Un mois s'est écoulé depuis l'incident de Yubel. La vie à l'Académie a recommencé, mais Jaden est resté isolé dans les dortoirs rouges, sans faire un pas en avant. Au milieu des choses, le système de duel va soudainement mal tourner. Les cartes qui ne répondent pas à Solid Vision commencent à apparaître. Alexis, Chazz et Fujiwara ont examiné les salles informatiques afin d'aller au fond des choses. Pendant ce temps, Jaden a reçu un téléphone cellulaire d'un expéditeur inconnu et est informé de certaines informations énigmatiques.

Jaden a traversé Fujiwara et prend également une décision grave en soumettant sa notification de retrait au chancelier Sheppard. Jaden rencontre certaines personnes qui, selon Sheppard, n'acceptent pas sa notification de retrait: Sartorius et Kagemaru sont venus annoncer à Jaden qu'ils avaient pressenti une crise susceptible de se produire dans l'avenir. Puis, un homme mystérieux apparaît devant eux.

Axel a sauvé Atticus de Fujiwara; Jaden décide alors de se battre en duel avec Atticus afin de résoudre le mystère derrière Nightshroud. Atticus, empruntant le pouvoir de Nightshroud, invoque le dragon noir aux yeux rouges, puis sacrifie le dragon noir aux yeux rouges pour invoquer spécialement le dragon des ténèbres aux yeux rouges afin de lancer un assaut sur Jaden. Alors que le duel se poursuit, nous en apprendrons davantage sur le passé sombre d'Atticus et nous en découvrirons beaucoup sur Fujiwara et Nightshroud.

Honest est démasqué par Jaden et lance une attaque massive contrée par le pouvoir de Yubel dans l'âme de Jaden. Honest accepte de révéler le désastre mondial qui se produit actuellement, mais est rapidement détruit par le sinistre Trueman, qui a également l'intention de tuer tous les autres. Jaden ajoute Honest à son Deck et se prépare à affronter Trueman.

Hassleberry et d'autres étudiants prévoient d'organiser une soirée de duel en tant que fabricant de mémoire. Pendant ce temps, le cheminement de carrière d’Alexis est en tête, qu’il s’agisse de rester à l’Académie et de devenir professeur d’école pour enfants ou d’étudier à l’étranger. Au milieu de cela, lors de la tenue de la soirée du duel, des personnes ont formé des paires de garçons et de filles afin de se battre en duel avec les diplômés contre les étudiants. Alexis est accidentellement jumelé à Jaden de Hassleberry, mais ils ne coopèrent pas bien.

Blair a confirmé que les deux duels Jaden et Alexis ne sont pas sur la même page et posent sournoisement une carte face cachée. Ensuite, Jaden dit à Alexis de vérifier sa carte face cachée, mais met en scène son propre duel, peu importe ce à quoi elle peut s’attendre. Blair a ouvert sa carte face cachée à Alexis, qui se fâche devant la situation. Mais après un moment de compréhension, Alexis surmonte les difficultés avec les cartes face cachée de Jaden, remportant le duel et prenant sa décision quant à son avenir. Plus tard, elle remercie Jaden et avoue presque ses sentiments pour lui.

Sorti de nulle part, la personne qui a agressé le chancelier Sheppard apparaît. Il s’agit de Makoto Inotsume, un détenteur du Psycho-Style, créé à peu près à la même époque que son rival Cyber-Style. Son objectif était de vaincre le Cyber-Style pour faire de Psycho-Style l’école principale. Pour atteindre son objectif, il défie l'affaiblissement de Zane Truesdale, qui se fait face.

Syrus décide de prendre la place de son frère et du duel Inotsume. Cependant, sa pratique avec le deck de Zane ne va pas bien. Il se rend compte qu'il ne réussira pas s'il essaye seulement d'imiter son frère, et décide "d'écouter" à la fois le son et celui de Zane. Finalement, Syrus et Inotsume se battent, et une bataille entre Cyber ​​Dark Dragon et Jinzo s'ensuit.

Chazz veut être un duelliste professionnel sans l'aide de ses frères, mais il n'a reçu que des avis de rejet. Crowler, qui ne peut supporter de voir Chazz en tant que tel, l'amène chez le croiseur d'Aster et demande à Phoenix de faire de Chazz son disciple. Cependant, la vie quotidienne d'un pro-duelliste dépasse l'imagination la plus folle de Chazz. Appel à la recherche d'articles à sept heures du matin, aux énormes files d'attente pour les événements de poignée de main et à ce qui le choque le plus, Aster, admiré comme un génie, passe par un entraînement au duel difficile et sanglant avec un entraîneur.

L'erreur de Chazz fait quitter Aster à la Pro League et disparaît complètement. Entre temps, le garçon a été découvert par Mike, un directeur de télévision, et s’est essayé au siège d’un duelliste star. Le prochain gadget de Mike est "Clash enseignant-élève! Aster vs Chazz !!" . Cependant, il y a un certain secret derrière la retraite de la Ligue Aster d'Aster.

Quand Crowler regarde l'album de graduation, il commence à se comporter de manière anormale. Il dirige des classes rigides sans raison, oblige ses étudiants à dicter des tables de multiplication et leur demande de faire des pompes ... à la fin, ils finissent par boycotter les leçons et fuient. Jaden défie ensuite Crowler en duel, le premier depuis les examens d'entrée.

Le Duel de remise des diplômes de la Duel Academy commence et Jaden a été inondé de défis pour le Duel. Et ainsi, Sorano, un étudiant talentueux de deuxième année du Blue Dorms, le défie. Pendant ce temps, Axel a eu vent d'une catastrophe à Domino City, car Trueman est sorti de l'ombre et est prêt à mettre son projet à exécution.

