Zod règne en tyran sur Krypton : il fait subir un lavage de cerveau aux dissidents : le "conditionnement somatique". Tandis que Lyta se bat aux côtés de Zod pour étouffer la rébellion, Val aide Jax-Ur à livrer bataille afin de conquérir la base de l’Ascenseur Spatial et empêcher Zod de constituer sa flotte.

Après avoir éliminé Brainiac, Adam et Seg se retrouvent sur une planète déserte sur laquelle ils font la connaissance de Lobo, un assassin perturbé.

Seg et Adam parviennent à couper le lien qui relie Seg et Brainiac et partent de Colu grâce au rayon Zeta. Lyta demande à Zod de l’envoyer sur Wegthor afin de mettre fin à la guerre.

De retour sur Krypton, Adam et Seg se séparent. Seg souhaite aller voir Lyta qui ignore qu'il est en vie, mais les retrouvailles tournent vite au cauchemar lorsqu'elle le trahit en annonçant sa présence à Zod.

Seg lutte contre l’influence de Brainiac mais celui-ci lui donne des aptitudes hors du commun. Nyssa comprend que Zod l’a manipulée et qu’à cause d’elle, des rebelles sont morts asphyxiés.

Val fait emprisonner Jax pour meurtre et Zod exige qu'on la lui livre, menaçant d'éradiquer toute présence sur Weghot.

Kem trouve des sagitaris abandonnés par Zod dans les mines. Seg tente de se débarrasser de Brainiac mais celui-ci s’empare de son fils avant de disparaître avec lui, au grand désespoir de Nyssa.

Alors que Lyta est en proie aux fantasmes de la Black Mercy, Dev apprend que Zod compte lancer sa flotte pour anéantir la résistance de Weghtor.

Seg est réunit avec Val et les Rebels alors que le général Zod monte son attaque finale sur la Rébellion.

Seg et ses alliés affrontent le général Zod pour sauver Krypton.