Hitomi KANSAKI retrouve son amie Yukari UCHIDA sur le terrain d’athlétisme. Lors d’un entraînement, Hitomi a des visions, celle d’un jeune homme en armure et de machines qui se battent, et elle s’évanouit. Lorsqu’elle se réveille, Susumu AMANO, le leader de l’équipe d’athlétisme, est auprès d’elle. Hitomi est secrètement amoureuse de lui. Le soir, Yukari lui apprend qu’Amano va partir étudier à l’étranger. Elle décide donc de le retrouver et lui demande de lui donner son premier baiser. Il accepte. Mais sur le terrain de sport, le jeune garçon dont elle avait rêvé se retrouve devant elle en chair et en os. Il s’appelle Van Fanel, et parle une autre langue. Alors, un dragon arrive et il doit se battre contre lui. Lorsqu’il l’achève, il en extrait une pierre rosée, l’Energist. Une lumière bleue apparaît et Van et Hitomi, sous les yeux de Yukari et d'Amano. Van et Hitomi se retrouvent sur une planète, d’où l’on voit la Terre et la Lune. C’est la planète d’où Van est originaire, Gaïa.

Van amène Hitomi chez lui… Il se trouve qu’il est le nouveau roi de Fanélia, un royaume parmi tant d’autres sur Gaïa. Hitomi fait la connaissance de Merle, l’amie d’enfance de Van, et de Vargas, un des quatre généraux de Fanélia. Alors que commence la cérémonie d’intronisation de Van, la ville est attaquée par quelque chose d’invisible. Les guymelefs de Fanélia sont tous battus à plate couture, et Vargas demande à Van de quitter la ville avec Hitomi. Il est temps d’utiliser Escaflowne. Grâce aux visions d’Hitomi (elle peut voir où se trouve l’invisible avec son pendentif) il peut se défendre, mais trop tard.

Van et Hitomi rencontrent Allen Schezar, un chevalier d’Astria. Il les amène dans une sorte de forteresse. Allen apprend à Van que Fanélia a été totalement détruite. Arrive une forteresse volante du peuple Zaïbacher, ce sont eux qui ont incendié la ville. On fait la connaissance de Dilandau, chef des " Tueurs de Dragon ". Après une altercation mémorable, les Zaïbachers repartent. Van veut aller se battre mais Allen s’interpose.

Hitomi vient de voir le château en feu et s’évanouit. Dilandau et ses tueurs de dragon se sont cachés dans la forêt, prêts à intervenir. Un des hommes d’Allen a trouvé Merle dans la forêt, blessée. Van la soigne, ainsi qu’Hitomi, pendant que les autres se préparent à l’attaque de Dilandau. Allen parle de sa mère, et de sa sœur qui a disparu. Lors de l’attaque, les guymelefs de Dilandau détruisent tout, les autres sont donc obligés de s’échapper à bord du Croisé. Mais Dilandau se lance à leur poursuite.

Dilandau capture Van et l’emmène dans la forteresse volante Zaïbacher. Hitomi cherche à le retrouver en utilisant son pendentif. Dans la forteresse, Van rencontre Folken. Non seulement il est toujours en vie alors qu'il le croyait mort, mais en plus il dirige la forteresse Zaibacher. Le Croisé attaque la forteresse et délivre Van. En même temps, Van, alerté par Hitomi, esquive un coup de Dilandau, et en retour le blesse à la joue. L’équipe arrive à s’enfuir et vole en direction de Pallas, la capitale d’Astria. Dilandau ne pardonnera jamais de l'avoir blessé au visage.

Lors de leur arrivée à Pallas, la princesse Mirana les accueille. Hitomi remarque quelle est très liée avec Allen. Ce denier prévient le roi Aston que les Zaïbacher veulent les attaquer, alors qu'Astria est un de leurs alliés. Le roi Aston croit qu'Allen le trahit. Mirana, Hitomi Merle et Van font une sortie au marché. C’est là que Van voit son frère et court à sa rencontre. Mais Hitomi a un mauvais pressentiment et veut le prévenir. Folken essaie d'entraîner son frère avec lui et lui décrit le pouvoir du peuple Zaïbacher. Van ne veut pas le croire. Dilandau les voit du haut de la forteresse et ne pense qu’à une chose : se venger.

Après que Van s'est battu contre trois guymelefs devant le roi Aston et le riche marchand Meiden, tout le monde se retrouve pour un festin. Hitomi est heureuse d’apprendre que Mirana va épouser Dryden, le fils de Meiden. Allen est libre ! Pourtant Elise lui fait bien comprendre qu’il ne doit pas tourner autour de sa sœur. Sa peur était justifiée. Sur la terrasse, Hitomi surprend Mirana et Allen en train de s’embrasser, et s’enfuit en courant, mais elle se fait enlever par des hommes lézards. Van vient la secourir alors que Dilandau arrive.

