Noël approchant, Sacha, Pierre et Ondine vont chercher une bûche en laissant leurs Pokémon dans le chalet que leur a prêté le Professeur Chen. Les Pokémon s'amusent avec les préparatifs en cours et le sapin. En l'absence de leur dresseurs, les bourdes s'accumulent. Le sapin est plusieurs fois mis à mal, Pikachu fait son possible pour le rattraper, mais ne peut le tenir éternellement. Ses compagnons se moquent de lui, ce qui met en colère le Pokémon électrique, menant à une coupure du courant. Les Pokémon se retrouvent autour d'une boite à musique puis sous l'impulsion de Pikachu, tous les Pokémon aident à redresser la sapin. Juste à temps pour le retour de leurs dresseurs. La neige est au rendez-vous de l'hiver et les Pokémon du Pokégroupe, se levant plus tôt que leurs dresseurs, se retrouvent dehors à jouer. Togepi, repérant une trace dans la neige plus grosse, ne peut s'empêcher de la suivre. Pikachu et lui tombent sur un Kangourex et son petit avec lequel le groupe va jouer à la bataille de boules de neige. Plus tard, le petit et Togepi trouvent une luge dans laquelle ils vont embarquer puis, avec l'aide involontaire de Pikachu, vont dévaler la montagne. Tout le groupe de Pokémon, et chacun à sa façon, les suit. En bas de la pente se trouve un lac vers lequel le groupe fonce, mais la mère du petit vient les arrêter grâce à sa force. Au soleil couchant, les Pokémon retrouvent leurs dresseurs qui les ont laissés s'amuser toute la journée et la neige se remet à tomber.

Les Frères Pichu et leurs amis s'amusent dans leur terrain de jeu. Les deux frères se disputent et finissent par s'électriser puis l'un d'entre eux se retrouvent sur une planche de skateboard qui part dans la ville du Millenium. Il se retrouve avec son ami Axoloto dans un parc où ils vont trouver des ballons et ne peuvent s'empêcher d'en subtiliser pour s'amuser. Pichu prend la grappe et est emporté dans les airs. Le deuxième Pichu part à la recherche de son frère, il est guidé par l'Azumarill qui l'a vu plus tôt. Ses recherches le mènent à déranger un Malosse qui les poursuit, lui et ses amis, jusqu'à un canal où ils sont sauvés par un Aligatueur. Le Pichu toujours suspendu dans les airs voit un Cornèbre percer un à un les ballons qui le retiennent dans les airs. Teddiursa, qui venait cacher de la nourriture, amortit la chute à l'aide d'Axoloto. Après s'être retrouvés, les deux Pichu se disputent à nouveau et énervent Azumarill qui met, à son tour, en colère Lippouti, puis Magby. Finalement, la course des Pokémon électrique et les attaques des Pokémon en colère ont dessiné un nouveau toboggan pour le terrain de jeu.

Les Pokémon du Pokégroupe font du bowling avec des boules de neige et Kaiminus déstabilise un Cadoizo lors de sa tournée à l'occasion de Noël. Les cadeaux sont disséminés dans toute la ville et toute la troupe décide d'aider Cadoizo à les retrouver. Les premiers cadeaux sont rapidement retrouvés, mais les trois derniers résistent aux recherches. L'un d'entre eux se retrouve aux mains d'un Capumain joueur qui finit par être récupéré. Les autres cadeaux sont retrouvés, mais Cadoizo se rend compte qu'il lui en manque un dernier. Il est trouvé au sommet d'un arbre, et de fil en aiguille, arrive dans les mains du Capumain, revenu avec de meilleurs intentions. Ce-dernier rend le cadeau au Père Noël qui part faire sa tournée. Les Pokémon du Pokégroupe font des bonhommes de neige, Kaiminus en fait un impressionnant, que tous ensemble, ils font ressembler à un Ronflex. La nuit venue, ils sont réveillés par un Ronflex qui les amène à l'extérieur. Au fur et à mesure des événements, la troupe se retrouve dérivant sur un iceberg et admirant une aurore boréale. Emporté par un tourbillon, Ronflex gèle l'eau entourant leur embarcation de fortune, et le groupe peut admirer les Pokémon nageant aux alentours. Le nouveau navire de glace que les Pokémon se sont construit ne permet pas de les soutenir, et le groupe sombre. Ils sont cependant sauvés par des Lokhlass qui les amènent jusqu'à la berge et à un groupe de Ronflex. Au matin, les Pokémon se réveillent dans le Centre Pokémon et se posent la question de la réalité de leur aventure nocturne.

