Six mois ont passé depuis que les missiles ont rasé Atlanta et Philadelphie de la carte. Aaron, Miles et Rachel vivent désormais au Texas chez le père de Rachel, le docteur Gene Porter. Rongée par la culpabilité, celle-ci se remet lentement des événements survenus à la Tour. Elle se sent responsable de cet holocauste nucléaire qui a coûté la vie à tant de personnes. Charlie est quant à elle partie seule à la traque de Monroe. Quant à Neville, accompagné de son fils Jason, il parcourt les camps de réfugiés dans l'espoir de retrouver son épouse disparue.

A Willoughby, au Texas, Aaron revient mystérieusement à la vie après rendu son dernier souffle quelques heures auparavant. La petite communauté est en état d'alerte après l'assassinat de leur shérif. Retenu captif, Mike est en danger et Rachel décolère que personne ne tente de le sauver... En traquant Monroe, Charlie se retrouve dans une mauvaise passe. Quant à Neville, il a bien l'intention d'infiltrer le nouveau gouvernement qu'il soupçonne d'avoir commandité l'envoi des bombes, et donc être responsable de la mort de son épouse...

Rachel prend d'énormes risques pour sauver Miles. Dans leur fuite, ils embarquent l'épouse malade du chef de la tribu. Pendant ce temps, alors qu'il tentent de s'infiltrer parmi les patriotes, Neville et son fils se font agresser par des réfugiés. Charlie, elle, est toujours sur la piste de Monroe avec Adam, le chasseur de primes...

Alertée que la tête de sa mère est mise à prix, Charlie se remet en route vers le Texas. Monroe tient à l'accompagner malgré leurs différends. Rachel, elle, grièvement blessée, se réveille après quelques jours d'un repos réparateur. Elle découvre que les patriotes ont investi la ville qu'ils protègent désormais des hommes de Titus. Peut-elle réellement faire confiance à ce nouveau gouvernement ? Elle remet en cause aussitôt leurs réelles motivations...

Après s'être glissé à l'extérieur de la ville, Miles a découvert que les Patriotes ont menti sur le danger qui règne dans les parages. Titus et sa bande ont été neutralisés. Pourquoi sont-il donc retenus captifs ? Il propose alors à Rachel d'organiser la résistance avec la plus grande prudence. Aaron, pour sa part, est persuadé d'être connecté à la nanotechnologie. Monroe et Charlie arrivent enfin à Willoughby. Ils découvrent que les lieux sont encerclés par les soldats patriotes. Dans le même temps, un groupe de Rangers débarque en ville. Parmi eux figure un certain John Fry, qui a un passé commun avec Miles...

Miles perd la preuve qu'il comptait utiliser pour convaincre les Rangers des obscurs desseins des patriotes. Monroe met alors au point une mise en scène pour amener le Texas à déclarer la guerre à ce mystérieux gouvernement. Pourtant, à leur grande surprise, un nouveau shérif débarque en ville avec des motivations surprenantes... Neville pousse Allenford à le conduire jusqu'au centre de reprogrammation où son fils a été envoyé. Les cadets y sont préparés à commettre les pires atrocités. Tom arrivera-t-il à temps ?

Pour justifier la présence militaire à Willoughby, les patriotes s'efforcent de faire croire à la population que le danger rôde. Et tous les moyens sont bons pour maintenir le climat de terreur. Rachel a sauvé Bass de sa condamnation à mort. Elle ignore que c'est son propre père qui a fait un pacte avec l'ennemi. L'arrivée du Dr Horn est une nouvelle source de problèmes pour Miles et ses amis. Neville, de son côté, a l'espoir de ramener son fils à la raison...

Truman dévoile à tous les habitants la véritable identité de Miles, et le danger que représente Aaron Pittman. Il les présente comme des terroristes qu'il faut absolument neutraliser à tout prix. Le Dr Gene Porter, le respectable médecin local, appuie ces propos. Miles, Rachel et Charlie n'ont d'autres choix que de retrouver Horn pour faire cesser cette mascarade. De son côté, Neville se rend à l'avant-poste des Patriotes dirigé par l'époux de la Secrétaire Justine Allenford. Il espère utiliser cet homme haut-placé pour gravir les échelons rapidement et détruire ce gouvernement de l'intérieur...

Miles, Charlie et Rachel arrivent au bunker pour délivrer Aaron, Cynthia et Gene. Seulement sur place, ils y découvrent tous les soldats évanouis pour une raison inexpliquée. Quant à Aaron, il se réveille avec Cynthia inconsciente dans une école où un jeune garçon a élu domicile. Dans le train pour la Maison-Blanche, Neville y aperçoit sa femme.

Monroe ne tient plus... Voyant qu'il ne pourra plus rien attendre de lui, Miles, malgré son état de santé, se décide enfin à l'amener jusqu'à son fils, un jeune homme prénommé Connor. Les deux vieux amis/ennemis se rendent avec Rachel jusqu'à la frontière... De son côté, Neville nourrit toujours de sombres desseins. Il entame un jeu dangereux avec Julia, une épouse qu'il croyait morte et a refait sa vie avec un bon parti. Peut-il réellement lui faire confiance ?...

