Le vaisseau Enterprise s'est fait projeter dans le passé et l'équipage se retrouve au coeur des événements de 1944. Les aventuriers de l'espace doivent bientôt stopper une guerre froide déclenchée par des extraterrestres, et préserver le cours de l'Histoire, ce qui n'est évidemment pas de tout repos...

Les pionniers de l'espace Archer et Silik sont projetés en 1944 et doivent retrouver les agents temporels qui ont changé le cours de l'Histoire et la fin de la Seconde Guerre mondiale. Ils pourront peut-être ainsi empêcher la destruction du cours du Temps...

L'Enterprise revient sur Terre où son équipage est accueilli en grandes pompes. Mais une enquête est tout de même ouverte sur l'attaque xindi. Tucker, qui n'a plus de foyer dans la Floride détruite, accepte l'invitation de T'Pol sur Vulcain pour y rencontrer sa mère. Mais T'Les, la mère de T'Pol, a organisé le mariage de sa fille avec son prétendant vulcain, Koss...

17 mai 2154. L'Enterprise croise le chemin d'Arik Soong, un scientifique obsédé par la création de supersoldats appelés «Améliorés». Croyant que les modifications génétiques sont l'avenir, il ravive vingt embryons des guerres eugéniques...

Archer sauve Smike, un Amélioré trompé sur Trialas Quatre par ses amis surhommes. Phlox découvre que Smike est défectueux, victime d'une expérience génétique qui a échoué. Contrairement aux autres, il n'a aucun super pouvoir. L'ancêtre du créateur de Data ne maîtrise plus du tout les créatures qu'il a créées à partir des surhommes des guerres eugéniques...

Une guerre interstellaire risque d'éclater si les Améliorés continuent à se rebeller contre leur créateur. En effet, ces êtres modifiés sont en train de fomenter des plans contre les Klingons...

L'ambassade vulcaine sur Terre est détruite par une explosion, tuant trente-et-un humains et douze vulcains. L'Enterprise est dépêché sur Vulcain pour enquêter, mais le Haut Commandement suspecte déjà une faction religieuse, les Syrrannites, d'être les responsables de l'attentat. T'Pol apprend alors de son mari, Koss, que sa mère, T'les, s'est enfuie pour ne pas être arrêtée...

Après leur périlleuse traversée du désert vulcain, Archer et T'Pol localisent finalement les Syrrannites, la faction révolutionnaire accusée de l'attentat contre l'ambassade de la Terre...

Les Vulcains et les Andoriens se livrent à des combats militaires impitoyables. Cependant, les aventuriers du vaisseau Enterprise sont chargés d'une mission délicate. Ils doivent rapporter un Artefact sacré, qui renferme des écrits du maître vulcain Sirak concernant un conflit religieux interne. Mais l'ordre a été donné d'empêcher Archer, T'pau et T'Pol de mener à bien leur périlleuse mission...

Emory Erickson, le créateur du téléporteur, se rend à bord du vaisseau Enterprise pour y réaliser sa dernière expérience qui s'avère être dangereuse...

Un groupe d'extraterrestres non corporels étudie l'équipage de l'Enterprise atteint par un virus mortel rapporté à bord lors d'une mission d'exploration. Les rumeurs soutiennent que ces êtres seraient les Organiens, ceux-là même qui forceront un siècle plus tard la Fédération et les Klingons à cesser leur guerre...

La Terre se porte volontaire pour servir de médiatrice dans un conflit entre les Tellarites et les Andoriens. L'Enterprise doit accueillir la délégation Tellarite, menée par le plutôt rustre ambassadeur Gral, jusqu'aux pourparlers de paix sur Babel Première...

Archer monte une alliance entre Andoriens, Tellarites et Vulcains pour démasquer le vaisseau solitaire qui les harcèle. Bien sûr, ils ne savent pas que ce vaisseau est Romulien. Pendant ce temps, Reed et Tucker, toujours coincés à l'intérieur de l'engin, se retrouvent en danger de mort...

A l'occasion de sa visite sur Andor lors des tensions mêlant Andoriens et Tellarites, Archer fait la connaissance des Aenars, une race aveugle et télépathe qui habite les caves gelées du sous-sol d'Andor et qui partage la planète avec les Andoriens...

Une mystérieuse peste cause des ravages à travers tout l'Empire Klingon. Un groupe de Rigeliens attaque l'Enterprise, de retour sur Terre pour assister au lancement officiel du NX-02, sous le commandement du capitaine Erika Hernandez, et enlève Phlox, afin de travailler sur un remède pour les Klingons. Et l'on découvre enfin pourquoi les Klingons de l'époque de Kirk, un siècle plus tard, n'ont pas ces protubérances crâniennes qui les caractérisent...

Phlox, enlevé par les Klingons, trouve un vaccin contre la peste qui sévit dans l'Empire, mais qui laissera des traces visibles. Pendant ce temps, la tension monte avec les Terriens, qui amènent en renfort de l'Enterprise le NX-02 Columbia, commandé par le capitaine Erika Hernandez...

27 décembre 2154. Trois esclaves Orionnes sont données au capitaine Archer en échange de négociations avec le Syndicat d'Orion. Elles sèment la pagaille au sein de l'équipage, qui ne sait plus où donner de la tête. Pendant ce temps, la relation entre Trip et T'pol prend une nouvelle tournure...

Bozeman, Montana, 5 avril 2063. Le premier contact des Terriens avec des extraterrestres, en l'occurence de pacifiques Vulcains venus saluer les nouveaux voyageurs intersidéraux, a lieu...

L'Entreprise impérial vole le USS Defiant, un vaisseau incroyablement perfectionné. Avec l'aide de l'amiral Black, qui commande l'Avenger, et de son premier officier, le subversif Vulcain Soval, le commandeur Archer de l'Entreprise Impérial capture son malheureux équipage et le torture. Ce vaisseau puissant sera-t-il la clé de son ascension au pouvoir ?

Les ambassadeurs des différentes planètes, avec lesquelles les Terriens entretiennent désormais des relations diplomatiques, se réunissent sur Terre afin de tenter de monter une coalition de planètes. Ils espèrent ainsi lutter ensemble contre les ennemis qui les guettent régulièrement...

Les ambassadeurs aliens, réunis sur Terre sur l'invitation du président de la Terre Nathan Samuels pour créer une coalition de planètes, prennent peur devant la montée xénophobe des Terriens. Sous la direction de Paxton, un adepte du monstrueux colonel Green, ils menacent de plus en plus les aliens. Starfleet Command est en danger...

Troi et Riker profitent du holodeck de l'Enterprise du XXIVe siècle pour se remémorer les grands moments du premier vaisseau intersidéral de Starfleet appelé Enterprise, de son premier équipage et de son célèbre capitaine Jonathan Archer, depuis son voyage inaugural jusqu'à la création de la Fédération...