Six mois après la bataille contre les Pactisants des Ténèbres, une pierre tombe du ciel en périphérie de la ville. Lazar s'y rend pour enquêter et se retrouve face à trois personnes venant d'Yliaster. Trudge et Mina eux, enquêtent sur un duelliste nommé Ghost qui fait crasher ses adversaires après les avoir battus. Ils demandent de l'aide à Yusei, Jack et Crow qui préparent un nouveau tournoi mondial, mais Crow refuse de les aider. Trudge part donc à la recherche de Ghost et le rencontre. Ils s'affrontent en duel et Ghost le bat. Plus tard dans la nuit, Yusei, Jack, Crow et Mina se rendent à l'hôpital pour voir Trudge et Yusei décide d'aller affronter Ghost lui-même. Il le retrouve et l'affronte, cependant, Ghost invoque un monstre Empereur Machine qui a pour but de détruire les monstres synchros.

Yusei invoque son Dragon Poussière d'Étoile et inflige des dommages de combat à Ghost. Cependant Ghost contre en utilisant son monstre pour capturer le Dragon de Yusei. Ce dernier reçoit finalement le pouvoir du Dragon Cramoisi et invoque le Dragon des Étoiles Majestueux, battant Ghost et le faisant crasher en dehors du circuit. Un des membres d'Yliaster arrive pour prendre le deck de Ghost et s'en va. Yusei, Jack et Crow arrivent pour découvrir que Ghost est en fait un robot, ce que Trudge identifie par la suite d'un duelliste robot qui a été volé à la Sécurité.

Alors que Yusei, Jack et Crow travaillent sur leur nouveau moteur, Lua, Luca et leurs camarades de classe viennent les visiter. Le principal de la Duel Académie demande à Yusei de réparer quelque chose : faire entendre raison au professeur à la tête de l'académie. Celui-ci menace d'expulser Lua, Luca et leurs camarades de classe de la Duel Académie car ils utilisent des monstres de niveau faible. Yusei arrive et défi le prof. Heitmann en duel afin d'empêcher leurs expulsions et afin de lui prouver la force des monstres de niveau faible. Yusei invoque le Dragon Poussière d'Étoile, mais le sacrifie pour invoquer plusieurs monstres Syntoniseurs, qui appartiennent aux élèves qui lui ont donné leur carte avant le duel. Yusei arrive à les utiliser pour battre Heitmann, qui apprend une bonne leçon sur la force des cartes et décide alors de ne pas expulser Lua, Luca et leurs amis.

Après avoir passé un bout de temps dans la ville, Yusei et les autres rendent visite à Martha qui leur parle d'un homme : M. Bashford, et qui vit dans des décombres de ferraille seul, sans son fils ni sa femme. Martha demande à Yusei et compagnie de ramener cet homme pour qu'il se sente moins triste. Et c'est après avoir évité tous les pièges, les trous cachés, les alarmes et autres que Crow arrive à pénétrer dans la demeure du vieil homme. Les deux n'étant pas d'accord sur le fait d'aller chez Martha et de quitter cette maison, il s'arrange avec un duel.

Yusei et Crow travaillent toujours pour le Grand Prix mais Jack ne fait rien du tout et se tourne les pouces. Mais c'est en cherchant du travail après s'être fait disputer par Crow qu'il rencontre Carly Carmine à nouveau. Elle lui parle d'un homme qui se fait appeler Don Piero, un escroc qui prête de l'argent à ses clients et qui se rembourse en les pillant. Jack décide de mettre cette affaire à son compte et défie ce Don Piero en duel. L'enjeu : tous les faux contrats sont annulés s'il gagne, mais s'il perd, il devra céder son duel runner et son dragon.

Pendant que Lua, Luca et Dexter vont se promener dans une forêt, Luca ressent une atmosphère étrange, se retrouve inconsciente et suit un esprit puissant. Quand elle se réveille, elle rencontre un garçon appelé Hayley qui la sauve de lianes et de racines vivantes. Celui-ci s'occupe d'une poupée représentant sa sœur, Claire. Quand ils remarquent que Luca a disparu, Dexter va alerter Yusei pendant que Lua la cherche dans la forêt. Quand Lua s'approche de la maison, Hayley se sent menacé et va l'affronter en duel. Sous la pression de ses cartes magiques qui l'obligent à se défausser de ses cartes pour en jouer, il réussit tout de même à invoquer son Dragon Outil Electrique. Yusei arrive et rentre dans la maison en défonçant la porte avec sa moto et trouve un tas de gens piégés à l'intérieur de cartes. Pendant ce temps, Luca est capable de parler avec l'esprit de Claire.

Yusei se réveille et se retrouve enfermé dans un camion après avoir été piégé lors une embuscade par une personne qui se fait appeler Boss, voulant le recruter pour le Grand Prix. Quand Jack, Crow, Akiza et Mina apprennent qu'il a été capturé, ils partent le chercher. Akiza arrive à localiser le camion dans lequel Yusei est enfermé et elle utilise ses pouvoirs pour entrer dans le camion, mais finit piégée à l'intérieur avec Yusei. Ils s'échappent, mais sont alors défiés dans un Duel Turbo par une mystérieuse duelliste. Elle invoque un monstre fusion auquel Yusei répond avec son Robot Guerrier, pendant qu'Akiza se retrouve invitée à assister au duel en première loge. La duelliste invoque alors sa carte maîtresse et révèle s'appeler Sherry Le Blanc. Elle espère recruter Yusei dans son équipe.

Le duel entre Yusei et Sherry continue, tandis qu'Akiza insiste pour continuer à assister au duel aux côtés de Yusei. Ce dernier lui inflige des dommages pour pouvoir finalement détruire le monstre de Sherry. Cependant, cela le laisse à un point où Sherry peut l'emporter si elle pioche un Sort de Célérité, en utilisant les effets du Monde de Vitesse 2. Puis, Sherry lui explique qu'elle entre dans le WRGP pour venger ses parents d'Yliaster. Au moment où Yusei est sur le point d'invoquer son Dragon Poussière d'Étoile, le Boss apparaît et essaie de leur jeter un camion pour les écraser. Akiza utilise ses pouvoirs pour matérialiser le dragon et les sauver. À cause des dommages sur les lignes de duel, le duel est annulé, mais elle promet à Yusei d'en refaire un bientôt. De cette expérience, Akiza éprouve un nouveau respect pour les Duels Turbo.

Yusei fait un cauchemar sur le Dragon Poussière d'Étoile qui est capturé par Ghost. Souhaitant apprendre à jouer sans faire appel aux monstres Synchro, Yusei demande à Jack de l'affronter. Pendant leur duel, ils sont observés par un personnage mystérieux. Sentant la peur en Yusei après avoir été attaqué par le Dragon Rouge Archdémon, Jack annule le duel, disant que Yusei ne peut pas gagner sans recourir aux invocations Synchro. Plus tard, tout le monde assiste à la cérémonie de présentation du WRGP, où les détails du tournoi sont révélés. Lazar rejoint alors le groupe d'Yliaster, qui utilise le tournoi dans leur propre intérêt. Plus tard, la fête est perturbée par un duelliste fou et alors que le groupe veut aider à l'arrêter, ils sont stoppés par un personnage mystérieux, qui dit que Yusei ne sera pas capable de battre Ghost dans sa condition actuelle.

Le mystérieux duelliste, Vizor, décide d'entrainer Yusei afin qu'il ait une chance de battre Ghost. Il commence par faire une petite course avec lui, testant ainsi l'aptitude de Yusei à atteindre une vitesse élevée. Ce test passé, le duel commence, avec Vizor qui arrive à invoquer deux monstres Synchro lors de son premier tour. Avant que Yusei ne puisse contre-attaquer, Vizor atteint la vitesse du son, réalisant une Accel Synchro avec ses deux monstres Synchro pour former un nouveau monstre bien plus puissant. Yusei y répond en invoquant Guerrier Foreur, dont il augmente la puissance. Cependant, quand Yusei est sur le point de détruire son monstre, Vizor décide de perdre le duel à la place. Le groupe Yliaster, qui avait observé le duel, s'intéresse alors de près aux faits et gestes de ce Vizor.

