La vie a repris son cours habituel chez les Sakurada. Avec l'aide de Tomoe, Jun tente de rattraper son retard scolaire tout en supportant les disputes entre les différentes poupées. Seule Shinku, prise de remords quand aux évènements passés, sombre dans la mélancolie...

Avec l'apparition de Barasuisho, le spectre du jeu d'Alice et ses conséquences tant redoutées refait surface. Décidée à ne pas troubler leur vie paisible, Shinku fait promettre à Jun de ne rien révéler aux autres poupées. Malgré tout, ces dernières réalise qu'on leur cache quelque chose...

Dernière poupée à entrer en scène, Kanaria décide de s'introduire discrètement chez les Sakurada pendant l'absence de Jun et Nori. Malgré ses précautions, les autres poupées se rendent compte qu'un étranger a pénétré dans la maison et, galvanisées par l'épisode de Détective Kunkun qu'elles viennent de regarder à la télévision, elles décident de mener une enquête...

Seule poupée sans médium, Suiseiseki aimerait passer un pacte avec Jun. Elle est toutefois trop gênée pour le lui avouer ouvertement et ses tentatives maladroites échouent toutes. Jusqu'à ce que, confrontée à la formidable puissance de Barasuisho, elle ne décide de se déclarer ouvertement...

Afin de faire plaisir à Jun, Suiseiseki et Hinaichigo décident de s'occuper des tâches ménagères pendant l'absence de Nori. Toutefois elles ne réussissent qu'à provoquer un désastre. Pour se faire pardonner, elles conviennent d'envoyer au jeune garçon une lettre. Pour Hinaichigo c'est l'occasion d'affronter seule le monde extérieur...

Suiginto devient le medium de Megu, une jeune fille affaiblie par une longue maladie et dont le seul désir est d'être rapidement emportée par la mort. Partiellement amnésique, Suiginto se remémore peu à peu les tous derniers évènements et revit avec horreur sa défaite face à Shinku...

Après une multitude de tentatives pour s'emparer des Rosa Mystica de ses soeurs, tentatives ayant toutes lamentablement échoué, Kanaria décide de les attaquer de front. La petite poupée maladroite se révèle alors être une redoutable adversaire...

L'intérêt de Jun pour les poupées est a à nouveau réveillé lorsqu'Enju accepte que le jeune garçon l'observe durant son travail. Cela attise également l'incompréhension du jeune adolescent quand aux réelles motivations de Rozen. Pendant ce temps, Barasuisho parvient à convaincre Suiginto et Soseiseki de débuter le jeu d'Alice...

Jun et Nori tentent de remonter le moral de Suiseiseki, devenue complètement apathique depuis le départ de sa sœur. Ils parviennent à lui changer les idées mais pour un temps seulement. Bien décidées à faire débuter le jeu d'Alice, Barasuisho et Suiginto ouvrent les hostilités...

La défaite de Soseiseki marque le véritable départ du jeu d'Alice. Le lien qui unissait Hinaichigo à Shinku et Jun commence à disparaître. Privée de sa source d'énergie la petite poupée tombe peu à peu en léthargie. Pour sa dernière journée, Tomoe accepte de la reprendre avec elle pour se remémorer les instants qu'elles ont passé ensemble...

Les masques tombent et Jun découvre avec surprise qui se cache réellement derrière Enju et Shirosaki. Ces derniers imposent aux Rozen Maiden de poursuivre jusqu'au bout le jeu d'Alice. Après avoir passé leurs dernières heures en compagnie de leurs proche, Shinku, Suiseiseki et Kanaria entrent dans l'arène...

Le jeu d'Alice atteint son paroxysme : peu à peu les poupées tombent et seules restent Shinku et Barashuisho pour s'affronter. Alors que Jun fait encore tout son possible pour stopper l'hécatombe, Enju et Laplace assistent au dénouement du dernier combat...