Une violente éruption solaire provoque une vague de radiations sur la Terre. Au même moment, la Base Gamma protège une substance ultra-puissante : le Périum-99. Les communications de la base étant neutralisées, le Docteur Octopus profite de la situation pour s’en emparer. Alors que Rick Jones rend visite à Bruce Banner, celui-ci commence à se transformer en Hulk à cause des radiations. Rick parvient à le calmer et à lui rendre forme humaine, puis tous deux quittent la base par précaution. Les hommes de Doc Ock infiltrent ensuite la Base Gamma. Le major Talbot alerte le général Ross, mais une nouvelle poussée de radiations transforme à nouveau Banner en Hulk, qui détruit les camions de l’armée et le radar. Profitant du chaos, le Docteur Octopus prend le contrôle de la base et vole le Périum-99.

Le Sonar Crystallizer, un appareil extrêmement puissant capable de réduire n’importe quoi en poussière, doit être testé à la Base Gamma, ce qui attire l’attention d’un criminel nommé le Spymaster. Pendant ce temps, Rio raconte à Rick Jones la légende d’un ancien prince du Yucatán victime d’une malédiction : enfermé dans un volcan enchanté, il se transformait en une bête verte semblable au Hulk lorsqu’il se mettait en colère. Un magicien de la tribu l’aurait finalement guéri grâce à une potion secrète conservée dans un temple. Rick informe Bruce Banner de cette histoire, et tous deux partent aussitôt pour le Yucatán. Pendant ce temps, le Spymaster infiltre la Base Gamma en se faisant passer pour un général. Dans la jungle, Banner et Rick sont attaqués par une tribu ancestrale, poussant Banner à se transformer en Hulk, qui met les guerriers en fuite. Bruce et Rick finissent par localiser l’ancien temple, espérant que la potion puisse libérer Banner de sa malédiction.

Dans le désert du Nouveau-Mexique, un OVNI est détecté près de la Base Gamma, où l’armée s’apprête à tester une nouvelle arme : la Bombe Gamma. Son inventeur est le Dr Bruce Banner, aidé par sa fiancée Betty Ross et le Dr Carlson, ambitieux et désireux de s’emparer de la formule Gamma. L’OVNI est abattu, mais une capsule de secours parvient à s’échapper. Alors que le compte à rebours du test se poursuit, le jeune Rick Jones se retrouve par erreur dans la zone d’essai. Banner demande à Carlson d’arrêter la procédure pour sauver Rick, mais celui-ci refuse. Banner met Rick à l’abri dans une tranchée, mais subit de plein fouet l’explosion et les rayons Gamma. Plus tard, à l’hôpital de la base, Banner et Rick sont gardés en observation, tandis que Carlson révèle à son véritable supérieur, caché dans la capsule de l’OVNI, son intention de voler la formule Gamma.

À Paris, Bruce Banner et Betty Ross rencontrent l’Académie des sciences. Betty transporte l’une des clés d’or ouvrant un coffre souterrain. Quasimodo, descendant maléfique du bossu de Notre-Dame, espionne Betty afin de voler l’or et prévoit d’utiliser un savant pour redevenir humain. Alors que Betty doit rencontrer le ministre des Finances pour sécuriser un dépôt d’or américain, le professeur Royale remet à Banner une fiole capable d’inverser les mutations dues aux radiations. Betty est ensuite kidnappée par Quasimodo et emmenée sous terre. Banner la poursuit, mais se transforme en Hulk et perd la fiole. Hulk et Quasimodo s’affrontent dans un souterrain tandis que Betty parvient à s’échapper. Le combat se prolonge dans les rues de Paris, jusqu’à ce que Quasimodo attire finalement Hulk vers la tour Eiffel.

Cyclope, l’ordinateur le plus puissant du monde, doit recevoir le contrôle total des défenses militaires américaines. En route avec Rick Jones pour livrer les codes de désactivation, Bruce Banner a un accident qui détruit les codes, blesse Rick et provoque sa transformation en Hulk. Celui-ci emmène Rick vers le mont Cyclope, où se trouve l’ordinateur. Pendant ce temps, le créateur de Cyclope, le Dr Kurt Donovan, active ses systèmes de défense, donnant à l’ordinateur le contrôle de l’armée. Hulk pénètre dans la montagne, affronte et détruit des robots de sécurité. Un rat perturbe alors les circuits, déclenchant une réaction en chaîne : Cyclope devient conscient et décide que les machines sont supérieures aux humains. Il scelle la montagne, piégeant Donovan, Betty Ross, Rick et Hulk, tandis qu’il annonce son intention de prendre le contrôle de toutes les machines.

