Calumon est attaqué par un digimon qui apparaîtrait apparemment dans le monde réel. Pendant ce temps, un jeune garçon nommé Takato trouve une mystérieuse carte bleue. Son obsession pour le jeu de cartes Digimon l'a conduit à créer lui-même son propre digimon, et lorsqu'il trouve un digivice, le digivice scanne le dessin de son digimon et le numérise en digi-œuf. Il rêve par la suite d'une étrange dompteuse (Rika), et son digi-œuf éclot. Il trouve son digimon qu'il a créé et nommé Guilmon, mais a peur d'être attaqué.

Takato cache secrètement Guilmon dans sa maison et, pendant ce temps, Rika, une digi-dompteuse, et son digimon, Renamon, gagnent facilement face à un Goblimon. Takato laisse Guilmon seul le temps qu'il aille en cours, mais Guilmon le suit et cause du désordre dans l'école. Takato rencontre Henry et son digimon Terriermon et pense qu'il ne mérite pas d'avoir Guilmon. Alors qu'ils cherchent un endroit où cacher Guilmon, Takato et Guilmon sont attaqués par Renamon et Rika.

Henry et Terriermon arrêtent le combat entre Guilmon et Renamon, et Takato trouve un endroit parfait pour cacher Guilmon. Guilmon et Renamon écourtent leur combat, et Terriermon se prépare à attaquer. Il se digivolve en Gargomon mais ne contrôle pas sa puissance et tente à blesser Rika.

Gargomon réussit à revenir à sa forme initiale de Terriermon et Henry s'en va tentant de trouver une solution pour détruire un digimon qui a émergé dans le monde réel. Il se souvient de la première fois qu'il a reçu son digivice. Le lendemain, ils s'engagent dans un combat contre Gorillamon, un digimon du cauchemar d'Henry. Après avoir vaincu Gorillamon, Henry ordonne à Terriermon de ne pas absorber les données de Gorilamon.

Calumon regarde les enfants de l'école de Takato jouer au football et rêve d'être un grand joueur. Il convainc Guilmon de sortir de sa cachette pour jouer avec lui. Alors qu'ils sont à l'école, un portail numérique s'ouvre et un Vilemon les attaque. Rika et Renamon les sauvent et Rika pense toujours que les digimon ne sont qu'un tas de données créé pour combattre.

Rika est déçue de sa mère et de Renamon qui n'arrive pas à se digivolver lors d'un combat contre Allomon et est, à la place, sauvée par Guilmon et Terriermon. Renamon rencontre Impmon, qui lui dit qu'elle n'a pas besoin de partenaire humain pour devenir plus fort. Un Dokugumon apparaît et blesse profondément Renamon. Rika tente de l'aider et Renamon se digivolve en Kyubimon et gagne face à Dokugumon en un coup.

Inquiets de leur digimon, Henry et Rika rejoignent Takato dans sa quête pour sauver Guilmon sans l'aide de Terriermon ou de Renamon.

Impmon effraie un couple durant la nuit dans un park, mais Takato suspecte Guilmon de causer des problèmes. Impmon emmène Guilmon en dehors de sa cachette. Lorsque Guilmon revient, sans savoir ce qui vient de se passer, Takato pense qu'il a effrayé ce couple et devient furieux contre lui. Plus tard, Devidramon apparaît et combat Guilmon et Renamon refuse de joindre Guilmon dans le combat car c'est le sien. Takato pardonne Guilmon lorsqu'il sait qu'Impmon est celui qui a effrayé le couple, et Guilmon se digivolve en Growlmon puis détruit Devidramon.

Après le combat face à Devidramon, Takato essaye de faire dé-digivolver Growlmon en Guilmon, mais rien ne se passe. Lorsqu'il commence à pleuvoir, Takato désespère de voir son vieil ami revenir un jour. Cependant, lorsque la pluie s'arrête, Growlmon redevient Guilmon pendant qu'il regarde un arc-en-ciel.

Rika est suivie par quelque chose d'étrange et devient effrayée. IceDevimon capture Rika et lui offre la possibilité d'être son dompteur. Renamon se digivolve en Kyubimon mais ne réussit pas à l'arrêter. Guilmon joint le combat et détruit IceDevimon grâce à une brillante fusion de cartes de Takato. Après ça, Rika dit qu'elle haït les Digimon.