A Spring City, en Oklahoma, Aaron retrouve de vieilles connaissances. Grace vit seule ici depuis le malheureux "incident" de la Tour. Et drôle de coïncidence, une personne issue du passé du brillant ingénieur est arrivée en ville la veille... Au Mexique, Monroe est retenu prisonnier par son propre fils et le patron de celui-ci, Luis Nunez, qui fait office de figure paternelle auprès du jeune homme. Miles et Rachel parviendront-ils à sortir Bass de ce mauvais pas ? A l'extérieur de Willoughby, les Patriotes construisent une sorte de camp. Le Dr Porter y repère un de ses amis et veut aller le sauver. Va-t-il entraîner sa petite-fille au devant de nouveaux problèmes ? Enfin à la Maison-Blanche, Neville s'impatiente. Il ne supporte pas de voir Julia aux côtés de cet homme qui lui sert de mari...

De retour du Mexique, la petite bande découvre qu'un camp de quarantaine a été monté à Willoughby pour tenter de contenir une épidémie mortelle. En dépit de sa tête mise à prix, Rachel affronte les PAtriotes pour prêter main forte à son père et sa fille... A Washington, Tom et Julia sont inquiets. Leurs fils a été arrêté après s'être introduit dans un bureau et fouillé dans les documents officiels... Quant à Aaron, il reçoit un message inattendu qui va le pousser à retourner au Texas...

Connor se procure l'antidote susceptible de sauver le père de Rachel. Mais arrivera-t-il à temps avec les soldats de Truman sur son chemin ? Convoqué par le Président, Tom Neville se voit proposer un surprenant marché, une nouvelle mission en échange de la vie de son épouse. Bass tente de rallier Miles à sa cause : réunir suffisamment d'hommes pour contrer les Patriotes. De leur côté, Aaron et Priscilla poursuivent leur route vers Lubbock, au Texas, sans être sûrs de ce à quoi ils doivent s'attendre...

Monroe et son fils se font attraper pour avoir essayé de voler Gould à New Vegas. Ce dernier organise alors un combat à mort entre les deux. Charlie demande l'aide de Duncan pour les sauver. Miles, Rachel, Neville et Jason s'aperçoivent au camp des patriotes la présence de Doyle. Miles décide donc de le kidnapper. Aaron, Cynthia et Peter reçoivent un message de la nanotechnologie : "sauvez-nous".

Aaron se réveille dans un monde où l’électricité existe. Il y est marié à Priscilla et à la tête de sa propre entreprise. Tandis qu’il a peu à peu le sentiment que quelque chose ne tourne pas rond, des visages familiers commencent à apparaître.

Monroe, Charlie et Connor retournent à Willoughby, où ils découvrent que le centre de rééducation des Patriotes est en service. Après une rencontre avec deux jeunes officiers du centre, Rachel et Miles ne sont pas d’accord sur les mesures à prendre pour renverser les Patriotes. Tandis que Neville et Jason trouvent un nouvel allié pour leur mission.

Alors que Miles et le Dr. Porter cherchent des alliés, Monroe tente de prendre les patriotes par surprise. Entre temps, des manoeuvres politiques mettent Neville et Jason en danger, alors qu’Aaron et Priscilla avancent.

Frustré par Neville, Jason se tourne vers Miles avec des informations cruciales sur les prochaines étapes des patriotes au Texas. Déterminé à faire échouer les plans des patriotes, Miles et Monroe se précipitent à Austin avec Jason, Charlie et Connor en remorque. Pendant ce temps, Aaron trouve suspect le comportement de plus en plus inhabituel de Priscilla.

Tandis que Miles, Monroe, Charlie et Connor se précipitent pour fuir Austin, une confrontation avec les Rangers du Texas sépare Miles du groupe. Alors qu'elle recherche Miles, Charlie est confrontée à Neville qui exige des informations sur le sort de Jason. Alors que Miles, blessé, se retrouve face à des circonstances de plus en plus désespérés, Aaron apprend que la nanotechnologie a été occupée.

Truman, dotés de nouveaux pouvoirs du président, lance une attaque au gaz conçue pour tuer Miles et Monroe. A la déception de Rachel, Miles accepte de rejoindre Monroe sur un terrain impitoyable pour battre les Patriots à leur propre jeu. Tandis que Neville fait face à son propre défi des Patriots, Aaron devient de plus en plus inquiet par la puissance de la nanotechnologie.

Unis par leur désir de faire chuter les patriotes, Neville et Monroe forment une alliance précaire. Tandis que Rachel se retrouve face-à-face avec la nano-technologie tout en recherchant Aaron, les choses ne vont pas comme prévu pour Miles, Charlie et Gene quand ils essaient de voler la réserve des Patriots de gaz de moutarde.

Miles, Charlie et Monroe lancent une attaque sur les Patriots, mais doivent improviser un nouveau plan risqué pour arrêter la guerre imminente entre la Californie et le Texas. Pour se venger, Neville porte son dévolu sur le Président Davis. Pendant ce temps, les efforts d'Aaron et Rachel pour sauver Priscilla de la nano-technologie ont des conséquences inattendues.