Axel s'est battu contre Trueman, qui l'a raillé avec des souvenirs et des pensées douloureuses. Trueman bat Axel et tous les souvenirs du garçon sont effacés, comme s'il n'avait jamais existé. Jaden arrive dans la ville de Domino pour enquêter et se retrouve face à face avec une armée de méchants Axels.

Sartorius sauve Jaden de Trueman et lui annonce une nouvelle importante: l'émissaire sombre va attaquer la Duel Academy. Cependant, Sartorius arrête soudainement le garçon et le défie en duel, le rendant incapable d'invoquer des monstres avec son combo Arcana Force 0 - The Fool and Tour of Doom .

Jaden est coincé dans une situation difficile alors que son pont diminue progressivement grâce à Semer du Fou . Il y écoute Winged Kuriboh et parvient à se venger de The Dark Ruler. Jaden entend Sarina, alors qu'il est coincé dans le coin avec 13 cartes restantes, et elle le presse de sauver son frère. Jaden se rend compte qu'il doit vaincre Sartorius pour le comprendre et le sauver.

Jaden a terminé son match avec Sartorius et s'est dirigé vers l'Académie, mais cette fois, Trueman bloque son chemin, ce qui mène à un duel. Trueman a commencé la bataille en utilisant un deck Crystal Beast, que seul Jesse devrait posséder. Jaden est choqué, réalisant que Jesse est tombé dans les griffes de Trueman.

Trueman a possédé le corps de Sorano et a assailli un à un les étudiants de l'académie. Les étudiants qu'il a vaincus sont entraînés dans le néant et leurs souvenirs sont effacés de la population. Chazz et les autres tombent également face à Trueman, et Atticus, après les avoir oubliés, serpente tout seul autour de la stérile académie. Jaden et Jesse parviennent à le rejoindre, puis le véritable cerveau derrière Trueman se présente enfin ...

Fujiwara parle des merveilles du monde des ténèbres, mais Atticus ne partage pas les mêmes sentiments. Fujiwara a activé le Field Magic, Clear World et infligé l’effet négatif sur Atticus, qui est plongé dans une situation difficile. Fujiwara lui montre les ténèbres dans les cœurs de Chazz, Alexis, Syrus et les autres, afin de porter le coup de grâce contre lui.

Jaden et Jesse forment une équipe et entament leur duel contre Fujiwara, qui déploie Clear World et active Negative Effect, en lançant une puissante attaque contre Jaden en utilisant un combo de ses monstres. Cependant, Jaden évite le désastre avec Jesse le secondant. Fujiwara furieux, comprenant qu'il ne peut gagner, à moins de rompre les liens de Jaden et Jesse, a jailli dans l'esprit de Jesse à la recherche de l'obscurité dans son cœur.

Fujiwara tente d'utiliser les ténèbres dans le cœur de Jesse pour détruire les liens étroits qui unissent Jaden et Jesse, mais en vain. Fujiwara, leur lien l'exaspérant, a activé Attribute Gravity et Attribute Chameleon . Les deux effets mis en mouvement par Fujiwara ont provoqué l’attaque réciproque des monstres de Jesse et de Jaden, et Jesse ne résiste pas à la frappe. Cependant, Honest apparaît devant Fujiwara et lui rappelle de tristes souvenirs.

Jaden réussit à séparer Nightshroud de Fujiwara, mais le monde est toujours plongé dans les ténèbres d’une éclipse solaire totale. Au milieu de cette obscurité, finit par arriver le véritable Nightshroud, qui informe Jaden que le monde des ténèbres a été créé dans les ténèbres du cœur de tous les duellistes. Jaden défie Nightshroud afin de sauver tout le monde de son monde. Nightshroud active le combo de terreur, Zero et Infinity, et ironiquement, la seule aide dont Jaden a bénéficié vient de Yubel.

Jaden fusionne Neos et Yubel, convoquant Neos Wiseman et attaque Nightshroud. Cependant, Nightshroud a un sourire détendu sur son visage. Il ravive son œil de ténèbres et active ses combos Zéro et Infini. Au milieu de son offensive et de sa défense en dents de scie, Nightshroud révèle la vérité choquante: Nightshroud lui-même est l'incarnation de l'avenir de l'humanité. Jaden se bat contre le destin de toute sa vie en encourageant tout le monde à ne pas craindre l'avenir et en se concentrant sur la lumière dans leurs âmes et leurs cartes et en invoquant E-Hero Divine Neos pour un affrontement final.

Jaden et ses amis ont réussi à se rendre à la cérémonie de remise des diplômes. Ce soir-là, une fête de remerciement est organisée, mais Jaden n’est nulle part ailleurs. Dans son dortoir, il compte faire ses bagages et s'aventurer dans l'aventure qui lui est destinée. Quand Kuriboh ailé apparaît devant lui et le conduit à la galerie d'exposition. Là-bas, Yugi Muto l'attendait et lui dit qu'il est temps d'entamer le véritable duel de remise des diplômes. Yugi informe un Jaden douteux que Jaden a gagné beaucoup de pouvoir au cours des trois dernières années, mais qu’il a perdu quelque chose de spécial et qu’il doit le récupérer. Une fois qu’il tient sa carte par-dessus le pont, un glissement de temps dans le monde du passé vient de nulle part. Yugi du passé attend, qui, en le combattant, permettra de récupérer cette chose spéciale. Le duel commence et quand le duel commence à chauffer,

Yami Yugi parvient à invoquer l'un des dieux égyptiens, mais la fin du Duel n'est jamais montrée. Après le duel, Jaden découvre que la chose qu'il a perdue était une passion pour le duel. Le spectacle se termine avec Jaden, l'esprit de Banner, et Pharaon courant au loin, dans l'attente de leur prochaine aventure.