Un Musyamon attaque Henry et Takato vient à leur aide. Lorsqu'une petite fille esten danger, Henry réagit et Terriermon se digivolve en Gargomon. Cette fois, Gargomon se contrôle lui-même et détruit Musyamon. Henry réalise qu'il existe certains combats qui sont inévitables.

Rika et Renamon pensent qu'elles n'ont pas besoin l'une de l'autre. Renamon est attaquée. Elle détruit ses ennemis. Plus tard, elle est attaquée par Harpymon, mais elle n'arrive pas à la vaincre. Renamon est sur le point de se faire tuer lorsque Rika écorche Harypymon, causant la digivolution de Renamon en Kyubimon. Kyubimon détruit Harpymon mais n'absorbe pas ses données. Kyubimon et Rika se réconcilient par la suite.

Takato et Guilmon sont sur le point de détruire un digimon lorsque Yamaki apparaît et le capture. De retour à la Hypnos, ils scannent les données du digimon, le détruisant et savent de quoi sont réellement constitués les Digimon. Yamaki prépare par la suite un programme qui exterminera tous les digimon du monde.

Un étrange digimon tigre de niveau ultime attaque les dompteurs. Cependant, il est trop fort pour Rika et Henry, Takato utilise sa carte bleue pour digivolver Growlmon en sa forme ultime : WarGrowlmon après avoir mentalement discuté avec Growlmon pendant que Growlmon lui informe qu'il mérite d'être son dompteur. WarGrowlmon tue facilement le tigre, Mihiramon. Aussi, Kazu, Kenta et Jeri assistent à son combat et sont impressionnés par la prouesse de Takato. Avant d'être tué, Mihiramon informe les dompteurs que d'autres digimon appelés les « devas » viendront le venger.

Le deuxième devas digimon serpent attaque, laissant Rika et Henry le combattre de leurs propres moyens, jusqu'à ce qu'Impmon dit à Takato qu'il a besoin d'eux. Guilmon et Takato les rejoignent et Guilmon se digivolve en Growlmon. Après une courte bataille, Growlmon touche mortellement Sandiramon avec un puissant Pyro-Blaster, mais Sandiramon les avertit qu'ils devront faire face à d'autres devas bien plus puissants que lui.

Pendant un voyage scolaire Takato, Henry, Guilmon, Terriermon et Calumon profite du bon temps. Même Impmon les rejoint et, malgré certaines remarques, s'amuse. Un soir, le troisième devas digimon oiseau absorbe toute l'électricité. Gargomon et Growlmon le combattent et Growlmon le détruit en le balançant à l'eau ce qui fait que le devas s'électrocute lui-même jusqu'à ce que mort s'ensuive.

Deux autres devas taureau et mouton - Vajramon et Pajiramon - apparaissent. Gargomon, Renamon, et les devas digimon se battent et Gargomon se digivolve en Rapidmon. Rapidmon détruit Pajiramon, le devas mouton, mais Vajramon, réapparaît plus tard en secret et demande à Renamon de venir avec lui pour rencontrer son chef. À la fin, Henry découvre Terriermon est vivant.

Rika se dispute avec sa mère, ce qui fait quitter Rika pendant sa séance photo. Renamon parle avec Vajramon, mais celle-ci refuse de joindre la cause des devas. Kyuubimon se digivolve en Taomon et détruit Vajramon.

Impmon dit qu'il déteste les humains. Les dompteurs combattent le nouveau devas cheval, Indramon, Impmon décide de combattre les dévas par lui-même. Il échoue et se fait presque tuer.

Impmon est vaincu par Indramon. WarGrowlmon détruit facilement Indramon à l'aide de Kazu.