Près d'un village de fermiers, un scientifique lâche des robots qui marchent vers les récoltes. Le village sonne l'alarme et tente de repousser les machines. Tombent alors du ciel Jessie, James et Miaouss, que le village confond avec la Team Royal, une équipe de héros présente dans un des films que connaissent les habitants. Pensant prouver sa méchanceté en s'attaquant aux robots, la Team Rocket ne fait que renforcer son image héroïque auprès les habitants. Elle décide alors de profiter de la situation pour espérer en tirer des avantages. Le trio attaque alors la demeure du scientifique et découvre que ce fameux personnage ne voulait qu'aider les villageois à réaliser leur récolte grâce à ces robots, et qu'une mauvaise manipulation expliquait leurs attitudes destructrices. Jessie, James et Miaouss souhaitent alors exploiter les robots pour le compte de la Team Rocket. C'est alors qu'une volée Nirondelle se dirige vers les cultures. Le scientifique aide le trio pour la mettre en déroute. Tout le monde est félicité par le village, malheureusement une mauvaise manipulation de James fait décoller le trio vers de nouvelle aventures. À la fin de l'épisode, on les voient atterrir à proximité de là où passent Sacha et ses amis, près à leur jouer un mauvais tour dans l'épisode 279.

Miaouss a pris des vacances, est parti à la ville du Millenium et a pour projet d'y construire une statue géante à son effigie. En ville, il arrive dans le terrain de jeu des Frères Pichu et de leurs amis. Ensuite il rencontre Malosse qui se met à le poursuivre après avoir été piétiné. Le lendemain, Miaouss repart pour ériger sa statue, et afin d'avoir les fonds nécessaires, il finit par chercher un travail. Le Pokémon devient livreur de pizzas, et décide de se faire aider par les Frères Pichu et leurs amis. Lippouti durant ses livraisons tombe sur le gang des Carapuce et ne peut les mener à bien. Teddiursa, de son côté, se fait écraser par Ronflex. Les Frères Pichu, eux, rencontrent Malosse qui n'aime pas du tout se faire marcher dessus, mais Magby leur vient en aide et fait fuir le Pokémon Ténèbres. Son job de livreur de pizzas tombe à l'eau pour Miaouss, il choisit de devenir agent de nettoyage. Les Frères Pichu et leurs amis, pour se faire pardonner, viennent aider Miaouss. Une maladresse des Pichu et une réaction en chaîne plus tard, Miaouss est à nouveau renvoyé. Les Pokémon remontent le moral du Pokémon de la Team Rocket en lui offrant de la nourriture, et bien que ne l'appréciant pas, celui-ci accepte en guise de réconciliation.

Après ses déconvenues lors de ses petits boulots à cause des amis des Frères Pichu, Miaouss n'a plus que deux jours de vacances. Il prend une pause en déjeunant dans le parc de la ville du Millenium, et alors qu'il rêve de grandeur, son sandwich est emporté par un Kecleon camouflé. Après une course-poursuite à laquelle les Frères Pichu et leurs amis prennent part, le sandwich atterrit dans l'estomac de Teddiursa. Miaouss, après avoir tergiversé sur la marche à suivre, reprend la poursuite du Pokémon camouflé, et tout le monde se retrouve du côté de l'atelier de Queulorior. Le Pokémon artiste aide le groupe en projetant de la peinture autour d'eux et révèle Kecleon qui tente une fuite discrète, mais ratée. La course-poursuite s'achève sur les retrouvailles avec Azurill qui avait été recueilli par Kecleon. Tout le groupe part ensuite voir Azumarill qui préparait depuis longtemps une réception en l'honneur du bébé Pokémon dans le parc. Le lendemain, Azumarill prépare un nouveau repas pour le petit Pokémon. De son côté, Azurill laissée sous la garde des Frères Pichu, disparaît très vite. Pendant ce temps, Miaouss déambule en ville, et tombe amoureux d'une Skitty qui l'ignore. Alors que les Frères Pichu et leurs amis poursuivent Azurill se baladant en ville, Miaouss concocte divers plans afin de séduire Skitty. La farceuse Azurill prenant grand soin de les faire échouer, Miaouss tente de se venger, mais le groupe des Frères Pichu sauve le petit Pokémon et Miaouss est propulsé tout droit sous un Ronflex.

Butch et Cassidy débarquent non loin du laboratoire du Professeur Chen pour le voler. Pendant que le professeur reçoit la visite du Vendeur de Magicarpe puis de Delia Ketchum, Butch et Cassidy se déguisent en Grolem et Nidoqueen pour pénétrer le territoire Chen. Plusieurs des Pokémon de Sacha se mettent involontairement au travers de la route des deux malfrats, les événements intriguant de plus en plus le gardien des lieux : le Bulbizarre de Sacha. Les Pokémon tentent de prévenir le professeur mais celui-ci est occupé. Jacky, lui, est embarqué de force par le Pokémon Plante. Le Noarfang de Sacha est appelé à l'aide et repère les deux voleurs pénétrant dans le laboratoire puis la réserve de Pokéballs. Le Professeur, Delia et Jacky se rendent compte du vol et partent à la poursuite des malfaiteurs avec l'aide de tous les Pokémon. Le Nidoking de Régis, et le Grotadmorv de Sacha ralentissent, sans le vouloir Butch et Cassidy, pendant que Noarfang repère l'hélicoptère des deux membres de la Team Rocket. Arrivés à leur moyen d'évasion, Butch et Cassidy sont accueillis par le Professeur, Jacky, Delia et les Pokémon de Sacha. Le combat s'engage entre le Malosse de Cassidy, le Kapoera de Butch et Bulbizarre, M. Mime de Delia et l'Insécateur de Jacky. Butch et Cassidy sont envoyés au loin et les Pokéballs sont récupérées.

