Huit mois après avoir dévoilé au public l’existence des alphas, le Dr Rosen est enfermé dans un institut psychiatrique afin de le faire taire. Son équipe est dispersée, mais des événements dramatiques vont les rassembler.

Un alpha qui possède la capacité de se déplacer à une très grande vitesse kidnappe un docteur avant de le tuer. Quand il s’en prend à sa victime suivante, l’équipe du Dr Rosen est là pour le stopper. Au bureau, reprendre ses marques n’est pas aisé et l’atmosphère de travail devient tendue.

Bill doit apprendre à contrôler son cœur pour combattre et obtenir des informations sur un tueur d’alphas. Il rencontre Kat qui l’aidera dans sa mission. Dr Rosen remonte la piste de Stanton Parish et découvre ses origines.

L’équipe du Dr Rosen doit se lancer à la recherche de Nina quand des braquages semblent pointer vers quelqu’un avec sa capacité à contrôler les gens. Les retrouvailles ne se passent pas bien et une solution doit rapidement être trouvée avant que les hommes du gouvernement s’en mêlent.

Pendant que Nina vient en aide au Dr Rosen dans son enquête sur Stanton Parish, le reste de l’équipe se rend dans un hôpital qui semble hanté. Alors qu’ils cherchent un alpha, ils se séparent et commencent à avoir des hallucinations.

Rosen décide d'entrainer son équipe dans une aventure, à la rencontre de Skylar Adams afin de lui demander son aide avec la machine de Stanton Parish. Ils se retrouvent alors dans une communauté composée d’alphas qui vivent loin de la société.

Après être sorti de l’hôpital, le jeune Jason Miller retourne au lycée où il utilise ses capacités décuplées par l’appareil de Parish pour se faire beaucoup d’amis. Inquiété par la situation, Rosen se rend sur place pour tenter de le raisonner, mais tombe sur son ennemi qui lui fait une proposition inattendue.

Une drogue en circulation donne temporairement une invulnérabilité prodigieuse, au point qu'on peut sauter d'un immeuble sans aucune égratignure. Les effets secondaires ne vont pas tarder à faire effet. Pendant ce temps, Rosen a peur pour sa fille et Kat se fait manipuler.

Dani a accepté de rejoindre Parish sous couverture pour découvrir quel est vraiment son plan. Quand elle ne donne plus de nouvelles, Hicks disparaît et rejoint à son tour l’ennemi. Quand ses amis le découvrent, ils ne comprennent pas ce qui se passe.

Alors que l’équipe gère le contrecoup de la mort de Danielle et que Clay prend en charge l’investigation sur Parish, Gary se retrouve en charge d’un bébé. Ce dernier a été déposé par une femme au bureau et semble être un alpha.

Cameron et Kat vont mener une mission pour Rosen, découvrir ce que Parish cache dans une maison en campagne. Sur place, il trouve un alpha qui a un pouvoir sur la mémoire. La sénatrice Charlotte Burton doit servir de liaison sur l’affaire Parish et Nina craint que la vérité sur ce qu’elle lui a fait soit découverte.

Le plan de Parish va bientôt être exécuté, mais l’équipe de Rosen ignore toujours ce qu’il compte accomplir. Tout ce qu’ils savent, c’est que cela va être massif. Skylar et sa fille sont prisonnières, mais elles n’ont pas la possibilité de le réaliser.

Blessé, Rosen se lance à la recherche de Stanton Parish pour se venger. Après un incident dans le métro, l’arme de Parish est découverte et Skylar tente de trouver un moyen de la désactiver avant qu’il ne soit trop tard.