Quatre ans ont passé depuis la vente des Capucins. Dans un parking du Vatican, le père Fromenger discute avec un autre homme et la gouvernante du pape d’un certain Oméga mêlé à un scandale financier. Guillaume et Yann, maintenant prêtres, et José, qui va recevoir l’ordination sous peu, rejoignent leurs paroisses respectives, à Ussy-Saint-Germain23 en banlieue parisienne, à Plugneau23 en Bretagne et à Toulouse. Guillaume se retrouve en tandem avec un collègue africain, le père Nyangah, pour assister le père Chalumeau, qui les prend tous les deux de haut avant de favoriser le père Nyangah, plus docile. Alors que Guillaume devait dire l’homélie à la messe du dimanche, la nuit précédente passée avec Emmanuel et un retard involontaire de réveil le font revenir après la messe et déclenchent les foudres du père Chalumeau. José, futur prêtre en titre, découvre un conseil paroissial régenté par l’autoritaire Mme Valadon, qui, après un sursis suggéré par José, finit par renvoyer Marine, la secrétaire de la paroisse ; il reçoit la visite d’Élie, son ami du centre de rééducation. Yann assiste le père Valliers et, en son absence, accueille un couple désuni, Sandrine et Romain Charles, que le père Valliers entend rapprocher à l’issue d’une messe où Yann a dit l’homélie. Entre temps, à l’issue d’un cours de judo donné aux enfants de la paroisse par le prêtre, Yann a entendu un garçon qui demandait à un autre de ne pas le laisser seul avec le père Valliers. Après la messe, Yann les rejoint et apprend, bouleversé, que le prêtre a eu des pratiques pédophiles avec l’enfant. À la Conférence des évêques de France, que Mgr Poileaux se prépare à quitter pour retourner à Limoges, le père Fromenger vient pour régler des problèmes pour sa retraite, tombe sur Sœur Antonietta et le père Abel et retrouve le père Bosco qui travaille aux archives. Il est en fait venu voir Mgr Poileaux, à qui il confie : « Nous avons besoin de vous ».

Yann est venu voir l’évêque, qui lui demande huit jours pour parler avec le père Valliers. Le père Fromenger vient relancer Mgr Poileaux et lui demande de sauver le pape en présentant sa candidature au poste qui va se libérer au Vatican. À l’anniversaire d’Emmanuel, Guillaume retrouve le séminariste Corentin mais voit le secret de leur liaison révélé par Luc, un ami alcoolique d’Emmanuel. À Toulouse, l’ordination de José rassemble les anciens des Capucins : le père Fromenger, sœur Antonietta, Guillaume, et Yann. Le père Bosco, resté à Paris, lui offre un livre personnel, Raphaël l’appelle après la cérémonie et Yann a insisté pour que le père Valliers l’accompagne, participe à l’ordination et connaisse ses amis, tout en le surveillant. Lors de la fête qui suit, Yann s’alarme en voyant que le père Valliers a disparu, mais le retrouve dans l’église, où le prêtre lui avoue avoir traversé une période de grande solitude. Lors de la messe qui suit son ordination, malgré les encouragements que lui avait donnés le père Fromenger concernant son homélie où il racontait son histoire, José n’arrive pas à lire celle-ci. À la Conférence des évêques de France, le scandale financier du Vatican est révélé. De retour à Plugneau au petit matin, Yann et le père Valliers entrent dans la gendarmerie.

