Montréal. L’agence Hero Corp et ses super-héros sont les maîtres de la ville. L’atmosphère semble apaisée. Mais en sortant de la cité pour une mission de routine, John, Doug, Mique et Stan réalisent qu’au-delà des remparts de protection, les apparences sont peut-être trompeuses…

John, Doug, Mique et Stan ne sont plus les bienvenus à l’agence et sont contraints de regagner le monde sauvage. Ils rencontrent Calvin qui accepte de les guider vers une ville mystérieuse… À Montréal, Klaus constate des comportements étranges à l’agence. Il mène l’enquête et se trouve un allié pour le moins inattendu…

John et ses amis sont accueillis à Vilain City par de vieilles connaissances. Mais pour être acceptés dans le cercle des vilains, ils devront travailler pour eux… Klaus poursuit son enquête sur l’agence, épaulé par Duco. Et ce dernier utilise des méthodes plutôt radicales.

John et Doug retrouvent Stan dans une étrange usine. Ils y rencontrent de vieux amis qui leur font de graves révélations… À Montréal, Duco entraîne Klaus et le Maire dans l’infiltration du conseil d’Hero Corp, mais en employant la manière forte…

John et ses amis se retrouvent dans une base secrète, véritable armada qui pourrait détruire la planète… Duco exerce un chantage sur le conseil d’Hero Corp pour être réhabilité... De leur côté, les autres super-héros enquêtent sur ce qu’il se trame. Au gré des révélations, le mystère s’épaissit.

John et Doug interrogent Mac Kormack et comprennent que le mal actuel est le fruit d’expériences menées il y a fort longtemps. Tous les événements qui se sont déroulés depuis un an ne sont probablement pas survenus par hasard. Seraient-ils malgré eux les acteurs d’un plan machiavélique ?

John retrouve les super-vilains pour leur proposer une alliance un peu particulière. Pour qu’ils acceptent, les super-héros devront faire leurs preuves à l’occasion d’un grand combat… Suite à l’explosion qui a eu lieu à l’agence, Mary fait d’étranges rencontres.

Alors que John recherche le responsable du chaos qui se prépare, les super-héros convergent vers un ennemi dont ils ne connaissent ni l’identité ni la force. Ils vont se retrouver face à une armée surprenante…