Déterminée à comprendre ce que les duellistes Turbo ressentent, Akiza se décide à aller passer un permis pour les Turbo Duels. Malgré ses nombreuses erreurs de débutantes au début, elle parvient à passer les examens initiaux grâce à sa détermination et à la tutelle de Yusei. Il lui fabrique son propre Duel Runner, avec l'aide de Jack et de Crow. Pour obtenir son permis, elle doit battre Trudge dans un duel de qualification. Au début, elle a du mal à comprendre comment fonctionnent les Sorts de Célérité, et puis son Dragon Rose Noire est battu. Cependant, elle arrive à renverser la situation et à invoquer un puissant monstre. Certaines personnes, qui étaient furieuses d'avoir perdu face à elle dans les examens initiaux, activent un piège afin de la faire tomber. Cependant, en utilisant les techniques que Yusei lui avaient apprises, elle se sort de ce mauvais coup et bat Trudge. En obtenant son permis, Akiza est accueilli par Yusei dans le monde des turbo duellistes.

Jack et Carly enquêtent sur des vols de Runners. Alors qu'ils poursuivent un groupe de voleurs, un des membres, qui est en fait un agent infiltré tombe et se blesse. Jack se sent responsable d'avoir causé l'accident, et essaie d'enquêter sur cette affaire lui-même, mais il est pris au piège par un groupe de voleurs et reste inconscient après avoir été assommé. Il n'abandonne pas et tombe alors directement sur le gang au complet, où il est une fois de plus battu. Cependant, il a pu placer un marqueur de localisation sur un des membres et arrive donc à trouver leur planque. Le chef, Syd, défie Jack dans un duel dans lequel le perdant est envoyé dans un broyeur. Syd prend au début l'avantage, et en dépit du fait que Jack invoque plusieurs monstres, il est toujours contré. Syd invoque son monstre Synchro, mais Jack lui répond par son propre monstre Synchro pour gagner le duel.

Pendant que Yusei et Akiza font un turbo duel d'entraînement, Lua se demande comment il se débrouillerait en tant que duelliste turbo. Dans le même temps, Yliaster discutent de leurs plans concernant le Dragon Cramoisi, et une autre tablette s'écrase sur Terre. Plus tard à la Duel Académie, un garçon du nom de Lester rejoint l'école espérant en découvrir plus sur Luca. Lester fait une illusion pour empêcher Lua de voir sa sœur partir et quand il réalise qu'il s'est fait piéger, il s'infiltre dans le jardin du château de Lester qui montre à sa sœur un skateboard alimenté par Ener-D qui peut être utilisé dans les turbo duels : le Duel Board. Celui-ci l'offre à Luca et Lua, jaloux, supplie Yusei de lui construire son propre Duel Board. Il passe alors plusieurs jours à s'entraîner. Luca le rejoint alors et s'entraîne avec lui, mais ils sont attaqués par un autre duelliste skater qui piège Luca dans un duel.

Réalisant que Luca et Lua sont en danger, Yusei, Jack, Crow et Akiza vont pour les trouver. Luca invoque son Ancien Dragon Féérique, mais il est bientôt absorbé par l'Empereur Machine. Tandis que Yusei et sa bande sont simplement spectateurs, Lua arrive finalement à trouver l'identité de son adversaire qui n'est autre que Lester. Luca reçoit des dommages afin de protéger son frère de l'attaque du monstre. Ce dernier invoque son dragon et, en utilisant des effets de carte, arrive à récupérer l'Ancien Dragon Féérique. Lester se renforce et bat Lua, le jetant hors du pont, mais le Dragon Cramoisi apparaît et le sauve. La contre-attaque de Luca échoue, mais ses esprits de Duel de monstres l'empêchent d'être blessée. Quand la bande essaie d'enquêter sur Lester, ils ne retrouvent plus son château et personne à la Duel Académie ne se souvient de lui. Encouragé par cette nouvelle attaque, Yusei est encore plus déterminé à apprendre l'Accel Synchro.

Pendant que Yusei teste son nouveau moteur, Jack et Crow se souviennent de ses combats précédents pour essayer de mieux le comprendre. Quand ils rejoignent Yusei, celui-ci suspecte Yliaster d'être derrière Ghost et de préparer quelque chose d'important avec le WRGP. Il parle aussi à Jack et à Crow de l'Accel Synchro. Ils deviennent déterminés à apprendre cette nouvelle technique, qui requiert un nouveau moteur. Dans le même temps, on voit un mystérieux personnage qui dort sur le sable, mouillé par les vagues.

Trudge et Mina invitent Yusei, Jack et Crow à un repas de luxe, bien que ce soit uniquement pour les amadouer. Ils veulent qu'ils s'occupent de Bruno, un amnésique qui s'est récemment échoué à la ville. Bien qu'ils refusent au départ, ils découvrent bientôt qu'il est un mécanicien extrêmement talentueux. Yusei est alors particulièrement intéressé par lui, puisqu'il pourrait l'aider à construire le moteur qui lui est nécessaire pour maîtriser l'Accel Synchro. Cependant, comme il passe plus de temps avec lui, ses amis commencent à devenir un peu jaloux, particulièrement Akiza. Yusei et Bruno réussissent à compléter le programme nécessaire à son nouveau moteur, mais il est volé pendant la nuit. Trouvant une empreinte digitale, ils décident de pirater le réseau de la Sécurité pour trouver le coupable. Ils doivent cependant réussir un duel puzzle afin de pouvoir accéder à la base de donnée.

Yusei, Jack, Crow et Bruno décident de poursuivre Lazar, qui avait volé leur programme pour Primo. Remarquant qu'il est poursuivi, Lazar se dirige vers le centre commercial. Il arrive à semer Jack et Crow en utilisant des hologrammes. Cependant Bruno arrive à comprendre le tour, et lui et Yusei suivent Lazar vers un complexe. Lazar donne le programme à Primo, qui remarque alors qu'ils ont été suivis ce qui déclenche l'alarme, séparant Yusei et Bruno. Primo active un Robot Gardien de Duel rempli des données de combat de Yusei afin de l'immobiliser pendant qu'il installe le programme dans des centaines de duellistes robots. Bruno arrive presque à pénétrer dans la salle mais il est immobilisé par Primo provoquant le souvenir d'un passé oublié. Dans le même temps, le Robot Gardien utilise ses capacités pour bloquer les monstres de haut niveau de Yusei et les invocations spéciales, le mettant dans une situation délicate.

Jack et Crow arrivent au complexe seulement pour se faire mettre à la porte. Ils s'infiltrent alors via un tuyau de ventilation. Alors que Yusei continue à lutter contre le Robot Gardien, Primo complète le programme d'installation des duellistes robots. Avec le succès de son entreprise, Primo démarre un compte à rebours d'auto-destruction et part en utilisant ses capacités, donnant à Yusei seulement 10 minutes pour gagner son duel et pour s'échapper. Jack et Crow rejoignent Bruno qui leur annonce, à contre-cœur, qu'ils doivent s'échapper sans attendre Yusei. Alors que le compte à rebours commence à filer, Yusei arrive à bloquer le deck du Gardien Robot et à invoquer son Dragon Poussière d'Étoiles pour gagner le duel. Alors que le complexe explose, Lazar s'envole pour sauver Yusei et pour l'avertir de ne plus interférer dans les actions d'Yliaster.

Les Forces de Sécurité arrivent pour arrêter Jack. Mina et Trudge montrent des preuves irréfutables que quelque chose de semblable au Duel Runner de Jack cause des accidents à d'autres personnes avec le Dragon Rouge Archdémon. Mais Jack dément avoir commis tous ces crimes et Crow ne l'aide pas vraiment. Quand les nouvelles arrivent, chacun croit difficilement à ce qui est en train de se passer. Plus tard dans la nuit, les coupures électroniques d'un bug ouvrent la cellule de Jack, lui permettant de s'échapper. Cependant, il tombe nez à nez avec un Jack Atlas lui ressemblant comme deux goutes d'eau, conduisant le même Runner que lui et se comportant comme lorsqu'il était le Roi des Duels. Il se fait défier dans un Turbo Duel par ce Jack et commence en piochant un syntoniseur qu'il aurait pu utiliser pour invoquer le Dragon Rouge Archdémon, mais à cause des évènements passés, il l'utilise pour invoquer le Dragon Ailé, Seigneur des Explosions à la place.