Jeri et ses amis trouvent Takato, pendant qu'ils se cachent pour discuter sur les futurs digidompteurs qu'ils deviendront, Jeri balance sur le sol une impressionnante collection de cartes Digimon. Jeri rencontre Calumon et décide qu'elle et Calumon pourraient devenir partenaires. Calumon est évidemment surpis par le rêve de Jeri et, pendant ce temps, le Devas rat, Kumbhiramonn bioémerge dans le monde réel. Ils sont tous deux sauvés par Leomon et Jeri tombe amoureuse de ce guerrier solitaire. Leomon est effrayé à l'idée de devenir partenaire avec elle ; il fuit et se cache. Takato rencontre Leomon et Leomon confesse qu'il ne connait rien à propos des dompteurs et partenaires. Jeri revient et Leomon fuit de nouveau. Alors que Jeri le chasse Takato appelle Henry et Rika dans le parc. Kumbhiramon se montre de nouveau et Leomon et Gargomon le combattent. Jeri essaye d'utiliser une carte Digimon sur lui par le biais du digivice de Takato, mais cela échoue et Jeri devient déprimée. Leomon détruit le Deva et part avant que sa sympathie pour Jeri ne le fasse rester..

Le devas cochon, Vikaralamon, fait son apparition et cause de sacrés dégâts dans le monde réel. Yamaki, le voyant arriver, s'enfuit. Les digimon se digivolvent mais restent incapable d'arrêter Vikaralamon.

Le devas cochon cause de plus en plus de dégâts et la ville doit être évacuée. Une lumière trouve Impmon ruminant sa défaite précédente et lui offre la chance de devenir plus puissant. L'étrange garçon que les dompteurs voyaient courir se révèle être le Deva singe, Makuramon, et que Calumon est la clé de la digivolution. Pendant ce temps, les dompteurs, Taomon, WarGrowlmon et Rapidmon, continuent à affronter Vikaralamon sans peu de succès. Grâce à sa détermination, Takato fait gagner de la puissance à WarGrowlmon et finalement, détruit Vikaralamon grâce son Atomic Blaster. Malheureusement, peu après, Makuramon kidnappe Calumon et l'emmène dans le digimonde. Leomon surgit et tente de récupérer Calumon, mais il est blessé par plusieurs aiguilles luminescentes. Jeri reçoit un digivice et guérit Leomon. La Hypnos, cependant, est détruite.

Guilon trouve un portail dans la cabane et les dompteurs tentent de révéler de nombreuses choses à leurs proches : Takato présente Guilmon à ses parents et bien que sa mère n'en croit pas ses yeux, son père montre de la sympathie envers lui et convainc sa mère de le toucher, Henry avoue la vérité à Suzie sur Terriermon en laisse un e-mail à son père, la grand-mère de Rika trouve accidentellement Renamaon mais le prend bien et lui fait promettre de bien protéger Rika. Rika porte une robe pour faire plaisir à sa mère (quelque chose qu'elle hait faire) dans l'ordre de donner un peu de bonheur à sa mère avant de partir. Jeri emmène Leomon pour parler de lui à son père et Kazu et Kenta décident de se joindre à eux dans le but d'avoir leur propre partenaire Digimon. Par la suite, d'autres révélations se font et les dompteurs ainsi que leurs amis traversent finalement le portail qui lie leur monde au digimonde.

Une fois entré dans le digimonde, Rika aperçoit un satellite espérant que Calumon soit dedans, mais ce satellite était en fait un rocher. Juste après, Meramon attaque et le groupe se divise en deux : Takato, Guilmon, Henry, Terriermon, Jeri et Leomon dans un groupe et Rika, Renamon, Kazu et Kenta dans l'autre. Pendant ce temps, Calumon et Makuramon sont également séparés.

Alors qu'une tempête de données approche, le groupe - Kazu, Kenta, Rika et Renamon - trouvent un abri et celui-ci se trouve être la maison d'un couple de Digimon, Jijimon et Babamon. Tandis qu'ils attendent que la tempête passe, les dompteurs restent dormir chez les deux Digimon pendant que Kenta et Kazu rêvent d'être dompteurs.

Takato et les autres atterrissent dans le village des Chuchidarumon (MudFrigimon) pendant qu'ils sont attaqués par une moto sans motard. Pendant ce temps, Impmon, à présent dans le digimonde, rencontre un Deva qui se dit pouvoir l'aider à se digivolver. La moto nommée Behemoth a possédée un Metalkoromon. Guilmon tente de le sortir mais est à son tour possédé. À la fin, Behemoth tombe dans une piscine de lave mais émerge une nouvelle fois avec, à son bord, Beelzemon comme motard.

Le second groupe tombe dans une étrange dimension pleine d'horloges. Après avoir été attaqué par Megadramon, le groupe rencontre Ryo, le dompteur légendaire qui a battu Rika dans un tournoi de cartes.