Richie débarque en compagnie de Sparky au laboratoire du Professeur Chen, il est là pour des conseils sur l'évolution de son Évoli. Jacky appelle le professeur mais tombe sur Marie le prévenant qu'il a été enlevé. Richie et Jacky vont vite retrouver l'animatrice et commencent l'enquête par le début : ce qu'il s'est passé dans la matinée. Marie leur raconte les répétitions et la disparition du professeur emmené par deux scientifiques louches. Richie prend en main l'enquête et mène les investigations auprès des gardes du bâtiment. Son scénario de livreur suspect se révèle très vite crédible après avoir interrogé les gardes. Pendant ce temps, Butch et Cassidy s'évadent dans leur camion avec le Professeur à l'arrière, et se remémorent leur plan s'étant déroulé à la perfection. L'enlèvement du professeur leur a été demandé par le Docteur Namba qu'ils sont en train de rejoindre. Arrivés à destination, le docteur demande des échantillons de Pokérus au professeur, ce-dernier résiste et se fait torturer par des bruits de crissements de verre. Richie, Jacky, Marie et l'Agent Jenny finissent par retrouver le Professeur et le combat s'engage entre le Ténéfix de Cassidy, le Grahyèna de Butch et Sparky, Rose et l'Insécateur de Jacky. Insécateur et Rose sont très vite dépassés, Richie fait alors appel à Zippo. Les deux Pokémon de Richie en finissent avec Butch et Cassidy et le Professeur peut assurer son émission en compagnie de Marie, Richie demander conseils au Professeur, et celui-ci finir par reprendre ses recherches sur le Pokérus.

Dans le territoire Chen, des Marill s'amusant provoquent une réaction en chaîne via les Pokémon de Sacha faisant que les Tauros de celui-ci foncent vers le laboratoire du Professeur Chen. Pendant ce temps, le Professeur Chen, Jacky et Delia Ketchum attendent le fils du maire qui doit débuter son voyage Pokémon le jour même. Les Tauros éventrent le laboratoire du Professeur et font peur aux trois Pokémon de départ qui attendaient le jeune dresseur. Celui-ci arrive et fait preuve d'arrogance en demandant au Professeur un Poussifeu ou un Vigoroth. Finalement, faisant valoir son statut de fils du Maire, il demande un Pikachu comme un certain dresseur dont il a entendu la « réussite ». Les Pokémon s'étant enfui, le Professeur, Jacky, Delia et Gilbert, le fils du Maire partent à la recherche des Pokémon. Rapidement, Jacky sauve Salamèche, quant à Gilbert, sur le terrain, il se montre peureux et peu enclin à l'aventure. Le Professeur en compagnie du fils du Maire finit par retrouver Carapuce et le sauve d'une chute dans un ravin. Le Professeur en profite pour faire la leçon à Gilbert, ce que celui-ci met très vite en pratique en faisant des blagues à Carapuce pour le rassurer. Masae, la vendeuse du Konbini fait part des renseignements qu'elle a obtenu en prévenant les habitants, et Bulbizarre est retrouvé près d'un groupe de Colossinge. Suite à une gaffe de Gilbert, les Colossinge lancent Mania, et le groupe est obligé de fuir. Le petit Bulbizarre avec le fils du Maire se retrouvent seuls à courir devant les Colossinge. Gilbert fait preuve de courage en voulant sauver le jeune Bulbizarre avant que le Bulbizarre de Sacha avec un Lance-Soleil ne calme les Colossinge. Finalement Gilbert part en voyage Pokémon en compagnie du petit Bulbizarre.

Le Professeur Chen avec Jacky va rendre visite à son petit-fils, Régis, dans son laboratoire. Sur le chemin pour y accéder, ils croisent un Ptéra, Régis explique alors à son grand-père et Jacky que lui, Tara, sa collègue et Jaren, leur assistant, étudient les Pokémon fossilisés et ont réussi à faire revivre un Ptéra peu enclin à être contrôlé. Cristal, la sœur de Tara appelle ses amis Pokémon pour aider à rechercher le Pokémon fossile. Pendant ce temps, Butch et Cassidy recherchent, eux aussi, Ptéra, et finissent par le croiser de façon furtive. Le groupe du Professeur retrouve Ptéra qui s'enfuit droit vers le filet de Butch et Cassidy. Régis et son Noctali entament le combat face à Malosse de Cassidy et Kapoera de Butch. Rapidement, Cristal envoie son Herbizarre au combat, et y met fin avec Lance-Soleil associé à un Ultralaser de Ptéra. Le Professeur se rend compte que Ptéra a seulement peur, étant revenu à la vie depuis peu. Pendant que Ptéra se nourrit, Butch et Cassidy reviennent en hélicoptère s'emparer du Pokémon. Régis fait alors appel à son Dodrio pour les arrêter, après que Ptéra ait été libéré, Régis parvient à gagner la confiance du Pokémon en lui donnant à manger. Alors que le Professeur et Jacky s'en vont, c'est Cristal qui s'occupe de nourrir Ptéra.