Yusei et Crow apprennent de Carly qu'il y a deux Tempête du Phénix (le duel runner de Jack) et qu'il existe un faux Jack Atlas. Ils retournent donc sur la scène de crime pour trouver le vrai Jack. Crow trouve une carte de Jack sur une paroi rocheuse au bord de la plage et, pensant que Jack s'est noyé, gémit de lamentation. Toutefois, Yusei reçoit un appel de Carly et découvre que Jack est apparu de nouveau sur l'autoroute. Et donc, comme Yusei et les autres se rendent sur les lieux de l'action, ils sont témoins du turbo duel de Jack contre l'imposteur. Le faux Jack essai apparemment de les sortir de la voie avec des rideaux de fumée se dirigeant vers Yusei. Lorsque le vrai Jack demande à l'imposteur pourquoi il se fait passer pour lui, il lui répond simplement que son état actuel n'est pas celui du Roi des Duels qu'il était avant.

Zora rencontre Yusei et les autres dans la rue et ils découvrent que la sympathique Zora n'est pas au meilleur de sa forme. Inquiet, Yusei lui demande ce qui se passe et apprend que le Comité de la Ville a décidé de remplacer l'horloge de la ville qu'elle chérissait tant. C'est à ce moment que le fils de Zora qui était parti étudier les mécanismes horlogers depuis trois ans pour réparer l'horloge apparait. Lynden de son nom est revenu pour réparer l'horloge pour sa mère, mais elle lui tourne le dos...

Yusei reçoit une lettre d'appel à l'aide pour sauver son vieil ami, Kalin Kessler. Yusei se rend immédiatement à Crashtown, où Kalin se trouve. Dans cette ville gouvernée par le duel, Yusei rencontre Barbara, qui vit ici. Elle lui explique que Kalin est un membre du gang de Radley, elle lui parle aussi des problèmes de son ami et lui demande de le sauver. Au crépuscule, Yusei et Barbara regardent un duel de Kalin contre un adversaire du gang de Malcolm. Yusei voit Kalin affronter ses adversaires sans mercie. Il a essayé d'appeler Kalin mais il n'a reçu qu'un retour glacial et Kalin s'en est allé avec son Duel Runner rejoindre son gang. Yusei décide alors de rejoindre le gang de Malcolm afin de sauver Kalin de cette ville de duels de gang.

Yusei Fudo s'aventure dans les gangs de duel dans l'espoir de sauver son ami Kalin Kessler du gang de Radley, et ce, en osant se battre pour le gang ennemis de celui de Kalin. Et même si Yusei essaie de dire à Kalin qu'il est venu pour l'aider, tout ce qu'il obtient n'est qu'un retour glacial de la part de son ancien ami disant avoir complètement oublié ce que le mot "Satisfaction" signifiait. C'est alors que le duel opposant Yusei à Kalin commence.

Yusei et Kalin continuent leur duel. Kalin veut être libre du duel en perdant face Yusei, donc il a l'intention de se suicider s'il perd. Toutefois, il est incapable de 'trahir le duel', et, finalement, il invoque le Dragon de la Fatalité Enfernité. Yusei invoque alors Dragon Poussière d'Étoile et déclare: «Je vais te sauver!". Cependant, le meilleur duelliste du gang Malcolm, Lawton, revient et détruit les disques de duel du gang de Radley. Barbara immobilise Yusei, révélant qu'elle connait la situation de Kalin, qu'elle est la fiancée de Malcolm et qu'elle l'a utilisé pour se débarrasser de Kalin pour que Malcolm règne sur les gangs de Crashtown.

Après un bref combat, Yusei attrape Kalin, et s'échappe de la mine. Lors de l'échappée, ils atteignent un cimetière, où Kalin reconnaît les «tombes» de ceux qui ont été vaincus dans les duels et forcés à aller à la mine, réalisant que tout ici est son propre fait, le choquant. West et Nico se montrent, en disant qu'un Duel Runner pourrait être nécessaire pour deux personnes à la fois pour sortir de la ville, offrant ainsi Yusei son Duel Runner. Lorsque Yusei essaie d'aider les gens envoyés à la mine, Lawton apparaît et lance son assaut. Voulant sauver Kalin et les autres, Yusei s'engage dans un Duel Turbo contre Lawton. À l'intervalle, Kalin commence à s'échapper de la mine.

Lawton a invoqué « Ogre Canon Géant » et a poussé Yusei dans ses derniers retranchements. Lorsque les points de vie de Yusei atteignent 400, ce dernier mise tout sur sa prochaine pioche. Pendant ce temps Kalin sauve Sergio, West et le père de Nico, et se bat contre les sbires de Lawton afin de s'échapper cependant le père de west et nico se sacrifie pour les sauver pendant ce temps yusei invoque le guerrier foreur mais lawton réplique avec une carte piège et est interrompu par kalin et les 2 enfants qui ont volé le duel runner des sbire puis lorsqu'ils aperçoivent la sortie, lawton revient et met sa D-Wheel en mode géant et reprend l'activation de son piège et lance une bombe qui envoie voler tout le monde. kalin, yusei et son runner tombe dans un creux et les deux enfants au bord, inconscient, ce qui fait que Lawton les enlève.

Crashtown est maintenant sous le contrôle de Lawton et, maintenant qu'il n'y a plus personne pour s'opposer à lui, il en est devenu le chef pour longtemps. Toutefois, arrive le moment où Yusei Fudo et Kalin Kessler arrivent. Kalin déclare à Lawton : «Laisse-moi te montrer comment la Grande Faucheuse vit sa vie." Le duel commence alors avec Yusei et Kalin contre Lawton avec le sort de la ville sur la balance.

Pour apporter la liberté à Crashtown une bonne fois pour toutes, Yusei et Kalin affrontent l'homme qui la contrôle désormais, Lawton. Une attaque stratégique de Yusei impeccablement réalisée avec Kalin, enlève la plupart des points de vie de Lawton, mais ensuite, ce dernier fait l'invocation de "Ogre Révolver", qui menace le reste des points de vie de Kalin, ainsi que ses Compteurs Mortels. Finalement, nos héros arrivent presque à gagner mais pas avant que Lawton ne leur fasse un coup fourré et les prennent en otage. Mais Jack et Crow se montrent pour sauver leurs amis : les Exécuteurs sont de nouveau réunis.

À cause de la carte qui est en sa possession et au péril de sa vie, Sherry décide de s'introduire au Quartier Général du Bureau de la Sécurité Publique. Alors qu'au même moment, Yusei et Bruno se rendaient là-bas. Et tandis que Yusei informe Trudge et Mina de la situation de Bruno, un rapport leur parvient qu'une bombe est à l'intérieur du bâtiment, alors que tout le monde est pris au piège dans ce même bâtiment. Et à l'intérieur, Yusei voit Sherry et court après elle, mais il tombe nez à nez avec Elsworth, qui accompagnait Sherry. Le duel est engagé entre les deux hommes et Yusei doit gagner s'il veut pouvoir rattraper Sherry et empêcher un accident de se produire.

L'homme décédé était Pearson, dont Crow était redevable, ce qui conduit Mina et Trudge, qui sont chargés de l'enquête, à questionner Crow. Ce dernier affirme avoir entendu le criminel utiliser une carte appelé «Mephist Sanglant". Il commence alors à chercher le criminel, ce qui le mène à rencontrer Bolton, un homme qui a autrefois travaillé pour Pearson. Mais Bolton ne veut rien dire et il parlera à une seule condition : un duel avec Crow.

Crow est mis en difficulté par le jeu de son adversaire. Malgré une invocation synchro qui réduit les points de vie de Bolton à 2800, ce dernier finit par invoquer le monstre recherché de tous:"Mephist Sanglant". Bolger réduit les points de vie de Crow jusqu'à 300. C'est alors que la marque de Crow se met à briller après qu'il a prononcé un discours permettant l'apparition du 5edragon caché dans le runner de Crow : le Dragon Ailes Sombres. Crow réduit, par les effets de son monstre, les points d'attaque de son dragon à 0 puis les échange avec ceux de "Mephist Sanglant" et attaque, réduisant les points de vie de Bolton à 0.

Étant donné que le WRGP approche, Yusei et ses amis visent le haut du tableau des éliminatoires, et donc ils font une course d'entrainement sur le circuit. Toutefois, Crow veut continuer à faire des tours de circuit et il percute un des membres de l'Equipe Unicorn. Afin d'éviter tout problème avant les préliminaires, Yusei affronte André, le meilleur joueur des Unicorn, dans un Duel Turbo.

