Fuu est serveuse dans un salon de thé quand deux guerriers vagabonds, Mugen et Jin, arrivent en ville et causent l'incendie du salon de thé dans lequel périt accidentellement le fils du magistrat local. Celui-ci, humilié, fait arrêter Mugen et Jin et veut les tuer. Fuu a donc perdu son emploi mais étrangement, veut aider les deux vagabonds contre une promesse.

Quand Mugen blesse le bras d'un ennemi, il déclenche une réaction en chaîne dangereuse. Fuu est enlevée et deux assassins mortels sont expédiés pour exécuter le Vagabond Mugen et le ronin Jin.

Après avoir abandonné Fuu, Mugen et Jin arrivent en ville. Une fois là, ils ne tardent pas à se faire embaucher comme gardes du corps, chacun par un des deux clans rivaux qui dirigent la ville. Fuu est livrée à elle-même et tombe sur des gens mal intentionnés.

Les chemins empruntés par Mugen, Jin et Fuu les rassemblent de nouveau, mais leur réunion est mise en attente quand une erreur inopportune intensifie la lutte entre les deux clans qui s'affrontent pour le contrôle de la ville.

Un artiste inconnu loue Fuu comme modèle, mais sa passion pour la peinture se révèle être une couverture pour un réseau de traite des humains. Mugen arrivera-t-il à temps pour sauver Fuu d'une vie d'esclavage ?

Mugen et Jin perdent leurs armes et leurs appétits dans un concours mangeur de riz et la seule façon de les récupérer est de se faire passer pour des guides pour un Européen mystérieux.

Fuu, Mugen et Jin gagnent au jeu et pensent se payer un bon repas mais Fuu tombe sur un pickpocket qui lui dérobe sa bourse. Elle découvre ce qui le pousse à voler et se prend d'affection pour lui mais voleur à la tire à glissé sa main dans la mauvaise poche et pourrait le regretter.

Jin se voit contraint de laisser ses lunettes à un prêteur sur gages. Un homme souhaitant écrire sa propre légende cherche à affronter un adversaire digne de lui: il porterait des lunettes et selon la rumeur aurait tué son propre maître réputé invincible.

Fuu, Mugen et Jin tentent de passer un poste frontière avec de faux papiers mais ceux-ci s'avèrent de mauvaise qualité et sont arrêtés. Le responsable du poste oblige Mugen à faire une livraison pour lui contre la vie des ses deux acolytes mais il est vite capturé par des moines soldats ...

Notre trio se fait embaucher par un moine dans un temple pour de menus travaux. Fuu et Mugen se retrouvent en ville ou sévit le redoutable"tueur des rues" pendant que Jin reste au temple. Leur patron d'un jour s'avère être l'ancien maître du tueur.

Jin tombe amoureux d'une beauté suicidaire dont le mari, endetté, l'a vendue comme esclave et Mugen essaye de faire fortune dans les combats de scarabée sumo.

Mugen et Jin font l'impensable: il lisent le journal de Fuu , dans lequel elle fait une récapitulation fascinante de toutes leurs plus grandes mésaventures.

Quand Mugen croise le chemin de personnes de son passé, il s'engage à contre-coeur dans un hold-up qui pourrait lui rapporter une fortune en or. Malheureusement pour lui, ses vieux amis ne sont peut-être pas dignes de confiance.

Mugen ,dupé coule au fond de l'océan. Pendant ce temps une jeune femme convainc Jin de brandir ses lames au nom de la vengeance.

Jin, pêche dans la rivière mais bredouille, il y trouve néanmoins une bourse remplie. Un aubaine pour les trois comparses: Fuu se remplit l'estomac et Mugen se paie une geisha dans une maison close mais celle-ci l'assomme avant de passer à l'acte. Pour qui travaille-t-elle réellement?

Tempers flare, harsh words are exchanged, and the gang splinters, each member marching off in a different direction. Mugen and Jin wander into some swordplay, and Fuu ends up at the bottom of a river.

Jin and Fuu reunite, only to be attacked by a vengeance-driven samurai from Jin's old life. Meanwhile, Mugen takes aim at an arrow-slinging madman who's at the top of everyone's most wanted list.

Mugen learns his letters from a sake-guzzling maniac, Jin makes good on a promise from many years ago, and Fuu sparks a jealous showdown between two bickering graffiti artists.

Fuu harbors a female fugitive who's on the run from a bogus, gun-slinging missionary. The new girl is trouble, no doubt about it, but she may hold the finding the samurai who smells like sunflowers.

Mugen defends the honor of beautiful blind songstress, but when the when the trio of wanderers becomes a quartet, Fuu will be faced with an impossible decision.

Mugen's has his own deadly run-in with the same blind beauty that sent Jin plummeting towards a gruesome end. Who is this seductive assassin, and why is she targeting the Champloo crew?

Jin, Mugen, and Fuu fall into the clutches of a hoard of rotting zombie treasure hunters. Next, they get blown to oblivion by an asteroid. Or maybe they just ate some bad mushrooms.

Mugen's failed attempt at a dine-and-dash restaurant caper lands him in hot water with the locals. Redemption lies with leading the town's baseball team to a victory over the arrogant and unwelcome Americans.

As the crew draws ever nearer their final destination, Fuu makes a bold and startling decision. Elsewhere, unnamed adversaries pursue the travelling trio.

Jin enters a bloody grudge match with the man responsible for the ruin of his rep. Meanwhile, Mugen races to save Fuu from the clutches of a sadistic madman bent on bloodshed.

Old scores are finally settled as Mugen, Jin, and Fuu finally come face to face with the ghosts of their respective pasts.