Cathy et ses Pokémon se reposent dans un parc après la défaite de l'équipe des Élektek. Elle y rencontre le joueur vedette blessé de son équipe qui poursuit son Dracaufeu ne pouvant plus utiliser Lance-Flammes ni voler. Cathy décide de faire ce qu'elle sait faire de mieux : encourager Dracaufeu à reprendre confiance en entonnant une chanson de motivation. Auprès du père de Corey, Cathy apprend que la blessure du joueur est guérie mais qu'il a perdu confiance en lui, la jeune fille est alors surexcitée à l'idée de redonner l'espoir à Corey (et accessoirement, à Dracaufeu). Après une séance en pom-pom girl, Don, le Dracaufeu est sur le point de parvenir à voler à nouveau, puis le père de Corey défie Dracaufeu avec son Pharamp. Cathy joue la coach auprès de Dracaufeu durant le combat qui est un échec. Cela faisait partie du plan de Cathy pour que Corey reprenne sa destinée en main tout en entraînant Dracaufeu. Alors que Corey tentait de redonner confiance à Dracaufeu, le joueur et son Pokémon tombent dans un ravin au dessus d'une étendue d'eau. Cathy en compagnie de ses Pokémon les retrouve. La jeune fille tombe à son tour et Corey parvient à la rattraper à l'aide d'une corde. Avec Cathy sur le dos, Corey grimpe la falaise, son Dracaufeu l'observe de loin à cause de sa peur panique de l'eau. À nouveau, ils tombent dans l'eau, et Dracaufeu finit par vaincre sa peur et plonge sauver la jeune fille et son dresseur puis s'envole. Au match suivant, Corey reprend sa place dans l'équipe des Élektek et sous les yeux de Dracaufeu, il donne la victoire à son équipe.

Jimmy et son Typhlosion battent un Kicklee et Curtis avec Lance Flamme avant de repartir pour d'autres aventures. Attila et Hun rencontrent le Professeur Sébastian qui leur donne le Cristal Miracle attirant tout ce qui marche à l'électricité. S'étant arrêté dans un Centre Pokémon, Jimmy voit Marina parler au téléphone avec leur ami commun Vincent. Marina s'amuse en faisant du charme à Jimmy, mais celui-ci, bien que visiblement amoureux de la jeune fille, décide de l'ignorer. Les deux dresseurs décident de faire un match. Celui-ci commence par le Rondoudou de Marina contre le Dardargnan de Jimmy. Le Pokémon Insecte gagne le premier round, Marina continue avec Crocrodil et Jimmy utilise Typhlosion, mais le match est interrompu par un orage inhabituel. Le Feuforêve de Marina est attiré là-bas où le duo retrouve Attila et Hun en train de maltraiter des Pokémon Électrique, ce qui finit par attirer Raikou. Les deux malfaiteurs tentent d'attraper la Bête Légendaire et le Cristal Miracle empêche Raikou d'utiliser ses pouvoirs. Jimmy s'interpose et envoie Typhlosion à l'attaque.

Jimmy et son Typhlosion se lancent dans un combat perdu d'avance contre Attila et Hun, c'est alors que Marina et son Feuforêve utilisent Requiem pour leur venir en aide. Les deux malfaiteurs sont obligés de battre en retraite laissant leur proie sur place. Raikou ne laisse pas approcher Jimmy, mais celui-ci parvient tout de même à approcher la Bête Légendaire et l'amène au Centre Pokémon. Eugène débarque et Marina tombe sous son charme, puis c'est au tour de Kudo, un archéologue, d'arriver. La légende de Raikou est alors racontée à Jimmy et Marina Mais dans la matinée, le Pokémon s'enfuit. Comme la veille, il est attiré par le pouvoir du Cristal Miracle de la Team Rocket. Jimmy, Marina et Eugène tentent d'aider Raikou, ils sont aidés par l'arrivée de Vincent et de son Méganium. Malgré tous leurs efforts, Attila et Hun enlèvent Raikou, Marina et son Feuforêve. La jeune fille parvient à ouvrir la porte du vaisseau volant qui les transporte, elle pousse Raikou à sauter et doit rester prisonnière.