Le turbo duel opposant Yusei à André continue. Et petit à petit, Yusei est poussé dans ses derniers retranchements dû à l'intensité que met son adversaire dans ce duel. Mais il tente de retourner dans le match en invoquant son fidèle Dragon Poussière d'Étoile. Avant qu'il ne puisse gagner, le temps d'entraînement de l'Equipe Unicorn se termine, de même que le duel. Le jour suivant, Sherry visite brièvement Yusei pour lui demander des précisions sur ce qu'ils ont tous les deux vus, et les enfants de Martha donnent à Crow une banderole qu'ils ont fabriqué. Cela lui donne envie de s'entraîner, mais il se crashe soudainement et se casse le bras, l'empêchant de participer au WRGP. Il laisse alors à Akiza sa place et se met à l'entrainer.

Les tours préliminaires du WRGP commencent enfin. Yusei et les autres y participent en tant que Équipe 5D's. Cependant, leur premier match les opposent à l’Équipe Unicorn qu'ils ont déjà rencontré. Yusei et les autres, s'attendant à une victoire, si on prend en considération les autres duels du jour, placent Jack en tant que premier duelliste, suivi par Akiza comme deuxième duelliste, et enfin Yusei comme troisième duelliste. Cet ordre étant celui dans lequel les membres se battront en duel.

Jack, est finalement battu par André, et retourne au stand, puisque son Runner a rendu l'âme à cause des attaques du duel. Donc, Akiza le remplace dans ce duel en tant que deuxième duelliste. Et cette dernière démarre sur les chapeaux de roues en lançant une attaque brutale à André, le faisant perdre la plupart de ses points de vie et l'obligeant à jouer sur la défensive. Le but étant de gagner ce duel le plus rapidement possible. Cependant, il prévoit de la contrer en jouant le Sort de Célérité qui est dans sa main : La Fin de la Tempête.

Il n'y aura aucune chance de victoire si Yusei, troisième et dernier duelliste de l'équipe, maintenant qu'Akiza a aussi été vaincue, ne bat pas trois duellistes en un seul match. En effet, il doit battre André, toujours invaincu, mais aussi les deux autres duellistes de l’Équipe Unicorn. Yusei arrive à détruire la carte magique fétiche d'André, mais cela lui permet d'activer son autre carte qui réduit de moitié les points de vie de Yusei ainsi que tous les siens. Yusei affronte alors le prochain duelliste de l’Équipe Unicorn, Breo, qui invoque bientôt son monstre synchro, Bicorne Vortex qu'il détruit aussitôt en réduisant 10 de ses Compteurs Vitesse. Cela a pour conséquence d'envoyer 7 cartes du deck de Yusei au cimetière, mettant en place sa tactique de destruction de deck.

Yusei arrive à battre Breo grâce à son "Robot de la Dévastation" mais doit à présent faire face au dernier duelliste de l'Equipe Unicorn, Jean, qui a déjà invoqué son monstre Synchro "Tricorne de la Foudre".

Yusei commence à revenir dans la partie en invoquant un monstre « Fusion », son « Draco Equiste, Paladin Dragon » qui a 3200 points d'attaque et qui est de niveau 10. Il arrive donc à contrer les techniques de Jean et arrive finalement à détruire son dernier monstre en lui retirant le reste de ses points de vie.

Yusei et ses amis fêtent leur nouvelle victoire et qualification dans le WRGP tout en se liant d'amitié avec l'Equipe Unicorn. Malgré cela, Bruno, à la suite d'un accès de folie, se souvient d'évènements liés à Yliaster où il apparait avoir une mission, puis tombe dans l'eau. Sherry Le Blanc apparait en leur disant qu'Yliaster est impliqué dans le tournoi et Yusei comprend que s'il ne parvient pas à maîtriser l'Accel Synchro, il ne pourra pas vaincre les Empereurs Machine d'Yliaster. Le lendemain, l'Equipe Unicorn se fait battre par l'Equipe Catastrophe et comme si cela ne suffisait pas, André et Jean sont grièvement blessés.

Alors qu'André et Jean sont à l'hôpital, Yusei et ses amis tentent de découvrir la cause des crash de l'Equipe Unicorn. Akiza, pendant ce temps, est victime d'un "accident" semblable à celui de Crow. Il semble que cela soit dû à la carte des Ténèbres de l'Equipe Catastrophe "Le Chevalier au Crochet Caché" qui a été offerte à Nicolas par Primo. Le duel entre Crow et un membre de l'Equioe Catastrophe, Hermann, commence. Alors que Crow subit déjà des dommages, un crochet sort de l'ombre de son Duel Runner et tente de le faire tomber. Mais Crow l'ayant vu à temps, parvient à l'éviter. Yusei et les autres comprennent qu'il ne s'agit pas ici d'une simple carte. En effet, le mystérieux crochet est le même que celui du monstre joué par Hermann.

Malgré la douleur qu'il a au bras, Crow continue à éviter les attaques de plus en plus nombreuses et ténébreuses du Chevalier au Crochet Caché sur son Duel Runner. Crow invoque son Dragon Ailes Sombres et arrive à mettre hors jeu Hermann, ainsi que son Chevalier au Crochet Caché. Arrivant à sa limite, Crow laisse Jack s'occuper du deuxième duelliste Nicolas. Cependant, Nicolas utilise une autre carte des ténèbres, destinée à les mettre tous les deux hors jeu. Malgré tout, Jack reste dans la partie grâce à l'effet de son monstre, venant au secours de Nicolas avant qu'il ne crashe. Son Duel Runner étant détruit, ce dernier est incapable de passer le relai à son partenaire, donnant à l'équipe 5D's son billet pour la finale. Dans le même temps, Primo envoie son armée de Robots duellistes, surnommée Diablo, à travers la ville.

L'armée Diablo entre dans la ville et sème le chaos en battant des dizaines de duellistes avec leur mode Bataille Royale. Yusei, Jack et Bruno, rejoint par Kaz, Elsworth et Sherry partent donc affronter l'armée des Ghosts en se divisant en petit groupes. Yusei, Sherry et Elsworth arrivent à battre plusieurs Ghosts, mais finalement Elsworth et Sherry se font battre.

Bruno recouvrant sa mémoire, se révèle être Vizor et vient au secours de Yusei. Mais Primo entre dans la partie pour en finir avec ce-dernier qui aura eu le temps de recevoir les instructions de Bruno pour pouvoir faire l'Accel Synchro, impliquant le Réacteur Ener-D et l'Accel Spirit (Clear Mind). Prenant ces choses en compte, Yusei accélère à des vitesses folles et est capable de voir un nouveau monstre. Le duel commence entre Primo et Bruno, qui s'étaient déjà combattu auparavant mais qui avait résulté sur le crash de Bruno dans la mer. Yusei arrive à un cratère, où une autre dalle de pierre a atterri. En la touchant, il est transporté dans la salle blanche où il avait déjà été, et où il reçoit une carte d'Accel Synchro. Primo invoque son monstre Wisel et Bruno invoque les monstres permettant de faire son Accel Synchro. Mais le duel sera mis en difficulté par les Ghosts venus en renforts. Yusei arrive et défie Primo qui se transforme et fusionne avec son Duel Runner.

Yusei est toujours face à Primo et son Empereur Machine Wisel. Yusei invoque donc un monstre synchro, son Robot de la Dévastation et Primo tente de l'absorber mais Yusei arrive à le contrer. Primo active une carte permettant de détruire "Tronc de Wisel" pour invoquer à la surprise générale "Ailes de Skiel 3" puis "Ailes de Skiel 5". Le pactisant tente donc le tout pour le tout en invoquant son Dragon Poussière D’Étoile et en tentant une Accel Synchro mais qui à sa grande surprise, rate. Primo absorbe donc le "Dragon Poussière d’Étoile" de Yusei qui se retrouve à présent dans une position délicate.

Avec son Dragon Poussière d'Étoile absorbé par Wisel, Yusei commence à être frustré sur la raison pour laquelle son Accel Synchro a échoué. Arrivant tout juste à survivre aux attaques de Primo, Yusei arrive finalement à récupérer son Dragon Poussière d'Étoile. Primo fait démarrer une tornade qui commence à affecter la ville, mettant Haruka, un enfant, en danger. Cependant, Akiza arrive à la sauver. C'est alors que Yusei regagne sa détermination en faisant le vide dans son esprit (le "Clear Mind"), lui permettant alors de réaliser une Accel Synchro et d'invoquer son Dragon Étoile Filante, dispersant la tornade.

