Année 2031. L'humanité a été remplacée sur Terre par une race semblable à des insectes géants connue sous le nom de Blue. Un Sleeper appelé Yuji Kaido se réveille en ce monde cauchemardesque après avoir passé 22 ans en hibernation. On seul espoir de survie vient de l'équipe d'élite de récupération de Sleepers et d'un pilote de mecha appelés Marlene.

Yuji apprend l’horrible vérité au sujet du bleu. Leur invasion de la planète a forcé la race humaine à chercher refuge dans l'espace extra atmosphérique. Marlene et l'équipe de récupération de Sleepers ont reçu des ordres pour ramener Yuji vivant à la station spatiale Second Earth. Mais avec la menace Blue, les choses ne se passent pas comme prévues.

Fatigué de se sentir impuissant dans ce nouveau monde hostile, Yuji demande à être formé en tant qu'élément de l'équipe. Marlene donne à Yuji un cours accéléré de tire. Joey lui enseigne les rudiments de conduite d’un mecha. Armé avec ses nouvelles connaissances techniques et sa confiance récemment découverte en sa capacité de survivre, Yuji est prêt pour l'action.

Yuji désobéit aux ordres de Marlene en sauvant la vie d'une petite fille, et découvre un groupe de survivants cachés dans les ruines de la ville. Yuji fait la promesse à la petite fille, Yung, de la protéger contre le Blue. Mais cette nouvelle promesse est menacée quand il apprend la vérité au sujet de ses sauveteurs venant de Second Earth.

Les membres survivants de l'équipe de récupération de Sleepers doivent entrer dans une tour de communications abandonnée qui est maintenant un nid de Blue pour tenter d'entrer en contact avec Second Earth. Avec Les Blues convergeant maintenant sur leur position, la seule chance de rester en vie est d’attirer Les Blues dans un combat en utilisant les survivants humains comme appât.

Marlene et Yuji voyagent à pied vers la base de Baikonur. Yuji est confronté aux démons qui le hantent en ce nouveau monde cauchemardesque. Quant à Marlene, son passé commence à ressurgir.

Toujours en route vers Baikonur, Marlene et Yuji rencontre Dice. Les Blues étant dans les parages, il leur offre un abri pour la nuit

Yuji est séparé de Marlene et Dice pendant une tempête de sable. Sauvé du désert par une bande des nomades, Yuji devient ami avec Elena, une jeune fille de nomade. Yuji commence à croire qu'une vie paisible pourrait encore être possible, l’intervention d’un groupe de bandits lui rappellera qu'il y a beaucoup de danger dans ce monde.

Marlene et Dice sont de nouveau auprès de Yuji pour continuer le voyage sur Second Earth, mais Yuji refuse de partir. Il décide de rester avec Elena et les autres nomades, et de vivre paisiblement. Mais quand Marlene et Dice sont attaqués par un Blue, Yuji est forcé de faire un choix.

Marlene et Yuji arrivent à Baikonur. Les Blues ont pris le contrôle de la base et le système défensif s’est retourné contre les humains. Maintenant, avec les provisions et le personnel diminuant, les équipes de rétablissement rassemblées doivent lancer une offensive désespérée pour regagner le contrôle de la base.

Les membres restants de l’équipe de rétablissement sont envoyés pour affronter les Blues quand un officier renégat essaye de détourner la navette et de s'échapper tout seul. La tentative est contrecarrée, mais Marlene et une petite équipe de pilotes de shrike combattent pour rester vivants.

Yuji est amené en urgence au soin intensif après avoir été attaqué par un Blue à bord de la navette en direction de Second Earth. Maintenant, Marlene doit faire face à une enquête devant le haut Conseil et défendre ses actions récentes sur la surface de la planète. Mais Marlene se pose des questions, et commence bientôt à suspecter de mauvaises intentions derrière les plans du conseil.

Quand Yuji disparaît du service médical, Marlene désobéit aux ordres et décide de le retrouver par ses propres moyens. Maintenant, avec les forces de sécurité d'Amick Hendar sur haute alerte, Marlene doit descendre dans les niveaux inférieurs de la station militaire pour trouver un homme qui peut connaître Yuji : le directeur des sciences Seno Miyagi.