Marina a été enlevée, Eugène et Jimmy cherchent à mettre au point un plan pendant que Vincent est inconsolable. Ils tentent de l'appeler via leur PokéMatos mais Attila réduit en poussière celui de Marina. Attila et Hun activent une fois de plus leur Cristal Miracle pour attirer Raikou. Pendant que la Bête légendaire attaque le Cristal à bonne distance, Jimmy et Vincent sauvent Marina. Raikou arrive ensuite et parvient à désactiver la machine contrôlant le Cristal, ce-dernier n'en devenant que plus puissant. Raikou et son électricité sont alors attirés par le Cristal Miracle. Prisonnier d'un champ magnétique, le Pokémon ne peut plus lutter. Eugène fait alors part aux trois jeunes dresseurs d'un plan de la dernière chance : leurs Pokémon devront pénétrer le champ magnétique, récupérer Raikou et repartir avant l'explosion. Les Pokémon puis leurs dresseurs adhèrent au plan, et se lancent à l'assaut. Ils sont ralentis par les Pokémon d'Attila et Hun, mais Eugène utilise son Alakazam en renfort. Jimmy parvient à piéger le Steelix de Hun qui tombe dans un ravin, les deux Pokémon d'Attila étant occupés par le Feuforêve de Marina et l'Alakazam d'Eugène. Raikou finit par s'en sortir grâce à l'aide des jeunes dresseurs et de leurs Pokémon puis brise le Cristal. Les deux malfaiteurs s'enfuient, les dresseurs disent au revoir au Pokémon légendaire et reprennent leur voyage.

Alors que le trio Rocket s'envole vers d'autres cieux, James laisse s’échapper toutes ses capsules et une des capsules tombe sur Miaouss. Il y a un R dessus. Jessie se souvient alors des moments qu’elle a passé pour rentrer dans la Team Rocket. Plusieurs années plus tôt, Jessie est en train de passer un exercice avec son coéquipier Gérome pour récupérer une statue d’Artikodin. Mais son Gérôme lâche la corde, et Jessie lâche la statue qui tombe et se casse. L’alarme est déclenchée mais seule Jessie a pu partir. Dans le bureau du boss, l’entraîneur annonce que Jessie est quelqu’un de très difficile à caser avec un coéquipier et lui donne une dernière chance. C’est alors qu’un Miaouss qui parle arrive et veut intégrer la Team Rocket. En salle d’entraînement, Cassidy se moque de Jessie en se servant du prétexte "qu'elle ne trouve pas d'équipier parce que personne ne veut d'elle",Jessie tente de se défendre mais ne trouve pas d'argument valable pour répondre au injures de Cassidy. Le soir, Jessie apprends qu'elle à un nouvel équipier, du nom de James et qu’ils seront dans la même équipe (même s'ils sont réticents à s’associer au début). Le lendemain matin, Miaouss apprend qu’il fera partie d’un trio et fait la connaissance de Jessie et James qui sont surpris de voir un Pokémon parler. L’entraîneur annonce un exercice difficile : traverser une montagne et une vallée pleine d’obstacles pour aller à l’arrivée. En effet le parcours est très difficile, Miaouss ne tarde pas à avaler sa pitance (un morceau de pain et de l'eau) et se fait aider par James qui lui donne son pique nique pour lui donner des forces. Cette action ne laisse pas Jessie indifférente. Le soir, Jessie partage son morceau de pain en trois et donne une partie à Miaouss et insiste pour que James prenne également un morceau de son pain. La nuit, Jessie et James ne dorment pas. James dit à Jessie qu'il pense sincèrement qu'ensemble, ils pourraient former, une formidable équipe. Jessie ne sais pas si elle doit vraiment y croire, et James lui fait la promesse de ne jamais la laisser tomber. Jessie comprends alors que James dit la vérité et qu'il est peut être LE bon équipier. Le lendemain, ils continuent leur parcours et arrivent devant un pont croulant. En effet, le pont casse et Miaouss a tout juste le temps de s’accrocher à Jessie. James s’accroche à la queue de Miaouss mais remarque que celui-ci a terriblement mal. Il décide de se jeter dans la rivière. Il se retrouve plus tard à l’hôpital et est salement amoché. Jessie et Miaouss doivent continuer l’entraînement à deux. Leur dernière entraînement avant de savoir s’ils seront admis dans la Team Rocket : ils doivent récupérer un Ronflex rouge avant minuit. Dans l’immeuble se trouvent bien sur des obstacles. Le soir, alors que Jessie, complètement désespérée de ne pas être avec James pour sa mission, s'apprête à jeter l'éponge, ils voient James venir avec eux : il fera l’entraînement avec Jessie et Miaouss ! Terriblement émue par les paroles de James, Jessie est sur le bord des larmes et se retourne vers le bâtiment pour pleurer rapidement. Ils entrent alors dans l'immeuble. Dans l’immeuble, il y a beaucoup de dangers. L’ascension, se passant au son de la version longue de Nous sommes de retour, est difficile, mais Jessie, James, Butch et Cassidy arrivent auprès de Ronflex. Butch et Cassidy s’y précipitent mais tombent dans un trou venu de nulle part. Il arrive la même chose à James et Miaouss mais se rattrapent à temps et Jessie les récupère. Mais trop tard, il est minuit : le Ronflex se réveille, et l’entraîneur enlève son masque de Ronflex : l’entraînement est fini. Le lendemain, l’entraîneur annonce les résultats (à noter que Butch et Cassidy sont couverts de bandages). Aucune équipe n’a récupéré le Ronflex mais Jessie et James ne sont pas tombés dans le trou. Résultat : Jessie et James sont admis dans la Team Rocket, mais finalement Butch et Cassidy aussi (comme les 2 équipes sont arrivées auprès du Ronflex). C’est le bonheur pour tout le monde. Avec tous ces souvenirs, Jessie, James et Miaouss sont encore plus déterminés... à pratiquer leur sport favori : l'envol vers d'autres cieux.