Remarquant la lumière causé par le Dragon Étoile Filante, Jack et Crow décident de se diriger vers Yusei. Ce-dernier utilise la faculté spéciale de son dragon et la volonté de ses amis pour attaquer Primo cinq fois d'affilée remportant la victoire et le détruisant. Alors que Yusei retrouve Jack, Crow et Bruno, ils se retrouvent face à Lester et à Jakob qui se révèlent être les empereurs d'Yliaster. Ils prétendent être une organisation destinée à placer le futur sur le bon chemin après qu'il a été altéré par la création du Réacteur Ener-D. Ils ont pour but la destruction de New Domino City. Sherry et Elsworth arrivent et attaquent Jakob et Lester, mais ne sont pas de taille. C'est alors que Jakob reçoit sa tablette, lui donnant l'Empereur Machine Grannel. Alors qu'ils partent, ils disent à Yusei et aux autres qu'ils combattront dans le WRGP. Alors que New Domino City se remet du carnage, Yusei et ses amis se préparent pour la bataille qui arrive.

Greiger a une vision de Jack en train d'être détruit par son propre pouvoir et va alors appeler Jack et Yusei jusqu'aux plaines de Nazca. Il parle de comment il avait construit un temple pour aider à sceller les Esprits de la Terre Immortels, mais a récemment été troublé par l'apparition de ce qui est connu comme le Diable Cramoisi. Greiger avertit Jack qu'utiliser ses techniques de duel habituelles basées sur la puissance pourrait le détruire, mais Jack insiste qu'il ne peut combattre qu'en l'utilisant. Greiger propose un Turbo Duel, mais Jack est surpris quand il voit que son adversaire est son petit frère, Max, qui apparaît être possédé par le Diable Cramoisi. Jack invoque son Dragon Rouge Archdémon mais se retrouve en difficulté contre le deck spécial de Max. Quand Jack attaque, il se retrouve attaqué par son propre pouvoir tout comme dans le rêve de Greiger, le duel s'arrête alors. Jack ne souhaite alors plus abandonner ses techniques basées sur la puissance et s'en va.

Alors que Jack venait de partir, il est défié par Familier - le servant du Diable Cramoisi - quand il arrive à un village, l'obligeant à revenir. Pendant ce temps, Greiger et Yusei discutent du duel contre Jack où divers points restent confus comme le deck utilisé par Max. Jack arrive et pénètre dans le temple pour rencontrer Familier. Celui-ci promet la puissance à Jack qu'à la seule condition qu'il gagne le duel. Jack accepte mais sous hypnose et le duel commence. Yusei et les autres arrivent mais ne peuvent avancer davantage car le serviteur les repousse. Ce dernier met Jack en très grande difficulté en contrant ses attaques et en lui infligeant des dommages sans porter une seule attaque mais par des effets comme lors du duel contre Max. Au cours du duel, Yusei et les autres découvrent que le Diable Cramoisi les a manipulé pour s'emparer du corps de Jack, condition possible que si ce dernier perd son duel.

Jack invoque son Dragon Rouge Archdémon, mais est toujours gêné par les effets de Familier, bien qu'il arrive finalement à lui infliger des dommages. Familier essaie d'utiliser le pouvoir du Diable Cramoisi pour faire tomber Jack dans le vide, mais il tient bon. Greiger se souvient d'un Pactisant légendaire qui avait une âme brûlante - 'Burning Soul' - utilisée pour battre Nova Rouge. Jack commence à jouer de manière plus stratégique et inflige plus de dommage à Familier. Celui-ci devient furieux et invoque un monstre puissant, amenant la libération du Diable Cramoisi toute proche. C'est alors que Jack produit une Âme Brûlante et que le Dragon Cramoisi, aussi connu comme le Quetzalcoatl (le Dieu qui protège le lieu), apparaît, autorisant Jack à faire une double-syntonisation avec deux monstres syntoniseurs. En absorbant le pouvoir du Diable Cramoisi, il invoque le Dragon Nova Rouge et bat le Familier.

Yusei et les autres attrapent Lazar qui, déguisé, vole des nouilles instantanées. Voulant en apprendre plus sur Yliaster, ils le coincent, mais il arrive quand même à s'échapper. Espérant le piéger, le groupe tient un faux lancement de produit de nouilles où on peut affronter en duel Crow dans une tenue de mascotte afin d'espérer gagner des nouilles. Finalement, Lazar apparaît dans un autre déguisement, et alors qu'ils n'arrivent pas à l'avoir, Yusei arrive à mettre un marqueur sur lui afin de pouvoir le localiser facilement. Crow le défie dans un duel pour qu'il lui fournisse des informations sur Yliaster. Celui-ci invoque son Seigneur Jester et annule les facultés des monstres syntoniseurs de Crow, mais ce dernier arrive à faire un retour gagnant pour le détruire. Alors que la famille de Lazar apparaît, celui-ci revient dans la partie avec sa Reine Jester.

Le groupe accompagné de Sherry, interroge Lazar sur Yliaster. Après qu'il a parlé de lui et de sa famille et de son amour pour les bols de ramen, il les amène finalement à un jeu d'arcade où deux duels-puzzle doivent être réussis afin d'accéder à une base de donnée cachée. 3 échecs sont permis, Lazar échoue lors de la première tentative car il n'inflige pas assez de dommage pour l'emporter. Akiza utilise sa connaissance des Turbo Duels pour pouvoir l'emporter. Cependant, Jack calcule mal son coup dans le deuxième duel et perd le deuxième crédit, laissant Yusei achever le puzzle par lui-même. Le jeu achevé, Lazar accède aux données, qui révèlent l'entreprise qui a envoyé les trois membres d'Yliaster au Bureau de la Sécurité Publique, Momentum Express - Agence de Développement.

Yusei, Sherry et Bruno s'infiltrent dans le QG du Momentum Express déguisés en représentants de l'entreprise de Bolton. Là, Clark Smith leur montre un nouveau réacteur Ener-D, qui est supposément conçu pour autoriser des duellistes turbo à voyager à travers des trous dans l'espace-temps. Voulant en savoir plus, il s'infiltre dans le bureau de Clark pour obtenir une clé d'accès pour pouvoir ouvrir la porte menant au niveau 10. Quand Clark revient, Yusei le retient en le défiant en duel avec des nouvelles règles proposées par Clark, alors que Sherry et Bruno se dirigent vers l'espace restreint. Le duel de Clark demande aux joueurs de déclarer le type de carte voulu et de choisir avec succès la bonne afin de l'utiliser. Cependant, Clark triche avec ses lunettes afin de choisir toujours les bonnes cartes. Réalisant cela, Yusei arrive à invoquer son Dragon Poussière d'Étoile et à le battre. Cependant, Clark savait déjà leurs identités et enclenche l'alarme.

Clark révèle qu'il a tué les parents de Sherry afin de découvrir le secret derrière Infinity, qui est en train d'être utilisé par Yliaster pour altérer l'histoire. Il envoie Yusei, Sherry et Bruno dans un trou dans l'espace-temps dans lequel ils sont destinés à se désagréger et à crasher. Sherry utilise sa carte pour reprendre le contrôle de la navette, mais elle finit par être aspirée. Yusei et Bruno passent par une île étrange, où Yusei est de nouveau, brièvement visité par son père, qui l'avertit que Ener-D détruira l'espèce humaine avant de faire retourner lui et Bruno à New Domino City. Mécontent des actions de Clark, Yliaster répand un souffle de lumière blanche autour de New Domino City qui efface l'existence de Clark. Une autre équipe du WRGP, l'Equipe Ragnarok, remarque également le souffle mais ils sont protégés par leurs cartes des Seigneurs des Ases.

Après avoir appris l'existence de l'Équipe Ragnarök, Lua fonce sur un autre membre d'une autre équipe du WRGP, l'Équipe Taiyo (Soleil en japonais), et le blesse. Ils le prennent alors pour qu'il le guérisse puis lui parlent de leur précieux Duel Runner, qui a été endommagé lors de l'incident des Ghosts. Il leur propose de les aider, en appelant Yusei, mais Jinbei refuse son aide. Lua amène Yusei et Bruno pour réparer leur Duel Runner, et malgré les objections de Jinbei, les autres acceptent. Dans le même temps, Jack, Crow et Akiza assistent à un Duel d'exhibition de l'Équipe Ragnarök, et d'un de leurs membres - Dragan - défie Jack en duel. Ce-dernier invoque son Dragon Rouge Archdémon tandis que Dragan invoque son Seigneur des Ases, Thor. Ce-dernier attaque, mais la puissance des deux monstres commence à résonner et à causer un tremblement de terre, forçant Lazar à faire terminer le duel avant que des problèmes aient lieu.