Yann se fait chapitrer par l’évêque qui lui demande de ne rien dire à la presse et de se planquer jusqu’à résolution du scandale, qui est maintenant connu à la Conférence des évêques de France, il est également pris à partie par des paroissiens mécontents. La gendarmerie perquisitionne la maison du père Valliers et emporte son ordinateur. Venu confier ses soucis à son amie Fabienne, Yann se heurte aux préjugés du voisin de celle-ci, Laurent, et repart. Guillaume, qui doit s’occuper de la désacralisation d’une église fermée, découvre dans la cuisine un message « Dieu se cache ». José joue au basket avec Élie et des jeunes en difficulté dont celui-ci s’occupe ; parmi eux, Tom se signale par son comportement agressif, il risque d’aller en centre éducatif fermé. Revenu voir Mgr Poileaux, le père Fromenger obtient l’accord de ce dernier pour le poste du Vatican, à condition de rester toujours à ses côtés. C’est alors que le père Fromenger a un malaise qui s’avère fatal. À Paris, Yann, José, Guillaume, Emmanuel et Corentin se retrouvent à la veille de l’enterrement du père Fromenger. Au cimetière où ils retrouvent d’anciens professeurs des Capucins, l’éloge est prononcé par Mgr Poileaux et le père Bosco. Revenu à Plugneau, Yann expulse de l’église une journaliste qui voulait le faire parler, mais décide de rester quand la paroissienne qui l’avait pris à partie le supplie de rester pour assurer la messe. Guillaume recueille dans l’église désaffectée des passagers surpris par une panne d’autobus par temps de pluie. José propose que sa paroisse accueille Tom et lui donne une nouvelle chance. Après avoir supervisé le déménagement de son bureau, Mgr Poileaux avise un livre oublié, où il trouve le message : « Êtes-vous prêt ? Je vous donne rendez-vous demain au lever du jour », signé O.

Lors d’un entretien télévisé, le père Abel déclare que l’Église de France n’a pas à se repentir des actes du père Valliers, ce qui choque ses confrères et consœurs. Mgr Poileaux est introduit dans un groupe secret qui vise à contrer le clan conservateur du Vatican regroupé autour de Mgr Gandz. À Plugneau, la mairie retire à Yann la salle qui servait au catéchisme ; alors que ce dernier allait se replier au presbytère, Yann décide de le suspendre jusqu’à ce que les enfants aient récupéré de leur traumatisme. Après un premier essai infructueux, Guillaume obtient une benne de la municipalité pour vider l’église désaffectée qui doit être détruite, et découvre une chambre et le journal intime de son occupant, qui se demande : « Est-ce que Dieu est toujours ici ? ». José accueille Tom qui va s’installer chez lui, en lui confiant des activités qui doivent l’occuper sainement. Mais Tom retrouve d’anciens camarades alors qu’il était censer travailler, puis se dispute avec José en lui parlant de sa famille et le renverse de son fauteuil roulant.

À Toulouse, le conseil paroissial est toujours réticent à donner une vraie mission à Tom. À Ussy-saint-Germain, Guillaume continue à lire le journal intime de l’ancien assistant du père Chalumeau et découvre les doutes du diariste quant à sa foi. À Plugneau, la convocation à la gendarmerie de Gilles, assistant du père Valliers et témoin de ses actes pédophiles, met la communauté en émoi et finit par provoquer une bagarre dans l’église. Yann, lassé, quitte la Bretagne pour passer quelques jours chez José. Le père Abel fait preuve de sollicitude envers sœur Antonietta, victime d’anorexie depuis le décès du père Fromenger, qui l’avait guérie à vingt ans de ce même problème. À Rome, le voyage secret de Mgr Poileaux, accompagné du père Valéry, est ébruité par la presse. Ils tombent sur Raphaël qui travaille à la Curie et fait en sorte que Mgr Poileaux puisse voir le pape. Celui-ci est fatigué et Mgr Poileaux lui suggère de démissionner. Mais, au retour, nos voyageurs apprennent que celui-ci vient de mourir.

À Toulouse, le conseil paroissial organise une soirée de collecte de fonds pour la construction d’une maison Charles-de-Foulcauld. En l’absence de Yann, qui a suggéré de faire des crêpes mais que José a incité à retourner à Plugneau pour affronter la réalité, Tom est chargé de leur confection. Une maladie du père Chalumeau et l’abence du père Nyanga amènent Guillaume à préparer une homélie pour la prochaine messe, mais pour finir le père Chalumeau se rétablit. Le père Abel lutte contre les sentiments que lui inspire sœur Antonietta. Mgr Poileaux souhaite exprimer les regrets de l’Église pour l’affaire Valliers et vient avec le père Valéry rencontrer Yann tout juste revenu de Toulouse ; celui-ci leur expose son découragement devant les tensions et les haines dans la communauté. Mgr Poileaux dirige une cérémonie de réconciliation devant l’église.