Nous découvrons ce qu'il est advenu de nos héros six semaines après les évènements du 325. Claire a finalement intégré l'Université et rencontre sa colocataire de chambre, Annie, ainsi qu'une nouvelle amie, Gretchen. Hiro et Ando sont de retour à Tokyo et ont créé une petite compagnie nommée Dial A Hero. Peter est également retourné à son ancienne occupation, infirmier, et semble s'être coupé de ses proches. Angela doit faire face à ses propres décisions et Matt ne l'aidera pas. HRG est confronté à la fureur de Tracy, tandis qu'un nouveau héros apparenté à Samuel traque Danko...

Tandis que Matt apprend à ses dépens que l'esprit de Sylar a décidé de venir le hanter, Noah apprend la mort de Danko par le bais de Tracy et demande de l'aide auprès de Peter. Dans le passé, Hiro quant à lui, tente de réparer une erreur du passé aidé de Samuel. Claire doit de son côté faire face à la mort mystérieuse de sa colocataire...

Claire reçoit la visite de son père, Noah, alors qu'elle essaie de nier l'existence de son pouvoir à Gretchen. Matt continue de subir les répercussions de son erreur passé, traqué par la mémoire de Sylar. Il interfèrera dans l'une de ses enquête policières. Samuel rend visite à Peter, alors que ce dernier fait la rencontre d'une nouvelle Heroes aux pouvoirs étonnants.

Tracy tente de retrouver son ancienne vie en récupérant son poste auprès du Gouverneur Malden. Ailleurs, à Tokyo, Hiro refuse de faire face à sa maladie et préfère régler les problèmes d'autrui. Nathan se rappelle des souvenirs qu'il aurait préféré oublier et prendra une mauvaise décision dans sa quête de rédemption. De leur côté, Noah et Claire ont une importante discussion père-fille.

Sylar refait surface et se fait arrêter par la police pour les crimes qu'il a commis par le passé. Toutefois, sa mémoire lui fait faux bond. Samuel continue d'échafauder ses plans mystérieux, tandis que Claire et Gretchen sont invitées à faire partie d'une association étudiante par une certaine Rebecca Taylor. De son côté, Peter essaie de renouer avec sa famille en commençant par Angela, mais celle-ci s'inquiète pour Nathan. Emma, quant à elle, croise de nouveau le chemin de Peter.

Emma et Hiro se rencontrent alors que ce dernier est à l'hôpital ... De son côté, Samuel accueille Sylar et va le guider jusqu'à ce qu'il retrouve la mémoire. Peter et Noah quant à eux se rendent en Géorgie pour trouver Jeremy Greer, un garçon doté du pouvoir de guérison, afin de venir en aide à Hiro. Malheureusement, leur mission s'avèrera loin d'être simple.

Matt, toujours hanté par Sylar, est bien décidé à remédier au problème. De leur côté, Noah et Tracy tentent de venir en aide à Jeremy qui s'est fait arrêter par la police pour le meurtre de ses parents. Pendant ce temps, Claire et Gretchen subissent le rite de passage pour faire partie de l'association étudiante. Mais, elles se rendront bien vite compte que ce n'est pas un jeu inoffensif. Samuel, quant à lui tente de recruter Tracy.

Hiro retourne dans le passé afin de sauver une nouvelle fois celle qu'il aime : la serveuse Charlie. Mais il doit la jouer serré entre Sylar, Ando mais aussi Samuel, qui a lui aussi voyagé dans le temps car il ne doit pas briser le continuum espace temps. De son côté Noah Bennet et sa coéquipière de l'époque se rapprochent sentimentalement...

Après avoir été victime d'une tentative de meurtre par Rebecca, Gretchen décide de se trouver une nouvelle colocataire, alors que Claire voudrait qu'elle reste. De son côté Peter se rapproche d'Emma en lui donnant des conseils. Pendant ce temps, Sylar, maintenant en possession du corps de Matt profite de sa liberté.

Samuel force Hiro à retourner dans le passé afin de réparer les erreurs qu'il a commise. Peter et Nathan sont à la recherche de réponses et leur quête les mènera à Matt, toujours hanté par Sylar. Ailleurs, dans l'appartement de Noah, Claire et Tracy se rencontrent ...

Grâce à Hiro, Lydia et Edgar font une terrible découverte. Chez les Bennet, toute la famille est réunie, sauf Lyle. Sandra est venu accompagnée de son nouveau copain et Noah de Lauren, avec qui il a récemment repris contact. Claire fera des révélations... Du côté des Petrelli, l'ambiance n'est pas du tout à la fête, malgré les efforts d'Angela. Peter et Nathan la questionne et Sylar finira bientôt par reprendre le dessus.

Noah et Lauren reçoivent de nombreuses visites inattendues et devront faire équipe malgré leur mésentente pour s'en débarrasser. Pendant ce temps, Claire et Gretchen suivent la route que leur indique la boussole et arrive à la fête foraine. Elles y rencontrent Samuel. Peter, quant à lui, est confronté à Sylar et fera tout pour faire réapparaître son frère Nathan.

Claire est restée à la fête foraine pour y donner un coup de main, mais elle apprécie guère la constante surveillance de Eli. Hiro, de retour au Japon, essaie de délivrer un message à son ami Ando. On en apprend un peu plus sur Samuel, qui rend visite à Emma pour lui demander son aide.

Peter doit faire face à la mort de son frère et Angela demande à Claire de veiller sur lui. Pendant ce temps, Samuel reçoit la visite inattendue de Sylar qui cherche des réponses. Un autre des forains, Edgar, se rend chez Noah, mais est très mal accueilli.

Emma travaille sur son pouvoir tandis que Peter, qui a récupéré le don d'Angela, fait d'étranges rêves à son propos. Pendant ce temps, en Floride, Hiro et Ando retrouvent la trace de Mohinder dans un hôpital psychiatrique.

Tandis que Sylar rend une petite visite à Claire et Gretchen, Samuel tente d'arranger les choses avec Vanessa. Pendant ce temps, Hiro lutte littéralement pour sa vie alors qu'il est jugé par deux de nos défunts héros, Kaito Nakamura et Adam Monroe...

A la fête foraine, les choses dégénèrent pour Samuel... Claire, Noah et Lauren s'y rendent très rapidement. De son côté, Sylar rend une petite visite surprise à Matt pour qu'il lui vienne en aide, tandis que Peter continue de faire d'étranges rêves concernant Emma et Sylar...

Coincé dans le cauchemar de son pire ennemi, Peter devra apprendre à cohabiter avec Sylar pour pouvoir en sortir... Plus loin, à la fête foraine, Samuel a toujours plus d'un tour dans son sac. Il usera de la mémoire de Noah pour atteindre sa fille Claire. Au même moment, Emma et Lauren se rencontrent...

Peter fait équipe avec un allié des plus inattendus pour sauver Emma. De leur côté, Noah et Claire se retrouvent piégés sous terre et manquent rapidement d'oxygène. Ailleurs, Hiro commence à faire face aux décisions qu'il a prises et est appelé à agir pour empêcher un désastre.