Dix ans après que les clans Kôga et Iga se sont déchirés pour une bataille de succession, les ninjas ne sont plus dans l’air du temps. Néanmoins, un nouveau complot se trame, et les premiers concernés seront Hachirô Kôga et Hibiki Iga…

Cinq guerriers de Kôga viennent assurer la défense du seigneur Tadanaga dans sa quête périlleuse. Par ailleurs, Hachirô décide de quitter son village par peur de blesser les autres avec son pouvoir, mais sa sœur Hibiki ne l’entendra pas de cette oreille.

Les cinq joyaux de Kôga tombent les uns après les autres face à un ennemi inconnu. La priorité est donnée, il faut protéger Hachirô, qui heureusement est loin du fleuve où se déroule le massacre.

Les membres de la secte de Jôjin ont enfin approché le seigneur Suruga et entament leur plan. Pendant ce temps, après les joyaux de Kôga, c’est au tour des cinq fleurs d’Iga d’être la cible de ce nouvel ennemi.

La secte de Jôjin continue son attaque. Cette fois, les camarades de Hibiki et Hachirô en feront les frais face à un monstre gigantesque. Mais pour le chef de Kôga, il est hors de question de rester les bras croisés !

Des années sont passées, le shogun a changé. Un incident a assigné le seigneur Tadanaga à demeure. Pendant ce temps, les membres des clans Kôga et Iga ont bien grandi, et tous se demandent si Hachirô reviendra un jour.

Le seigneur Tadanaga souhaite s’entretenir avec Hachirô pour lui exposer ses plans. Au château d’Edo, Namenba s’est infiltrée pour savoir si le shogun est lié aux affaires des Houes noires et de la secte de Jôjin.

Pendant qu’Utsutsu et Rui vont enquêter au secret au mystérieux château de nuage, Hachirô, aidé sans même le savoir ni le vouloir par ses anciens compagnons, évite les pièges des hommes du seigneur Suruga.

Jôjin revient à la charge auprès du seigneur Tadanaga pour lui rappeler quelles ambitions il peut viser. Au château de nuage, Rui et Utsutsu tentent tant bien que mal d’échapper aux hommes de la Pluie.

Armées jusqu’aux dents, les troupes de la province de Kii s’attaquent au château de nuage, où a trouvé refuge le seigneur Tadanaga. Bô Hadae, le moine à la botte de Tenkai, va demander l’aide des clans Iga et Kôga pour affronter la secte de Jôjin.

Shikibu en impose par sa carrure titanesque. Mais qui se cache réellement derrière son armure ? De mystérieux assaillants s’en prennent aux Kôga et aux Iga, et Hachisu sera chargée de les arrêter.

Hibiki annonce au groupe que Hachirô est revenu. Tous s’apprêtent à lancer l’offensive sur le Nuage. Pendant le combat, Shichigen se souvient du temps où il voyageait avec sa mère, et du poème qu’elle aimait tant réciter.

C’est au tour de Saizô et Utsutsu de passer à l’attaque. Toutefois, la Pluie est toujours présente. Utsutsu maîtrise ses illusions à la perfection, mais celles-ci sont si sombres qu’elles ne peuvent que ronger intérieurement la jeune femme…

Jôjin prend au dépourvu Hachirô et Bô Hadae. Mais l’objectif du leader de la secte n’est plus d’éliminer le chef des Kôga, bien au contraire… Plus tard, Bô Hadae va tenter de raisonner le seigneur Suruga.

Bien que le Nuage ait brûlé puis disparu, suivi de la secte de Jôjin, Gorone reste persuadé que l’ennemi est toujours présent. En même temps, Hachirô mène sa propre enquête et croit savoir ce que la secte ennemie a derrière la tête.

Un nouveau Nuage fait son apparition, et cette fois, il peut se mouvoir… Le seigneur Tadanaga a déjà hâte de se diriger vers Edo. De plus, Hibiki est à son tour sous le contrôle de Jôjin et rejoint aussi ce château…

Le Nuage avance toujours. D’un côté, Hachirô continue de faire face à Itaru Yasha de Jôjin. D’un autre, Bô Hadae infiltre le château pour raisonner le seigneur Tadanaga. Namenba, quant à elle, se souvient sa rencontre avec Rui.

L’esprit du seigneur Tadanaga est de nouveau semé par le doute. Jôjin empêchera coûte que coûte Bô Hadae de repartir avec le frère du shogun. Plus loin, Hachirô est déterminé à aller secourir Hibiki dans le Nuage.

Hachirô entre dans le Nuage. Suite à la perte de Gorone, les autres membres décident d’aider leur chef à sauver Hibiki. Les yeux de Saizô feront rapidement face à Itaru et son miroir maléfique…

Les sacrifices de Gorone et Saizô n’auront pas été vains. Les Kôga et les Iga parviennent à infiltrer le Nuage. Au même moment, Hachirô est obligé d’affronter Hibiki, qui pense être Oboro des Iga et répond aux ordres de Jôjin.

Dans le Nuage, Rui et Utsutsu font face à Chiô Neiri, qui n’a pas succombé à l’attaque de Gorone. Shichigen est, quant à lui, toujours sous l’emprise de l’ennemi. Plus haut, Jôjin veut obliger Hachirô et Hibiki à copuler.

Bô Hadae vient épauler Hachirô et Hibiki, qui a enfin retrouvé ses esprits. Jôjin ne perd pas de vue l’idée de verser le sang des deux chefs de clan pour ressusciter Nobunaga Oda, le roi des démons.

Le seigneur Nobunaga Oda est revenu à la vie… Hachirô n’a d’autre choix que d’essayer d’achever ce nouvel ennemi assoiffé de vengeance et de pouvoir. Néanmoins, un tel monstre ne sera pas facile à éliminer.

Hachirô et Hibiki, transportés dans une autre dimension, font face à la secte de Jôjin aux portes de la victoire. Les deux ninjas sauront comment régler le compte à leurs adversaires et comprendront qui est vraiment le seigneur Jôjin.