Après la fusillade de Rip, Graves et les Navy Seals prévoient leur vengeance. Michael atterrit sous la garde de la CIA sur un site secret tandis que l’agent Gina Cline mobilise ses ressources afin d’identifier le cerveau de l’attaque.

En l’absence de Rip, Graves et Ortiz se disputent la direction de l’équipe. L’interrogation de Michael par Gina devient personnelle. Les Navy Seal rencontrent leur nouvel équipier extrême, Trevor.

Avec de nouvelles informations grâce à Gina, les Seal se rendent en Bosnie, prochaine étape dans leur mission pour capturer ou tuer Le Prince, le cerveau de l'attaque contre Rip.

Gina offre à Michael une dernière chance de donner des informations sur son lien avec Le Prince. Jackie prend des mesures désespérées pour protéger sa famille. Un ambassadeur haut-placé est pris en otage.

Les Seals sont envoyés pour sauver des hotages. Le Prince fait une offre à Gina et Michael qu'ils ne peuvent refuser. Caulder commence la rééducation pour sa blessure au combat et rencontre une âme sœur.

Les Seals sont testé alors qu'on leur demande d'orchestrer un échange de prisonniers à Chechnya.

La situation devient mortellement dangereuse quand une fusillade éclate dans un village isolé où les Navy Seals se cachent. À court d'options, Gina prend une décision qui changera le cours de la mission.

Graves embrasse son côté obscur. Michael doit prouver sa loyauté. Gina risque d'être jugée.

En tranquant Michael et Le Prince qui se cachent, l'équipe "Six" se retrouve encerclée par l'ennemi.

Les Navy Seal maintiennent leur terrain alors que les ennemis se rapprochent...