Ryo est présenté à l'autre groupe. Pendant ce temps Rika, blessée et en colère, par ailleurs avec Renamon. Le groupe sait finalement où trouver Calumon mais rencontre le devas dragon, Majiramon. Cyberdramon détruit Majiramon et Ryo quitte le groupe.

Le groupe retourne dans le désert pour trouver Rika. Rika est presque noyée mais réussit à sauver Calumon de la noyade. Une inondation les poussent par la suite, avec Renamon, vers le désert mais Calumon fait se digivolver Renamon en Kyubimon et celle-ci les sauve. Ils se réunissent par la suite, et se retrouvent confronté à Beelzemon, et Kyuubimon réalise que c'est Impmon sous son autre apparence. Kyubimon se digivolve en Taomon et l'affronte, mais malheureusement le devas chien, Chatsuramon, se montre et capture Calumon. Grâce à l'attaque de Chatsuramon, Henry, Takato et Terriermon sont aspirés dans un tas de données pendant que les autres sont protégés par le bouclier de Taomon et Beelzemon fuit.

Le groupe rencontre Andromon tentant de battre Orochimon dans l'ordre de délivrer ses esclaves que sont les Gekomon. Andromon après avoir perdu certaines données se dé-digivolve en Guardromon et Orochimon kidnappe Jeri pour qu'elle lui sert des milkshakes jusqu'à la fin de ses jours. Kazu devient ami avec Guardromon après lui avoir sauvé la vie en demandant aux Gekomon de donner un peu de leur milkshake pour qu'il récupère quelques données. Le groupe retrouve Orochimon sans problème, mais il est trop fort pour Guilmon, Renamon, Leomon et Guardromon. Grâce à certains encouragements de Rika, Jeri arrive à digi-modifier Leomon pour qu'il combatte Orochimon. Grâce à sa nouvelle amitié avec Guardromon, Kazu devient dompteur, ce qui choque tout le groupe.

Takato, Henry et Terriermon apprennent la manière dont Guilmon est né.

Suzie, la petite sœur d'Henry, arrive malencontreusement dans le digimonde et se lie d'amitié avec le devas lapin, Antylamon. Lorsque Takato et Henry la rejoignent, elle est attaqué par Makuramon, mais Antylamon la défend. Comme punition, Antylamon se dé-digivolve en Lopmon, mais celle-ci devient la partenaire de Suzie.

Alors que le groupe est de nouveau réunit, il est rapidement attaqué par Beelzemon. Cependant, Leomon est tué par Beelzemon et Takato, fou de rage, force Guilmon à se digivolver - seulement, rien ne se passe comme prévu.

Guilmon se digivolve en Megidramon. Megidramon combat Beelzemon et tente de le tuer, mais Makuramon vient affronter Beelzemon sur sa digivolution qu'il juge inutile. Beelzemon tue Makuramon. Il frappe Megidramon sur son point faible, le torse. Megidramon se dé-digivolve en Guilmon. Takato part dans une profonde tristesse et réaffirme son amitié à son partenaire digimon. Après avoir fait le souhait de vouloir combattre, Takato et Guilmon bioémergent pour devenir Gallantmon.

Gallantmon affronte Beelzemon dans un combat face-à-face. Durant le combat, Gallantmon détruit Behemoth et sauve Kazu et Kenta les faisant réaliser que Takato a bioémergé avec Guilmon. Pendant ce temps, le Souverain envoie le devas Chatsuramon pour détruire Lopmon à cause de sa trahison. Chatsuramon part pour tuer Suzie et Lopmon, mais Terriermon prend le coup, les sauvant d'une blessure mortelle. Avant que Chatsuramon n'attaque une nouvelle fois, Gallantmon le détruit, tuant le dernier Deva, mais Beelzemon absorbe ses données qui le rendent plus fort. Beelzemon prend l'avantage sur Gallantmon et tente de le tuer, mais Guardromon et Kazu interviennent et font gagner du temps à Gallantmon. Belzeemon est finalement battu par Gallantmon. Gallantmon partait pour le tuer, mais Jeri l'arrête disant que ça ne fera pas ramener Leomon. Beelzemon se souvient de ses propres dompteurs et part regrettant ses actions.