Après s’être échappés, Van, Merle et Hitomi se retrouvent seuls. Allen est fait prisonnier par Aston qui pense qu’il est un traître. Mirana l’aide à s'enfuir, et elle veut rejoindre l’équipe, mais Elise s’interpose. Hitomi amène Van vers une réserve d’Energist des Zaïbachers. C’est grâce à cette pierre que les guymelefs fonctionnent. Il veut la détruire mais Hitomi se fait capturer et il est obligé de se rendre. Grâce à une diversion, il tue les gardes et avec Escaflowne, détruit la réserve. L’explosion projette Hitomi dans un gouffre.

Van a sauvé Hitomi grâce à ses ailes. Il raconte l’histoire de ses parents. Autrefois, Goau Fanel, roi de Fanélia, rencontra une jeune femme déployant ses ailes près d'un lac. Elle s’appelait Varie, c’était une descendante du peuple des dieux dragons, le peuple maudit. Il tomba sous son charme et décida de l’épouser. Un jour Goau tomba malade et mourut. Lorsque Folken disparut, Varie se lança à sa recherche mais ne revint jamais. Les tueurs de dragon arrivent pour capturer Van et Hitomi. Allen les retrouve et les aide, mais il est sérieusement blessé. Le combat prend fin quand un navire de Fleid apparaît.

Allen sauvé, ils se retrouvent au royaume de Fleid. La sœur de Mirana, Marlène, avait épousé le duc Mahad dal Fleid. Allen prévient le jeune duc, Sid dal Fleid, que les Zaïbachers veulent envahir le duché. Un tueur de dragon a été capturé et on demande à un prêtre de venir l’interroger sur les plans des Zaïbachers. Mais Folken envoie un agent, Zongi, un morphe, qui prend l’apparence du prêtre et fait croire qu'Allen et ses compagnons sont des traîtres. Sid, furieux, les fait emprisonner.

Zongi, toujours sous l’apparence du prêtre, interroge Hitomi sur ses pouvoirs, mais la séance se passe mal. Le cœur d’Hitomi cesse de battre. Elle est sauvée par Mirana et Van. Zongi s’enfuit mais est tué par Dilandau, après lui avoir décrit les pouvoirs d’Hitomi. Le corps du vrai prêtre est retrouvé, Sid croit en la bonne foi d’Allen et de ses compagnons. Mahad dal Fleid est de retour au palais.

Mirana obtient la grâce d'Allen auprès de Mahad, qui le prenait pour un traître pour avoir quitté Astria. Hitomi demande à Van de ne plus jamais avoir recours à ses visions pour prévoir les combats. Elle ne supporte plus ses visions tragiques. Mirana trouve le journal intime de sa sœur, et découvre que Sid est le fils de Marlène et d’Allen. Hitomi s’en rend compte aussi en tirant les cartes pour Sid. Pendant ce temps, les Zaïbachers se préparent à attaquer.

Pendant l'attaque des Zaïbachers, tout le monde s'enfuit à bord des navires en direction du temple de Fortuna, où se trouve la puissance qui permettra à Dornkirk d'obtenir un avenir meilleur. Mahad montre à son fils la destinée des Fleid : protéger le sceau des secrets d'Atlantis. Les Atlantes avaient acquis un pouvoir immense, notamment celui de transformer les rêves des hommes en énergie. Mais un jour la ville fut détruite par leur technologie. Dornkirk veut s'emparer du sceau. Lors de l'attaque, alors que les Zaïbachers sont en train de gagner, Mahad se demande si la puissance d'Atlantis ne devrait pas être restaurée, et meurt. La bataille est finie. A bord du Croisé, Van n'est toujours pas sorti d'Escaflowne, et du sang goutte de son armure.

Van est éjecté de son guymelef, est sérieusement blessé. Hitomi se rend compte que lui et Escaflowne ont les mêmes blessures : ils ne font plus qu'un. Il montre malgré lui ses ailes devant toute l'équipe et Allen en reste pétrifié. Un navire marchand s'approche du Croisé. C'est Dryden, le fiancé de Mirana. Grâce à son argent et à ses connaissances, Van peut être sauvé. Dilandau et sa troupe arrivent pour les attaquer et Van part les affronter au grand désespoir d'Hitomi et de Merle. Il est encerclé et n'a apparemment aucune chance de s'en sortir.

Escaflowne ne bouge plus. Hitomi tente de ramener Van et y parvient avec l'aide de Merle. Dans le Croisé, Mirana demande conseil à Hitomi car elle ne sait plus qui choisir entre Allen et Dryden, mais Merle intervient en demandant à Hitomi si elle préfère Allen ou Van : elle avoue, c'est Allen dont elle est amoureuse. Deux nouveaux agents des Zaïbachers arrivent pour capturer Escalfowne : Erya et Narya.

Dryden a récupéré le journal du père d'Allen, Léon Schézar. Il était à la recherche lui aussi de la Vallée des Illusions. Sur son chemin, il rencontra une étrange jeune femme, qui n'était autre que la grand-mère d'Hitomi. Elle fut prise par la lumière bleue mais ne resta que quelques instants sur Gaïa. Léon voulut la retrouver. Allen se met en colère car il ne comprend pas pourquoi son père a abandonné sa famille. Et la Vallée des Illusions s'ouvre devant eux.

