Nikita est toujours en fuite après avoir été accusée de l'assassinat du président des Etats-Unis. Un reporter du nom de Dale commence à se poser des questions sur ce qui s'est réellement passé et Nikita voit là une opportunité de prouver son innocence. Elle retourne aux Etats-Unis mais tombe dans le piège tendu par Amanda. L'équipe est alertée et Michael se met en route pour retrouver Nikita avant Amanda.

Nikita, Michael, Birkhoff et Ryan sont à bord du centre de commandement de l'équipe. Michael refuse de discuter avec Nikita de leur relation mais lui dit qu'elle devrait rester avec les autres membres du groupe et les laisser l'aider à s'innocenter. Pendant ce temps, Alex demande à Sam de rendre ce qu'il lui a volé sous la menace d'une arme. Mais quand un groupe les attaque, ils sont obligés de s'entraider...

Les tensions continuent de grandir entre les Etats-Unis et le Pakistan après qu'Amanda a prouvé que le Pakistan a engagé Nikita pour tuer le président des Etats-Unis. Ryan devient suspicieux et informe Nikita et Michael qu'il pense que Birkhoff a été kidnappé par Amanda. Pendant ce temps, la CIA capture Alex et le questionne à propos de son engagement avec Nikita.

Jones met Amanda hors-jeu et prend les rênes de l'opération. Il appelle Nikita et lui offre, ainsi qu'à l'ensemble du groupe, la liberté totale en changeant leur identité et en simulant leur mort. L'équipe atterrit dans un endroit isolé du Pakistan mais se retrouve attaquée par un groupe local de trafiquants de drogue qui leur demande 10 millions de dollars. Nikita appelle Alex pour lui demander de l'aide...

Alors que Nikita entrevoit une fin à cette longue guerre, Ryan dévoile un secret qui pourrait tout changer. Ouvrant les yeux sur la tentative de Sam de voler son diamant, Alex lui donne une mallette de faux diamants à livrer à son contact en France. Les choses se compliquent quand Sam se fait attraper par celui à qui il doit de l'argent ; Alex doit lui venir en aide.

Nikita décide de prendre les choses en main et d'en finir à sa façon. Laissant l'équipe de côté, elle emmène Alex pour se venger. Ils capturent Jones et le forcent à révéler les noms de tous les membres du MDK. Michael la traque et fait tout pour qu'elle renonce avant de se faire tuer par les militaires. Mais Nikita n'est pas du genre à abandonner un combat en route...