L'équipe rencontre Zhuqiaomon le souverain digimon. WarGrowlmon, Rapidmon et Taomon l'affrontent mais ne sont pas de taille. Lopmon tente de les aider en convainquant Zhuqiaomon d'arrêter mais échoue et part pour se faire tuer, mais WarGrowlmon la protège. Ses pleurs invoquent Suzie (qui était supposé être surveillé par Guardromon mais il a mal compris les ordres). Rapidmon est vaincu et se dé-digivolve en Terriermon. La détermination d'Henry fait se digivolver Terriermon en MegaGargomon guérissant les blessures de Terriermon. MegaGargomon bat et détruit apparemment Zhuqiaomon et sa forteresse. Malheureusement, Zhuqiaomon a survécu et revient se venger.

Zhuqiaomon tente de convaincre Lopmon de revenir à ses côtés, mais lorsque celle-ci refuse, ils les attaquent. Taomon les protège jusqu'à ce qu'un autre Souverain, Azulongmon, apparaisse. Zhuqiaomon le combat Guilmon et Terriermon le rejoignent mais son presque tués. Takato saute du bouclier de Taomon pour les aider et Guilmon et Takato se digivolvent en Gallantmon. Azulongmon laisse combattre Gallantmon pour voir quelle est la véritable puissance de la digivolution entre humain et Digimon. Azulongmon convainc peu après Zhuqiamon d'arrêter leur combat inutile pour se focaliser sur le véritable ennemi, le D-Reaper.

Sakuyamon se forme lorsque Rika bioémerge avec Renamon pendant qu'elles tentent de sauver Calumon du D-Reaper.

Calumon aide les digimon du monde numérique à se digivolver en leur niveau méga pour combattre leur véritable ennemi, le D-Reaper. Pendant ce temps, Kenta rencontre un MarineAngemon. Azulongmon envoie les dompteurs dans le désert pour qu'ils rentrent chez eux pendant que Zhuqiaomon est toujours autant dégoûté du choix des dompteurs, mais il décide de respecter leur choix.

Yamaki contacte les dompteurs et doit trouver une solution pour les ramener du digimonde au monde réel. Il fait appel à l'équipe et construisent ce qu'ils appellent une arche. Cet arche était fait à partir de données de Digimon. Rika et Renamon sauvent par la suite Impmon et reviennent juste à temps lorsque l'Arche est réparé grâce à Ryo et Cyberdramon. Après quelques périples, les dompteurs reviennent enfin dans leur monde. Le partenaire Digimon de Kenta sort de sa poche avec un digivice. MarineAngemon est maintenant le partenaire de Kenta. Jeri, elle, agit étrangement. Impmon ne pardonne pas ce qu'il a fait à Leomon.

Les dompteurs retournent dans le monde réel. Takato découvre que les parents de Jeri ne viennent pas à elle. Il prend la responsabilité de la ramener chez elle. Sur le chemin du retour, Jeri continue d'agir bizarrement. Takato tente de lui avouer qu'il a un faible pour elle, mais elle ne répond pas à ça. Takato laisse Jeri à la garde de ses parents avec, en compagnie, Calumon. Le père de Jeri est très en colère contre elle. Takato écoute les informations télévisées sur le D-Reaper qui a atteint le monde réel. Takato, Henry et Rika décident de l'arrêter et prennent rendez-vous dans un pont qui mène au parc de Shinjuku.

Takato, Rika et Henry se réunissent pour combattre le D-Reaper mais ils échouent car ils ne peuvent pas bioémerger, manque de données dans le monde réel. Impmon revoit ses anciens dompteurs Ai et Mako. Ils sont contents de le revoir. Lorsqu'Impmon voit les dompteurs combattre le D-Reaper à la TV, il décide d'aller les aider bien qu'il ne soit pas certain de pouvoir de digivolver de nouveau. Ai lui donne un bisou et Mako lui donne un jouet en forme de pistolet pour l'aider. La détermination de Impmon l'aide à se digivolver de nouveau en Beelzemon... et le jouet de Mako devient une véritable arme. Beelzemon affaiblit l'un des sous-fifres du D-Reaper et permet à WarGrowlmon, Rapidmon et Taomon de le détruire. Les dompteurs acceptent ensuite l'aide de Beelzemon. Takato aperçoit Jeri agir bizarrement dans le coin.