Après avoir quitté ses amis, Ondine arrive à Azuria. Dans une rue, elle voit un attroupement de gens devant une télévision de magasin. Il semble qu'une arène a été fermée suite à une inspection et d'après les rumeurs, la prochaine inspection concernerait l'arène d'Azuria. Inquiète, Ondine se dépêche de s'y rendre sans remarquer trois garçons qu'elle a déjà croisé : les frères Pokémon invincibles. Elle les a déjà battus, et ils sont déterminés à se venger de la jeune fille. Dans l'arène, une infirmière Joëlle et plusieurs autres personnes sont autour de la piscine, dans laquelle un Léviator nage furieusement. Les garçons expliquent à Ondine qu'ils font partie du fan club des sœurs sensationnelles et qu'ils gardaient l'arène jusqu'à son arrivée. Cependant, il disent aussi que Léviator est devenu incontrôlable depuis plusieurs jours. Ceci dit, ils s'enfuient rapidement. Ondine avoue à Joëlle que si elle aime beaucoup les Pokémon Eau, elle est terrorisée par les Léviator depuis que, bébé, elle est entrée dans la gueule de l'un d'eux qui l'a recrachée. Derrière la vitre de la piscine, Hypotrempe et Staross vont dire bonjour à Ondine qui est contente de les retrouver, mais Léviator leur fait peur. Ondine, se souvenant d'un spectacle qu'elle avait fait avec Magicarpe bien avant qu'il n'évolue, remet son costume de scène et va dans la piscine pour tenter de rendre à Léviator ses bons souvenirs. Elle commence à danser avec les Pokémon, quand Léviator, dans une colère noire, provoque un tourbillon qui fait perdre connaissance à Ondine. Elle fait un rêve dans lequel elle voit Pierre et Sacha qui la félicitent pour son nouveau poste de championne d'arène. Elle leur dit qu'elle ne s'en sent pas capable mais ils rétorquent qu'ils lui font confiance et qu'elle en est tout à fait capable. Après avoir vu Léviator dans son rêve, elle se réveille dans un canapé sur lequel Joëlle l'a couchée. De retour devant la piscine, elle demande à Léviator d'entrer dans sa Poké Ball mais face à son refus, elle fait tomber une cage sur lui au fond de la piscine pour éviter que les autres Pokémon ne soient blessés. À ce moment, les frères Pokémon la raillent en disant que, comme elle ne peut même pas contrôler ses Pokémon, elle n'est pas capable d'être championne. Ils la défient et font venir la population d'Azuria. Ondine accepte le défi. Les frères annoncent que s'ils gagnent, ils ont l'intention de garder l'arène pour eux. Stari se retrouve face à un Tygnon, qui semble être en difficulté dans l'eau. Ondine envoie Stari lui porter secours, mais Tygnon attaque Stari alors qu'il était tout proche. Il s'agissait d'une feinte mais Joëlle qui arbitre annonce que devant cette tricherie, la manche revient à Ondine. La deuxième manche oppose Corayon à un Tentacruel. Semblant d'abord en difficulté, Corayon se rétablit très vite grâce à son attaque Soin et commence à charger, mais les deux frères Pokémon qui, jusque là ne faisaient que regarder, envoient deux autres Tentacruel, qui écrasent Corayon. Horrifiée, Ondine plonge au secours de Corayon pendant que Joëlle, devant cette nouvelle tricherie, dit aux frères Pokémon que non seulement ils ont perdu le match mais qu'en plus, ils ne seront plus admis dans des match officiels. Furieux, les frères s'en prennent à Léviator, toujours dans sa cage. Il reçoit une triple attaque Dard Venin qui le met très mal en point. Ondine se précipite pour l'aider et s'interpose. Elle reçoit alors toutes les attaques sous les yeux de Léviator. Celui-ci commence alors à se débattre et arrive à se libérer. Il remonte Ondine à la surface pour qu'elle puisse respirer. Après quoi, il vient facilement à bout des trois Tentacruel et les éjecte avec une puissante attaque Ultralaser. Les frères Pokémon, effrayés, tentent de s'enfuir mais ils sont éjectés à leur tour. Sous les acclamations du public, Ondine demande à Léviator, beaucoup plus calme, s'il accepte maintenant de rentrer de sa Poké Ball. Joëlle la félicite puis lui dit qu'elle a brillamment passé l'inspection. En effet, elle révèle qu'elle est en réalité inspectrice Pokémon. En disant au revoir à Ondine, elle lui dit qu'elle va aller dans la région Hoenn et Ondine lui demande si elle peut prendre un message pour Sacha si jamais elle le croise pour lui dire qu'elle est devenue championne. Souriante, l'inspectrice accepte.

