En route vers une base Chevalier en Alaska, Satellizer, Kazuya et Rana sont appelés pour défendre un champ de pétrole contre un Nova de type S. Aidés de Chiffon, Elizabeth et leurs Limiters, ils détruisent la Nova, découvrant qu’il s’agit d’un robot Dummy Nova conçu pour tester leurs compétences. Depuis l’incident de West Genetics, les Nova apparaissent plus vite, poussant les Chevalier à approuver le projet E-Pandora, mené par Scarlett Oohara, pour transformer des jeunes femmes incompatibles avec les Stigmates en Pandoras. À la base d'Alaska, où sont rassemblées les meilleures Pandoras, Chiffon présente Roxanne Elipton, Charles Bonaparte et Julia Munberk, les meilleures de leur génération. Scarlett explique que les données collectées par ces Pandoras aideront au projet E-Pandora. Roxanne, cependant, soupçonne Scarlett d’expérimentations humaines non autorisées, ce qui suscite la colère des E-Pandoras.

Rana est contrariée en découvrant que Satellizer et Kazuya partageront une chambre. Une bataille simulée est organisée pour tester les Pandoras et les E-Pandoras. Les deux premiers tours voient la défaite de Gina Papleton et Rattle, deux E-Pandoras. Au troisième tour, Amelia Evans, la plus forte des E-Pandoras, affronte Elizabeth. Bien qu'elle soit battue, Amelia refuse d'abandonner malgré son épuisement, jusqu'à ce que ses amis et Scarlett la persuadent de céder. Abattus, les E-Pandoras sont encouragés par Amelia, qui leur rappelle leur objectif de surpasser les Pandoras, qu’ils considèrent comme des élites. Le lendemain, Elizabeth déjeune avec eux, leur expliquant que leur défaite est due au manque d’entraînement et propose l’aide des Pandoras. Cette initiative motive les E-Pandoras, tandis que le secrétaire Spencer ordonne à Scarlett d'administrer le "Mark IV" malgré ses réticences.

Scarlett annonce le "Mark IV" aux E-Pandoras et aux Pandoras originels, expliquant que cette nouvelle infusion de nanomachines contient des données de Pandoras expérimentées pour améliorer la compatibilité des E-Pandoras avec leurs Stigmates. Les Pandoras discutent de la faisabilité du calendrier de ce projet. Amelia, préoccupée, rencontre Scarlett, qui lui rappelle que les E-Pandoras ont perdu leur droit de refus en s’engageant dans le projet, mais tente de rassurer Amelia. Plus tard, Jina accepte de tester la Mark IV malgré ses réticences, avec les données de Satellizer pour espérer la surpasser un jour. Cependant, l'infusion provoque une réaction imprévue, et Jina commence à se transformer en Nova. Consciente de son état et voulant revoir ses amies, elle s’échappe du laboratoire. En réponse, Spencer ordonne à un groupe de Pandoras de l'arrêter, même si le public ignore le danger réel de cette transformation.

Satellizer s'en va en se souvenant de son match avec Jina, tandis que cette dernière, sous sa forme Nova, affronte Elizabeth. À peine consciente, Jina révèle à Amelia que le Mark IV n'est qu'une imposture, tandis que Charles commence à s'en prendre à Jina, qui finit par la tuer. Plus tard, les autres E-Pandoras organisent un service commémoratif pour Jina . Scarlett interrompt la cérémonie en ordonnant aux autres d'arrêter le feu, tout en révélant que les expériences sur le Mark IV se poursuivront, que les E-Pandora le veuillent ou non. Elizabeth, qui supervise le service, rend visite à Satellizer après avoir été repoussée par le Dr Ohara lors d'une enquête et l'avertit de rester à l'écart. A l'extérieur, Elizabeth console Amelia. Poursuivant son enquête, Elizabeth tente d'obtenir l'aide de Chiffon, mais se heurte au refus de Satellizer. Curieux des méthodes d'Elizabeth qui tente d'intervenir par la force, Satellizer est abattu par Elizabeth qui continue seule.