Les tentatives de Marlene pour libérer Yuji du laboratoire sont contrecarrées. Maintenant elle doit de nouveau se tenir devant le haut Conseil, cette fois avec Yuji à ses côtés. Quand Chairman Victor indique les véritables raisons du Conseil de récupérer les sleepers, Marlene est surprise d’apprendre que Yuji peut être l’espoir de l'humanité de sauver la terre.

Yuji commence un programme intensif d'entraînement au combat par la brigade nouvellement formée de sleepers et remarque qu’il y a d’autres sleepers.

Une grande force d'attaque est envoyée sur la Terre, la première vague d’une nouvelle campagne pour reprendre la planète des Blues. Yuji est impressionné quand un camarade sleeper, Tony, élimine entièrement un nid de Blue à lui seul. Yuji est déterminé à être le meilleur, à n'importe quel prix. Mais cette préoccupation de battre Tony peut être le symptôme d'un problème beaucoup plus grand.

Marlene note que le comportement de Yuji devient de plus en plus étrange. Sur le champ de bataille il peut compter sur sa force, mais il a l’obsession malsaine de détruire les Blues.

Le directeur Miyagi indique à Marlene la véritable cause des changements de Yuji : les "cellules B" ont commencé à intégrer son esprit. Et à moins qu'elle puisse faire quelque chose pour l'arrêter, la santé mentale de Yuji se sera bientôt complètement dégradée.

La brigade de sleepers lance encore une autre offensive contre les Blues, et la soif de Yuji pour la bataille lui fait perdre de plus en plus le contrôle de lui, les cellules B prenant le contrôle de son esprit. En attendant, une révolte a commencé sur Second Earth, et Marlene y joue un rôle important dans le plan pour renverser le haut Conseil.

La deuxième opération aéroportée essuie un désastre quand les Blues contre-attaque en nombre supérieur à celle des forces de Second Earth. Mais même pendant que les unités battent en retraite, Marlene avance. Sachant la vérité horrible au sujet de la santé mentale de Yuji, elle est déterminée à le rejoindre et à lui faire retrouver sa raison.

Tandis que Marlene ramène Yuji sur Second Earth, Tony infiltre le haut Conseil. Une nouvelle bataille pour la survie de l’humanité à lieu au dessus de la Terre. Seulement cette fois, les Blues ont subi une mutation.

Yuji et Marlene infiltrent la station médicale infestée de Blues et sont retrouve bientôt Rick et Soo. Tandis que Soo essaye sauver la population civile de la station, Marlene, Yuji et Rick attaquent le coeur du problème : Tony. Mais avant qu'ils puissent atteindre leur objectif, ils rencontrent un obstacle inattendu.

Rick étant blessé trop sévèrement pour continuer, Marlene et Yuji continuent seuls. Ils arrivent à la salle de l’ordinateur principal dans laquelle Tony les attendait. Maintenant Yuji est confronté à son ami et rival, et la seule manière de l'arrêter peut être de le tuer.

Les survivants restant à bord de Second Earth commencent à reconstruire après l’attaque dévastatrice de Tony. Comme Yuji réfléchit à sa place dans ce monde changeant, le directeur Miyagi présente son plan pour faire de Second Earth le foyer permanent de la race humaine. Mais il y a des dissidents dissimulés sur Second Earth, et certains d'entre eux sont armés.

Les images satellites de la Terre indiquent une migration en masse de Blues en Amérique du Sud, et Yuji est volontaire pour enquêter. Une fois sur la surface, lui et son équipe découvrent que les Blues ont mystérieusement disparu sans laisser de trace. Maintenant, le seul espoir de Yuji est de trouver les réponses dans les souterrains.

Un monstrueux Blue a émergé au coeur du nid de l’Amérique du Sud, la seule chose se tenant entre Yuji et les réponses. À moins que Yuji gagne cette bataille, tout l'espoir à l'avenir est perdu : pour lui, pour Marlene, et pour la race humaine entière.