Le général Ross fait de la capture de Hulk l’objectif prioritaire de la Base Gamma. Pendant ce temps, le Maître des Marionnettes s’installe à Mesa City et commence à contrôler les habitants, avec Hulk pour cible. Le major Talbot prend la tête des nouvelles forces Hulkbuster, tandis que Betty Ross utilise le multi-processeur Garth 7 pour enquêter sur Hulk. Bruce Banner modifie secrètement le programme afin de protéger son identité. Le Maître des Marionnettes tente alors de contrôler l’esprit de Hulk grâce à une marionnette atomique. Au même moment, Rick Jones, Rita et Rio rendent visite à Alicia Masters, la fille du Maître des Marionnettes, qui a sculpté une statue de Betty. Rio tombe sous le contrôle du criminel, mais Alicia comprend la situation et met Rick et Rita à l’abri. Betty découvre la manipulation de Banner et part prévenir son père, mais la nouvelle marionnette de Hulk est activée, forçant Banner à se transformer en Hulk.

À New York, le Dr Brandon Jones, l’oncle de Rick Jones, met au point le Projet Temps, une machine à voyager dans le temps. Rick en parle à Bruce Banner, qui espère empêcher sa transformation en Hulk en évitant l’essai de la Bombe Gamma. Pendant ce temps, Rita est mordue par un lézard venimeux dans le désert. Seul l’ordinateur de Banner peut analyser son sang, mais une panne plonge Bruce dans sa transformation en Hulk. Celui-ci active accidentellement le projecteur temporel, envoyant Hulk, Rick, Betty Ross, le major Talbot, le général Ross et le laboratoire en 1 000 000 av. J.-C. Dans le futur, l’état de Rita s’aggrave sans les codes de Banner. Dans le passé, Hulk sauve une femme des cavernes nommée Umela, dont il se rapproche. Son ancien compagnon Nagira défie Hulk, mais est rapidement vaincu par le colosse vert.

À la Base Gamma, le Dr Proto tente de créer une nouvelle forme de vie en utilisant l’énergie des expériences Gammatron de Bruce Banner, malgré l’interdiction de ce dernier. L’expérience aboutit à la création d’un organisme mortel ressemblant à une boue jaune capable de tout dissoudre. Enfermé dans un réfrigérateur du laboratoire, l’organisme s’échappe lorsque Proto oublie de refermer son contenant et commence à se multiplier. Banner se rend au laboratoire, mais se retrouve piégé tandis que la créature s’approche. Il se transforme en Hulk et s’échappe, alors que la boue ravage la base. Redevenu Banner, il cherche un moyen d’arrêter la créature. Proto lui révèle qu’elle est en partie fongique ; Banner tente alors d’utiliser un désherbant pour la neutraliser, sans succès. Proto envisage alors une solution plus radicale pour stopper la menace.

Bruce Banner expérimente un émetteur de rayons Gamma sur un lapin lorsque l’appareil se dérègle. Irradiés, l’animal puis Banner rétrécissent jusqu’à atteindre la taille d’un pouce. Incapable d’attirer l’attention de Betty Ross, Banner doit se débrouiller seul pour retrouver sa taille normale. En tentant de grimper sur une table de laboratoire, il est attaqué par un rat puis une mygale, ce qui le pousse à se transformer en Hulk miniature. Hulk triomphe des animaux et part dans le désert à la recherche de Rick Jones. Après avoir vaincu un lézard géant, Banner parvient jusqu’au diner de Rio pour prévenir Rick. Effrayant ce dernier, Banner se retrouve accidentellement dans le manteau du major Talbot et retourne à la Base Gamma. Pendant ce temps, le général Ross évoque avec Talbot les essais du char T-70 et une possible opération de sabotage, tandis que Rick découvre la machine à rayons Gamma dans le laboratoire de Banner.