Une mystérieuse fille et son digimon Dobermon arrivent. Ils sont envoyés par Azulongmon pour permettre la bio-digivolution entre les dompteurs et leurs digimon. Dobermon est celui qui transporte ces données et se sacrifie. Quasiment tous le D-Reaper est dans le monde réel et il ne tient qu'à eux de l'arrêter.

Pendant le combat, Gallantmon tombe dans le D-Reaper et se dé-digivolve. Il y rencontre Jeri, mais celle-ci fait partie du D-Reaper. Lopmon demande à Suzie de l'aider à se digivolver en Antylamon pour aller les aider. Calumon demande l'aide d'Impmon pour délivrer Jeri de l'emprise du D-Reaper. Impmon, se sentent toujours coupable d'avoir tué Leomon, se joint à lui. Calumon sait que Jeri est dans le cœur du D-Reaper.

Ryo et Cyberdromon se sont bio-digivolvé pour former Justimon et les aider. Alors que MegaGargomon et Sakuyamon partent aider Takato et Guilmon, Justimon et Guardromon se bat contre un autre agent du D-Reaper. Justimon est presque tué avant l'arrivée d'Antylamon qui retient l'agent, permettant à Justimon de le détruire. Pour la remercier de son aide, Ryo donne à Suzie une carte.

Calumon retrouve Jeri dans le D-Reaper. Elle ouvre les yeux mais ne répond pas à Calumon. Pendant ce temps, Takato essaye de convaincre Mr. Katou (le père de Jeri) d'être conciliant avec sa fille. Yamaki crée un modèle plus complexe de l'Arche et le nomme "Grani" pour Gallantmon. Jeri se souvient lorsque sa mère est morte et commence à murmurer, effrayant Calumon. Lorsqu'un nouvel agent s'amène, Mr. Katou va vers lui et le supplie de lui rendre sa fille, mais il est presque tué. Justimon et Guardromon réussissent à le détruire, mais un agent encore plus puissant arrive. Grani parvient finalement à Gallantmon et détruisent ensemble le nouvel agent.

Grani est pleinement développé. Calumon essaye deréveiller Jeri. Beelzemon, libéré par le D-Reaper, essaye de briser le cœur du D-Reaper mais sans aucun résultat. Gallantmon le rejoint et utilise Grani pour détruire le D-Reaper. Kazu et Kenta sont presque tué, mais sont sauvés par Antylamon. Beelzemon utilise l'attaque de Leomon pour libérer Jeri. Celle-ci réveillé s'aperçoit que Beelzemon vient la sauver.

Jeri essaye de se tirer de la sphère dans laquelle elle est piégée. Des missiles sont lancés sur le D-Reaper, mais celui-ci grandit grâce aux émotions négatives de Jeri. Grani sauve Impmon, mais il est sérieusement blessé par l'attaque du D-Reaper. L'amplification du D-Reaper force les dompteurs à se replier. Rika et Takato rejoignent leurs familles tandis qu'Henry reste avec son père. Les Créateurs de Monstres ont un nouveau plan et Henry appelle Rika et Takato.

Les dompteurs entre dans le D-Reaper pour combattre et sauver Jeri. À la Hypnos, tout le monde travaille sur le nouveau plan. Sakuyamon détruit les agents et libère Jeri. La propre détermination de Jeri encouragée par Calumon aide la sphère à se craquer. Des policiers attaqués par un agent D-Reaper sont sauvés par Kazu, Kenta, Guardromon et MarineAngemon. Impmon, Ai et Mako fuient la ville en bus, mais Impmon est sérieusement blessé et ne savent pas s'il va survivre. Plus tard, Gallantmon devient Gallantmon Mode Crimson.

Gallantmon semble avoir l'avantage sur le D-Reaper. Pendant ce temps, les autres s'affaiblissent. Sakuyamon donne le restant de ses forces à Justimon. Les Souverains Digimon apparaissent soudainement. Finalement, les dompteurs réussissent à vaincre le D-Reaper. Les Digimon des dompteurs se dé-digivolvent en leur niveau entrainement et sont forcés de revenir dans le digimonde. Avant de partir, Impmon demande le pardon de Jeri pour avoir tué Leomon et elle le pardonne à sa grande surprise. Épilogue – Takato retrouve un accès au digimonde depuis la vieille cabane dans laquelle il cachait Guilmon.