Un village est tourmenté par un Yoma, un démon qui s'est déguisé en humain qu'il a dévoré. En dernier recours, le chef du village a demandé l'aide d'une Claymore, qui est redoutée car elle est mi-humaine, mi-Yoma. Raki est un jeune garçon qui a trouvé un intérêt dans la Claymore et commence à la suivre jusqu'à ce qu'il découvre qui est le Yoma.

Il ne faut pas beaucoup d'efforts à Claire pour terminer rapidement son travail et elle est donc en congé en attendant un autre emploi. Un homme étrange de l'organisation vient donner à Claire une nouvelle tenue, mais pas seulement, il lui remet aussi une "carte noire". Que signifie cette "Black Card" pour Claire ? Raki rencontre plus tard le même homme de l'organisation, qui lui explique exactement ce que sont les Claymores (mi-humaines, mi-Yoma).

Rabona, la ville sainte qui ne permet pas l'entrée d'êtres non naturels, est la proie d'un Yoma et doit, en dernier recours, désobéir à ses propres lois et appeler à l'aide. Claire a donc maintenant un travail à faire mais il sera différent de la chasse habituelle aux Yoma, c'est plus une opération secrète et elle doit supprimer ses pouvoirs pour le faire. Pendant ses recherches, Claire rencontre deux soldats en patrouille, mais ils ne semblent que l'empêcher de faire son travail. Après avoir réussi à les perdre, Claire fait face au Yoma qui se trouve être extrêmement fort, connu sous le nom de "Affamé".

Claire est gravement blessée dans son combat avec les Yoma et juste avant que les Yoma ne puissent les achever, elle est interrompue et s'échappe rapidement. Claire est alors ramenée à l'auberge pour se remettre de ses graves blessures et Raki attend à son chevet en espérant qu'elle finira par se réveiller. Le père Vincent décide de coopérer avec Claire pour l'aider à trouver le Yoma, mais quelque chose ne semble pas aller. Vaincre les Yoma est le dernier des soucis de Claire qui commence à perdre le contrôle.

Une autre Claymore connue sous le nom de Teresa est apparue dans une ville où elle tue rapidement un Yoma, sans aucun effort. Elle est connue pour son surnom de "Teresa la souriante" car elle ne libère jamais ses pouvoirs Yoma. Dans la ville de Teo, dès qu'elle y arrive, elle attaque impitoyablement tout Yoma qu'elle sent et après le massacre, une fille sans nom qui était avec un des Yoma semble être très attachée à Teresa. Cette fille finit par suivre Teresa, quoi qu'elle ait fait.

Après avoir nommé la fille qui la suivait, Claire ; Teresa se dirige vers la ville de Rokut pour la déposer. La nuit, alors qu'ils se reposent dans les bois, un des brigants ayant attaqué la ville revient pour se venger. Il s'avère que la jeune fille a pu la sauver, non pas de l'homme, mais de son cœur solitaire. Teresa rencontre plus tard les bandits mais cette fois-ci, ils ont fait quelque chose d'impardonnable qui oblige Teresa à faire quelque chose d'impardonnable.

Deux autres Claymores sont apparus, Sophia et Noel qui sont entrés dans une ville devenue une ruche de Yoma. Il reste encore quelques Yoma, mais c'est en attendant qu'Irène surnommée "Irène l'épée éclair" les achève. Suite à la trahison de Teresa, les Claymores numéro 2-5 se sont rassemblés avec l'ordre d'exécuter Teresa, mais qui est la Claymore restant à arriver ? La bataille ultime entre les Claymores est sur le point de commencer.

Continuant là où la bataille s'est arrêtée, Teresa la souriante devra maintenant affronter les Claymores numéros 2-5, qui ont libéré toute leur puissance. Sachant qu'elle n'a jamais eu besoin de relâcher son pouvoir, comment Teresa va-t-elle se montrer juste face à ces dures adversaires ? Submergée par ses émotions, Priscilla dépasse la limite et devient ce que l'on appelle un "Eveillé".

Trois Claymores arrivent dans la ville de Toriro pour ne retrouver que Claire, qui s'est déjà occupée des Yomas. Claire a été ajoutée à l'équipe de l'expédition pour chasser un Éveillé, comme une chance de mesurer les limites de ses compétences. Comment Claire se classera-t-elle ? 47, à la juste mesure d'un être aussi puissant après une tournure des événements choquante ?

L'équipe de Claymore atteint les montagnes et est surprise par ce qu'elle rencontre, un homme éveillé. Un autre Claymore et un maître-chien observent le combat à distance. La bataille atteint son paroxisme, avec tous les combattants sauf Miria, gravement blessés. C'est peut-être ce que les Eveillés entendaient par "vrai désespoir", mais Claire sait ce qu'est vraiment le vrai désespoir et ce n'est pas le cas.

En travaillant ensemble, Miria et Claire ont réussi à vaincre l'éveillé masculin aux prix de lourdes blessures, ce qui a surpris le maître-chien qui observait la bataille.Elles commencent à parler de leur passé et il semble qu'elles aient toutes quelque chose en commun qui les a amenées à faire équipe. Il s'avère qu'ils ont tous vécu le processus d'éveil dans le passé.