Ondine s'occupe des Pokémon de son arène, et Jacky arrive alors la visiter. L'assistant du Professeur Chen se dévoue pour apprendre à nager au Psykokwak d'Ondine, mais celui-ci y est très réticent. Pendant sa fuite, il percute Sakura qui vient pour remporter un badge. La jeune fille montre à Ondine ses trois badges déjà obtenus, puis Ondine veut montrer les badges Cascade, mais ils ont tous disparus. La championne appelle ses sœurs, celles-ci lui révèlent que les badges sont tous épuisés, et qu'Ondine devra aller à Locronia chez l'artisan les fabriquant. Les clés de l'arène sont laissés à l'infirmière Joëlle et Ondine, Jacky et Sakura partent pour Locronia. Sur le chemin, ils tombent sur Monsieur Kinzou s'étant blessé durant son jogging. Ils le ramènent dans sa cabane et demandent des badges Cascade, l'artisan leur propose en échange de travailler pour lui. Le lendemain matin, les trois dresseurs sont réveillés aux aurores et embauchés pour préparer les badges. Après un travail de forçat, les badges se dessinent, et la nuit, courte, arrive. Le lendemain, les badges sont terminés, mais ils sont le prix d'un match contre Aligatueur. Psykokwak se choisit de lui-même, mais son incapacité à nager disqualifie Ondine. Pendant qu'Ondine et ses amis essaient d'apprendre à nouveau à nager au Pokémon, des voleurs s'introduisent chez Kinzou. Sakura et son Charmillon vont aider à les retrouver. Les voleurs sont rapidement retrouvés, le Mentali de Sakura et le mal de tête de Psykokwak s'en débarrassent rapidement. Ondine gagne ainsi un set complet de badges Cascade pour l'arène et peut enfin disputer un match contre Sakura. Sakura finit par obtenir un badge en battant Corayon avec son Mentali, puis Jacky et Sakura partent pour rejoindre le laboratoire du Professeur Chen.

Ondine a retrouvé ses sœurs mais celles-ci se concentrent sur leur nouvelle carrière d'actrice. Alors que Jacky amène de la nourriture aux Pokémon d'Ondine de la part du Professeur Chen, Cathy débarque à l'arène pour assister au spectacle du soir. Butch et Cassidy, eux, reçoivent une nouvelle mission du Professeur Namba : enlever un Delcatty. Ondine reçoit une lettre l'invitant à rejoindre Georgio, Cathy l'accompagne, pendant que Jacky reste à l'arène de corvée de piscine. C'était une lettre d'un admirateur qui propose un rendez-vous galant à la championne, celle-ci décline mais le jeune garçon tient à son rendez-vous et propose un match. Ondine en tant que championne accepte et envoie Corayon contre le Delcatty du dresseur. Dès le début du match, le Pokémon est volé par Butch et Cassidy qui s'enfuient, mais le Bekipan de Georgio s'occupe de les faire redescendre sur terre. Le combat s'engage alors entre le Ténéfix de Cassidy, le Grahyèna de Butch, le Corayon d'Ondine et le Méganium de Cathy. Le Pokémon Plante met fin au combat d'un Lance-Soleil et le match entre Ondine et Georgio reprend. Après un match acharné, Corayon utilise Soin lui permettant de retourner le combat en sa faveur et donne la victoire à sa dresseuse. Cathy demande un match pour avoir le gain du rendez-vous au spectacle du soir, elle utilise son Élekid contre Delcatty, mais perd. Finalement, Ondine ayant décliné, Georgio donne un billet à Cathy.

Butch et Cassidy reçoivent une nouvelle mission du Professeur Namba : capturer les Lovdisc de l'arène d'Azuria. À l'arène, Casurin, le Lovdisc mâle d'Ondine est fou amoureux de Loverin, la Lovdisc femelle de Daisy, mais ce n'est pas réciproque. De son côté, Daisy a déjà des vues sur un nouveau spectacle, mais elle a besoin que les deux Lovdisc soient amoureux l'un de l'autre. Loverin est alors enlevé par Butch et Cassidy et une course-poursuite s'engage en voiture puis en bateau. Ondine, Daisy et Jacky arrivent dans une grotte qui sert de repaire aux deux malfrats. Casurin est aussi enlevé et Ondine, Daisy et Jacky sont enfermés. En travaillant ensemble, les Lovdsic parviennent à s'enfuir. En volant un baiser à Loverin, Casurin permet aux deux Lovdisc de fuir loin des deux voleurs en planant avant que ceux-ci ne les rattrapent. Ondine, Daisy et Jacky sont parvenus à leur tour à se libérer juste à temps pour aider leurs Pokémon durant le combat contre le Grahyèna de Butch et le Ténéfix de Cassidy. D'un double Pistolet à O, les représentants de la Team Rocket sont vaincus. Le spectacle prend finalement forme grâce à Lily et Violette et c'est un succès grâce à l'amour, devenu réciproque, des deux Lovdisc.