Kazuya accompagne Satellizer, en fauteuil roulant, pour un traitement à West Genetics, mais elle décide de se rendre à Bali à la place. Elizabeth, poussée par son devoir de Noblesse, envoie discrètement des informations sur le projet E-Pandora à sa famille, espérant qu'ils enquêtent sur les Chevaliers pour protéger les E-Pandora. Cependant, les Chevaliers découvrent la fuite et punissent Elizabeth. Trois jours après, Chiffon, Eugène, André et Rana reçoivent une Elizabeth catatonique, et le Conglomérat Mably est plongé dans des scandales, ruinant sa réputation. Chiffon et André comprennent que les Chevaliers se vengent et dissimulent la vérité sur le projet Mark IV, qu'Elizabeth avait découvert incomplet et dangereux. Attristée, Amelia partage sa peine. À Bali, Satellizer révèle à Kazuya son intention de demander de l’aide à sa famille pour arrêter le projet. Dans un hôtel familial, elle retrouve sa sœur Violet, mais découvre, horrifiée, la présence de son frère Louis.

Traumatisée par la rencontre avec Louis, Satellizer s’enferme, laissant Kazuya perplexe. Plus tard, Louis lui rend visite et révèle que les Chevaliers ont piégé la famille Mably. Il propose de demander de l’aide à leurs parents si Satellizer redevient son "esclave". Satellizer tente de résister, mais Louis la frappe, ravivant en elle les souvenirs des abus passés et la brisant mentalement. Il pense avoir repris le contrôle, mais est déstabilisé lorsqu’elle se soumet d’une manière détachée. Le lendemain, Louis dit à Kazuya de cesser d'être le Limiteur de Satellizer. Cependant, Kazuya rejette ses menaces. Après avoir discuté avec Violet, Kazuya retrouve Satellizer au temple, où Louis surgit, révélant qu'il les a attirés là. Louis frappe Kazuya et se vante de ses abus envers Satellizer, la qualifiant de "propriété". Indifférent, Kazuya répond que Satellizer est devenue une Pandora forte et indépendante. Furieux, Louis ordonne alors à sa Pandora, Holly, de couper le bras de Kazuya.

Satellizer et Kazuya affrontent Luis et Holly dans une bataille épique et décisive à Bali.

Furieuses à l'idée que les expériences Mark IV doivent reprendre, les filles E-Pandora prévoient de s'échapper de la base d'Alaska. Mais la situation ne fait qu'empirer lorsque les Pandora ordinaires apprennent la vérité...

La rébellion des E-Pandora déchire les allégeances et oppose les camarades des Pandora les uns aux autres dans la bataille. Pendant ce temps, Amelia continue de se transformer en Nova.

Les luttes intestines entre les Pandora normales font rage tandis que la rébellion des E-Pandora se poursuit. Les compétences et les talents cachés sont révélés les uns après les autres... ainsi que de nouveaux secrets.

En voyant Scarlett Oohara et un groupe de clones de Maria Lancelot, Amelia est choquée car Oohara justifie la mort de ses camarades Rattle et Gina et se transforme en un type de Nova inconnu après avoir perdu le contrôle de ses émotions. Les clones s'assimilent facilement à la Nova d'Amelia et détruisent le laboratoire. Pendant ce temps, Aoi Gengo démet Spencer de ses fonctions de commandant et ordonne à tous les Pandoras et Limiteurs de se mobiliser contre la forme Nova d'Amelia qui se dirige vers un générateur de photons. Les Pandoras perdent le moral lorsque la synchronisation des Stigmates émet des perturbations mentales, ce qui amène Satellizer à se remémorer ses souvenirs les plus tristes, comme la mort de sa mère, et à céder à la puissance de la Nova d'Amelia. Avec l'aide de Kazuya et de Rana, l'esprit de Satellizer se stabilise. Alors que la Nova d'Amelia se rapproche du générateur, Chiffon libère son Anti-Nova et ouvre enfin les yeux.

Chiffon affronte la Nova d'Amelia pour protéger le générateur de photons et ses camarades. Elle attaque, mais l'armure de la Nova se régénère. Chiffon augmente alors sa puissance, parvenant à contrer une puissante attaque de la Nova. Dans leur subconscient, Chiffon essaie de raisonner Amelia, mais la Nova d’Amelia, emportée par ses émotions, s’apprête à se sacrifier dans une explosion. Chiffon décide alors d'absorber l'attaque pour sauver ses amis, se sacrifiant. Son aura, empreinte de son amour, se répand dans tout le laboratoire, émouvant les Pandoras, y compris Ticy, à qui elle confie la présidence de leur organisation. Après la bataille, Oohara est hospitalisé et Spencer arrêté. De retour au Japon, Kazuya retrouve Satellizer et Rana, puis aperçoit Ticy en deuil, portant un ruban en hommage à Chiffon.