Six mois après l’inondation de la Vallée, la population a presque entièrement déserté la ville. Certains habitants ont décidé de rester dans l’espoir de retrouver leurs proches emmenés par la Horde. Toujours enceinte de Simon, Adèle fait un malaise et est emmenée à l’hôpital où on déclenche son accouchement. Richard Berg, un expert chargé de déterminer les causes de l’inondation, croise la route de Toni, revenu d’entre les morts. Sa résurrection va relancer les espoirs des survivants…

Les Revenants se cachent depuis des mois dans le Domaine, une zone rendue inaccessible par l’inondation. Ils détiennent toujours Julie, Victor, Camille et Claire, qui se sont habitués tant bien que mal à cette vie de réfugiés. Mais leur quotidien se trouve bouleversé le jour où survient une nouvelle vague de Revenants. Parmi eux, Esteban et Audrey, deux camarades de classe de Camille décédés dans l’accident de bus ; mais aussi Hélène, la mère de Victor…

Depuis le retour de la mère de Victor, Julie se sent de trop : elle se résigne finalement à quitter le Domaine. Camille se rapproche de Virgil, un jeune Revenant mystérieux, ce qui n’est pas du goût de sa mère. Adèle commence à s’habituer à son bébé – elle ne se doute pas que Simon les observe en cachette. De son côté, Léna a enfin retrouvé Serge, mais celui-ci a été rejoint par un nouveau Revenant : son père, Milan, un individu aussi charismatique que dangereux...

Jérôme et Berg ont mis leurs forces en commun pour faire avancer leurs recherches : ils décident de se rendre dans le hameau où la famille de Victor a été assassinée. Comme promis, Serge a conduit Léna au Domaine, où elle retrouve sa sœur et sa mère. Mais Léna découvre que la relation entre Camille et Claire s’est dégradée. Suite à la disparition de son bébé, Adèle est suspectée par la police. De son côté, Julie se met à la recherche du père de Victor, qui serait toujours en vie.

En ville, Jérôme et Berg recueillent Audrey, qui a réussi à s'échapper du Domaine. Jérôme décide d'avertir la mère de la jeune fille, Sandrine, qui loge à la Main tendue. Mais il ne se doute pas que Sandrine s'est ralliée entretemps aux théories de Pierre. Simon prévient Adèle qu'ils doivent mettre leur bébé à l'abri des Revenants, qui veulent le récupérer. Ayant pressenti qu'un danger menace Julie, Victor décide de quitter le Domaine en compagnie de madame Costa...

Sandrine a livré sa fille Audrey aux hommes de Pierre, qui la détiennent dans leurs sous-sols. Réfugiés dans l’église du père Jean-François, Adèle et Simon commencent à se rapprocher l’un de l’autre. Julie a réussi à retrouver le père de Victor, qui est à présent un vieillard dans le coma, dépositaire d’un lourd secret. De leur côté, Jérôme et Berg savent désormais que la Horde se cache au Domaine : ils décident de s'y rendre par un chemin détourné....

Jérôme a finalement rejoint sa femme Claire et leurs filles, Camille et Léna, au Domaine. Les Revenants les empêchent toutefois de partir. Grâce aux recherches effectuées par Berg, les militaires ont réussi à faire baisser le niveau de l'eau. Ils vont désormais pouvoir réinvestir le Domaine, ce qui va malheureusement obliger Lucy et la Horde à s'exiler une nouvelle fois. Quant à Sandrine, elle est à présent convaincue qu'Audrey est bien sa fille...

Après la fusillade qui a éclaté dans le gymnase, la famille Séguret tente de quitter la ville. Mais Camille a bien compris qu'elle ne peut plus rester avec les siens et qu'elle va devoir rejoindre les Revenants. Le gendarme Alcide a ramené le bébé de Simon et d'Adèle à Lucy, mais il est trop tard. La Horde s'est dispersée et Lucy pensent qu'ils ne pourront pas revenir en arrière...