John O’Neill, chef de l’unité antiterroriste du FBI, fait venir dans son équipe Ali Soufan, jeune agent de confession musulmane. Alors qu’ils ont du mal à obtenir des informations de la CIA, ils se rendent compte que leur travail ne fait que commencer... juste au moment où deux ambassades américaines sont la cible d’attentats.

Suite aux attentats simultanés contre des ambassades au Kenya et en Tanzanie, le FBI commence son enquête sur le terrain tandis que la CIA réfléchit à des mesures de représailles.

Le FBI retrouve un des terroristes qui ont survécu et découvre une piste qui va tout changer, tandis que les mesures de représailles de la CIA sont approuvées.

Continuant à garder l'information du FBI, Schmidt est renvoyé d'Alec Station. Diane fait une découverte importante au sujet du propriétaire du numéro de téléphone Owhali a donné Chesney. O'Neill cherche un réconfort dans sa foi alors que sa vie personnelle et professionnelle s'effondre devant lui.

La CIA et le FBI sont en état d'alerte alors que les menaces entourant le nouveau millénaire abondent. O'Neill et Soufan ont attaqué une cellule AQ à Brooklyn. La CIA continue de cacher des informations vitales au FBI alors qu'elle traque les individus suspects entrant aux États-Unis.

Vince continue à demander la permission de partager le visa de Mihdhar avec le FBI. O'Neill perd son porte-documents et une enquête sur son traitement des documents classifiés commence. Un garçon, radicalisé après que l'attaque de représailles de la CIA a tué son ami, se rend au Yémen pour commencer son propre voyage du martyre.

O'Neill et Soufan se rendent au Yémen pour commencer l'enquête sur l'attentat à la bombe contre les États-Unis. Cole. Le FBI prend connaissance d'une réunion en Malaisie et de Khallad, sans savoir que la CIA était au courant de ces deux choses depuis des mois.

Tout le monde s'adapte à un nouveau président et, avec lui, un changement dans la priorité de la menace. Soufan apprend l'importance du garde du corps d'UBL et se voit refuser l'accès à celui-ci. O'Neill se voit refuser la rentrée au Yémen et est contraint de démissionner. Les terroristes des États-Unis, Hazmi, Mihdhar et Atta sont perdus par leur conducteur américain.