Suite à sa récente expérience dans les montagnes, Claire a repris son travail en s'occupant de Yoma, accompagnée de Raki. Compte tenu de son récent changement de personnalité, Claire s'est vu confier la mission de traquer un autre éveillé, au nord du village de Gonahl. En arrivant au point de rendez-vous, Claire est accueillie par une Claymore solitaire et, à sa grande surprise, la n°4 "Ophelia".

Claire s'est séparée de Raki afin de le sauver de l'impitoyable Ophélie, qui la poursuit actuellement. Il ne faut pas longtemps à Ophélie pour rattraper Claire, et elle est obligée de se battre pour sa vie. Claire se trouve alors dans une situation désespérée, alors qu'il n'y avait aucune chance de gagner au départ, quand soudain un visage familier apparaît dans l'ombre.

Claire continue son entraînement intensif avec l'ancienne n°2 Irène et elle ne semble pas s'améliorer sans son bras dominant. Après avoir quitter Irène, Claire a à nouveau des ennuis, mais cette fois-ci, c'est quelque chose de monstrueux. Prouvera-t-elle qu'elle est qualifiée pour se battre ?

L'Organisation s'inquiète du no. 47 Claire, après n'avoir reçu aucun contact de sa part pendant trois mois. Suite aux récents événements, ils finissent par prendre des mesures drastiques en envoyant une Claymore en mission pour la retrouver. Pendant ce temps, Claire est à la recherche de Raki, mais elle croise une équipe de Claymore qui traque un Eveillé.

Claire s'est jointe à la chasse à l'éveillé, dans les montagnes de Zakol, pour sauver la no. 9 Jeane. Les choses semblent étranges au début, alors que Claire entre dans l'antre. Il semble impossible pour Claire de vaincre son ennemi, mais la situation change avec l'arrivée de la no. 3 Galatea.

Suite aux événements de l'épisode précédent, Clarie a réussi à rejoindre Jeane, afin de la sauver, mais il est trop tard. Galatea continue son combat avec Duff, qui devient plus difficile pour elle qu'elle ne le pensait. Comment cela va-t-il se passer pour les trois guerrières, dans cette situation désespérée ?

Après ce qui s'est passé dans les montagnes de Zakol, Jeane accompagne Claire jusqu'à ce qu'elle puisse lui rendre la pareille, mais Claire lui est déjà reconnaissante car elle est maintenant capable de contrôler entièrement son "Flash Sword". Le responsable de Claire, Rubel, se présente avec la no. 5 "Rafaela" avec l'ordre de rejoindre la guerre, contre les éveillés, dans les terres du Nord. Cette mission entraîne des retrouvailles inattendues.

Les éveillés ont lancé une attaque surprise sur la ville de Pieta, forçant les équipes de Claymores à commencer leurs combats contre ces créatures imbattables. Il se peut que certains Claymores soient capables de gérer ce genre de situation, qui ne fera que s'aggraver à l'avenir.

Dans le pays du Nord, Raki est recueilli par deux personnes étonnamment serviables, mais il ignore que ces deux personnes sont les deux éveillés les plus puissants de la région : "Priscilla" et "Isley". Pendant ce temps, après avoir survécu à la première attaque, les équipes de Claymores sont en train de se rétablir et de se réapprovisionner, avec quelques développements intéressants.

Alors qu'il vient d'apprendre ce qui s'est passé dans la ville de Pieta, Isley a ordonné à toute son armée de 27 éveillés d'anéantir les Claymores qui s'y trouvent. Les Claymores sont toujours déterminées à survivre. Pendant ce temps, Raki se dirige vers Pieta avec Isley et Priscilla.

Rigardo, également connu sous le nom de "roi lion aux yeux d'argent", a commencé son carnage en ciblant tous les capitaines. Avec quatre capitaines à terre, combien d'entre elles survivront à cette situation ? Raki a également appris ce qu'est Priscilla et il est capable de sympathiser avec elle, mais cela ne l'empêche pas de partir, après que des nouvelles de Claymores lui soient parvenues.

Le combat fait rage et alors qu'elle se bat contre l'imbattable Rigardo, Claire s'est réveillée partiellement par inadvertance et a porté un coup fatal. Grâce à ses nouvelles capacités, Claire a prouvé qu'elle était un adversaire de taille pour le "Roi Lion aux yeux d'argent".

La bataille entre Claire et Rigardo, est maintenant terminée, bien que Claire ait payé un prix terrible pour cela. Priscilla peut le sentir de loin et est si effrayée qu'elle s'enfuit. Néanmoins, elle ne peut pas fuir le passé qu'elle pensait avoir oublié, car ses souvenirs reviennent et elle est obligée de se souvenir de sa famille, d'elle-même et bien sûr de "Teresa". Une bataille épique est sur le point de commencer.

Au milieu d'un volcan en activité, Claire et Priscilla vont enfin s'affronter. Claire n'est pas à la hauteur de l'ancienne no. 2 Priscilla. Pour qui Claire est-elle prête à risquer sa vie ?

La bataille entre les deux grandes puissances que sont Claire et Priscilla atteint son paroxysme lorsque Claire parvient à rassembler la force et la détermination nécessaires pour continuer. Raki et Jeane sont également arrivées pour assister au bain de sang, qui est sur le point de commencer, mais quel sera le résultat global de cette bataille ?