Alors que l'Équipe 5D's se prépare à affronter l'Équipe Taiyo, ils se montrent curieux d'avoir vu leur deck comprenant largement des cartes normales. Taro se rappelle comment il a réussi à former son équipe et à entrer dans le WRGP. Le premier tour démarre et Jack se retrouve face à Yoshizo. Ce-dernier invoque Le Majin Tenant les Mains pour solidifier sa défense, arrivant même à se protéger du Dragon Rouge Archdémon. Il devient alors clair que le plan de Taiyo est de mettre en place une défense invincible tout en attaquant avec les effets du Monde de Vitesse 2. Jack arrive à égaliser leurs points de vie, puis à annuler l'effet du Majin Tenant les Mains et à le détruire, mais Taiyo a un autre plan en tête.

Jack bat Yoshizo en contrant les effets du Monde de Vitesse 2, et affronte maintenant le deuxième membre des Taiyo, Jinbei, qui invoque un autre Majin Tenant les Mains. Jinbei se rappelle être parti de chez lui enragé et d'avoir rencontré un homme, Mizuru, dans une voiture de sport. En l'accompagnant, Mizuru abime le Duel Runner d'un gangster et est pourchassé. Quand plusieurs des amis de Mizuru sont capturés et que Mizuru a trop peur de faire marche arrière, Jinbei repart affronter les gangsters, et est sauvé par Taro et Yoshizo. À présent, Jack essaie de provoquer un match nul entre lui et Jinbei, mais ce-dernier parvient à s'en sortir. Crow continue le combat et utilise les efforts combinés d'Aile Noire - Maître des Armures et du Dragon Ailes Sombres pour battre Jinbei. Alors que Taro poursuit l'affrontement, Yusei le suspecte d'avoir un plan qui causera leur défaite dans quelques tours.

Yusei révèle que le plan de Taro est de sacrifier un monstre de niveau 1 resté sur le terrain pendant 10 de ses tours afin de pouvoir invoquer sa carte maîtresse, le Géant Endormi au Bruit Sourd. Quand la foule l'apprend, elle commence à encourager l'Équipe Taiyo, de même que les personnes de leur ville natale. Les tentatives de Crow de détruire le monstre de sacrifice de niveau 1 échouent, permettant à Taro d'invoquer le Géant qui bat alors Crow. Yusei prend la suite et invoque son Dragon Poussière d'Étoile pour affronter Taro.

Yusei arrive à infliger des dommages à Taro en prenant avantage de la position défensive du Dragon Poussière d'Étoile. Alors que Taro commence sa contre-attaque, Yusei fait une Accel Synchro pour invoquer le Dragon Étoile Filante. Cependant, Taro active son propre piège pour amener Yusei à la portée fatale des effets du Monde de Vitesse 2. Yusei utilise les cartes restantes de Jack et de Crow pour battre le Géant malgré ses effets pratiquement infaillibles, et à battre Taro. Malgré sa défaite, l'Équipe Taiyo est félicitée par la foule pour leurs efforts.

Remarquant la nouvelle apparition de l'île dans le ciel, Yusei, Jack et Crow vont aller voir, mais ils se retrouvent face aux membres de l'Équipe Ragnarök - Harald, Brave et Dragan - qui possèdent chacun l’Œil de Rune (similaire aux marques de dragon). Harald leur dit qu'il a reçu l'Œil de Rune et son Seigneur des Ases parce qu'il était l'héritier d'un pouvoir venant des contrées nordiques. Plus tard, il recrute les autres héritiers Dragan et Brave afin de contrer la menace de leur temps : Yliaster. Dragan explique qu'il y a trois ans, son père s'est fait hospitaliser après un accident dans une grotte. Afin de payer son opération, Dragan devait suivre les ordres de Goodwin et provoquer un match contre Jack, mais en contre partie, il devait perdre, mettant ainsi sa fierté de duelliste à rude épreuve. Les deux équipes désirant battre Yliaster, ils décident de régler cela pendant la demi-finale.

Jack apprend la vérité à propos des matchs truqués grâce à Lazar, qui confirme ce que Dragan lui avait dit. Jack devient alors extrêmement irrité, et Yusei lui suggère d'utiliser le duel à venir pour regagner sa fierté. Le lendemain, dans le match opposant 5D's et Ragnarök, Jack et Dragan débutent et sont surpris de trouver leur main de départ identique à celle du duel précédent. Réalisant l'opportunité de mettre un terme à cette histoire, les deux refont exactement les mêmes premiers tours que lors de la dernière fois, mais cette fois, Dragan peut utiliser librement sa carte piège. Jack parvient cependant à la contrer. Dragan invoque alors Thor, Seigneur des Ases qui parvient à détruire le Dragon Rouge Archdémon de Jack.

Alors que Dragan continue son attaque, Jack commence à ressentir des dommages réels. Cependant, Jack revient dans la partie en invoquant son Dragon Nova Rouge. Cependant, Dragan active des pièges qui affaiblissent celui-ci, protégeant Thor. Malgré tout, Jack arrive à mettre en place une stratégie afin de redonner à son Dragon sa pleine puissance, détruisant Thor et battant Dragan. Cependant, avant qu'il ne laisse sa place, Dragan ressuscite Thor et inflige des dommages à Jack.

Le deuxième coureur des Ragnarök, Brave, prend le contrôle de Thor et utilise ses facultés pour mettre Jack hors course. Crow reprend le duel, mais ses attaques se montrent inefficaces contre les pièges de Brave, ce qui lui coûtent beaucoup de points de vie quand Thor l'attaque. Remarquant que Crow est soutenu par des enfants, Brave explique la manière dont il a rencontré un groupe similaire d'enfants. Ces derniers étaient victimes de guerres dues à Yliaster. Cela l'a amené à vouloir combattre Yliaster afin de pouvoir les protéger. Crow invoque alors son Dragon Ailes Sombres, mais Brave invoque Loki, Seigneur des Ases, qui le détruit.

Crow n'ayant plus que 50 LP, les enfants qui supportent Crow se mettent presque en danger en essayant de l'encourager, ce qui a son effet car Crow arrive par la suite à ressusciter son Dragon Ailes Sombres et à activer une carte piège d'une cimetière. Mais Brave la contre, amenant les deux duellistes à se faire sortir en même temps du match. Yusei reprend alors les hostilités contre Harald, qui invoque rapidement Odin, Dieu des Ases.

Yusei doit à présent affronter la puissance d'Harald et de ses 3 Seigneurs des Ases. Tandis que Yusei exprime sa volonté de battre Yliaster et qu'il voit de nouveau son père, il obtient la puissance du Dragon Cramoisi et invoque son Dragon des Étoiles Majestueux. Cependant, Harald arrive à voir dans sa stratégie et le contre magnifiquement.

Yusei affronte alors non seulement les trois Seigneurs des Ases, mais aussi un compte à rebours fatal dû au piège 'Gjallarhorn' de Harald. Ce-dernier entrainera la défaite de Yusei dans trois tours, en infligeant les points d'attaques des trois Seigneurs des Ases aux LP de Yusei. Yusei arrive à repousser l'attaque des trois Seigneurs grâce à son Dragon Poussière d'Étoile. Harald invoque alors deux monstres sur le terrain de Yusei. En les retirant du jeu, Yusei arrive alors à invoquer son Dragon Étoile Filante et à infliger des dommages. Il retourne par la suite le piège Gjallarhorn contre lui (en amenant les ATK des Seigneurs des Ases à 0 avec 'Force Zéro') ce qui retire les Seigneurs des Ases du jeu, permettant à Yusei de gagner.

Non aidée par Mina qui la gêne, Carly cherche à écrire un article sur l'Équipe 5D's. Akiza, Luca et Lua décident alors de l'aider à écrire les profils de chaque membre, en se souvenant de leurs aventures passées. Cependant, alors qu'ils viennent de finir l'article, Stéphanie arrive et chute, répandant du café sur le PC portable de Carly.

Yusei et les autres, réalisant que New Domino City va disparaître de la surface de la terre s'ils ne gagnent pas, sont bien décidés à vaincre Yliaster. Le match commence avec Jack contre Lester. Jack, redoutant la technique de l'Empereur Mecklord, invoque son monstre phare, le Dragon Nova Rouge qui lui permet de battre le Skiel, Empereur Mecklord de Lester, et de remporter le premier duel. Cependant, ce dernier laisse à Primo une carte contre, qui semble être la clé de leur jeu d'équipe.

