Jake Foley, travaille à la maintenance informatique de la NSA au plus bas de l'échelle hiérarchique de l'agence. Un jour Jake est appelé dans un petit laboratoire pour un énième problèmeinformatique. A peine posté devant l'ordinateur il remarque que des fichiers sont en train d'être transférés vers l'extérieur. Jake prévient immédiatement la sécurité mais l'employé présentdans le labo le met en joue avec un pistolet. Heureusement la sécurité arrive, des coups de feu sont échangés et Jake est blessé par les projections d'une éprouvette qui éclate. Ladirectrice adjointe donne sa journée à Jake mais elle le prévient qu'il est tenu au secret absolu quant à l'incident du labo. Lorsqu'il se réveille le lendemain toutes ses blessures ont guéri...

Jake doit suivre un entraînement intensif avant de devenir un véritable agent secret. Il doit apprendre à contrôler ses nouveaux pouvoirs et acquérir les automatismes que tout bon agent se doit d'avoir. Jake doute de ses capacités et a du mal à supporter la pression de ses supérieurs qui exigent des résultats probants. Pendant ce temps la NSA neutralise un groupe terroriste tunisien qui s'est emparé d'une bombe à impulsion électromagnétique. Mais l'opération échoue et un fou récupère la bombe. Bientôt Washington est menacée par un attentat de grande envergure...

Des malfrats chinois s'emparent de plans classés top secret de la dernière génération de chars d'assaut. A la NSA, Kyle Duarte est chargé de prendre contact avec un agent double chinois pour récupérer les plans volés. L'agent est une femmeavec qui Kyle n'a plus eu de contact depuis 2 ans et avec laquelle il a eu une histoire d'amour. Pour Jake c'est l'occasion de participer à sa première mission et de faire ses preuves auprès de ses supérieurs. Lors d'une soirée de gala àl'ambassade de Chine, il va assister Kyle dans sa mission périlleuse en mettant à contribution ses pouvoirs...

La NSA s'intéresse de près à Ruben Carano, un grostrafiquant d'armes. Selon leurs renseignements, il s'apprête à vendre du cemtex (explosif hyper puissant) au groupe terroriste Soledad, responsable de trois attentats. Mais le trafiquant se cache extrêmement bien et reste introuvable bien que tous les services secrets du monde soient à sa recherche. La NSA charge alors Jake de surveiller la fille de Carano mais surtout de ne pas rentrer en contact avec elle. Malgré lui, il fait la connaissance de la jeune femme, dès lors les supérieurs de Jake lui demandent d'exploiter la jeune femme pour retrouver la trace de son père...

Un groupe de hackers s'attaque aux fichiers informatiques de la Fed (Banque centrale américaine) pour en vider les comptes. Heureusement, grâce à Jake, la NSA arrive à stopper le processus et retrouve la trace d'un des pirates, un certain Dumont. Un groupe d'intervention s'empresse de l'appréhender et de saisir tout son matériel informatique. Dans l'ordinateur de Dumont, Jake découvre que le pirate doit rencontrer ses complices à Berlin et, détail important, qu'il ne les a jamais vu ! Cela va permettre à Jake de s'envoler pour Berlin, se faire passer pour Dumont et tenter de neutraliser les hackers...

Lou recommande à Jake de ne pas assister au mariage de son meilleur ami car il a en lui un matériel de plus d'un demi milliard de dollars et pourrait être la cible de gens mal intentionné. Mais il n'écoute pas sa supérieure d'autant qu'il est le témoin de son ami. Au laboratoire de la NSA, Diane est très inquiète car une souris de laboratoire possédant les mêmes nanites que Jake est morte. Elle décide alors de rejoindre Jake au mariage pour le surveiller de plus près. Bientôt, les craintes de Lou vont se confirmer...

Lors d'une opération, Jake arrête Caleb Fulton, fils du dangereux leader anti gouvernemental Ethan Fulton. Caleb s'apprêtait à faire un attentat à la bombe mais la NSA a pu intervenir à temps pour empêcher le désastre. De retour à la NSA, Jake s'occupe de l'interrogatoire de Caleb et le questionne au sujet de son père pour pouvoir le localiser. Mais Caleb ne dit rien et affirme préférer mourir que de trahir son père. Du côté des miliciens de Fulton on découvre que c'est Jake qui a interpeller Caleb et ils sont bien décidés à se venger...

