Le retour de Starbuck à bord du Galactica divise la flotte tandis que les quatre premiers des Final Five continuent de se demander s'ils sont ou non une menace pour leurs camarades humains. Parallèlement, Gaius Baltar est accueilli au sein d'une secte qui le considère comme un nouveau messie.

Starbuck désespère de faire entendre raison au commandement de la flotte au sujet de ses convictions sur l'emplacement de la Terre. Les 4 Cylons récemment révélés au sein des humains vont tenter d'approcher Gaius Baltar, persuadés que celui-ci détient quelque secret qui pourrait leur être utile. Parallèlement, la tension monte chez les Cylons concernant la marche à suivre après que la flotte s'est retirée de la bataille et refuse désormais d'engager le combat, ce pour une raison qui leur est encore inconnue.

Lassée de l'absence de son mari, Calliy décide de le confronter avant de découvrir qu'il entretient peut-être une relation extra conjugale. Starbuck mène une expédition destinée à retrouver le chemin de la Terre, mais les 22 jours de voyages infructueux commencent à faire douter l'équipage des véritable capacités du capitaine. Mis au pied du murs, les Cylons partisans de la lobotomie des Raiders reviennent sur leur décision.

Tyrol est sous le coup de la mort de Cally et commence a réévaluer ses priorités, tandis que Saul Tigh tente d'engager la conversation avec Six afin de mieux cerner sa véritable nature. L'influence de Gaius Baltar sur ses ouailles devient de plus en plus intense malgré les efforts de la présidente Roslin pour faire voter un amendement à son égard.

En mission afin de retrouver le chemin de la Terre, l'équipage du Démetrius questionne de plus en plus les décisions et la santé mentale de son commandant Starbuck après une rencontre décisive avec une ancienne connaissance. Une relation bien particulière se noue entre Gaius et Tyrol, toujours sous le coup du suicide supposé de sa femme.

Après une tentative de mutinerie sur le Démetrius, Kara Thrace prend l'initiative de vérifier les dires de Loeben en organisant, cette fois avec une équipe réduite, un saut vers le vaisseau mère cylon à bord d'un Raptor. Roslin explore quand à elle sa relation avec la maladie dans l'infirmerie du vaisseau, et remet en cause ses croyances.

Le vaisseau mère cylon rejoint la flotte humaine avec une proposition alléchante. La présidente Roslin doit quant à elle faire face à des rumeurs délivrées par Baltar qui mettent en évidence le rêve qu'elle partage avec Sharon et numéro 6.

Suite à la disparition du vaisseau mère contenant Baltar et la présidente Roslin, la flotte, alors gouvernée par défaut par un Zarek dont l'amiral Adama ne reconnaîtra jamais l'autorité, tente de se trouver un nouveau dirigeant. L'amiral Adama semble quant à lui perdre la raison, prenant un grand nombre de risques inconsidérés afin de retrouver la présidente.

Le détachement humain mené par la présidente Roslin est bloqué sur le vaisseau mère cylon après que l'hybride a effectué un bond. Pendant que la troupe rebelle cylon se dirige vers le vaisseau de résurrection et s'apprête à le détruire avec l'aide des chasseurs humains, Roslin fait son examen de conscience.

Le vaisseau mère cylon retrouve la trace de la flotte grâce à l'Amiral Adama. Commencent alors des négociations tendues afin que chaque camp y trouve son compte. Mais alors que les menaces succèdent aux tensions et que la situation escalade, les Cylons encore présents sur le Galactica tentent le tout pour le tout afin de résoudre le conflit.

L'équipe dépêchée pour explorer la Terre est dépitée ! Les premières recherches n'indiquent aucune trace de vie sur la planète. La Terre aurait subi une attaque atomique quelques 2000 ans plus tôt. Des ossements d'anciens modèles de Centurions révèlent que les Cylons étaient sur Terre auparavant. De retour au sein de la flotte, comment annoncer aux survivants que leurs derniers espoirs sont vain. Starbuck, de son côté, fait une découverte déconcertante...

La Présidente étant aux abonnés absents, l'Amiral Adama tente de reprendre les choses en mains, après la déconvenue sur la Terre. Le moral des troupes est au plus bas, mais l'espoir de trouver un nouveau foyer ne doit pas être abandonné. Pensant à leur survie sur le long terme, l'Amiral craint de n'avoir d'autre choix que de faire une alliance permanente avec les Cylons. Une proposition qui risque d'être très difficile à accepter pour beaucoup. Zarek, refusant d'envisager pareille alternative, invite les membres du Quorum à le rejoindre...

Orchestrée par Gaeta, la rébellion s'organise. Zarek est libéré pour prendre le contrôle du Quorum sur Colonial One, tandis que Gaeta mène ses troupes sur le Galactica. L'Amiral Adama semble pris au piège...

L'Amiral Adama et le colonel Tigh sont capturés par les hommes de Gaeta. Le Raptor, emmenant la Présidente Roslin en lieu sûr, échappe de peu à une attaque. Gaeta veut organiser un procès contre l'Amiral, et Zarek se charge du Quorum. Pendant ce temps, toujours à bord du Galactica, Starbuck et Apollo tentent de neutraliser l'ennemi...

Starbuck est inquiète ! Avec une balle nichée dans sa tête, Sam doit subir une intervention. Un hématome s'étant formé au cerveau, le Dr Cottle doit le résorber. Mais cette balle a ravivé des souvenirs. Sam se souvient du passé, il a vécu sur Terre... Galen informe l'Amiral qu'il a découvert des fissures sur la coque du vaisseau...

Boomer et Ellen Tigh font leur réapparition sur le Galactica à la grande stupéfaction de tout le monde. Si Ellen est ravie de retrouver ses anciens compagnons, elle déchante en apprenant que Saul a mis enceinte Caprica Six. L'amiral, pour sa part, a d'autres inquiétudes : son vaisseau menace de rendre l'âme à tout moment...

Avec Sam toujours le coma et le mystère entourant sa mort sur Terre, Kara a du mal à faire face. Les Cylons alliés demandent l'extradition de Sharon Valerii pour la juger pour sa trahison. Galen, inquiet, veut empêcher sa mise à mort...

Boomer a pris la fuite en emportant avec elle la petite Héra, qu'elle doit ramener à Cavil. Tel était depuis le départ le véritable but de sa mission. L'enfant pourrait bien être la clé qui empêchera l'extinction des Cylons... En dépit des réparations en cours, le Galactica est en piteux état. Le saut effectué par Boomer a causé de graves dommages. L'amiral Adama ne peut se résoudre à abandonner son vaisseau...

Etant donné l'état du vaisseau, l'équipage du Galactica s'active à évacuer les lieux. Mais rattrapé par les événements, l'amiral Adama se décide à donner une dernière mission au navire : Aller arracher Héra des mains de la colonie cylon. Une partie du passé de certains personnages d'importance, prenant place avant l'attaque sur les colonies, est révélée.

La colonie Cylon ayant été découverte, l'Amiral Adama décide d'agir pour sauver Hera et mettre un terme à cette guerre avec les Cylons de Cavil. Pour cette mission suicide, il réuni les volontaires. Le temps est venu de passer à l'action... Athena craint qu'il ne soit trop tard pour venir en aide à sa fille...