Le prochain tour commence avec Jack contre Primo, qui invoque immédiatement Wisel, Empereur Mecklord. Yusei réalise que leur tactique d'équipe est basée sur la carte piège jouée par Lester, mais Primo la protège ce qui l'amène à perdre devant Jack. Ce-dernier affronte alors Jakob, qui invoque Grannel, Empereur Mecklord, et qui utilise la carte piège pour se donner des LP jusqu'à un total de 12 000, ce qui devient alors les points d'ATK de Grannel. Son Empereur détruit alors le Dragon Nova Rouge pour ensuite l'absorber, augmentant encore plus ses points d'ATK et amenant Jack à laisser Crow prendre le relais.

Malgré les préoccupations des autres sur sa sécurité, Crow va affronter Jakob. Crow tente d'utiliser les facultés de son monstre Synchro (Aile Noire - Maître des Armures) sans qu'il ne se fasse prendre par Grannel, en invoquant Aile Noire - Aurore Boréale, et en activant sa faculté spéciale. Cependant, Jakob contre cette stratégie en utilisant le Dragon Nova Rouge comme rempart, puis en l'attaquant deux fois avec le Dragon de Jack. Crow est alors battu par Jakob, mais il arrive quand même à invoquer son Dragon Ailes Sombres en mode défense pour Yusei, en jouant une carte piège, après avoir été attaqué par Grannel, Empereur Mecklord. Crow crashe alors, tandis que Yusei s'en va affronter Jakob.

Yusei commence le combat contre Jakob, en utilisant le piège de Crow pour invoquer le Dragon Poussière d'Étoile quand le Dragon Ailes Sombres est détruit. Jakob montre alors à Yusei et aux autres un futur où New Domino City est complètement détruite. À cause des monstres Synchros et du réacteur Ener-D qui ont fait évoluer le monde à un rythme effréné, une guerre se déclenche et le réacteur Ener-D explose alors, détruisant la majorité du monde. Yusei refuse de croire cela et invoque le Dragon Étoile Filante et arrive à détruire Grannel, Empereur Mecklord. À ce moment-là, Jakob, Primo et Lester fusionnent pour former le vrai Empereur d'Yliaster, Aporia, la vraie forme du trio.

Aporia invoque son monstre clé, l'Infini Empereur Machine Cubique Divin Machinicle, ce qui crée un champ d'énergie, et amène la foudre à frapper toute la ville de New Domino City. Machinicle absorbe alors le Dragon Étoile Filante. Aporia montre alors des visions du futur, dans lesquelles, le seul survivant d'une attaque des Empereurs Mecklord et des monstres Synchros sur Terre supplie Z-One, juste avant sa mort, de le ressusciter dans le passé dans la forme de ses trois incarnations. De retour au duel, Yusei arrive à récupérer le Dragon Étoile Filante, en le détruisant et en le ressuscitant, mais est toujours dans une situation désespérée.

Aporia mène dans son duel face à Yusei grâce à son Infini Empereur Machine Cubique Divin Machinicle. Yusei, à présent désespéré, tente de revenir dans le match en alliant la puissance de ses cartes piège avec celles que Jack a laissé avant de perdre. Et grâce à cette combinaison ingénieuse, le Dragon Nova Rouge de Jack, le Dragon Ailes Sombres de Crow et le Dragon Etoile Filante de Yusei allient leurs forces pour défier le Dieu Mécanique Impérial.

Yusei arrive à battre Aporia, faisant de l'Equipe 5D's la championne du WRGP. La paix semble s'être finalement installée à New Domino City, néanmoins, les choses prennent une tournure inattendue quand la Citadelle de la Peur (Ark Cradle) apparaît dans le ciel.

Avec l'aide de l'Equipe Ragnarök, Yusei compte s'introduire dans la Citadelle de la Peur afin de sauver la ville, même si cela doit causer sa mort.

Yusei et ses amis arrivent dans la Citadelle de la Peur, mais sont très vite séparés en trois groupes, selon les plans de Z-one. Chaque groupe s'aventure dans les trois différents Engrenages Planétaires au centre de la structure. Cependant, Sherry barre la route de Crow et Akiza. Elle ne les laissera passer que s'ils gagnent contre elle. Elle utilise alors la carte "École de Zone" pour se "diviser" en deux afin de les affronter séparément.

Ayant compris la stratégie de Sherry, Crow et Akiza détruisent l'effet de la carte magie "École de Zone". Mais en utilisant le pouvoir d'une carte qui était un souvenir de son père, Sherry utilise "Z-ONE", activant une nouvelle carte de terrain : "La Porte de l'Âme Reliée".

Jack, Lua et Luca arrivent à l'Engrenage Planétaire. Là-bas, ils sont surpris de voir qu'Aporia, que tout le monde pensait vaincu dans la finale du WRGP, les attendait. Cependant, afin de stopper l'Engrenage Planétaire, le trio affronte Aporia en duel. Néanmoins, quand Aporia active sa carte magie de terrain, "Fortissimo, la Forteresse Mouvante", les 4 joueurs se retrouvent intégrés dans le duel par un dispositif qui s'installe de force sur leur cœur. La vie des 4 joueurs est alors expressément reliée à leurs points de vie, ce qu'il signifie que s'ils tombent à zéro, ils meurent. Un duel à mort commence alors entre les 4 joueurs. Cependant, Lua essaie désespérément de protéger Luca, mais dans sa tentative, il permet à Aporia de lui porter un coup fatal.

Dans son combat contre Aporia, Lua tente tout pour protéger ses amis, mais sans succès. De plus, cela permet à Aporia d'infliger encore plus de dommages à Jack et Luca. Lua commence à perdre espoir, et Aporia en profite pour invoquer son Dragon Astro Meklord Astérisque et lancer une attaque. Les trois se retrouvent sur le fil du rasoir. Et même si Aporia répète sans cesse aux trois duellistes de se rendre pour sauver leur vie, Lua fait preuve de courage et lui tient tête.

Le duel opposant Jack, Lua et Luca à Aporia continue. Et sous des conditions désastreuses, le nouveau pouvoir de Lua apparaît. Un sixième dragon apparaît alors pour affronter le Dragon Astro Meklord Astérisque. Lua utilise le Dragon de Vitalité pour contrer les effets d'Astérisque et restaurer les points de vie de son équipe, mettant Luca hors de danger. Aporia active un piège pour empêcher les monstres Synchro d'attaquer, mais Luca utilise la faculté de l'Ancien Dragon Féérique pour détruire sa carte de terrain, et utiliser la sienne, permettant à Jack d'invoquer le Dragon Nova Rouge. Aporia arrive à invoquer le Divin Empereur Machine : Machinecle Infini pour augmenter la puissance d'Astérisque, mais Lua et Luca utilisent leurs pièges et leurs dragons pour l'affaiblir. Jack bat Aporia, qui perd avec un sentiment d'espoir dans son cœur, et le deuxième Engrenage Planétaire s'arrête.

Yusei doit alors non seulement s'occuper d'Antinomy, mais aussi des flammes venant du Soleil. Antinomy invoque son monstre Accel Synchro, Blade Blaster T.G., et inflige de nombreux dommages à Yusei. Antinomy parle alors du moment où il était un turbo duelliste avant le phénomène qui détruisit le monde. Il a été sauvé par Z-one, et a rejoint Aporia en tant qu'un des quatre survivants restant, qui ont travaillé avec Z-one sur ses expériences, avant d'avoir été ressuscité en cyborg, après la mort de son corps humain. Sa mission était d'enseigner à Yusei l'Accel Synchro, afin de fournir la puissance nécessaire pour amener la Citadelle de la Peur à New Domino City. Yusei invoque le Dragon Etoile Filante et regagne du terrain, mais alors Antinomy réalise un nouveau et plus avancé Accel Synchro en utilisant 3 monstres Synchros, appelé Delta Accel Synchro, pour invoquer son monstre clé, Canon Hallebarde T.G. qui a 4000 points d'attaque et de défense.