Pierre, après avoir quitté ses amis Sacha et Ondine, retourne à Argenta. Il est accueilli par son père, Flint, qui tente de le dissuader d'entrer en ville. Il rentre malgré tout et découvre l'arène et sa maison totalement changés, l'arène étant devenue de type Eau sous l'impulsion de sa mère. Pierre décide d'un match entre sa mère et son père pour l'avenir de l'arène. Ce sera Marill contre Grolem Avec un Séisme, le match débute bien pour Flint, mais finalement le combat se termine avec Surf aidé par les vagues produites par le Séisme. À la suite du match, les premiers souvenirs du couple se réveillent mais Pierre interrompt ce moment en imposant à Lola un duel contre lui. Le couple décide unilatéralement que l'arène sera de double type roche et eau, ceci ne plaît guère à Forrest qui part s'isoler. Pierre va lui parler et lui remonter le moral. Le lendemain, Pierre défie sa mère avec Onix contre Démanta. Avec Tunnel, il prend un avantage certain en vidant l'eau du bassin. Malgré cela, Démanta résiste avec plusieurs Bulles d'O, mais perd tout de même le combat. Pierre est félicité par Forrest et ses frères, l'ancien champion donne Onix à son frère Forrest qui assurera la place de champion. Pierre part ensuite rejoindre Sacha à Hoenn habillé d'une nouvelle veste donnée par sa mère.

Richie arrive dans une ville où le Centre Pokémon est sur le point d'être détruit pour la construction d'un nouvel immeuble de bureau. Il se met en travers du chemin des ouvriers et les fait fuir. L'ancienne Infirmière Joëlle apprend à Richie que, dans le passé, un Celebi habitait près d'ici. Dans la nuit, et alors qu'il discute avec Sparky, Celebi vient le visiter et le fait voyager dans le temps. Il découvre rapidement qu'il a été envoyé dans le passé auprès de l'infirmière Joëlle dans sa jeunesse et de son ami perdu. Le soir venu, chez Nicolas, l'ami de Joëlle, les deux garçons discutent ensemble et Richie pousse Nicolas à se déclarer auprès de la future Infirmière. Dans la nuit, une tempête commence, et Joëlle disparaît. Les deux jeunes garçons partent à sa rencontre, la jeune fille est blessé et Nicolas est sur le point de recevoir la foudre, mais Celebi protège les trois humains. Le lendemain, Nicolas ne veut pas venir parler à Joëlle et part avec son père, Richie le rattrape et le convainc d'aller à la fête d'inauguration du Centre Pokémon, et anniversaire de l'Infirmière. Restant au loin, Richie est ramené dans le présent par Celebi, il observe alors la restauration du Centre grâce à Nicolas, le Maire, sous la bénédiction de Celebi. La ville a elle-même changé dans le sens d'une harmonie entre l'Homme et la nature.

Richie est en route pour de nouvelles aventures sur un bateau qui croise des Léviator sauvages. Le commandant est sur le point de faire demi-tour, mais Silver appelle son Drattak, et fait fuir les Pokémon à l'aide d'Ultralaser. Discutant avec Richie, il lui apprend qu'il veut capturer Sulfura. À l'escale qui suit, Richie descend du bateau pour rejoindre Silver, Butch et Cassidy se faisant passer pour des chercheurs de l'institut scientifique de Sornette Land. Dans la soirée, Richie surprend une discussion radio entre le Professeur Namba, Butch et Cassidy, puis sur le point de tomber, il est sauvé par le Germignon de Silver. Les deux dresseurs discutent ensuite au coin du feu en se remémorant des souvenirs. Le lendemain, le groupe arrive au sommet du volcan où il est censé trouver l'Oiseau Légendaire qui ne tarde pas à se montrer. Silver utilise Drattak pour le combattre mais le Pokémon Légendaire est affaibli, le dresseur ne veut alors plus se battre. Le duo de la Team Rocket en profite pour tenter de le capturer avec son Tentacruel et son Crustabri, mais Silver se met en travers de leur chemin avec Drattak. Silver, Drattak et Richie sont alors enfermés dans un filet mais grâce au Tranch'Herbe de Germignon, ils se libèrent. Sparky utilise Tonnerre et la Team Rocket s'envole vers d'autres cieux. Sulfura, coincé dans un filet, tombe dans la lave, ce qui a pour effet de le régénérer et Silver peut avoir le duel dont il a tant rêvé. Le match est interrompu par l'entrée en éruption du volcan et les deux dresseurs sont sauvés par le Pokémon Légendaire. Ils partent alors, déçus de cette interruption, et Silver décide de rester sur l'île pour attendre Sulfura.