Trahi par ses supérieurs et laissé pour mort, XIII a définitivement quitté les services secrets au profit d'une existence vagabonde. Dans l'espoir de trouver un repas et un refuge, il débarque à Empire City et rencontre Betty Barnowsky, une belle activiste engagée dans la lutte contre les grands groupes énergétiques. En sauvant Betty d'une rafle policière musclée, XIII s'invite au sein du Voile, une organisation clandestine dirigée par Max Vargas. Le Voile tente d'exposer au grand jour le centre d'études climatiques Hearpe (High Energy Auroral Refraction Protonospheric Emitter), dont le but réel est d'influer sur le climat pour des raisons économiques. Séduit autant par Betty elle-même que par son discours engagé, XIII accepte d'aider les activistes.

Lorsqu'il est accusé à tort d'un attentat meurtrier contre le siège du groupe Synequanon, conglomérat en charge du projet Hearpe, XIII réalise qu'il a été manipulé. Il est bientôt capturé et torturé par un agent dont l'identité reste mystérieuse.

XIII est maintenant poursuivi par le gouvernement mais aussi par les responsables de Synequanon qui cherchent à se venger de celui qu'ils tiennent pour responsable de l'attentat. XIII doit trouver des indices au plus vite pour démêler l'écheveau et se tirer de ce mauvais pas.

Toujours poursuivi par le gouvernement et sous surveillance de son double, XIII embarque sur un petit chalutier et se rend sur l'île d'Ariella, où il pense trouver des pistes significatives. Il fait naufrage et échoue finalement blessé sur les côtes. Là, il est recueilli par le docteur Westlund, un scientifique qui est placé en résidence surveillée par les sbires de Synequanon en raison des recherches classées top secret qu'il mène. Sur le continent, Harriet Traymore a gagné les élections mais Carrington refuse de lâcher les rênes du pouvoir...

Amos capture XIII, qu'il tient pour responsable de la mort de sa femme et de sa fille dans l'attentat perpétré contre le siège de Synequanon. XIII trouve un moyen de s'échapper avec l'aide de Betty et Mozambique. Mais son évasion n'est qu'une illusion, une manipulation d'un Amos ivre de vengeance et prêt à toutes les extrémités pour faire souffrir son prisonnier...

XIII parvient à s'inviter à la fête très privée donnée par le Russe Andrej Kalishkanov pour célébrer son anniversaire. Il espère mettre enfin la main sur la dernière lettre de Tesla, que le milliardaire a achetée aux enchères. De son côté, Betty a réussi, elle aussi, à pénétrer dans le manoir de Kalishkanov. Plus rapide que XIII, elle s'empare la première de l'enveloppe et de son précieux contenu...

Vargas doit bientôt être transféré à Guantanamo. Parce que le leader du Voile détient des informations capitales sur les lettres de Tesla, XIII décide de l'exfiltrer du centre de détention dans lequel il est retenu avant son prochain transfert. Carrington, de son côté, doit faire face à un tsunami qui vient de dévaster la baie de San Francisco et de détruire la Silicon Valley...

Betty a été kidnappée. Elle est bientôt remise à son père, à Londres. Celui-ci lui certifie l'avoir fait revenir au bercail pour son bien. Mais les drogues qu'on lui administre lui font penser le contraire. Betty voudrait comprendre ce qui a bien pu lui arriver pendant cette période trouble. De son côté, XIII pense avoir tué son double. Pourtant, les voix n’ont pas cessé. C'est sur un navire de marchandises chinois, faisant route vers l'Asie, qu'il cherche à mettre la main sur la dernière lettre de Tesla, probablement cachée à bord. Il mène ses recherches tout en essayant de ne pas se faire repérer. Son comportement le rend suspect aux yeux de l'équipage...

En Chine, XIII est reçu par Xu Corporation. L'organisation estime qu'il pourrait être un de ses anciens agents. Quelques souvenirs troublants perturbent XIII, qui s'interroge sur son passé...

Suivant les ordres de Pong, son père, Ai Ning tente de rafraîchir la mémoire de XIII, mais, en dépit de tous les efforts qu'elle déploie pour y parvenir, elle échoue à lui faire croire qu'il est le bien-aimé dont elle attend le retour. XIII est intimement persuadé qu'il n'est pas Victor Gong, même s'il en a le visage. Pendant ce temps, Betty, elle, ne désarme pas. Elle tente de faire pression sur Ai Ning pour se venger de ceux qui l'ont trahie. Sur le sol américain, le président Carrington perd pied tandis que le territoire est en proie au chaos. Il doit se résoudre à prendre des mesures drastiques...

Ivres de vengeance, Betty et Victor Gong sont prêts à toutes les extrémités pour prendre possession de Xu corporation. Ils retiennent prisonniers XIII, Mozambique et tous ceux qui sont liés, de près ou de loin, à cette vaste machination. De son côté, Harriet Traymore veut la peau du président Carrington, qui ne semble pas disposé à lui céder la place...

Parvenus à s'échapper du donjon, XIII, Betty et Amos se retrouvent dans les rues de Shanghai. Autour deux, des émeutes éclatent sans raison apparente et bientôt, des hordes d'habitants particulièrement agressifs fondent sur eux. Amos réussit à obtenir l'aide musclée des Navy Seals, seuls capables de les exfiltrer. Sur le sol américain, Harriet Traymore ordonne de dynamiter le bunker dans lequel le président Carrington s'est réfugié avec une poignée de fidèles. Carrington parvient à faire activer le système de télédiffusion d'urgence de la Maison-Blanche au nez et à la barbe d'Harriet. Son acte se révèle lourd de conséquences...

Amos s'est enfui seul, laissant XIII et Betty derrière lui. Sachant l'attaque contre les Etats-Unis imminente, le président Carrington confie une dernière mission à XIII : détruire Hearpe Corporation et éliminer XIII.2. Mais il va lui falloir pénétrer dans une forteresse apparemment imprenable. Harriet Traymore tente, elle aussi, de faire tomber celle de Carrington...