libérer Hiro Nakamura. Tommy et Emily font une escapade à Paris. Carlos emmène Dearing jusqu'au Manoir Sunstone, mais celui-ci trouve le moyen de le piéger. Malina sauve la vie de Luke. Il décide de l'aider à retrouver Tommy.

Hiro et Noah arrivent au sommet de l'Unité, le 13 juin, dans l'espoir d'empêcher l'attentat et de sauver Claire. On découvre qu'Angela a essayé de dissuader Mohinder de parler au sommet, puisqu'elle avait eu une vision.

Hiro et Angela sont coincés en 1999, les bébés de Claire privant le téléporteur de ses pouvoirs. Ainsi, quand le 13 juin, Noah va à la rencontre de Hiro, c'est une version âgée de 16 ans de plus qui l'attend aux côtés de Nathan.

Dearing et Carlos arrivent au manoir, et chacun de leur côté rencontrent le directeur, qui a le pouvoir de lire dans les pensées. Une fusillade a lieu Chez Moe, entre Joanne, Luke, Caspar, Emily et Tommy, mais ce dernier arrête le temps.

Noah emmène Malina à Odessa, pour la réunir avec son frère. Sur le trajet, ils croisent Luke, qui veut les accompagner. Mais Noah est très méfiant et décline la proposition. Cela dit, Luke, ne se laisse pas abattre et les suit en voiture.

Luc et Malina se réunissent pour sauver Tommy et sauver l’humanité à la suite de la disparition de Noah . Pendant ce temps, à la mystérieuse Sunstone Manor, une bataille fait rage pour libérer des prisonniers. Celle-ci est sous le contrôle de Matt Parkman.

Selon l’avis de hauts responsables scientifiques, la première des deux énormes éruptions solaires va frapper l’Amérique du nord au moment même où la puissante force magnétique des pôles va s’inverser. Toute l’humanité est menacée...

Tommy fait face à un immense challenge. Erica n'a plus aucunes limites pour arriver à ses fins. Luke et Quentin viennent en aide à Malina pour réaliser la prophétie de son grand-père. Emily et Ren cherchent Miko, alors que Carlos saisit sa chance...