Le Croisé se retrouve dans la Vallée des Illusions, à Atlantis. Hitomi raconte l’histoire d’Atlantis. Les rêves des Atlantes étaient si puissants qu’ils créèrent Gaïa, pour ne pas refaire les mêmes erreurs que sur leur planète. Allen et Van se retrouvent face à leurs démons. Allen voit sa mère, Varie, sa sœur, Celena et son père, et Van parle avec Vargas qui lui rappelle sa destinée, que Gaïa ne subisse pas le même sort qu’Atlantis. Varie explique à Hitomi que c’est sa peur qui lui fait choisir le futur le plus désespéré. Il faut qu’elle croie en ses amis. Narya et Erya entrent dans Atlantis, mais tout le monde est éjecté de la cité ; la porte s’est refermée.

Alors qu'ils sont projetés hors de la Vallée des Illusions, la lumière bleue emmène Escaflowne, Van, Hitomi, Allen.... à Zaïbach. Ils sont confrontés à Dornkirk qui leur explique qu'il etait un habitant de la Terre. Il peut lui aussi prédire l'avenir. Il arriva sur Gaïa et aida le peuple Zaïbacher à se forger un destin. Il entreprit la fabrication d'une machine à prédire l'avenir, le manipulateur de destin qui est le même que celui qu'utilisaient les Atlantes. L'équipe parvient néanmoins à s'échapper.

Alors que l'équipe se retrouve à Pallas, les préparatifs du mariage commencent. Hitomi pense que Mirana ne peut pas épouser Dryden. Pendant ce temps, Dornkirk veut employer une nouvelle stratégie pour éloigner Hitomi de Van et ainsi créer un nouvel avenir, où l'Empire gagnerait la guerre. Pour cela, Folken met en place un stratagème : réunir Allen et Hitomi. Grâce aux cheveux pris lorsqu'ils étaient en captivité, Folken et Erya les rapprochent à l'aide d'un baiser. Un nouveau destin est-il né ?

Le mariage de Dryden et Mirana se prépare. Celle-ci demande à Hitomi de lui prédire son avenir. Cette dernière lui ment en affirmant que son mariage sera une réussite. Alors que la cérémonie se termine, des ennemis font leur apparition. Ce sont Erya et Narya, qui ont augmenté leur niveau de chance en s'injectant une substance qui les protège contre toute attaque. La ville est en partie détruite, même Escaflowne ne peut rien faire. Le but était de trouver Hitomi, qui se rend.

Erya et Narya s'apprêtent à emmener Hitomi à la forteresse, mais l'apparition du soleil perturbe les effets du liquide de chance, et elles sont obligées de s'enfuir sans elle. Narya s'écrase non loin de là mais elle n'abandonne pas sa mission. Elle parvient à enlever Hitomi, prouvant ainsi sa loyauté envers Folken. Mais lors du trajet, Hitomi voit le passé de Narya et veut l'aider à soigner ses blessures. Van attaque la forteresse pour tuer Folken. Sachant que sa fin est proche, Narya laisse Hitomi sur le port et part défendre son maître. Mais la forteresse est détruite.

Un comité s'est réuni à Pallas afin de décider de sanctionner les Zaïbachers pour avoir détruit la ville. Sanction économique qui déçoivent Allen et Van. La forteresse venant d'être détruite, Erya et Narya mortes, Folken comprend qu'il s'est trompé. Il demande à Van de le rejoindre dans les ruines de Fanélia, pour lui parler. Il veut lui faire comprendre qu'il a changé, et qu'il voudrait l'aider à combattre Dornkirk. Mais Van veut tuer son frère. Hitomi est peut-être la seule a pouvoir lui pardonner.

Folken a déserté Zaïbach et demande l'asile à Dryden. Il veut aider à combattre Dornkirk. Tous les états voisins d'Astria se préparent à la lutte. Alors qu'ils se préparent à se réunir à Rampa, la troupe menée par Dilandau les attaque et détruit le port. Hitomi en a assez de toute cette violence et veut retourner chez elle. Son voeu est tellement fort qu'elle est happée par la lumière bleue.

Hitomi est retournée sur Terre. Elle se réveille auprès d'Amano. Tout se passe comme pendant la dernière journée, avant que Van n'arrive sur Terre. Hitomi ne souhaite pas retourner sur Gaïa. Seulement, elle se rend compte que Yukari aime Amano et s'en veut de ne pas l'avoir découvert plus tôt. Elle désire revoir une dernière fois Van et se rend au terrain de sport retrouver sa destinée.

Même après le lancement de l'arme du jugement dernier de Basram, la guerre ne se termine pas. Folken décide qu'il doit affronter Dornkirk pour terminer la guerre et la réalisation de la zone de richesse absolue, mais Hitomi a la vision de la mort de Folken comme résultat de la confrontation...

Le rêve de Dornkirk sur la zone de richesse absolue s'est réalisé, mais les peuples de Gaïa désirent la guerre, donc leurs vœux sont exaucés, et la guerre continue. Le destin ultime de Gaïa reste dans la main de la fille de lune des illusions et du pilote du Dragon blanc...