La NSA intercepte un appel téléphonique que Kyle demande à Jake de décoder. Il n'arrive pas comprendre mais Louise reconnaît immédiatemment qu'il s'agit de polonais. L'agence se met désormais en chasse derrière Vasily Koronkieqicz, un kidnappeur notoire fraîchement débarqué à Washington. Après des heures passées à rechercher qui à engagé Vassily, Jake débarque dans le labo de Diane pour l'inviter à passer la soirée chez lui. Mais Diane refuse car elle a un nouveau petit ami, ce qui rend Jake un peu jaloux...

Jake et Kyle doivent gérer une prise d'otages dans un bâtiment du gouvernement. Un fonctionnaire, lassé des années passées à travailler pour un pouvoir auquel il ne croit plus, retient ses collègues. Jake ne veut pas attendre les snipers et décide d'intervenir seul, désobéissant ainsi un ordre direct de ses supérieurs. Kyle rappelle à Jake la politique de la maison et super pouvoir ou pas il doit obéir...

A Santa-Costa, Jake et Kyle arrêtent un couple qu'ils soupçonnent d'être les voleurs d'une arme biologique, le gaz varcon. Pensant que leur mission est terminée, Kyle renvoie Jake à son hôtel. Au bar, Jake tombe dans les filets d'Angela une femme avec qui il passe la nuit. Le lendemain, il la surprend en train de fouiller dans ses affaires et comprend qu'elle est la véritable responsable du vol. Celle-ci lui dit qu'elle est un agent de la CIA et qu'elle cherche récupérer le gaz varcon. Mais dans un moment d'inattention elle assomme Jake et s'enfuit...

Jake retourne à l'université avec pour mission de protéger un prince africain menacé par les assassins d'un général rebelle. Kyle et Lou offrent à Jake une chance de se libérer du contrôle du gouvernement en simulant sa mort...

Jake poursuit Elena Dankova une dangereuse ancienne agent du KGB mais très vite il perd sa trace. La NSA décide alors de sortir de sa retraite l'agent Richard "Dick" Foxx car il connaît bien Dankova. Jake va faire équipe avec Dick et ensemble ils traquent la nostalgique de la guerre froide...

La NSA est touchée par un virus informatique et Jake doit faire équipe avec la personne qu'il déteste le plus au monde : DuMont. Pendant ce temps, Jake voit un psychologue de la NSA. Celui-ci dit à Lou que Jake est triste de ne pas pouvoir vivre normalement à cause des nanites...

Jake a disparu depuis dix jours. A la NSA, Kyle et Louise mettent tout en oeuvre pour le retrouver. Les autorités locales ont la description d'un homme armé et dangereux, ce qui inquiète beaucoup Louise car Jake pourrait être tué. Mais pour Kyle il s'agit de leur meilleure chance de le retrouver. Pendant ce temps, Jake toujours amnésique traîne quelque part dans la banlieue de Philadelphie. En entrant dans un club appelé Le Palace il assiste à de sanglants combats de boxe dans une ambiance très violente. Le patron du club offre 500 dollars à quiconque capable de tenir 3 minutes contre son champion...

Alex Brandt, un agent que Lou croyait mort depuis des années, un homme qu'elle à dû laisser derrière elle lors d'une mission est retrouvé vivant et une opération de sauvetage est mise en place. Pendant ce temps, Jake pense énormément à ce qui s'est passé entre lui et Daine, le projet "nanites" pourrait potentiellement avoir un nouveau membre...

Jake est chargé de protéger le Nanda Sang, prix Nobel activiste et diplomate de la menace du clan des assassins de Junshi. Toutefois, pour un homme de paix, le Ghandi de l'Asie du Sud-Est n'est pas tout à fait celui que l'on croit. En particulier Diane qui le voit comme un héros. Pendant ce temps, Warner vient visiter DuMont...