Yusei se trouve alors dans une situation désespérée, quand Canon Hallebarde T.G. amène ses points de vie jusqu'à 100, et l'empêche d'invoquer ses monstres. De plus, la supernova se transforme en Trou Noir, menaçant d'aspirer Yusei s'il chute. Cependant, Yusei arrive à invoquer Tireur Balance, qui donne au Dragon Etoile Filante la puissance d'écraser Canon Hallebarde T.G. et de battre Antinomy. Alors qu'ils sont aspirés dans le Trou Noir, Antinomy demande à Yusei de maitriser la Delta Accel Synchro et de sauver le monde, et se souvient de ses souvenirs en tant que Bruno, quand il était encore l'ami de Yusei. En se souvenant de cela, il se sacrifie pour amener Yusei hors du Trou Noir, à la Citadelle de la Peur. Puis, le troisième Engrenage s'arrête de tourner, et Yusei se lamente sur la perte de Bruno, qui était une fois son ami.

Avec l'arrêt du troisième Engrenage, les Pactisants gagnent l'accès à l'Engrenage Central, où Yusei rejoint les autres, leur disant la vérité sur Antinomy, et sur la méthode d'invocation Delta Accel Synchro. Ils se dirigent alors vers le centre de la Citadelle, où ils voient de nouveaux engrenages ainsi que le générateur Ener-D appelé l'Engrenage Central, qui fournissait la majorité de la puissance à l'Ener-D Négatif de la Citadelle. Puis, ils entrent au cœur de la Citadelle où Z-one les attend. Ce-dernier révèle qu'il était derrière l'accident Zéro Retour (Zero Reverse), mais aussi derrière les plans de Paradox, afin d'annihiler les monstres Synchro, mais aussi le réacteur Ener-D. Z-one décide alors de régler les choses par un duel, et si Yusei gagne, l'Engrenage Central s'arrêterait de tourner, et la Citadelle disparaitrait vraiment. Yusei accepte le défi, et alors qu'il se prépare à l'affrontement, Aporia apparait, bien que grièvement blessé, et défie Z-one en duel à sa place.

Aporia invoque Skiel en détruisant le Noyau du Ciel, mais alors le détruit afin de pouvoir piocher la carte magique "Destruction du Futur", et active alors ses effets, en choisissant de détruire son propre deck, afin qu'il puisse utiliser sa carte, Illumination de l'Après, pour tenter de remporter la victoire de manière certaine. Cependant, le Dieu Machine Temporel Metaion revient dans le deck de Z-one, et ce-dernier invoque alors un autre Dieu Machine Temporel, Razion, qui fait retourner toutes les cartes dans le deck d'Aporia. Il en résulte qu'Aporia est incapable de piocher la carte dont il a besoin, et est battu par l'effet de Razion. Avant sa mort, Aporia donne au Runner de Yusei des ailes, en fusionnant son disque de duel avec le Runner de Yusei.

Yusei invoque à la fois le Dragon Rouge Archdémon et le Dragon Ailes Sombres tandis que Z-one remplace Metaion par Razion. Yusei invoque alors le Dragon Rose Noire et utilise un piège pour annuler son effet et infliger des dommages à Z-one. L'impact de l'attaque casse le masque de Z-one, révélant son visage qui ressemble à celui d'un Yusei plus vieux.

Z-one prétend être le Yusei du futur, bien que Yusei refuse d'y croire. Z-one invoque alors 3 Dieux Machine Temporel de plus, utilisant leurs facultés pour restaurer ses points de vie, retourner les monstres de Yusei dans son deck et lui infliger des dommages. Z-one explique qu'il était un scientifique qui a utilisé la technologie pour devenir un clone de Yusei, dans l'espoir de restaurer l'espoir aux gens afin que leurs émotions puisse stabiliser le réacteur Ener-D. Cependant, ce fut vain lorsque ce dernier explosa, empêchant Z-one d'espérer poursuivre dans cette voie. Il comprit alors que le seul moyen de sauver le futur était de détruire New Domino City et le réacteur Ener-D. Yusei invoque l'Ancien Dragon Féérique, mais cela permit alors à Z-one d'invoquer 5 Dieux Machine Temporel.

Yusei se protège des attaques de Z-one en activant au bon moment son Épouvantail de Ferraille et en prévoyant les effets des Dieux Machine Temporel. Quand l'Ancien Dragon Féérique est renvoyé dans son deck, Yusei se protège de la dernière attaque de Z-one en invoquant le Dragon Outil Électrique (Dragon Électromécanique dans le TCG). Cependant, Z-one active alors un piège qui lui permet de garder tous ses monstres sur le terrain. Alors que la Citadelle rentre en collision avec New Domino City, Yusei tombe de son Duel Runner, mais est sauvé par son père, Dr. Fudo, qui le convainc de continuer à combattre. Yusei invoque alors le Dragon de Vitalité, et ressuscite les autres dragons, et utilise les pouvoirs du Dragon Cramoisi pour réussir un Delta Accel Spirit (Over Top Clear Mind), afin de réaliser une Over Limit Accel Synchro, invoquant un nouveau monstre, Dragon Quasar Filant.

Yusei utilise le Dragon Quasar Filant pour détruire tous les Dieux Machine Temporel de Z-one et parvient alors à invoquer le Dragon Étoile Filante pour infliger des dommages à Z-one. Ce-dernier parvient cependant à invoquer son ultime Dieu Machine Temporel, Sephiron, qui ressuscite 4 autres Dieux Machine Temporel, angmentant sa puissance d'attaque à 20000. Malgré la destruction du Dragon Étoile Filante, Yusei survit grâce à son piège, Regroupement des Vœux qui lui permet d'invoquer son Dragon Poussière d'Étoile, lui donnant également une plus grande force d'attaque. Avec le soutien de ses amis et des habitants de New Domino City, Yusei arrive à battre Z-one, arrêtant la descente de la Citadelle de la Peur, bien qu'elle continue à tomber en morceaux. Yusei se prépare à se sacrifier afin d'appliquer de l'énergie positive au réacteur Ener-D de la Citadelle, mais Z-one décide d'y aller à sa place. Alors que la Citadelle disparait du ciel de New Domino City, Yusei retrouve ses amis.

A la suite de la défaite de Z-one, le Bureau de la Sécurité Publique est dissous dans un hôtel de ville, et Lazar devient le maire de la ville. Yusei est devenu un scientifique qui supervise la réalisation du nouveau processeur central de Ener-D, appelé Fortune, pour assurer la sécurité de la ville. Crow est devenu un patrouilleur routier et reçoit des invitations de ligues étrangères, Akiza compte étudier à l'étranger pour devenir docteur et Lua et Luca reçoivent un mail de leurs parents leur demandant de quitter New Domino City pour vivre avec eux, amenant chacun à s'interroger sur l'avenir de l'Équipe 5D's. Jack arrive après s'être entrainé avec plusieurs autres duellistes, et souhaite quitter New Domino City pour une ligue mondiale. Yusei le défie alors dans un duel dont le but est de se décider sur leur propre futur. Yusei et Jack invoquent alors respectivement le Dragon Poussière d'Étoile et le Dragon Rouge Archdémon, que Yusei envoie plusieurs tours dans le futur.

Yusei invoque Guerrier Nitro, mais Jack arrive à contrer son attaque et à invoquer Dragon Ailé, Seigneur des Explosions pour le détruire, bien que Yusei arrive à le battre avec son Guerrier Turbo. Alors que les autres regardent le duel, il se souviennent de comment Yusei avait réussi à changer leurs vies. Jack invoque alors Blader Ecarlate, qui détruit Guerrier Turbo et empêche Yusei d'invoquer plus de monstres pendant son prochain tour, mais Yusei arrive à survivre aux attaques de Jack avant le retour du Dragon Poussière d'Étoile et du Dragon Rouge Archdémon. Jack invoque alors Dragon Nova Rouge, avec une puissance d'attaque de 6 000.

Quelques années dans le futur, Luca et Akiza continuent leurs études tandis que Lua, Jack et Crow continuent de faire des progrès dans les arènes de Turbo Duel. De retour au duel, Yusei invoque Dragon Etoile Filante et utilise un piège afin qu'il puisse détruire Dragon Nova Rouge tout comme son propre monstre. Yusei invoque alors Robot Guerrier, et utilise la puissance de ses monstres de bas niveaux pour battre Jack. Yusei révèle qu'il compte rester à New Domino City, inspirant les autres de rechercher leurs rêves, sachant que leurs liens resteront toujours. Alors que les autres se préparent à faire leurs propres voyages, Akiza fait ses adieux personnels à Yusei. Avant de partir, le groupe fait un dernier tour de Duel Runner ensemble, où le Dragon Cramoisi apparaît et retire leurs marques de Pactisant, et puis Yusei les regarde partir.