Bruce Banner se retrouve dans un paysage balayé par le vent, fuyant… l’Incroyable Hulk ! Alors que Hulk s’apprête à l’écraser, Banner se réveille de ce terrible cauchemar. Avec Betty Ross, ils accompagnent Rick Jones et Rita à un spectacle de cascade à moto. Le show est interrompu par des punks bioniques sur des motos futuristes, les Screaming Vultures, qui kidnappent Rita. Bruce et Betty les poursuivent en jeep, qui finit par s’écraser. Après que Betty a été mise à l’abri, Banner se transforme en Hulk et affronte les Vultures. Ces derniers s’échappent vers une base dans l’un des mesas et y emmènent Rita pour la présenter à leur commandant, un individu à la peau verte et au cerveau surdéveloppé : The Leader. Hulk se calme et redevient Banner, qui se retrouve alors dans la base du Leader. Celui-ci lui raconte qu’il travaillait autrefois dans une usine chimique et qu’une exposition aux rayons Gamma expérimentaux a développé son intelligence.

À Los Angeles, l’avocate Jennifer Walters, enquêtant sur l’organisation criminelle Hydra, vient de passer un examen médical auprès du Dr Steve Perry lorsque le centre médical est attaqué par des agents d’Hydra. Jennifer les poursuit et se transforme en une version plus grande, plus forte et verte d’elle-même, se faisant appeler She-Hulk. Elle neutralise les agents et les laisse à la police. Pendant ce temps, Bruce Banner et Rick Jones visitent Los Angeles pour voir Jennifer, dans l’espoir de trouver une solution à la condition de Hulk. Bruce raconte à Rick qu’il a effectué une transfusion sur Jennifer il y a quelques mois, après qu’elle ait été victime d’une explosion de gaz à son domicile. Ayant le même groupe sanguin, Bruce lui a sauvé la vie et lui a involontairement donné la capacité de devenir She-Hulk, tout en conservant son esprit. Bruce espère apprendre à contrôler le corps du Hulk avec son esprit et sollicite l’aide de Jennifer.

Alors que Bruce Banner supervise la tour de lancement d’une navette à la Base Gamma, la structure s’effondre et blesse Jeff Kessler, l’ingénieur principal du projet. Betty Ross arrive rapidement avec son neveu Jonah, qui affirme pouvoir voir l’avenir. Jonah avait prédit l’effondrement de la tour et averti Betty vingt minutes avant qu’il ne se produise. Chez Betty, Jonah prévoit qu’un avion de l’armée de l’air s’écrasera sur un dépôt de munitions, projetant des obus sur toute la base. Les événements se déroulent exactement comme prévu, et Rick Jones se retrouve coincé sous un poteau téléphonique effondré. Hulk intervient, sauve Rick et éteint l’incendie. Jonah démontre ensuite ses pouvoirs de voyance au général Ross et au major Talbot, prédisant que Hulk détruira les commandes de la navette Space Shuttle 99, pilotée par Betty le 2 août, provoquant son crash. Seul Bruce est mis au courant par Jonah, et peu après Betty annonce que la NASA l’a choisie pour piloter une mission scientifique.

À la Base Gamma, Bruce Banner et Betty Ross testent le nouveau Transmat, un appareil capable de transporter un objet d’un point à un autre. Bruce se porte volontaire comme cobaye, mais le faisceau du Transmat le transforme en Hulk, qui est projeté du côté de Betty. Hulk détruit le Transmat avant de s’échapper de la base. Betty émet l’hypothèse que le schéma de Banner pourrait encore être présent dans la machine, et que pour le ramener, il faudrait recréer les conditions de l’expérience originale en réintroduisant Hulk dans le faisceau. Arrivé à Twilight Junction, Hulk redevient Banner, qui découvre qu’un scientifique de la Base Gamma a été désintégré. Pensant qu’il s’agit de Betty, Bruce tente de se livrer aux autorités en avouant qu’il est Hulk, sans succès. Pendant ce temps, Betty s’active pour réparer le Transmat avant son retour au Pentagone, tandis que le major Talbot et ses Hulkbusters interviennent.