Eikichi Onizuka est affecté temporairement au lycée de Shonan, son ancien établissement. Il retrouve ses amis, Ryuji Danma, désormais propriétaire d'un café et Toshiyuki Saejima, policier dans le quartier. Il est nommé vice-professeur principal de la classe 2-A, aux côtés de Honami Fujikawa. À son arrivée, il découvre les problèmes de ses élèves.​

Taichi Usami est un élève de la 2-A atteint de TDAH. Confronté à des comportements impulsifs, il est sur le point d'être transféré dans un établissement spécialisé. Eikichi, refusant cette exclusion, l'aide à s'entrainer pour la prochaine course d'endurance afin qu'il réussisse à bien canaliser son énergie et afin de prouver sa capacité à se contrôler.

Satsuki Yurihara tombe amoureuse d'un inconnu rencontré à la plage et rompt avec son petit ami Hironao Tokuyama. Ce dernier, blessé, commence à la harceler. La situation s'aggrave lorsqu'une vidéo violente mettant en scène un personnage ressemblant à Satsuki est diffusée en ligne, semant la panique au sein de l'école. Onizuka intervient alors. ​

Eikichi découvre que Masaru Kiritani, ancien joueur vedette de l'équipe de basket, a quitté l'équipe après avoir appris qu'il était adopté. Perturbé, Kiritani s'éloigne de ses amis et s'implique avec un groupe aux intentions douteuses. Son professeur intervient pour l'aider à surmonter ses troubles identitaires et à renouer avec son père adoptif.

​Avant le festival de l'école, Kanako Kusumi et Tomomi Mizuta sabotent le pistolet de Numajiri Kei, en le tenant responsable de photos dérangeantes. Engueulé par les professeurs, elles décident de se venger sur Tsugumi Naruse, la forçant à jouer Cendrillon et en l'harcelant continuellement. La jeune femme se retrouve très vite isolée.

​Sana Hiiragi, élève de la classe 2-A, partage anonymement ses talents de chanteuse en ligne. Encouragée par ses camarades qui découvrent son identité, elle tente une audition pour devenir professionnelle. Sa mère s'y oppose violemment pour des raisons personnelles. Malgré cet obstacle, Sana persévère avec le soutien d'Onizuka et de ses amis.

Honami Ichinose, le professeur principal de la classe 2-A, se sent distante de ses élèves et veut mieux les comprendre. Elle rencontre Ryuichi Kuzuki, debout au bord de la plage. Bien qu'il ait des problèmes, il rejette son aide. Ryuichi n'est pas au bout de ses peines puisqu'il se trouve impliquer dans une bagarre lors du festival de Yukata de Shonan.

Le meilleur joueur de basket de Shonan, Kohei Serizawa, consulte un médecin après avoir souffert de violents maux de tête suite à un violent choc sur le parquet. Bien que son médecin lui conseille de se reposer, il précipite son retour, ce qui aggrave fortement sa blessure. Son avenir est désormais compromis. Eikichi tente de lui redonner espoir.

Onizuka remarque que Meiri Miyaji agit de manière étrange et interroge Honami sur ses absences répétées. Il découvre qu'un an auparavant, la jeune fille a entretenu une relation amoureuse avec son ancien professeur, une situation qui a entraîné des réactions violentes. Depuis esseulée, Meiri est sur le point d'assouvir sa vengeance.

la directrice Ryoko Sakurai emmène Shijo Ayuna à l’hôpital pour des douleurs abdominales. Elle découvre que la jeune fille est toujours enceinte, un secret qu’elle a caché à tout le monde. Parallèlement, Honami apprend que son défunt frère, Sawamura, était autrefois le meilleur ami d’Onizuka, et que ce dernier serait responsable de sa mort.

Ayuna décide de garder un enfant. Onizuka et Honami décident de la soutenir. Mais même si la directrice respecte sa décision, elle ne peut pas la garder dans son lycée car cela va nuire à la réputation de l'école. C'est pourquoi elle décide de l'expulser, elle et son petit ami. Les choses se compliquent lorsque les médias apprennent la grossesse d'Ayuna.